Blg01875.3 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview
NameBlg01875.3
Unique NameBlg01875.3
TypemRNA
OrganismBranchiostoma lanceolatum (Amphioxus)



Full-screen view
Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at Sc0000228:122241..134798+

Legend: exonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Blg01875.3 ID=Blg01875.3|Name=Blg01875.3|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=12558bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000228:122241..134798+ (Branchiostoma lanceolatum)
CTTGCTAAACCTTAACATTTATATGTCTGTGAACCAAGAAATTAAAATTG
GTTTAGCCTTAAATAGAGACGGCTGTTTTACATGTGCAGGTTTTGATATA
CATGTAGCATGGAAAAAAAAGCAAATTTTTCCAAACCAAATCAATTTATC
AATAAGTCAACGTGTAGCAACATGTAATAGAAAATTGCAAAAATGTTATT
TTTAAGATCTTTTAGTTTTAAGTTCTACAAGCAAGTTCAGTTCCTTCCAA
ATTGCATGTTGCAAGTAGGTATCCCTTGCTCTGATTGAGTTGTATTATTG
TATAACGTTGGGTAACATAAATTCGGGATTTTTCCGATAATGGTTGACTG
AAATCAATCTAGCAGAACAATAAACCATCCTTTTTTTCTATAATTCTGTC
AGTATCATGTACTATCTTTGCACTAATCATATATATGGTAGATTTTGTCT
CTAGTCGTGCTGACACCATAATATTTCAACTTGAAACTACCGTCCGCCGC
ACGCACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNCAATAAGGGACGGAGAGTTTTTGACCTCGTCGCCTT
ATAATCCATGCTTATCGAAGCTTTTCAGACAGTGTTCTGAATACGTAAGT
CTGGCAGGTTTGCATTTCTAGCGGTATTACTTATGTTGCATCTAGCACAT
ATCCCTAAATACCCCGTTTTCGAAAAATCCCGAATTTAAGTACCCCGCGA
ATTTAGGTTACCCAACGTTAAGTACTGAAAACATCATCATGATCTTGTAA
ACTTTTGGGCTACTGTCAGCAGACGAATGCAAGTGCAATTGTTGAGCTTC
AGACTGATTTCTATGTTCCTTACACAGATCGAACGAGCGAACTACTTCCT
GAACGCCTACGAGGAGGTGGCGAAGCGGAGAGAGCCCGTAGACGGTCGTC
TCTTCCAGTTCCTCCTGGCCTCGCCCAACCCGGTGAACGACGGAGGCCAG
TGGGACATGCTGATCAACCTCATCAACAAACATGGCGTCATGCCCAAGAA
ATCCTTCCCAGAGTCCTTCAGTGCCACAGCATCCAGGAGACTGAACCAAA
CCTTGAACTACAAGGTCAGTCAACATCTTTTCAGTATACTGTAATTTACT
TTATCTTCACGGTAGTAAAATTTCAAGGTGTGAGGAAAATGGACTTTTTC
ACTTCCAGTCCTTTGTCCTTATTCCCTTTTCCCCTGGTGAGTTATAAAGC
CATGTACATCCCTCTCTCTACAGCTCAGGTCCTTTGCAGTGCAGCTGACC
GCCTTGGTGGAGAAAGGTGCCTCGCAGGACGAACTTGACCGCGAGAAGGT
CAAGATGATGGATGAGGTCAGTCAGGTTTGCTGAAGGTCAAGTTCAGACT
GGAAGAATCATTGGCTTCTAAATGCCATAGGGATTTCGTCATGCCTTACT
GACTTCTGGTATAACGATAAATGCATTTATCGTTTCTAGTGATGAGACAA
CTACATGTATTGTGATGTCCTCGTCAATTGTTGAAATTGTATGTATAAAT
AGAAGCTCCCCTATAGCTGATGAACTACGGGACTGGTGAGTTATAAATAT
