transcript:BL65288_cuf2 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview
Nametranscript:BL65288_cuf2
Unique Nametranscript:BL65288_cuf2
TypemRNA
OrganismBranchiostoma lanceolatum (Amphioxus)



Sequence
The following sequences are available for this feature:

protein sequence of transcript:BL65288_cuf2

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Run BLAST on NCBI

mRNA from alignment at Sc0000011:1208152..1231698+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>transcript:BL65288_cuf2 ID=transcript:BL65288_cuf2|Name=transcript:BL65288_cuf2|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=23547bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000011:1208152..1231698+ (Branchiostoma lanceolatum)
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GACCTAGCTGGTAGATGTGGATCAGGAGGTCATGAGTTCGAATCCCAGTG TGATACTCTGGATCAGGAGTTGTGGGTTTAAATCATCGTCAGTCTGTGTT TGAAGGAGTCTGGCAGCCTGGATCATGATCAAGACGTCATGGGTTCAAAT CCTGGTCTAACAGTCGGGAACTTCAAGTTGTGGGTTGGACGCCTGGTCTA GTTGTCTGGTTCAGGAGGTCCTGGGTTTTGCTCCCTGTCACGCTGGCAGT CTGCATTCAGAAAGTTGTTGGTTACGAATCCTTCAACGGGTTTGAATCCT GGTCTTAGTAATAGTAGTCTGTGTTCAGGAGGTCATGAGTTCAAATCCTA GTCTGGCAGTCTGGATCATGTTCAGGAGGTCATGGGTTTCGAATCCTTAT CCAACAGTCTGCTGACGGGGTTCAAATCCCGATGTACTACGAGTAGCACG ATTGTNTGGGTCATGATTGCTCTAGGAAGTCCTTGGAACTGGGTGTAACT TATTGCTGTCCCTTCCTCCCTCCCAGTATAGAAACTCGCTTGATGGGACA GATAGATGAAAATTTCACCCTGTCTGTAAAAAAACTATGACATTAAATTG GCAAGAATATATTTTTGTGAGCTTAAAAGATTTAACAACGAAAAGTAACA ACATGGGCTCCCAAACGATGAGGAGTGGGATGGAAAAGAACCTACATTTG TAAAAAGCTGGAGACAACCCTGGTGTGACTTCTATCTGTCAGTGCGGCCG GTCTGAACTGGATGTCAGGGTCGACTAGCAGAAGGGGAAGTCATGAGTGC AGATGATACAAACTGATAGCAGCCCTAATATGTTCTCTGATTTCACAGGC CAGACTTCCTGGGCTGCAGAATCTTAAACGTGGGACTTTTGCACAGTGGA GGGCTAGGGGGTACAATCTTGGTCGAGCAGTCCGTGGTCAGGAGGTTGTG GGTGTGAATCCGGTTAAGTTAACAGTCAGGAACAAGTTGTGTGTCTGGCA GTCTGGATTTGAATCCTGACCTAGCTGGTAGATGTGGATCAGGAGGTCAT GAGTTCGAATCCCAGTGTGATACTCTGGATCAGGAGTTGTGGGTTTAAAT CATCGTCAGTCTGTGTTTGAAGGAGTCTGGCAGCCTGGATCATGATCAAG ACGTCATGGGTTCAAATCCTGGTCTAACAGTCGGGAACTTCAAGTTGTGG GTTGGACGCCTGGTCTAGTTGTCTGGTTCAGGAGGTCCTGGGTTTTGCTC CCTGTCACGCTGGCAGTCTGCATTCAGAAAGTTGTTGGTTACGAATCCTT CAACGGGTTTGAATCCTGGTCTTAGTAATAGTAGTCTGTGTTCAGGAGGT