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Sequence
The following sequences are available for this feature:
protein sequence of transcript:BL79502_cuf2 >transcript:BL79502_cuf2-protein ID=transcript:BL79502_cuf2-protein|Name=transcript:BL79502_cuf2|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=polypeptide|length=122bp
MGPHVIIVTVFKFINMLRYDTFFFFSFSQMYLDGRQQQTPADGMQRRVSS
GRERPDSSLKICCDTGYKSCQVKAFIYIRSVFIIHMIIFLLQVHAQRYME
IHGNRRSYLVYCESSMVDYGWV Run BLAST on NCBI mRNA from alignment at Sc0000008:1503377..1511578+ Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >transcript:BL79502_cuf2 ID=transcript:BL79502_cuf2|Name=transcript:BL79502_cuf2|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=8202bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000008:1503377..1511578+ (Branchiostoma lanceolatum)
AATGTTTCGGATGGATTTTTTTGCATTTTTTCGGGACAATTCCATTCCTT
TTCTTCTCAAATCTGTTCCTTTAATGTGCGTGGTAACTGCTGGAATATTG
TCGGGGCCGTTTGCGGTAGGTTTCAAGGAGTTTCGAGAGGAAAGGGGGCC
CTTCTGTTACTTGTTGCGTTTCGGAGAGACGACAAAATGGCGAGACTGGT
GTGGTGAACAGACGGCGTGGTGAAGACTCTCGTTCTTACAAGGTAAGACA
ACAAACTGTTTCCTCCACATAAGATTAAAATGTGAAATTTGGTGTCATTT
GGTGTATTTCAAGACGTCCTAAGGTATTTCTCTGAATCCTGAGCGGAAAA
TGCGGTCTTTACGATAACCTTTACAAATGTCTATTTCTTTCGTATTTGGC
TGACTATTTTGCTTACATATGTGCGTACATAACGTTGGATATATTTGGGG
AGTTGTGTGAAAATTATAGGAAGTATGAGTTGATATTAGTCGCAGAAAAG
CTCAAAGAAAAGTGTCTTTTGTTTCCCTCCACGTGGCCGTCACACCTGTT
GGAATGTACGTGACGTCACTCGCTCAGTTTTCCCGCCAAAACGCGGCGTG
GAGGGGAGAGCGGGGTGTGTGTTTTAGTCTTGCGGATATAACGACTATTT
CTCATAGTTTTGGACGAAGAAATTGGCTCTTTTTTGTGCAATTGCAGCCT
CAAGGGAAGCTGACGAACTGGCGGAAATGTTGGAGGGAACGTCGGACGGC
CTTTTGGAAAACTCTTTAATGGAGGTAAAACAAATTCTGTTTCGTCGATG
GATTCATAGAATTCCTTATGATTTAGTGTCATTTTTCATAGAAAACAAGG
CCGAAACTCGTGGGTAAGCGTTGCCATTTTCGCCTTTTAATATTGAGCGG
CAACTCCAAGGGAAGGCAGGCTTTACAAATGTCTATTTCTTCCCGGTTTG
GTTAGGATATTTTGCACTTTATTCCGTGCGTAAATAATGTTTATATTAAT
GTGGCGAGTCATGTAGGAATGGTATGAGTTGATATAATATATGTGGCAGA
AAAAATGCGACAAAACTTTGTTTTATAATATGTCCACGTGGCGCGGTCCG
GCTGTACCGCCACCTGTATGAACGCGCACGTGGGCAGGGAAAAACGTATG
GCCTTCCATGCGTAATTGAGAGATGTCTTTAAGTTGCTGTAAGGTTGTGC