ATTGTACATAGTGTACAATATGTGTATTATGTATATATGTATTGTACACT
ATGTATTTTGTACATCAATGCTTTCAGAGACAATGTGTAAGTGTTGTTGT
TACTTCAGGTGTACAGGGTGACCAGCATCAGCCTGGGAAGCCCTCCTGAA
ACCTTCACATGGGAGTACTACGACAAGAGCAAGAACTACAAGAAGATTGG
CCCCATCTCCCCTAGACAGTTCTACCATGAGCATGTCAAGCCACTCTACA
ACATGGACGACAAGGTATTGACTCTACATGGTTGCCATGCTCACAGTCAG
AGTATAACTTGAACTTGAAGTACATGTATGTATGAGTGTTTGAGGGGGTG
GAATCTTTTTGTCCTTGAAGACAACTTAGTGTCGTTCTTACTACTTGAAA
TCAATTATTTTCACAGTAGAAGGGAAAGGTGGTGTTTGCAGTGTTTTAAG
TTTGCTGTTGAAAGAATTCCGTGTTAACGTTGGGTAACATAAATTCGCCA
TTTTTCCGATAATGGTTGACTGAAATCAATCTAGCAGAACAATAAACCAT
CCTTTTTTTCTATTATTCTGTCAGTATCATGTACTATCTTTGCACTAATC
ATATATATGGTAGATTTTGTCTCTAGTCGTGCTGACACCATAATATTTCA
ACTTGAAACTACCGTCCGCCGCACGCACAATGACGGTGCTGTCGGACAGG
GGGGCACATTAATTCGGGAGAGAAGATTCGTCTTGAATATCTTACCGCTA
ATCACATTTTATACAGCAGCTATTCGTTCCATCCTTGGCTTGAGGAGAGT
GCTATGGATATAGACGTGTCCAAGTAAAAAAAATACACGAAAAAACGGCC
GTACCGCACACATCAGGCCAGTTCGGGAACAACCCGTGTGTTGAGTCGGT
AGAACTTCACTCAAAGTCGGCCCATCGTCATCATCGGGCAACGTGTAACG
TTACATTATTCATGGGAAGTTAGCTGGATGCCGTAGCAATGGTAATACTA
CTATGTCCATGTGTTCCTTGTTGTGTTAGGAGCAAACTTTGAGGAAAATA
TCTTCCTCAGTCCACTATCACACGCAGCATTTAGACAAAAAAGTGTTCCT
CACAAACCTTTGTCGTCTGCTTGACAACAGGATTCTGGTTAACAATATGG
CGGCGGGAAAATACACGTGCCGTAGGTTGTAGCAACAGAGAGGAGTTTTG
ATGATTGATCACACTTAGAATCCAGTTGCAGGTTAGCAAAAGAGATTGTA
ATAAGTTGTCTTGTAAATAATTGTGTTTAGCAGGCAGGAGATGTGACATT
TGTCTTATAAACCAGCGAACAACCGTGCAGTGTGATTCTCCCACGAAGCC
CCCAGACTCTGTCAATAAGGGACGGAGAGTTTTTGACGTCGCCAACTTCT
AATGCATGGTTATCGAAGCTTTTCAGCCAGTGTTCTGAATACGTTAGTCT
ATCCGGTTTGCATTGCTGGCGTTATAACTGATTTTGCATCTAGCACATTT
CCCTAAAATACACCGTTCCAAAAAATGGCAAATTCAAGTACCCCGCAAAT
TTATGTTAACCAACGTTACAGTTATTTTTAGTAATGCATTATTGAAACTC
ATATTTGTAGAGGAGAGGTTGCCTCACAAACTTCAAAAATGAAACTTATG
TGAACATTTCAAGATTTACAGTATTCATGTCGAGTCTTTATCCAGACCAT
TTTAATGTCATGACTTAACATCTACTAACATAATTCCACCAGGGTACATC
CTGGAAAGATACATCCAAACAGATCTCCGACCCAACGTCCCCCAGTATGG
TGCACTCCTGTATATCTAAACTGTGCATACCTGGGGGTTGCTTCACTAGA
GATATCTCAAACCCACTGACTTTCAAAGTGGTGGATTTATGTAACAATCA
ATTATCTATAGATGTAGGAGGGAAAGGAGATTTTTACAGTGTTATAACTT
TGCCATTGAAAGAATTCTGTGGTAAAGTACTGTAGTAGTGCATTGAAAAC
TCATTCATAGTGGAGAGGTCACCTCACAAACTGCAAAAATAAAACTACTG
ATTAATAATGTTAATGGAGGTTACCTCTTTTTTCTTTCAGATCTGCCTGG
