TCONS_00008157 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00008157
Unique NameTCONS_00008157
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2013

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00008157 ID=TCONS_00008157|Name=TCONS_00008157|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2013bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000082:203578..224616-

Legend: exon
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>TCONS_00008157 ID=TCONS_00008157|Name=TCONS_00008157|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=21039bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000082:203578..224616- (Clytia hemisphaerica)
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CTCACGTGAATGAATCAAAATTTTGCACTGCCTTAGATAGTCAATATCTA TCAGCGGTCTGCAAAGTACCAAAAACTCAAGGGAATGAACTTTTTCTATT ACTAGTGTCTTTTAATTTGACAAATTAGCCTTCGGGAACAAGTTTCAGTC AAATCTAACGAGTTAATCAGCCAATACATCATTTTAAATTACATTATGTG GTCTAAAATACTAACTAGACAGGTGGCCGAACCAAAATTTTGCAAATCAT CTTCAATTATTCATTTCTACCACTGGTCAAAGTTTCAAGGTCATAGCACT TATCAATCTTGAGATTTTAAAGGAGGCTCGAGCCCCCCCCTCCCCCAGAT GTTTTCCCTAGTAAAAAAAAAGGAAGATGCTGGAAGGGTAAAAATCCTCA AGTTGTCTATTGTGTGGAATATAGCAGATGGTTTTGAAGCCCATTTATTT TCATGTTATTTTCTTTGCCTAAAATCTGATAAAATGTACAAAAGGCAAAG TACATTGTTAACTTGGGGGTTGTCCCTCCCAATTTTGATTGGTACTAACG TCATTATCACTTCAACATGAACTGTAAAGTAAAAGAGCGATAGACCGAAT CGTTCAAATTGTGAACAAAATGTCACCCACCATTAGTAGACATCCGTAAT AACTCTACATAAAGGAAACGCCGAGAAGAATTAGCTATCATTTGATTTTG AGAGTTGTGAGAAATAAAGAGGCAATAAAAATACGACTGTAAGATTAAAT CAAACACCTTACTTACGCATTACTTGGAGTTACTAAGGCACTGGTCACTG CCTTTGTTCGTCCTTACTTTGACTCTGGAAGCCCAAGCGTCTGACTCTAA GATCACGAAGGTTAACTTTCACTAACGCAGTGAGACAGTGGGACACTAGG CTTCCTTAAAGTGACTTGAAAATTGCCATGTACGGTCAAAAGATGATGAG GATGGCGTGGTATTTTAAGGATCCTAACTTAAAAATCGCTTTGGTTCTTT AGATTTGACCGATCATTGTGAACAAATGATGAACAAATCGAAATCTAGAA ATAAGAAAATGCTTAAAAATAAAACATTATTATCCAAAATGAAAATTCAA AATGCGAAGTGAGATGTTATTAACACGTCGTTTAATAGGCGTTAATCTTT CAAATTTCAAGGGGACGTAAAGGGACCATTTTTACTTATTTTTTACTTAG AGAGAAGAACAATTGTTAAATTACCTTTTTAAAACGTTCATTCGATATTC ATTTTTTTTCGTACATAAAGTGGTATCAAGATAAAAAGGCAGGTGAAATT CTGTTTTGATAAGATTTATTTTTTCTTCATCGTTTAATGAAACGAAGTTT TCATGATCTGTAATTTTTTTAAATATTACTGTAAATCGATAAATGTCCAG TAAGAAAGACAAGTGGAAATCATCGGTTGCCAGTGTGTCTTGAAAATTAG ACATTTCTCTTGATTGTTTGTTAATTTGAGAATTTTGAATCGATTGTCAA AAGGGAAGGTTTTAGGTAATATTAATTAAAGGTTTTGTTTTTAAATACTC TCGGGTACCTAATAGCCGTCCCCCCCCGCTAATTAATTTTTCGAAAATTT TCCACCCAGGACATTCTTATTCCAACCCCCCCGCTTATTAATTTTTGGGA AAATGTTTTTGAAAGTTCCCTCTTTTGTCTTAATTCTGCTGTATTAGCCT