XLOC_004516 (gene) - C. hemisphaerica

Overview
NameXLOC_004516
Unique NameXLOC_004516
Typegene
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

gene from alignment at sc0000081:56575..96839-

Legend: gene
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>XLOC_004516 ID=XLOC_004516|Name=XLOC_004516|organism=Clytia hemisphaerica|type=gene|length=40265bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000081:56575..96839- (Clytia hemisphaerica)
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TTTTATCTGCAGTAAAATCCAACACAGCAAAGGAGAACCTAGAATTACGA AGTATCATAANTTTATCTGCAGTAAAATCCAACACAGCAAAGGAGAACCT AGAATTGCGAAGTATCATAAAACACATTTGGCCTCGAACAAATGAGAAAA TTCTGAATAAAGTTATCCCCAAACCAGACTGTAAGTTCTACCATTCGTTT TTTATTCTTTTGTCTTTGCTACCCTTTTTACTTGTTATGCTTGTTAATTA TTTTTGTACCCAAATTAGCAGGTGCCAATAAGGGCTTTGGTCGTTTTGAT ATTCCCTTATCATATTATTTACTGCGAAATTTGATGCAATGATCCCTTTC AATGTTGCCAATTTTAGTTCAGTTTGAATTACCTTGAGGGGAAAAATCTT AGAGTCATCACGTTTCCCTATGACATTATCAGGGGNTTACCTTGAGGGGA AAAATCTTAGAGTCATCACGTTTCCCTATGACGTTATCAGGGAAAAAAAG TCAGGATTCTTTCTAAGTTGGGAAAAAGTTACCTTAAAAAGTTGTGTTGG CATCCAGTTCAAATTGACTTGGACTATGGCACTGCAATATCCACCACCCT ATTTTCCGCGGTAGAGTTTTAATTGATCTACCTTATCTGTCAAAACTTAG TCGGCCTTAATTATTATTCGACTCTAATTTTAGTCACCTCGTCAAAATAT AGTCACTAAGGGCCGCCTAAGCGGTTCTATTTACAGTTAATTTGGATCTA ATTTTTAGTCGGCCGTAATTTTTAGTCGGCCCTAATTTTTAGTCGGCCCT AATTTTAGTCATCAAGCCAAAATTTAGTCACTAAGGGCCGCCTAAGCGGT TCTATTTACAGCTAATTTGGATCTAATTTTTAGTCGGCCGTAATTTTTAG TCGGCCCTCTAATTTTAGTCACCAAGCCAAAATTTAGTCACTTAGGGCCG ACTAAGTTTTGGCCGATAAGGTATTTAAATTATCACGAGGAAAAAAAATT AAGATTTGCTGTCAAGTTCCCCGTCACTGAGTCTCTTAGAAGCAGGCCAT AAATTTTTCCAATAATAACTGACTTTACCTCGTTTTTCTGTTGTTTTTTT TTCAGCCGAAGAAGGCATAACCGTGGGCAAGTTCTACGCCACTTTCTTAA TTCAAGAATACTTCCGTCGCTTCAAAAAGAAACGACAAGACGAACGACGT CGTCGAAATGCTGACTCAACAGTTTCACTCAAGGTACGTTTTTTTCGATG CGTTGGTATTCTGTGGTATTTAGTATTTAGATAACACTACAGATCTCTCC TCATTTCAAAGAATTTATTTCGTGAAGGAGGAAATCTTGTATAGACAGGA TTGAACACCTCGCAAATGTTTTTTTTTAGAGCTAGCATAAAGCTGTATAT GAATTACAATTCCTTAAAAGATTTGCCATTTGATTTTAGAATCCCTTATC GGCCCTTTTAACGTCGGTCCTTATTGTTGTTACTTTTTGTCGCTGGCCTA ATAATGGCCGGTGCTAAATTACGGACCGGCGTATAAAGTGCCGATAAGGT AAATAGGCGCAAAAGACGACGAATTTGTCTTTCTCTTGCAGGCTGGTTTA CGCACCATACAAGACATTGGTCCCAAATTGAGGCGTAAATTGTCCGGAGA AATTGCTGAGAATCCCGAAGAAGAAGGAAGACTTGAAAAAGAGGTACTGA CCTAATTTGTATTGAGAAACTTTCCGGAAAGTCTTGAGAAAGACTTTCTG CGAAGTGAGATCGAATTAGAGAAGGAAGCTAATCGCCGGGATTAACTAAT CGAAATTTAATAACGATTAGCGGTAATCGGGATTTAATCTGATCGACTTT TGAACAACCGGGCCCTGCGGAATGTTCCCAATCTAAACTAACGAAACATA AAAATTATTGAATTTTTTTAGCTTTTTATAAATGCTTTCAAGCTCACCGA CCTCTAATTTACTCGCTTTTCAGAATAAGCGGAAGAGCTTTATGGACAGT TTCCGACGTTCTTTGGTGTTTGGTGAAGCGGACAAGAAGCGTTCAGCATT TAGTAAACAAAAGGAGGATAGAAGCCAAATGGAGCAACCATTATTGAATG TTTCAATGAGTTCTGATGACATGAAAAGACATTCGTATCATGGTTCAAGT TCGTATGATAAATCGTCGTTTGAAGACTCTTCTGCTGACCCAGCGGTAAG GCTCTTCCTCAGTGTCCAAAACTTCTTCTTTCTCAGATGAATTTCCGTCT CAGTGAAGTAAATAAAGAGGTATTTCTATCTCAAAATTCTGTATAATTCG CCGAAATTTCAAGCTTATATGCTAAATTTCTATTTAAAATCCGTTTTCCG TCTCATACGAAAAACCTTGGTTTGACCACTGCAGTCTACGTTAACGAAAA ATATTTTCTAAATTTTGAGAGTTCTTAGTCGGGTTGTGATGCTAAGAAGG