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Sequence
The following sequences are available for this feature:
protein sequence of transcript:BL96259_cuf0 >transcript:BL96259_cuf0-protein ID=transcript:BL96259_cuf0-protein|Name=transcript:BL96259_cuf0|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=polypeptide|length=144bp
MFGKLLLSTAVMFTIICGTNSQGVPGDAQKIIFPAPRGTDNHARLETTLS
EELTSFTLCLHMRSNMTSSHKIGLVSYAVPEHHNELLLYVNGGFNLYIQN
FKKMGDPAVWDGEWHAICTTWRSSDGVWQLYADGVLKGGGSGFN Run BLAST on NCBI mRNA from alignment at Sc0000381:144683..152599+ Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >transcript:BL96259_cuf0 ID=transcript:BL96259_cuf0|Name=transcript:BL96259_cuf0|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=7917bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000381:144683..152599+ (Branchiostoma lanceolatum)
CATACTGGTGTATTTCTAATTTGATATTCTTCTAACACGAACCACTTTTA
ACTCGGAGTGAAGACAGAACAGACCGTAAGTTGAGGTTCTCACCAAGACT
GTGGCCTACGTTTCATACTAAGTCGTGCGGTAAGCTAGTTGTTTGATTTT
TTTTCTTAATGCAACGGAATTTTATTGGGATATCTGTAGTTCCTGTAATT
TCCCATAGTCTTATTCCATTTTGACAACATTGCATTTGGCGTTTGTGCCA
GGGTTCATATGTCGTGCAACATGCCGATTGAGCAAGAATTTTCACATGAC
AGTTCTTAACAACTTAAAAGATATCTAAAGGAGCATGATTAAGAACAATC
GTTATATATCCGTATCTCGAGTGTCAAAGACAAGTTTCTTATATCGGAAA
TACGACACTGAGTATGACTATGACTGTGAGGCGCATATAAAGTGTCGAAT
CGTCAATACCAACTTGGGAGTGTGCGATATATTAAGTCTATTGCTATTGT
TGCACAGACCTCGACACAACAGAAATGTTTGGGAAACTACTGCTGTCCAC
TGCTGTGATGTTTACCATCATTTGCGGAACCAATTCTCAAGGTGCGTAGA
ATTTTTTTTTCACGTTTAATATGGCATCGCCCTGTTAATTCTTGTTTTGC
AATTTTGTTTGAAATTTGATGTTAATTATTAAAGCAAAAGGACCACTCAA
AAGATTTATAAATAGATAAATGGATAGAGAGGGACACTAACCGCAGTATA
CGTTCTGATTTAGATTAATAAGCATTTTGCGATAATGTTCGGGTCCCATA
GACATATTCGCATAATGTATTTCTGTTAACCATGTAGAGTAACTTACCTT
CGATGGCTATCTAGCAAAATTTCAAACAATTTCTTCCATACTTCTTAGCA
ACGGTTGCTTGTGATAATGCTACCTACAACTCTAACCTTGTGTCATACGC
CATAAGATGGTTTACCGGGTATGTAGTACAAACGAACAGAATATGATATA
AATACCAGTGTCCTGATATTTTTCAGATAGAATACATACATTCAGTATTT
GTCAGGGACATAAATGGAAGCAAAAAACTAAATTTCCCAGGGCTAACCTT
