transcript:BL96996_cuf13 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview
Nametranscript:BL96996_cuf13
Unique Nametranscript:BL96996_cuf13
TypemRNA
OrganismBranchiostoma lanceolatum (Amphioxus)



Sequence
The following sequences are available for this feature:

protein sequence of transcript:BL96996_cuf13

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Run BLAST on NCBI

mRNA from alignment at Sc0000004:6751686..6768931-

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
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TGAATATTGCTGCATTTCTTTCTTTATCAAACTTCCCCTATTACAAACAA ATCAGGTGATTCTTAAATCTGCTCTCACTACCAGTTGTCTCCCCCATATT TTTTCACTTTAACTTTATAACCAATGAAGGTTAAGAGTTAAAAGTTGATT TAACTCAAACTTTCTGAATAATATCAGCAAATATTTGGGAATCCTAGAAA ACTAATGCTAAGAAGATATAAATGTTCGGGATACTTTTAAGATTTGTATT TGGAGCAAATTGATACGAATCCAGATTTTTGGATTTGTTGCATATTTGAC ATTTTTACATTTAATCCAAAAGTGTGTCTTGCTAACATTTGTACTGTCAG CATTTAATCATTATCTTTATTCATCATAATATGTTCTCTTGAATTGACAA CCTTCCTTTCTCCACAGACATAGACTCGACCTTCCAGCAGCACCCCTCCA GCCTGACCGCCATTGAGCTGACCCCTGTGACCTTGACCTGTCAACCCCCC TCCAGCCACCCCCCTGCCATCGTCACCTGGTACCATGACAACCGCCTGGT TGCCGAGGACAACAGGGTCATTGTCATGACGACTGGTGACCTGCGGTTTA TGTATGTGATGGAGGAGGATGCCGGGGAGTATTTCTGTTCCGCCCAGAAC ACGATCATCGGACGGTCCGTGGTCTCAAACAGAGCACAGCTGACTGTTAC AGGTGATGCTTCAAGTACTGTAAAAGGATTTTAGTTGGCAGGAATTTGAT TTCGTAAACCTGCCTTCAAGTTGGTGGAATGGCCTAATACATATCAACAG CTAAAAATGTTGAAAAAATTTCCATGTTTTGCCCTTAGTATTTCAGTTCA GCAACCCGCTTAGCAAATGACCTACATCTAGAAACACTTGGAATTAAGAG ATGGCAAACTTTATCCACACTGCTTTGTCAGACCCTTCCAGTCCCACATA 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Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000004:6751686..6768931-