TTTGAGGTGAAGAAGTTGAGTGCTGTTGCGCTTAAAATCAAAGTTTGAAG
TTGTTAGCAGTGAGAAGTAAAACAATGTTGTTTTTGATGTATTTTATGAA
GTTAGTATGCAAATATGCGAAACAGTGAGTTGATGTCACTACTATGAAGA
TATCAGCATTTTGTTATTTCCATTTTCGGGGGCCCTAATATTGCTTTGGT
TGCCGAGGTACAAGTAATGTGTTCCATAAAGGGGGGTTACTATTGTTCTA
GAAATAGCTGTTAAAATTCTGCTTCGATACCTAACATCACAATGGGTAAC
ATTTGAAATGACTTGACAACTGATGATACTTGTTACTTACTGTGACCGTT
TTATTGCCACAGGGAGGAACATTGAAGAAAACCTGCACTTAGAAGAGACG
TCCCGGTGAGTGTTTCACAATTTCTTTGTCGAGATCATATTTTCAGTACC
AATATCTTTGCCAATTACCTTGTTGAACTGTTAAACAATACTTAATCAGT
ACGTTGATGTTTTCGGTGATACTTATTGTGTACCGTATATTGTTCAATTT
CACTTATCGGGTACCGTATATTGTACAGCAACATTTAGACTACTCCTCGT
ATACATTGACTTTATGATGTGACGAGAATGCAAAGGAACATGAATATGTT
TTAATGTATACTTGACCTCTATACTTATTTGATGATTTGCGTATATTTTG
TGGGAACATCACAATTCAGACTTTCATGTTTGTTCCAATCAAGATTGAAT
TGAATTTTTTTTCAAAAATTAAATAGTAACAGTGTTTGGTAGTGTCAATG
TAGGAGCACACAGTATTTAAATGCCACTCCCGGAATCCGTGATCAAGCAG
TAAAGAAATAGTGCGGCCTAAATCTTGAACCACATGTTAAAATGTTTTGT
GAAAGCCAGCAAGGCACAAACTTTACTGTAGGATAGTACGTTTTTATGAT
ATAAATAAGTCTGCTTTTAGATTGTACGAATGAGATTTGGAATTTTGCCC
ATTCAGTGTATAAATGTGCTTCTCTTGAGTACCCTAAGGCCTAACGTTAC
TATAGTTTCATCCACGTCGATGTCGGTCACTTTGTAGCCCATAGGCTGGA
AACTGTGCTTTGCTACCTTGAACATCATTATTGAAACAAGTTTATTGCAA
GTTCTTGCCCGTAGGCTAATTGCAAGTACATGTGACATGAAAGGACGGAC
AGACAATGGGTAACAATATAGCATGTGACTATTCTAGTCTCAATACTAGC
TCTATCTTATTTGGGTTTGACTTCTTTTCTGAGACAGTGGAAGACGAAAG
ATCCCACTTTTTCTGTAATGTGCGGGTTTCATGATGTTGAGAGGAGACAT
AGTTTTCTTTTGGTCTGTAAACATGGAGAAGTTTGGATGGAATTTGGTGG
GCTCTTTAAACAACGCTTTTCTTTCTTTCTTGATTGTAGAAAGGGAAATA
AAATGTGTTTCGTCTTCGTGTTTGACATGCAGTATCTACAAGTTCTTTAG
AACTCAAAAAGCTATGAATGGATTGATGTGAACTTTGTTGTGTGATTCGG
TCTTTACCTATTTACCGGTAAGTCATTATCAGATTTTGGAGCCCCTGCCA
TGGTTTCTCGCTAATGCAGCTGAACTTTGTTTCCGTACAAAATGTTTGTT
TGTTCATAGTGCTGTGTACCTAAACCCATGTTCAGGTTCAGGTTTGGATT
TAGATCCAGAGGTCCAGGTCTGGACCTGAACCCATGGCATATGTCTGCTA
GAAATATTTTTTAATATTTAAAATTGGCATATATTTTACATGCAATTTGA
TATGTGAAATTATATACAGTCAGTGGTAAACACGAAAATTCAGTTATAAA
CACAAAAACAGCAATGTTTTCATATCTTTCTCCATCTCAGGAGGGTTTAA
GACAAAAAGGAGAGTATAAGTGAGAGATTTTTTAAGTCCGGACTTGTTTC