AGAAAAACCCTCCCGGAACCATCCATGTTTATAGGTTATATTATGGCAAA
TGAAAGCTGTACGTACAGGGCACTATCCGCAGGTGGAAAAAATCAATTCC
ATGAGTTTGTTTTTGTTCACGTCTTACAACTTCTGCGAAATTTTTAAGGA
GATTGACCCATGTTTGTAGGAGTTATACTCTAAAGTTTGTGTTGTCCGCT
GGGGTCCAAACGGCCGATTTTGCATCATCTATTACGTATGAGGAAAGAAA
CTGTCTAATAATAGAAATTTGCTATTATTGCTACTATAGCAACACGTTAT
TAGTGCGTAGAAAAGTAAGATACCGACTTCTTATAAGTATTGATATAGCA
TTTTAGTTTAAAACGCGTTCTTAGCCATTTGTATGATTTATGAAATTGGA
ACAAATGAGTACAATATTTTACACTCAAAAGATGTCAGAATTTCCCTAAT
AGATTAATTGAACAATATATATCAACACAAATCACAAAAGTAGGCAACAA
AATATTCTTTGTGATGAAAATTGACGAGGGTGTATTAAAGTATCTGTCTA
GTTGGCAGGCTATGATGCCTAACTGAATAATACATTCTTTATTTTTGTTT
TACATAAATTCTTATATTCCCAATTCGATAACATTTTCGTGCTATCATTA
TGCTTTGGGAAACGATATTATTGTTAATGAAATAATAGAACATTGAAACC
GTTGGAATAAGGGGAGCATTTTAAAGCAAAATGCAGGTTCTCCTAATTTT
CTGCATATATTTTGATAAAAAGCATTAATCATTAACACCAGAACTTTAAA
AATATTCCCCATAAATTATTGAAATAGTACATGTACAATACGTACAAAAA
GATCCAGCAGAATTTTGTCCATGAGCAAAATGAAATATGGTGTCCGCTTG
AACCCTTTTCGTACAGATTCGTCCCAAATATATATCGGTCGAATGAGAGT
TATTTCAGAAAATTAGGAGAACCTGCATTTTTCTTTAAAATACTCCCCTT
ATTCCAACAGTTTCAATGTTCTATTATTTCATTAACAATAATATTGCTTC
CCAAAGCATAATGATAGCACGAAAATGTTATCGAATTGGGAATATAAGAA
TTTATGTAAATCATATCATTCAAGGTACCTTTAAAACGACAATTTGTTAA
TCTTTTCTTTCCTTCCCTTTCTTTGGAGTAGTACATTGTAAATTGCGTTA
TGATCAATTTGGTCAAGTCCCATTATAATAATCGTTAATTTTAATCGATG
TTATTTCAATTTTTCAGTTTGGTCTTGTTTATCTTTAGTTTTTTATACAT
ACGCCATCATGTTATTCAGAAGTGAAATGAGAACATCTGCTTGCTCGCTT
ATCACTCATCCCTCGACTTTAATGCCATTGAAAACAACAATGTTCTTCTT
TATTTGTTTTTGATTCCATGCAGTTCAATTTACTGTGTGTTAACTCCATT
GTTGTAGACAGAGATTTACTTCTTTTGCTGCTTCAAGTTTCTTGTATTTC
CGTCAGTTAGAACATTAAGGTTATCGAGGTCATCCCAAAACATCCTCTTT
AATTCAGAGAGTCTGCTCTTGAGATCTTGTTTTTTTTTTCCATCCTCTGG
TTCGTTGATTAAAAATCCAGGATCTTGACCCAGGGTCCAAGGCCGTCAAC
TGATTTAGGAAGTGCTCATTTGCCTTGGCCTTGAAGTAGTTTGAGTGGTG
AATTGCCCACCATGACTGCATAAACACATACAAATCCCAGGCTGTCTAGA
AGCTGGAAATACAAGCAGGATTCTGTCCTCTCCCCGCGGCAGCTAGCGGT
TACGGGCGGCTGACTAGAAGCGCGATTAAAATCAGGCTAATTTGATAGCC
TCCACCAGGCCCTCTTACGGGCGAATGAATCGTAGCATTCGGCAGAAAAA
GGAATAATTAGCCAGTAGAGTCAGTCCACAGTGAATATCACATTTCGCCC