>transcript:BL96996_cuf13 ID=transcript:BL96996_cuf13|Name=transcript:BL96996_cuf13|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=1452bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000004:6751686..6768931- (Branchiostoma lanceolatum)
ATGTTACCTCAGGCACCAGAAAGGAGCCTTCCGGCTACACTAGTGGTGGA
GGCAACCCCCATCCCCACCAATGAAACTACAGCCCCGGCAGTGATCCTAG
AAGGCCCCGCTAACACCACGGTGGCGGAGGGCACCACTGCAGTTTTACAG
TGTACAGCAGCAGGGACTGGTCCCCTGGAGCTGCAGTGGTTCAAGGATGG
AGTGCTAGTCAGCAATGATTCGTCTATACAGAGATTCATCCTATCAGACG
GCAGCCTGATGTTCAGCAGTGTGCAGACGTCTGACGCCGGCAGCTACCAC
TGCACAGTACAGAACCCTTACGGCAACGCCACAAGTGACGTGGCACACCT
GTCCATAGCTTACATAGACTCGACCTTCCAGCAGCACCCCTCCAGCCTGA
CCGCCATTGAGCTGACCCCTGTGACCTTGACCTGTCAACCCCCCTCCAGC
CACCCCCCTGCCATCGTCACCTGGTACCATGACAACCGCCTGGTTGCCGA
GGACAACAGGGTCATTGTCATGACGACTGGTGACCTGCGGTTTATGTATG
TGATGGAGGAGGATGCCGGGGAGTATTTCTGTTCCGCCCAGAACACGATC
ATCGGACGGTCCGTGGTCTCAAACAGAGCACAGCTGACTGTTACAGTTCC
GCCGATGTTCACCGTCCATCCTGCGGACACAAGCGCTACTCTGTACGACA
CAGCTCAGCTGACCTGTCGCGCCCAGGGGTCGCCCGCGCCCGCCATCACG
TGGTACAAGGACTCCGCGCAACTTGCCGCCAGCGCTAGGATCACGTTTAG
CCAGAACAACGAGCTGCTGACCATCACGAACGTCCAGCGGACTGACCAGG
GTGCGTACTACTGCCAGGCCAGCAGCAGTCTGGGGACGGTCAGGAGCAAC
GGGGGAACTCTGGACATCAACATCCTGCCAGGTATCAGTGTGGGACCAGG
TGACGGGACAGGTGAGATCTACGTGCCCCGAGGTGACCACGCCCTGCTCA
GGTGTGCAGCTGCAGGTGACCCCCACCCGACGCTCACCTGGTACAAGGAC
GGACAGCTGCTGAATGTGACACCTGGAGACACACACTACAGGATCACATC
AGAAGGGCTGGAGATCCTGGGAGTGACAGATGCAGACGAGGGCTCCTACA
CGTGTCGGGCCGAGAGTTCAGCTGGGTTCACGGAGTCTACTGGAACACTC
CGGGTGCAAGTTCCTGCAGAGATCACGACCCCTCCAGTAAACCAGACGGT
CAACGTTGGGGACCCCGCCACGTTCCACTGTGTGGCAACCGGCACGCCCG
TTCCCATGGTAACCTGGCTGTTCGACGGCGGCCCTTCTGGCACACAGCAG
CCCCAGAACGCTTACCTGCAGTTCCCGTCGGTGGCGCTAGGGCACATGGG
AAGGTACACCTGTGTGGCGAGGAACCTGCCGGACAGACAGGACCAGGCGG
AC
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
gene:BL96996gene:BL96996Branchiostoma lanceolatumgene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
transcript:BL96996_cuf13transcript:BL96996_cuf13-proteinBranchiostoma lanceolatumpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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BL96996_cuf13-E2BL96996_cuf13-E2-1564476830-56046Branchiostoma lanceolatumexon
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BL96996_cuf13-E4BL96996_cuf13-E4-1564476830-56042Branchiostoma lanceolatumexon
BL96996_cuf13-E5BL96996_cuf13-E5-1564476830-56040Branchiostoma lanceolatumexon
BL96996_cuf13-E6BL96996_cuf13-E6-1564476830-56038Branchiostoma lanceolatumexon
BL96996_cuf13-E7BL96996_cuf13-E7-1564476830-56035Branchiostoma lanceolatumexon
BL96996_cuf13-E8BL96996_cuf13-E8-1564476830-56033Branchiostoma lanceolatumexon
BL96996_cuf13-E9BL96996_cuf13-E9-1564476830-56031Branchiostoma lanceolatumexon
BL96996_cuf13-E10BL96996_cuf13-E10-1564476830-56029Branchiostoma lanceolatumexon
BL96996_cuf13-E11BL96996_cuf13-E11-1564476830-56027Branchiostoma lanceolatumexon
BL96996_cuf13-E12BL96996_cuf13-E12-1564476830-56025Branchiostoma lanceolatumexon
BL96996_cuf13-E13BL96996_cuf13-E13-1564476830-56023Branchiostoma lanceolatumexon
BL96996_cuf13-E14BL96996_cuf13-E14-1564476830-56021Branchiostoma lanceolatumexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
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Properties
Property NameValue
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Biotypeprotein_coding