CAGACGTTCAGTTTTTTTGGACTTGAATGTTAGGTCCAGTCAGGATCAGG
TCCGTGGTTAAGATACGCAGCACTATTCACACAATGATACAAATAGGGGG
GGTGGGGGTGGGTGGTCGTGGGTGCTACCTTAGATCAGTAACACATTCTT
TTTTATACATTTTATATCATTGCATTGTGCATATTTGTTTGGCCTATGCA
TCAATGTACAGGGCTCTAAATACTGTGTGCATGTGTAGCCTCCGTTGCAG
GCTTCTCCCACAGCGATTTTTCAACTTATATATATAATTATAAGGGCCTG
TGGTGATAAAGAAAGTTTTTCGAGGGCCAGTTAATTTTACTGCGAGAAGT
AATTCACAGTAATGCGAGAAGCAATTCAAAGGTTGCGTTGCACAAAGCCC
ACGTGAAGTGACGCATGCTACAAATTTTCTGAAATGTGGCCTGATGTTTC
TTTCAATTGCTGATATGTTCTGTGAATTTAGCTGTTGTTTTCTTCAAATT
GTTGTCTTCAAAGTCGTGTTGCAAATTTCTCAAATGTGGCCTGATTTTTC
TTTCTATTGCTGATATCTTCAGTGAATTCAGCTGTCGTAGCTTAGAGATC
TTAGAGGTTTTTTGTATGAAAAAGGAGACAGTCGCTGAAGTACTATCGAC
CTTTCCTGAAGTACTGCAAGAAGCATTGAAATCTTGGCATTGTTGGAAGG
GTCTTTTGGGGAATTCAAGAAGTTGATCGCTATTTATTACACTAATGTTT
GCCCTGAGTTCAGGCTTCAACGTATGGTAAATTTCACAAGACAAGCTGGA
TTCAAGCATAACAATTTAGTCTCTGATGAATTATGATACCCGCTTCTGGT
GTGGAATGTTCCTTTAATCTGTTAAGAGTGAAACATTGGAAGTCTAAGAA
AATTTGCATCACTATTTGCCTAAAGTAGATTATGTTTCAAAGTTGAATCA
CTTAAGCCCTGTTCGCGACAGAAAAAGGAAAACGGTTTGAACCGTTTCAG
GAAAGTAAGCCTTTTTTCTTGTAAACATGAAATGCTCAACGGTTTTGTTC
CTTTTTTTTCGGAACCCTCTCGCGAGGTAGTCTGTTACGGAACCTGGTTC
ACATTGATTGTTATTACGTCGTACATGAGGTCATAGTTCGCAGCGTCACT
TGTGCTTTAGTGTGGGAAAGAGTGAAAGTTGTTAGTAATACCTGTTGATC
GGATTTCGGCCGCGTTTTTTGATATAGTTAAATTTTGTAGCATCATCAGT
GCGCTAGGGGTCGCTATTGTACCATGCCTTCCTAGATGTCAGAGCAAAAA
TTTTTATGTGACCAGCGTTTGACCCAAAAAAATGATGATAGCTGGTTCAC
TGGTGTGACAATGTTGTCTCTGTGTTGCATTTTCTTCAAACTTTCTCTGG
TCTTATTGCAGATTGTCATGCAACACAGCATTGCTGCCGACTCCAGCCTG
CAGTTAACACCAGTGCAAGGAAGAGTCTCTTCCTGGAAGACGCGTGTTTA
ACAGTTAAGTTGTTCATTGTTCTGACCATATCTTCTTGAAATTTGTGCTT
TTTAAAGTTGTATGCAGAAAAAGTACTGTTCGTCAACTGAAGTAATTGGA
CTTTTCCAAGTTGACTGTACAGAATTTTTTTTATCAAAGAGTAAGAGTGC
TGGAATCAACTTTACTCACTACTGCTTTTTTTAAATTAGATTGAATCGTT
CCTTTGTAAACTAAGATAGATTATTTTGAGTCTTGCTTAACTTAACGGGG
GGTCCCCCATAACTTCAAACGTATATCTATAAGTTTGACATCGCATTGCA
CCAGTGTCGGTTGACTGAAAAGTGTTGCCTTTTGACGAATGATAAATTAG
AGTGGCGGTGTTTAAGGATTTTCTGTTGTCGACTTGATTTTACATCGTCC
ATGCATGATCTACAATCGGTAAAACCAGAAAAATGTTATGAATATAGCGT
TCCATATTGTTCCATTCTGATTAGGGTACTACAAATTTGGCATACAAATA