GTAACGGAGCCTGCAAGTGAAACCCTGGCGTAGTTAGTCTGGTAGAGACC
ACTAATTTAACACCATGCAGCATCTGAAGGAAAAAGTGTTAATTTAGACT
TATTTCAGTACCGTCAATTGTTGTTTCTTTTATTTTAGGTGTACCAGGTG
ACGCACAGAAGATAATCTTCCCTGCTCCAAGAGGCACCGATAACCACGCC
AGGCTGGAAACCACACTGTCTGAAGAGTTGACGAGCTTTACCCTATGTCT
GCACATGCGCTCCAACATGACCTCAAGCCATAAAATCGGCTTGGTCAGCT
ACGCAGTGCCCGAACATCACAACGAGCTTTTGTTGTATGTCAATGGTGGA
TTTAACGTAAGTAAAGATTATTTTTGACATTGAACCTTCGGGAATATTCC
GAGCTGTTGTATTGCTTGTTGATGCCAGATGTGTATTCAAACTGACCATT
GCAAAGAGTTTTGCAGCCTATATTGTACACATCCAGGCATATGCCAAGCA
TAAGAAGGCATTTTTCTCCGTTTAAAAATATGAATTATTGTATGATAAGT
AGGAGTTTGAAGAATCTTTCCATAATCCTTTACTATCGCTGTAAAGTAGC
AGTCATCAACTTGCAACCTACCCCCAGTAGTCTTTTGCACAGCGTTATAA
AGTGTCCTAGAAAAGTAATGTTCATATTGAAATACCTTATTTTGTCATTG
TTATCCCTTCTCTGTTGGCATACTTTAATTATTTGCCAGAAATAGTTTAA
CAGGTTTTACTTGAAAAAAAAAAGGTTGGAACTTAGTCAAGTCAAGTTAA
AGCCTTGATCTTAACTGATCGGTTTCTTAGATATACCACTTGCTTGTTGA
TGCAGATCCGAAGAAGCTGTCCATGTCTTGTGATAATTGCTACTAAAAAA
ACTAATGTTATTGTCGATTTTTTATTGTTCTTTAGTTGTACATACAAAAT
TTCAAGAAAATGGGGGACCCGGCCGTTTGGGACGGCGAGTGGCACGCCAT
ATGTACCACTTGGCGCAGCAGCGATGGAGTTTGGCAGCTCTACGCTGACG
GTGTGCTGAAGGGTGGCGGCTCGGGGTTTAACGTGGGAGGAAAGGTGCGC
AGTGGTGGGGCATGGATCCTCGGACAGGACCAAGACATTGTGGGGGGAGG
ATTCGACGCCAATCAAGCGTTCGTTGGAGAACTGTCGGAAGTGAACCTCT
GGGACCGCGTTCTGTCTCCGGCAGAAATAGGAGCGGACTGGGCGGCGCTC
TGTGATCTCCATGGCAACGTGATCGACTGGGACACAACTAACATTGAAGT
TTTCGGGGAAACAAGCAGGGCAGAATATCAATGCAGTGAGTAGGCTCCAC
GCTCCTCATAAATATTATATATTTAACAATGGTTATGTGTATAATATCAC
AGTACTAGTACTGTACATCTAATGCACATTTTAGTTACATTATGCTGGTG
TTTTTTCAAGGTAAATTGTACATTGTGGTATTGAGAAAATTAATCTCTTA
TCCTGGGATCATTGCTAATCTAAAGCCCCCCCTATCACTGGACCCGCGGT
ACGCTGACGGCGTCGCTGCGGCCGATCGAATTTACAAAGGACTCAACAAA
TTTCTTCGACAAAAAAACGAATCTTTCTATATAGTAAGCTTTGTGTGTTT
TGTTGTATTTTTGGTAATATCTGTACGATTTTAATGATATCCCCATTATA
AAGTCACGGGTAACATAAATCCAGTTTAAGACATTCATGATGAGAAAACA
AACTATCACAATCTCTTACATTAGTTTTTTTTTTTGTTTTTCCTTGTTTC
TAACATGTTATTTTCATGACGCTCATCTAAAAGAAGGGGCCTTTAATGTT
AATTCTAATTAATCGGTATAGTTGTGCTCAATTTAATCGCAAAGTCTTCC
GCCAATGACATTTAGGTGTCAAAACATTACAGGCCAAATTGACCTTAATA