TGAATGACTGCCGTCCTGCCAACCCCTTTGGTAAGCTGTTCACAGTGGAG
TTCCTGGGGAACATGCACGAGGGCCGCAAGGTTCTGTACAACAACCAGCC
AATCAGTGTGCTGAAGAAGGCCACGGCAGAGTCCATCAAGGCAGGGGAGG
TCAGCACCGAATTCCTCAATATGTGTTTTTAAATGATGATGTTGTGTTTC
TCTCTTTCTCTGTTTCCTGCAACTTCTAGAGAAGGGTTATCAGAAGTTGT
AATGACAACAAAAAAAGCAAATGGTGTATGATGCCAAAATTAAACATACA
GGTACTCTTGTCATCTCTAACAAGGATTGATAATTCATTGAACATAACTG
CTTACACCAAATGAACAAAAAATCACTTAAAGATCATACCTCCAGTTCTT
GATTCTTGATAACAGGTTATAAGACTACTTAAAGTTGACTATACCTATTT
GGTGTAAACAGCTAATTTTCATTGAATGATACTATTCTTGTGACAAGAAA
ATATTGTATTTTGGAATCATAAACATTTTTAAAAGATTGAAGAGTTATTT
TACTGTTTTGTTTCTGTCTGTAAAGTCTGTATGGTTTGACTGTGATGAAG
GCCCTAAGTCTAATGACAAACAGGGCATTATATTGAGTGTTGGTTTGTAA
GTGCACTTTTGTTCTAATGTTGTTTGTAAGTCTTGAGCATGTTTCAAAGA
TCTTGACTATGTTGTTTCTTTCTGTAAAGGCTATCTGGTTTGGCTGTGAT
GTTGGACAACACTTTGATCGCAAACTGGGCGCCATGAACCTTGAGTCGTA
AGTGCCTGTTGTTATATCTTACTTGTATTAGTCAATAAGCTTTACTCACT
ACAAACTCAATTCAAGTAAGTCTGGATATACATGAAACGTTTCTTATCTC
TGCCCTAAATACAATGGACGGTTGATTCTTTTTTGATTATGACATACACA
TACATTGTGTAACCATTTTAGATATAACTGCTAAAAAATGATTGTAAGAT
TTGGACTTTTCAGTTGAAAGATTCAGAATAGTTCTTCCGGTGTTACTGGA
AACTCTTAAAGGGATCATTTTGGCCAAATTTTAGAACAAATCTTTTCACG
TATCTCTTTTTGTAAGTATTCAATACGTACAGGCAATCTGCTTTACGTTA
TGAATGTTATTTTCATTTTTTATTTTACAAAAAAACTCATGAATCTCATT
ACACCATTGGATACTTTTTTTGCTGTACATGTGTATCAATTGTGCTCTCT
TGGATTCAAAACAAAGAAAACTTACCATTATCTATATATGTTATTTCATG
AACTTGAAGAATGTTTTCTCTTTTGTTCTTTAGGCATGACTTTGAGTTGA
CACTTGGGGTATCCAGGAAAACAATGGACAAGGCACAGAGGGTCATCTAT
GGGGAATCTCTCATGACCCATGCAATGGTCATCACAGCTTTTACTCAGGT
AGGTACAGGCAGACATGTTCTAGCTTTCATGGCATTAAAATACAATGTAC
ATCTCTTTGATTTGAACAAAATAGCACTTTTTCTGTTGCAAAATGTTTTC
AAGTTGCATACTTGTGGTTTTCATTTAACCAATTCAAAATATGTGCATGA
TATTAAAGGAGCAGCTACATGTTTTCTACTTGTCTGTTTTGTCGATATCC
ACGTCATAAAAAGGCGCTAGCATTTACTTAAGTGTTGTAGGCTGGTCAGT
AAGTTTATGAACTGCACATCTCCAAATGTTATATATTGTTAATCTTCTTA
CTTTCACCTTTGAGGGAAAACCTGGGACCAGGGACAAGACTTAGTGATTG
AACAAGCTAGCTAATTGCAGCTCTCTTTCAAAATGCAGTACTATAAAACC
AGGAAAATCTTCTGGCAGAAAGTTGCTATTTTGGCAGAGATTTGATTAGC
TCTGAAAGTGCTGTCTAATGAGTTCTTAGTGTACCACTGACACATTGCTT
TACTTTTCAGGATGATGATGAAAAGTATGTGAAGTGGAGGGTGGAGAACT
CCTGGGGAGAGGAAGGAGGCGACAAAGGTGGGTGATGTTTTAGTGTCCAG
GGTCTTGAGAAGATGTTATGCAGAACATCAAGAAATGGTTCATATTTTTC
CCTGTCGTTCCTTATGAAATACAGGACGGGCAATTGAAAACTCTAAAGTA