ACTTTTCAAACATTTTCCACCCAGGACATTCTTATTCCAACCCCCCCGCT TATTAATTTTTGGGAAAATGTTTTTGAAAGTTCCCTCTTTTGTCTTAATT CTGCTGTATTAGCCTACTTTTCAAACATTTTCCACCCAGGACATTTTTAT TCCAACCCCCCCGCTTATTAAATTTTGAAATTTTTTCTAACCCCCCTGCT TATTCCAACCCCCCCGGCTATTAGGTACCCGAGAGTAAGAGTGATGTCGT TTGCTTACTCGTCAAATTTAATTTACAAGCTTTTCACATTGGATTGAAAC GACTGTGGAGCATAGATTGGTCTGAAAAAGAAAAAGAAAAACAGTTTTTT GTTTATATCACTGTCCTGATATGAAACTTGTGTCTAATATGAACCGGAAA ATAAAACCTTTAATGAATATTTTTAAGCTATAGCCAATATGAAAACTTTC TACTTGTTGTAAATGAAATGTATCTCTCGTTTGATAAACTTTGTAGCATA ACCTATCACATTACATTCCAATGGGATTCTAAGGCTTGGTATCTTGCTAA CAAAATGAAGTCAGCAATTAAAAAGTACAAATTGTCCTCCTTTTTGACTT TCGTACTATTGTTTCTTATAATCGTGCCAAAATTTTCCTCATTTGGCAAA CATTTTCAAAGTTGTAAGTGAACAAGACATGGGTACGAATATATGCTGCT GGTGATACAAATTACCCAAACCATGCATTGATTCTAATTTCTCTTTTCGT TCACAGAAACCATGTAATTCAGCAACAGTAATAAAAACGAAGATTGAAAC TCGTCTACCATTATGAATTTCACCGAACACAAAATGACAGCAACTGCACC CAATAAGAACAGCTTGGAGATTCTTGAGCTTGTCTTCCTGTGTGTTATCT GTGCGTTGACATTACTTGGTAACTGTCTGGTCATCTTGGCTTTCTTTTGG GGACCACGAAGTTTGAGAAATTACACCAACTTCTTTGTGGTAAATTTGGC TGTTTCTGATTTGATGGTCGGTTGTCTGTCGTTACCTTTTTGGATTGTCT ACAGGGCTGGTAAGTGCAATCAATTCATCTCTCCCGTAATTCAAACGTCT AAGAAAAGGCACGGGAAAATTGAAGAGGGGTAAAATAAATGTCTTTTGAC TTTGAGAGATTAGAGAAAGTGCTTTTAACCTTCCATACCGATCTTTGTTT GGGGAAAAAAGTTCAGAATGGAAGAATACCACGAAATACCACAAGAATAT TCCACAATTTGAGAGGATTTTCTCCGACAGAACTTAAGAAAATCTTTAAA AAATCGCCTATGGAATCGGAGGCAAAGACTACTTTGTTTACCTGTTTACT TTGCCGTCGCAACTATTTTATGAATTATTGGTGTATTCGCTCTTTTCTGG TTAAGCCTGTCTTTTTGTCCTCGAATCTGCTATTGACATTATATCTTGGA GCAGTTTACTCTCTTGAACATAATATTGAGTTCTGAATGTCATTTCTACG TATCACGTTTTTTAGCAAGTATTCGTTTTTGTATTCTGCTATATATAATA TAGTCTTTTAATCAAAAGTCAAACTTTGCTTTTAGATATTGAGCTGGTGG ACCGTGAGAAATATACTTTCTTTATATCACTTGATATCTTGTGTGGAACG ACATCCATCCTCAGTTTATCAGCCATCAGCTTGGAACGAATGTTTGCTGT CAAATTCCCTACAACTCATTTCAATTTGACTTCTAAACCAATCAAACTTG GTATTGTAGTCACATGGTTCTTAGCAATCATTTTTACTGGCTCCAAGTTT GCTATCAGAACGCCGACCCAAATCCGCGCCTACACTGCCTCGATTTTCAC ACTCGCATTCTTGGTACCTTTGTTAATCATCGTCGCTTCCTACACCATCA TTTTTATCGCAGCTGTGAAAATGATGAATGAGGCTAATACAACTGGTAAA TTAGCCCGTGAAATACACGTTGCAAAAACGATATCAGTCATCATTACTCT GTTTGTGATTTGTTGGATGCCCTTCTTCGTGATCAACATGGTATGGGTGT TCTGTTCTGATTATTGCGATCAGAAAAGGAATTATCGCTGGGTTGTACAC ATCTCCAAAATGATGCATTATGCAAACTCTATGATGAACTTTTTCGTGTA CGCAGTCAGGCTGCCAGACTTTCGACGGGCGTTCAAAGCCATTCTCTTCA AGTGTGACACAAGTGGTTTCAGGGAGCGCGTACGAACTTTCTCGGAGTCA ATCGTGACGCGCGGTCGAACGGCGTCCGAGAGACAAAGTTTCTTTGCTGA TCAAACAATGAACACTTCAAACGGTACATTAAACAATAATCACTCTCCAA TTACCGATAAGGTAAAAAAACATCAACAACAAGGATCTATATGTAAACAC