TCTAAAATTGCAATATACTAGTAACGATTGTAGTAGCTTGATATCAACAT
TTAAAAAAAAGCATAATTGAAGATTTGTCGTTAGCATTTGTATCTTTGAA
AGAATCACACACAGTCTCCTTTTTTTCAGTTGCAGCAGGATCAAAGGTTG
ATAACAACATACCAGGCGACGCACAGAAGATAATCTTCCCTGCTCCAAGA
GGCACCGATAACCACGCCACGCTAAAAACCACACTGTCTGAGGAGTTGAC
GAGCTTTACTCTTTGTCTGCACATGCGCTCCAACATGACCTCAAGCCATA
AAATCGGCTTGGTCAGTTATGCAGTGCCGGAACATCACAATGAGCTTCTC
CTGTATGTTAACGGTGGATTTAACGTAAGTAAAATCTTATTCGACATTGA
ACCATTGGCAAATTATCGTACTGTTGTATTTCATGATAAGTTAATGCCGG
ATTTGTAGGCAAAATGACCAATGCAAAGGGTTTTGTGGGTTGTCCATATA
GTTTAGGTTGACGTAAAATGACTTTCTTATCCCTAGTCAAGAAGGAGAAT
TTANTGTCCATATAGTTTAGGTTGACGTAAAATGACTTTCTTATCCCTGG
TCAAGAAGGAGAATTTACTTTTCTGTGTATTGAAATGTGAAAATATCCGA
AAAATAGGAGCTCGAAGAATCTTGTCAGAATTCTTGCTGTAAAGTAGCAG
TCAACTGGCAGCTTCTACCACAATCAGTCATGTGTACACAGTATTATACA
TTGCTCCTAGCAAGGCAAAGTACACATTAAAATACCAAATTATGTCATTG
TTATACCGTTTCTGTTGGCATACTTTGATTGCTTGCCAGGAATAGTTTAA
CAGATTTAACTTAAAAAAAAGCAGGTTGGTAATTAACTGATTGTTTTGCT
AGATATACCACTGTCTTGTTGATGAAGTTTCGAAGAAGCTGTCCACGTCT
TGTTCTCACGGCTACTATAAAAACTCACCTAATCGATAATGTTTTTGTTT
TTTTTTAATTCTTTTACAGTTATACATTCAAAATTTCAAGAAAATGGGGG
ACCCGGCCGTTTGGGACGGCGAGTGGCACGCCATATGTACCACTTGGCGC
AGCAGCGATGGAGTTTGGCAGCTCTACGCTGACGGCGTTCTGAAGGGTGG
TGGCTCGGGGTTTAACGTGGGAGGAAAGGTGCGCAGTGGTGGGGCATGGA
TCCTCGGACAGGACCAAGACATTGTGGGGGGAGGATTCGACGCCAATCAA
GCGTTCGTTGGAGAACTGTCGGAAGTGAACCTCTGGGACCGCGTTCTGTC
TCCGGCAGAAATAGGAGCGGACTGGGCGGCGCTCTGTGATCTCCATGGCA
ACGTGATCGACTGGGACACAACTAACATTGAAGTTTTCGGGGAAACAAGC
AGGGCAGAATATCAATGCAGTGAGTAGGCTCCACGCTCCTCATAAATATT
ATGTATTTAACAATGGTTATGTGTATAATATCACAGTACTAGTACTGTAC
ATGTATTGTACATTTTAGTTACATTATGCTGGTGTTTTTTGGAGGTAAAT
TGTACATTGTAGTATTGAGAAAATGAATTCCTTATCCTGGGATCATTGCT
AATCTAAGCTACATTATCATTCATGATGAGAAAACAAACGATCACAATCT
CTTACATTATTTATTTTCTTGTTTCTAACATGTGATTTTCCTGACGCTCA
TCTAAAGGAAAGGGAATTTAATGTTAATTCTAATTAATCGGTATAGTTGT
GCTCAATTTAGTCGCAAAGTCTTCCACTAATAAATTTAGTTGTTAAAACA
TTACAGGCCAAATTGACCTTAATATCTAAAATTGCAATATAATAATTTTA
GTAACTTGATACCAACTTAAAAAAAAGCATAATTGAAGATTTCTCGTTAT
CATTTGTATCTTCGAAAGGATCACACACACAGTCTTCTTTTTTTCAGTTG