CATGAGTTCAAATCCTAGTCTGGCAGTCTGGATCATGTTCAGGAGGTCAT GGGTTTCGAATCCTTATCCAACAGTCTGCTGACGGGGTTCAAATCCCGAT GTACTACGAGTAGCACGATTGTGTTCAGGAGGTCACGGGTTTGACTCCCG GTCTACTAGTCTGGTTCAGGAGGTTCTGGGTTTGACTCCCGGTCTACTAG TCTGGTTCAGGAGGTTCTGGGTTTGACTCCCGGTCTATATACTAGTCTGG TTCAGGAGGTTCGGGGTTCGAATCCCGGTCTGGCAGCCTGTGACAGTTCA GAGTCCTGGAAGCTGCTGATTTTGCAGTCCTGCAGACAGGAAGTCAGCGA AGTCCGTAGTTTTTGGCAAGCCAGACCTTGACCTTGGCAATGAACCCAAG TTATCCCACACATGTATTCCATTTGTGGAGAGTTAGCTAATGGTAACCCT TCTGCGAGGGTTTGTATGGGGGTCCCTGCAACGCTTTACGCTGAAGTACC CCCTACTTATTCCTCTAAAATCAAGGAACAATGCAATTTTTATCGCCTCC CTACGGATAACGTGACTGCATAATATAAGACGGCTTTCCCAACGAATTAA AGGAAATAGAAATAGACTGCATACGCCTTATCAGAAAAGAGCTTGCAGAC CCTCTTCAATGTGCAGACTGTAACTTGTGATCCGTAACCAACTACAGGAA CTTGTGTGCTGCACTATACGTCTGTAACAGTTTACAGTAGCTATAGGAGA CTGCATGGGAGTTAGATTGAAACTATGCCCTACTTTTCATGCAGTGGTAT GTAATCTGTGCAGAGGTCAGACTTCCGGGCCCCACCGGAATCCTAACTTG TGGTCAGGGCTGTCTCCAGGACCCGTCCCTCCATCCTGGGATAAAAATTT CACAACTTCATCCATTCAATCAATCTGAATTCATGACATTACAACAACTG AACAGATGAAAACATGACTTTCGTAAAGTAAGATGACAGATTTAACAACA AAAATTAACAACATGGGCCCCCAAACAACGAGACAGAAAAAAATTTTAAA GCTGGAACCAGCCCTGCTTGTGGTGTGCTTGCAGCTATAACGTATATATA ACGTTGATATATATAAGACTAGCAGTTTGCATTCCTTTTTTGAACCAGAT AAATGATTTGATTTTGCCATGTACTACCATGGTTTGTGGTACAAATGAAT CGCATCTGAATGACTGTTAGGAACCCACAACGTTTTTCTGTATTTTAGGG TTCCAACAAGGAGGTTAAACTGCTTGGTTCAAAGTAAACATTCTTTACAG TTTCACTTCTTCAAATATTTGAGAAACAGTCAAATGACTTGATTTTGCCC AGCAGTGCCGCCATGGTATGTGGTACAAATGGATGCTACAAATAGTGGAA CCCAGGAGGGATTTCAATTAGTTCCAGCTCATTAAGGCCAGATTAATTAC CCAACACTAATTAGCTGGAACATCGTAATCCCATCAGACTCTGCAACAGT TGATTAGAATGTCATTTGCTTTGCAGGAGTGAGAAAATACAGGATGCTGA GGAAGAAATATTGAATAGAGGCTAAATAGTTTTTACATTTGTCACCCAGT AAGGCAGGTTTTGTCACATCAACTCTAGATGTGGAAGAAAGTCTCACATT AATTGTATTCCAATCATTTAATCAATTAATTAACCATTCCATCGATTAAT TGATTGATAGGTTGATTGATTGCTTGATAATTCATTCCAAAGCATATTAC TGGCTGAGATTAGAAATGAATTAAGGTTAGAGTCCAAGCAAAATAGGTTC AGATAACTGAAATTTAAGTGTATACTGTCACTGTTTTTAATCAATAATTA CAAGAACTTCCTGAAAAAAAGTGAAAATGAAGTGCTGAATACTTTGGGTT TCTCAAAATTAAGAGAAAATCAAATAACCATTATGATAATTCTTCTTTCT AGTAGGAGGAGGTACCAGAAATTTCATTGTTTGCAAAGTTGACAGGGTGC CATTTAAAAGAGGGCTTTACATAAAAAAACAAGAGTTCCACGACCTCATA TCTCCATGAACAATTCTATTCATGCAAATAACTTACACATTTGCATAAGA TATGCTTGGTCATAAACACCTTTATCTAACTTACATATGTTGCAATATTG