ATTTGCAAGTAAATACTTTCAGAGTTTTAGAATCTTTTCGCAGACTATGT GTTTTTCCTTTGATCATTCAATTAACTTTGATTGTTACGGTTTGAGGTTC GAATCAAGTCCAAGATCACAGGAATAAGATCGCATAATTCTAATGTGTAT GGTTTAGGGTCTTTCTACATTAACCCGCTGCAGAGAATATTTGATAATTT TAAGACATTACTCTTTCCTTTTGGGGAACGAGAAGTGAAGTGTGTCCACG TTTTAGAGCAATTTAATGGAGGTCTGTTAGCATTGCTAAAGCTACGTACC ATCGGATGTCTCCGATATGAAAAATGACGAAAGACGTAATCTTAACTTAC GCATATTAAGAATTGAGGCTGTATTGATTTAATAATTTATTGTACAGAGG ATGTTAAAGTGCTTTTATCTTCATCTTTTCATTTTAGGGTAATGACCGTA TCGGTGTTGGACAGAAATTCATGAATAAAATGACACCTTGGAAGAAACCG AAGTCAGATAATGATCTTTCCGATGTTAAAGTACAAGAACAGCGGAACGC AACGCGGAACTATCCGATTCCGGATATAGTTGTCCGGCAGCCGAAAGAAG AAGAGAAAGACTTTAATAAATTTCGTCGGCCATCTTTAAAACTTTTGCCA CCGTCAAGTACTATTGATCAGAATTCTGATAATGATAATATGTCGGTAGT TTCCGAGACTTCTAGTTATACGGGTGATCGTAAAGACGGAACTACTAGTC CGTATTGAGAGAGTATTTTTTGATGTGCTAAATTGGGCTTCAACTACCCT TGAGAATGCAGTTGTCATTATATTTGCAGTGTGAATTTGCTGGATGGAAA TTTTTGCGAATTTTTCGAATGAATCAATGGATTAAGAAAATCTCAGTTTG TGAATGAATGATTGACAGAAGTACGGAAAATTAAATTTCTACCGGTACTG CAGCAATCTCAATGTCGTTTCATCGGACGAATTCTTTTTTGGAGTTCGCC AAATTTTCCAACAGGTGTCCCATCAAACCTATTTGTCGGCTCCTCGAAGC CGCGTCGCATTTTGGTGCCAGTTCAACGGAACGAGACTACAATCAGAGCA GGCGACTCGCATCCAAGTTGAACGGATAAAGCGATAAAAAACATCACCTG ATTCCTTGGATTTTTATGAAAGACAGGAGATGCATAGAATGAGAGAAAGA CACTCTACGATGAATAAAGTTTGAATACCAATGTACGGCTTAGTATGAAA GAGTGCACGAAAATTCTCTGTCCACGAATGATTGATGGAATGAATGCGCG AATTTATTTTGTATTTTATATATATAGTATTTTAGTTTTATTTGACATTT TTTTCTAAAAGACATGCCTGGATCTCCATACTACTATTGTACAACTTTTT TTGTTTTAAAAGATAAAGAATTTAGATACCTATACCTCATCTGTATACAA AGAAAAAGAATTTAGGAATGTGAATCATCTTTATATATTATTTGTTGTTT ATTATTATAAAATATTAATATTATTTGTCTCTCCCCATTCCCCTTATATT TTTTATTGCTTCTTCCGTTTGTTCCACTGAAAAGGCTCTTGGCAATATTA GGAACCATCTACTTGCAAATGATAGATCGGAGCTATTTTCTTTCGTAATA CTGTTCAGGCTAGCAATGTTTGTACTTTGTACCACAGTGTATCTCTCGTA AAACTTAGCCGTGTT
Gene-mRNA-Prot
The following transcript feature(s) are a part of this gene:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00008022TCONS_00008022Clytia hemisphaericatranscript
TCONS_00008021TCONS_00008021Clytia hemisphaericatranscript
TCONS_00008020TCONS_00008020Clytia hemisphaericatranscript
TCONS_00008019TCONS_00008019Clytia hemisphaericatranscript
The following polypeptide feature(s) derives from this gene:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00008021-proteinTCONS_00008021-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000081supercontigsc0000081:56575..96839 -
Orthologs
The following orthologs are found for this feature:
Ortholog NameDescriptionOrganism
CACNA1Svoltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S Homo Sapiens
CACNA1DPREDICTED: voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1D isoform X1 Homo Sapiens
CACNA1Cvoltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C isoform 1 Homo Sapiens
CACNA1Fvoltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1F isoform 1 Homo Sapiens
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
5.13 5.27 3.02 2.17 45.9 32.7 27.12 30.7 20.45 25.55 22.34 16.89 29.64 26.59 8.15 9.76 42.83 53.71 33.96 38.96 47.38 46.18 19.42 24.68 39.41 39.27 17.05 13.17 18.8 16.75