CAGCAGGATCAAAGGCTGATGACTACACACCAGGCGACGCACAGAAGATA
ATCTTCCCTGCTCCAAGAGGCACCGATAACCACGCCACGCTAAAAACCAC
ACTGTCTGAGGAGTTGACGAGCTTTACTCTTTGTCTGCACATGCGCTCCA
ACATGACCTCAAGCCATAAAATCGGCTTGGTCAGTTATGCAGTGCCGGAA
CATCACAATGAGCTTCTCCTGTATGTTAACGGTGGATTTAACGTAAGTAA
AATCTTATTCGACATTGAACCATTGGCAAATTATCGTACTGTTGTATTTC
ATGATAAGTTAATGCCGGATTTGTAGGCAAAATGACCAATGCAAAGGGTT
TTGTGGGTTGTCCATATAGTTTAGGTTGACGTAAAATGACTTTCTTATCC
CTAGTCAAGAAGGAGAATTTACTTTTCTGTGTATTGAAATGTGAAAATAT
CCGAAAAATAGGAGCTCGAAGAATCTTGTCAGAATTCTTGCTGTAACGTA
GCAGTCAACTTGCAGCTTTTACCCCAGTCAGTCATTTTTGCATTTGCATT
ATACATTTTTTCTAGCAAGGCAATATACACATTAAAACACCAAATTATGT
CATTGTTATACCGTTTCTGTAGGCATACTTCGATTGCTTGCCAGGAATAA
TTTAACAAACTTTACTTAAAAAAACAACAGGTTGGTAATTAACCGATTGT
TTTGCTAGATATACCACTTTCTCGTTGATGAAGTTTCGAAGAAGCTGTCC
ACGTCTTGTTCTCACGGCTACTATAAAAACTCACCTAATCGATAATGTTT
TTTTAATACTTCTTTTACAGTTATACATACAAAATTTCAAGAAAATGGGG
GACCCAGCCGTTTGGGACGGCGAGTGGCACGCCATATGTACCACTTGGCG
CAGCAGCGATGGAGTTTGGCAGCTCTACGCTGACGGCGTTCTGAAAGGTG
GCGGCTCGGGGTTTAAC Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000381:144683..152599+ >transcript:BL96259_cuf0 ID=transcript:BL96259_cuf0|Name=transcript:BL96259_cuf0|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=432bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000381:144683..152599+ (Branchiostoma lanceolatum)
ATGTTTGGGAAACTACTGCTGTCCACTGCTGTGATGTTTACCATCATTTG
CGGAACCAATTCTCAAGGTGTACCAGGTGACGCACAGAAGATAATCTTCC
CTGCTCCAAGAGGCACCGATAACCACGCCAGGCTGGAAACCACACTGTCT
GAAGAGTTGACGAGCTTTACCCTATGTCTGCACATGCGCTCCAACATGAC
CTCAAGCCATAAAATCGGCTTGGTCAGCTACGCAGTGCCCGAACATCACA
ACGAGCTTTTGTTGTATGTCAATGGTGGATTTAACTTATACATACAAAAT
TTCAAGAAAATGGGGGACCCAGCCGTTTGGGACGGCGAGTGGCACGCCAT
ATGTACCACTTGGCGCAGCAGCGATGGAGTTTGGCAGCTCTACGCTGACG
GCGTTCTGAAAGGTGGCGGCTCGGGGTTTAAC
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| Sc0000381 | genome | Sc0000381:144683..152599 + |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Transcript id | BL96259_cuf0 |
| Biotype | protein_coding |
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