GAGGGCTATATATTTCTCACTGTACGTAATACATGACATACAAGTTTGTA
TTTTCCTTGCTATTACTTCATCTGCTTTCCCTTAGTCTAAGCTCTAATCT
GTAGATTTCCTTTCATATTTTGTGACATATCATTATATGTTCCATCCTAC
AGGCTACCTCGTAATGACTGATGACTGGTTCACAGAGTACGTGTTTGAAG
TGGTCGTCGACAAAAAGTTTGTCTCCGATGAAGTCATGGCTGTCTTCAAG
CAGGAACCTGTTGTCCTTCCAGCATGGGACCCCATGGGGTCTCTAGCCAA
GAGCTGCCCATCAAAGTCCCACCTTTGAGAGGTCGTAGACTCCTGGGTGG
TTGCTTGACTAGCTTCTACCTCTAGACTTAAAACGGTAGCAGTGGCTTTT
AGTATTTCTACAATAGGTAGTATGTGGAATTTTCTCACTTTTTGAAATGC
TCTCTCAATGTTAACCACTATAATGGTGCACACCATTCTACTGCTACCTC
TTGTTAGCACAGTGTCAAAACAGATGGAAACTGAAAAAGTATGAAGATTG
TATGTTGTAAATGTATATCAATTTTCTGTACATGTGTAATACCATTTCAT
GACTATTCAAGAAGACAGTTTTGAATCAACATTTGAATGCTAAAATCCCA
CACAGGTTTGATGCATAGCTAGGAACCACAGTTGTCCATCTGACACATAC
ACATGTTGACCATATAACCTCCTTGTGTTGACCTAAGTTGTAATCTGTCT
TTGAAGGTCTTGAAAGGCTGATATAGTTTGAACTTGGTGACTAAGTCAAG
ATGAACTAGACTTATGTCGAGGAATTATGTCACCTTTTGAGTTGGGGTGT
ATCTGTGCCTGTCCCTCTGCTGATTACAGTTCAAGTTGACATGCAAGAAG
AAGACAAGATTGTTTTGGATACCTCAAGACTGAAGTCTTTGTGGCTTTAA
TCCTTATTGACTAAGAAAAAGGCTCAAGTTTCAAAATTTGGATTGAAGAC
TGATACTAGTCTCATCTCTGGTCTTAACACCACTACTTATCAACATAGCT
TTATGTGAAATGGTTGTCTATACCTGAATGATACTTACTTTCTATTTGTC
ATCAACAACACATTCAACTCAGAAACAAATGTTGTAGCAATGTTAAAACT
TGAAAAATGTGACCACTGTATACAGCAAAGCACTATCATATTCACATTCC
CCACTACTGACTTTTTAAAATTCAACAATTTTAACTTGCAATGGGATATT
AAAGAGGGTAAAAATTCTGCACATGTTTCAGGGTCTATTTGTCCATCCAT
CATATAGTGTGTTGGTACAGCTACTGAGATCTAATCTTTGGAAAGTGACA
AAGGGCCAGTGCCTATCAAAAATGTAGAAGAGTTAATGATCATATACAAT
TATACATTATATCATCTGCTTTCTTTCAATTATGTTATCAGAATTTTATC
GCTCATAAAAGACGCCAAAGACAATCAAACAGAAGTTTACAACAAAGCCT
AATGAAAT

Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000228:122241..134798+

>Blg01875.3 ID=Blg01875.3|Name=Blg01875.3|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=1101bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000228:122241..134798+ (Branchiostoma lanceolatum)
ATGCAAGTGCAATTGTTGAGCTTCAGACTGATTTCTATGTTCCTTACACA
GATCGAACGAGCGAACTACTTCCTGAACGCCTACGAGGAGGTGGCGAAGC
GGAGAGAGCCCGTAGACGGTCGTCTCTTCCAGTTCCTCCTGGCCTCGCCC
AACCCGGTGAACGACGGAGGCCAGTGGGACATGCTGATCAACCTCATCAA
CAAACATGGCGTCATGCCCAAGAAATCCTTCCCAGAGTCCTTCAGTGCCA
CAGCATCCAGGAGACTGAACCAAACCTTGAACTACAAGCTCAGGTCCTTT