ACAGGTCTATAATTTTCTAATTAGATGAATTATGGTGTTTGCATTAATTA TGCAAATAAGGAATTTATTTGCATAATTGGTATCTGTTGATGCTCCACTT TCCATAAACTACATATGTTACATGTATTTGAGTCTGATAATGGAAAACAC TGCAAATATAGATTTTCCTCATTAGCTATGCAAATTAAGTCACAATTAGC ATAATTTGCACTTCATTATGTATATCTCTGTCTAAGCTACCTGCATACTA AGTATCATATTGACAGTCCTATAATTTTCCAATTAGATGAGATATGGTGT TTTGCATTAATTATGCAAATTAGGAATTTATTTGCATAATTGGTATCTGT TGATGATCCACTTTCCATAAACTACAAATGTTACATGTATTTGAGTCTGA TAATGGAAAAAACTGCAAGTATAGATTTTCCTCATTAGCTATGCAAATTA AGTCACAATTAGCATAATTTGCACTTCATTATGTATATCTCTGTCTAAGC TACCTGCATACTAAGTATCATATTGACAGTCCTATAATTTTCCAATTAGA TGAGATATGGTGTTTTGCATTAATTATGCAAATTAGGAATTTATTTGCAT AATTGGTATCTGTTGATGCTCCACTTTCCATAAACTACATATGTTACATG TATTTGAGTCTGATAATGGAAAACACTGCAAATATAGGTTTTCCTCATTA GCTATGCAAATTAATTCCCAAATAGCATAATTTGCATCTCATTGTGTATA TCTCTATCTAAGCTGCCTACATACTAAATATCATGGAAATCGATTGTTCC TTTGTTCAGTTATTCTCCTTAGAAGATTTTCACAAAAACGCCCCTGCAGT TCCAGAGGAAGCTGCTAGGGGGCCCAAACGTACACCACTTCTTTGTTACA TCACAAGCTATCTGCCACCCAAAAATCAAGACCACAGCAAGTCCAGGTGA AAAGATACAAAAATTGAAGTTCCGCTGCAGTACCAAGGTCACATACCAGG GGGCCCAAAATCGACCTTGAACTTCGGCTTCACAACACCTGCCCACATAC CAAATATCATCGTAATCCATCAAGAGGTTCCTGAGTTATGCTGACTATAG TAGTGCGGAAACACAAACAGACAAACAGACAGACAAACACACACACAGAC ACACCCAAAACAATATCTCCATTTTTCATGGAGATAATAATAACTCTCTA GGTCAATGAACATGAATTTGACAAATATCAAGGGGGTTCCAGAAGTATGA CAGAGCAGTTGGAAACCAGTTATGCATCATATCCCTCAGTTTGCCAAATT AAGAGTCTGAAACTAATCACGAAATCTCCGCTGAAATTGTTACATTAAAT TGTCAGAAGGTAATTCTAATTAAGAGAAGCACCGAGGGGTATAAGACTAA TTACGTTTAACTGTGCAAGAAGTGTGCAAGCCACTGAGTTAGAACCTTGC AACATTTGTTTTGTGATGCTGATATATCATATATATAATATATTATAGAG AAATCTTTACAGACACAACAAAAGTACAGCGACTTTCGTAAGGTCTTCTA CAACTATACATGCAAACAACAAACAATGGTATACAAAATGATTAACCTAA GTACAAGTATATGAATACTTCAACATGTGAGTTTAATGTATCACTTACAC TACTAAGTTCTAAGATCTGTAGTTCACATTGCAACACAGTTCTGGCATGA GGGGTGTTGTACATGATTCTTTAAATCTCATCTATATTCTACAGTTACTT CTGATGTGTGTGATGAAACTGTGTGATATTTGTTTTGTAATAGTGACGTA TTGACAATGTGTGATTGTCTTTACTTTACAATTCATTTCAGTATGCCCCC CCCCCCCCAAAAAAAATGACATGTGACAGCTGTTTAATGCGGGAAGATGT GGAGAGGAACCATGAGGACCACGTCTAAAACATCATTTTTCATCTTGAAG TTCTTGCTTTCTCAATCTTATCTTATTTTCCCCAGTTTGCAGCTGAG

Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000011:1208152..1231698+