AATAATCAGCAACCACGCTTATCGAGTCACAGTAATTGCACAGAGGTTTC GATCATGGATGATACGTGGAGCCCTACCACCATGAACAGTAACACCAGTT CAAACGATACATCATCGAGCAGTAACCCTTTACTAGCGTCTCATCACGAC ATGACAGTGAGCAGTATTTGAATAAAATTAATGATTTACCGTTTTTTAAA TTAACTGATCCTAATAATTAGAGCTAATGAGAAGGAAATTTAGTATAAGC TTTTACCTCGAAATTACCAGTCAACACTAATCATCCCTTTAAAGGTTTGA ATATATTTCAGAGAGTGCGCCTTGTCTAAAATGTAGCAATGGCGAAAATA TAAGAAATAAATATTCGTTTGTGTTAACCCACGTAACCCACCATTTTTAA ATTATTTTTGATGAATTTTAAAATCATATAGTTTGTCAGGGGGCTAAAAA AGGTGAGCACCATGCCCGTTAGAAGAAGTAGAGCTTTATCCTTCTCTTTG CCCTTTTACTTTTCTGAATGACTGATAGAAAGAGGAAGATTTTTCATCAT AAGTCAATGATCTTGTGTTTGCATTGTCTCTTCCCATCTGAATTTGTGCA ATGATTATGAATATGTATATATTAAAAGGAATTACTTAATGGGTTTGTTA TCTCGTTAGAATTTGTAGTGCATTCACTTTGTCTACTTCCTTTAAAACGC CAGGTCTGAAACAAACCTATCCATGTACTACCATTTCAGTTAAAGATTCT AGAACATTATTGATCTTCGCATATTGGTGTACTCTCGGG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_004593XLOC_004593Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00008157-exon-sc0000082-1575043694:224566..224616TCONS_00008157-exon-sc0000082-1575043694:224566..224616Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008157-exon-sc0000082-1575043694:223845..223899TCONS_00008157-exon-sc0000082-1575043694:223845..223899Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008157-exon-sc0000082-1575043694:205708..206010TCONS_00008157-exon-sc0000082-1575043694:205708..206010Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008157-exon-sc0000082-1575043694:203578..205181TCONS_00008157-exon-sc0000082-1575043694:203578..205181Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008157-exon-sc0000082-1510915933:224566..224616TCONS_00008157-exon-sc0000082-1510915933:224566..224616Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008157-exon-sc0000082-1510915933:223845..223899TCONS_00008157-exon-sc0000082-1510915933:223845..223899Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008157-exon-sc0000082-1510915933:205708..206010TCONS_00008157-exon-sc0000082-1510915933:205708..206010Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008157-exon-sc0000082-1510915933:203578..205181TCONS_00008157-exon-sc0000082-1510915933:203578..205181Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008157-exon-sc0000082-1491911889:224566..224616TCONS_00008157-exon-sc0000082-1491911889:224566..224616Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008157-exon-sc0000082-1491911889:223845..223899TCONS_00008157-exon-sc0000082-1491911889:223845..223899Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008157-exon-sc0000082-1491911889:205708..206010TCONS_00008157-exon-sc0000082-1491911889:205708..206010Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00008157-exon-sc0000082-1491911889:203578..205181TCONS_00008157-exon-sc0000082-1491911889:203578..205181Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000082supercontigsc0000082:203578..224616 