GCAGTGCAGCTGACCGCCTTGGTGGAGAAAGGTGCCTCGCAGGACGAACT
TGACCGCGAGAAGGTCAAGATGATGGATGAGGTGTACAGGGTGACCAGCA
TCAGCCTGGGAAGCCCTCCTGAAACCTTCACATGGGAGTACTACGACAAG
AGCAAGAACTACAAGAAGATTGGCCCCATCTCCCCTAGACAGTTCTACCA
TGAGCATGTCAAGCCACTCTACAACATGGACGACAAGATCTGCCTGGTGA
ATGACTGCCGTCCTGCCAACCCCTTTGGTAAGCTGTTCACAGTGGAGTTC
CTGGGGAACATGCACGAGGGCCGCAAGGTTCTGTACAACAACCAGCCAAT
CAGTGTGCTGAAGAAGGCCACGGCAGAGTCCATCAAGGCAGGGGAGGCTA
TCTGGTTTGGCTGTGATGTTGGACAACACTTTGATCGCAAACTGGGCGCC
ATGAACCTTGAGTCGCATGACTTTGAGTTGACACTTGGGGTATCCAGGAA
AACAATGGACAAGGCACAGAGGGTCATCTATGGGGAATCTCTCATGACCC
ATGCAATGGTCATCACAGCTTTTACTCAGGTAGGTACAGGCAGACATGTT
CTAGCTTTCATGGCATTAAAATACAATGTACATCTCTTTGATTTGAACAA
AATAGCACTTTTTCTGTTGCAAAATGTTTTCAAGTTGCATACTTGTGGTT
TTCATTTAACCAATTCAAAATATGTGCATGATATTAAAGGAGCAGCTACA
TGTTTTCTACTTGTCTGTTTTGTCGATATCCACGTCATAAAAAGGCGCTA
G
Gene-mRNA-Prot
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
Blg01875.3-exon-Sc0000228-1570713199:122241..122546Blg01875.3-exon-Sc0000228-1570713199:122241..122546Branchiostoma lanceolatumexon
Blg01875.3-exon-Sc0000228-1570713199:128213..128554Blg01875.3-exon-Sc0000228-1570713199:128213..128554Branchiostoma lanceolatumexon
Blg01875.3-exon-Sc0000228-1570713199:128714..128806Blg01875.3-exon-Sc0000228-1570713199:128714..128806Branchiostoma lanceolatumexon
Blg01875.3-exon-Sc0000228-1570713199:129149..129304Blg01875.3-exon-Sc0000228-1570713199:129149..129304Branchiostoma lanceolatumexon
Blg01875.3-exon-Sc0000228-1570713199:131131..131289Blg01875.3-exon-Sc0000228-1570713199:131131..131289Branchiostoma lanceolatumexon
Blg01875.3-exon-Sc0000228-1570713199:131870..131937Blg01875.3-exon-Sc0000228-1570713199:131870..131937Branchiostoma lanceolatumexon
Blg01875.3-exon-Sc0000228-1570713199:132474..133167Blg01875.3-exon-Sc0000228-1570713199:132474..133167Branchiostoma lanceolatumexon
Blg01875.3-exon-Sc0000228-1570713199:133443..134798Blg01875.3-exon-Sc0000228-1570713199:133443..134798Branchiostoma lanceolatumexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
Blg01875.3Blg01875.3-proteinBranchiostoma lanceolatumpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Sc0000228genomeSc0000228:122241..134798 +
Properties
Property NameValue
GeneIDBlg01875