>transcript:BL65288_cuf2 ID=transcript:BL65288_cuf2|Name=transcript:BL65288_cuf2|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=1251bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000011:1208152..1231698+ (Branchiostoma lanceolatum)
ATGGCGTTCTTCTGCCTCCTATGGAGGGTGGTGAAGCACCTCCTACTCCG
CCCGGAGACGTGGCTCATGACGCTGATCGGAGTCGCCATCTACAGCTATG
TGCACCACTGGGGGGACATCAAGGCTATTTTTAACCAGGCCAAGCTCTCT
CTGAGCTCCAGAACTTCCCAGCTGGCCACGGTTATTCAGGAGAACCACTC
CTCTGCCAAGGAGCCGCAGTTGGACCTGAGCGACGATGTCAGTGAAGAGG
AACTGGCGCAGATCTGGGAATTCCGGAAGGACAACGTGGCGGTCTACGCG
ATACAGGGGAGACGGGAACACATGGAAGACAGGTACAGCGTGATCACCAA
CATCGCGAAAAGTGGAGCATCCGTCTTCGAGATCTTCGACGGACATGGGG
GAGACTTTGCAGCTGAGATGGCGTTCTTCTGCCTCCTATGGAGGGTGGTG
AAGCACCTCCTACTCCGCCCGGAGACGTGGCTCATGACGCTGATCGGAGT
CGCCATCTACAGCTATGTGCACCACTGGGGGGACATCAAGGCTATTTTTA
ACCAGGCCAAGCTCTCTCTGAGCTCCAGAACTTCCCAGCTGGCCACGGTT
ATTCAGGAGAACCACTCCTCTGCCAAGGAGCCGCAGTTGGACCTGAGCGA
CGATGTCAGTGAAGAGGAACTGGCGCAGATCTGGGAATTCCGGAAGGACA
ACGTGGCGGTCTACGCGATACAGGGGAGACGGGAACACATGGAAGACAGG
TACAGCGTGATCACCAACATCGCGAAAAGTGGAGCATCCGTCTTCGAGAT
CTTCGACGGACATGGGGGAGACTTTGCAGCTGAGATGGCGTTCTTCTGCC
TCCTATGGAGGGTGGTGAAGCACCTCCTACTCCGCCCGGAGACGTGGCTC
ATGACGCTGATCGGAGTCGCCATCTACAGCTATGTGCACCACTGGGGGGA
CATCAAGGCTATTTTTAACCAGGCCAAGCTCTCTCTGAGCTCCAGAACTT
CCCAGCTGGCCACGGTTATTCAGGAGAACCACTCCTCTGCCAAGGAGCCG
CAGTTGGACCTGAGCGACGATGTCAGTGAAGAGGAACTGGCGCAGATCTG
GGAATTCCGGAAGGACAACGTGGCGGTCTACGCGATACAGGGGAGACGGG
AACACATGGAAGACAGGTACAGCGTGATCACCAACATCGCGAAAAGTGGA
GCATCCGTCTTCGAGATCTTCGACGGACATGGGGGAGACTTTGCAGCTGA
G
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
gene:BL65288gene:BL65288Branchiostoma lanceolatumgene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
BL65288_cuf2-E1BL65288_cuf2-E1-1564476830-101971Branchiostoma lanceolatumexon
BL65288_cuf2-E2BL65288_cuf2-E2-1564476830-101973Branchiostoma lanceolatumexon
BL65288_cuf2-E3BL65288_cuf2-E3-1564476830-101975Branchiostoma lanceolatumexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
transcript:BL65288_cuf2transcript:BL65288_cuf2-proteinBranchiostoma lanceolatumpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Sc0000011genomeSc0000011:1208152..1231698 +
Properties
Property NameValue
Transcript idBL65288_cuf2
Biotypeprotein_coding