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.19801 0.907248 1.72912 0.929206 15.1292 20.6638 21.7179 15.2283 11.4986 10.6202 8.03925 11.1716 2.71265 2.84785 2.73937 1.62686 0.0778666 3.01998 5.3764 2.2933 1.37666 2.91678 1.08838 1.70069 0.00184057 1.12804 0.589577 0.56432 0.90542 0.256016
Blast
BLAST of TCONS_00008157 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: AA2AR (Adenosine receptor A2a OS=Homo sapiens GN=ADORA2A PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 105.531 bits (262), Expect = 3.283e-24
Identity = 111/401 (27.68%), Postives = 177/401 (44.14%), Query Frame = 1
Query:  247 ICALTLLGNCLVILAFFWGPRSLRNYTNFFVVNLAVSDLMVGCLSLPFWIVYRADIELVDREKYTFFISLDILCGT-TXXXXXXXXXXERMFAVKFPTTHFNLTSKPIKLGIV-VTWFL--AIIFT--------GSKFAIRTPTQI--RAYTASIFT--------------LAFLVPLLIIVASYTIIFIAA---VKMMNEANTTGKLAR-----EIHVAKTISVIITLFVICWMPFFVINMVWVFCSDYCDQKRNYRWVVHISKMMHYANSMMNFFVYAVRLPDFRRAFKAILFKCDTSGFRERVRTFSESIVTRGRTASERQSFFADQTM------NTSNGTLNNNHSPITDKVKKHQQQGSICKHNNQQPR---------LSSH---SNCTEVSIMDD 1287
            I  L +LGN LV  A  W   +L+N TN+FVV+LA +D+ VG L++PF I                FI+  +L  T +SI SL AI+++R  A++ P  +  L +     GI+ + W L  AI  T        G     +  +Q       A +F                  LVPLL+++  Y  IF+AA   +K M      G+ AR     E+H AK++++I+ LF +CW+P  +IN    FC D C       W+++++ ++ + NS++N F+YA R+ +FR+ F+ I+        R  V    E     G +A    +  +D             G   N  +P  ++       G +   + Q+ +         L SH     C E   +DD
Sbjct:   16 IAVLAILGNVLVCWAV-WLNSNLQNVTNYFVVSLAAADIAVGVLAIPFAITISTG--FCAACHGCLFIACFVLVLTQSSIFSLLAIAIDRYIAIRIPLRYNGLVTGTRAKGIIAICWVLSFAIGLTPMLGWNNCGQPKEGKNHSQGCGEGQVACLFEDVVPMNYMVYFNFFACVLVPLLLMLGVYLRIFLAARRQLKQMESQPLPGERARSTLQKEVHAAKSLAIIVGLFALCWLPLHIINCFTFFCPD-CSHAP--LWLMYLAIVLSHTNSVVNPFIYAYRIREFRQTFRKII--------RSHVLRQQEPFKAAGTSARVLAAHGSDGEQVSLRLNGHPPGVWANGSAPHPERRPNGYALGLVSGGSAQESQGNTGLPDVELLSHELKGVCPEPPGLDD 402          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00008157 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
AA2AR3.283e-2427.68Adenosine receptor A2a OS=Homo sapiens GN=ADORA2A ... [more]
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