CCTTTGCCTCTCTTTAATTTGTCGGCACAAAGTAAACAGATGGAATGATT
TTGTGTCAACTAACTTCAGCTTCCCTGTAGTAAATAATTTTTGACCGTAC
GTAAGTCGCCACCGCTGTGACTTAGCAACTGTTTACGCCACTTGTTGCGT
TCCAAGCCATGTCAACGTTGATGATCCGTTCTTTGGTATGCCACATTGTT
ACACCGGAAACTGAAATGGTTACATTTGCATTCGGCACGGCACCACATGC
GACCAGAACGTATGCGGCAAATCTTGTTTTTCCAGTGCAAAGTTCTGACA
TATTTTAAACATCATCAATTGTTTTTAGAGCTTGCTATTCATGATTTTTT
TTTTGAGCAAGCATTGCCATTTACATTCAATAAACTTCGTGTTTCTGATA
CAGGGTATGGGTTAGGTTAGTAATACATGTTTGCAACAACAATGCGTTTA
CATTTTGTACTTGTGGAACCATGTGCAAGCCTGCCGACGGGAACTTATCA
AATGCAAGTTTATCCGACGTGTTTCAAGCTAGATTAATAAGATTTGCCGT
TTTGGAGTTGCACTAGCTAGTACTTGATTTAGACAGGGAGACCGTGAAAT
GTCAACACTGTAGCTGCATCACATTCGAATCGTGGTCAAAGGAATGGCCG
CGACGTAAAGGGGGGAGGGCGTTCAAAGCCGCCGTTATTTCGTTATTTAA
GACAAGTTTAATCGCGACATAAACTAACAAGCAGCGACATTTCTTGTGTG
TTTTGTGGAGCTTTATGCCTCATGTGTAAAACAGGAAAGTTTGCGTAACG
ATTGTTTACAGTTCTTTATGTAAGAGTGCCATTACGCAATGACCTTGCAT
CGAAGGAAGCCATTGTTTATAGCCAAATTTTCCTGGTGGCGCAAAAATCC
GTGTACAGAAATCTGTGTTTCATTCAGACGACTGCTATATGCAGAAAGTT
GGGTTCTCAGCATTTTTATTCAGGACACTAGTGGATAGAAACAAACATGT
CTCTCTTCTGCATAATAAGACAAAGCAAAACTCGTTCAAAGTTATGGTGC
TGTTGAAGTTATGGGACCCCATGTTATAATTGTAACCGTTTTTAAATTTA
TCAATATGTTGAGGTATGACACTTTTTTCTTCTTTTCATTTAGTCAAATG
TATCTAGACGGGCGACAGCAACAGACTCCAGCCGATGGGATGCAGAGAAG
AGTTTCTTCTGGCCGGGAAAGACCTGACTCCAGTCTGAAAATTTGCTGCG
ACACGGGATACAAGTCATGTCAAGTCAAGGCCTTTATTTACATTCGAAGT
GTTTTTATCATTCACATGATAATATTTTTATTGCAAGTTCATGCTCAAAG
GTACATGGAGATACATGGAAATCGAAGAAGTTATCTAGTCTACTGTGAAA
GTTCTATGGTTGACTATGGTTGGGTTTGACTTCTTTCTTTGAAGGCAGTG
GAAAATGAAGTGACCCACGTTTTTTATCGTAAGTGGGTTGATTGATTCTA
GTAGAAAGATGGATTTGTGTAAATTATTCAAATGGTGAAAGGTAGGAGAA
TCTATAGAAGCTGTTTTATATAATTTGCTTCGTTCGGCATCATATAGAGG
ACATTAGAAGATAAAATGTATTTCATTTTCCACTGCGTTTATTGTACAAA
ACAGTCACATTTTCTCGTGAGCAGGCAGCTTTTTATATCTAGTGGGTGTG
CGCTTATTGTATCTTACACACAGCTGACTGTTGGTCCAAATCTTTGTTGG
AGATATACGTTTGCCATTGAGTATTCTGTTTTGACGTTTCTATAAAATGT
TAGTCATTGATAGATAATTTGTAATGAAAACGTTAAATATATATGTCGGT
CATCCTTTTTCTTAGCAATGTACAAAATGCTGTACATGTATGTCTAGATC
GAGATTGTTGACGTTCCAGATAAAGAAGTATCCGCTATTGTAGAGTACAT
GTTTCACATGATGGTATTATATAACTGTACAGGTATAATTAAGGAGCAAA
GATTGTTTTTCTAGATTAACTTGATTTTGTGTACCGAGACCGTTAACTTT
GTGTAATGTTGAAGAACTGTTGTGCTAGAATCTTTGCTATTTGTGCTCGA
AATGCACACGACGAACTTTGTAGTAATTTCGAAAGTATTGTTCTCGATAT
CGTTGGGCTACGCTGATGTTGTTTACCGAGACTGTCAACTTTCTGTAATG
TTGAACTGTTGTGCTAGAATCTTTGCTATTTGTGCTCGAAATGCACACGA
CGAACTTTGTAGTAATTTCGAAAGTATTGTTCTCGATATTGTTGGGGTGC
GCTGATGTTGTTTACCGAGACTGTCAACTTCTGTAATGTTGAAGAACTGT
TGTGCTAGAATCTTTGTTATTTGTGCTACGAATGCACACGACGAACTTTG
TAGTAATTTCGAAAGTATTGTTCTCGATATTGTTGGGCTACGCTGATGTT
GTTTACCGAGACTGTTAACTTTCTGTAATGTTGAAGAACTGTTGTGCTAG
AATCTTTGCTATTTGTGCTACGAATGCACACGACGAACTTTGTAGTAATT
TCGAAAGTATTGTTCTCGATATTGTTGGGCTACGCTGATGTTGTTTACCG
AGACTGTTAACTTTCTGTAATGTTGAAAAACTGTTGTGCTAGAATCTTTG
CTATTTGTGCTACGAATGCACACGACAAACCATGTAGCAATTGAAAAGTA
TTATATTTAGCAATATTGTTAGACTAAGCTGATGGTGTGTACCGAGACTG
TATAATATTGTTTATTTGTGAAGATTTTACATGAAGAAGAAAATGCCCAA
AAGTTAAGATTAAATGACGATAAATGAGCTAGGCTGGTAAGCATATGCTT
GTAGGAATGTGTAGAAGCCAGGAATCTGAATTGTGTCCTTCTGCTGTAAT
ATGAGAGTACTTGATCAAGTGTGAAGACTAAATAACACTTCTGTCAAAAC
CATCAACCATCCCCAAAAAATGTCAACGGTGGCGCATAGTTTGAGCAAGG
ATACTTACTAAGTTACTTGTTCAGAAACTATATGGCACTAGCGACTTTGG
AT Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000008:1503377..1511578+ >transcript:BL79502_cuf2 ID=transcript:BL79502_cuf2|Name=transcript:BL79502_cuf2|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=369bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000008:1503377..1511578+ (Branchiostoma lanceolatum)
ATGGGACCCCATGTTATAATTGTAACCGTTTTTAAATTTATCAATATGTT
GAGGTATGACACTTTTTTCTTCTTTTCATTTAGTCAAATGTATCTAGACG
GGCGACAGCAACAGACTCCAGCCGATGGGATGCAGAGAAGAGTTTCTTCT
GGCCGGGAAAGACCTGACTCCAGTCTGAAAATTTGCTGCGACACGGGATA
CAAGTCATGTCAAGTCAAGGCCTTTATTTACATTCGAAGTGTTTTTATCA
TTCACATGATAATATTTTTATTGCAAGTTCATGCTCAAAGGTACATGGAG
ATACATGGAAATCGAAGAAGTTATCTAGTCTACTGTGAAAGTTCTATGGT
TGACTATGGTTGGGTTTGA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| Sc0000008 | genome | Sc0000008:1503377..1511578 + |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Transcript id | BL79502_cuf2 |
| Biotype | protein_coding |
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