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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00009244 ID=TCONS_00009244|Name=TCONS_00009244|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=273bp
GCTTAACTTATAATACTAacctaaaaaacgtaaaagaaagtgaaaatgat
AACCTGCTGGTTCATTTTACTGGTATTATACAGTGGCGTTTTTAGGGCGG
AGAAGCCACCCAATATTGTTTTGATGGTTGCTGATGACTTGGGTTGGACA
GATGTTGGCTTCCATGGGTCAGATCAAATCCCAACACCGAATATTGATAA
ATTGGCAAAAGAAGgaattattttgaataattattaTGTGCAACCAATCT
GTTCTCCAACGAGAAGTGCTTTG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000091:65897..74567- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00009244 ID=TCONS_00009244|Name=TCONS_00009244|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8671bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000091:65897..74567- (Clytia hemisphaerica)
GCTTAACTTATAATACTAACCTAAAAAACGTAAAAGAAAGTGAAAATGAT
AACCTGCTGGTTCATTTTACTGGTATTATACAGTGGCGTTTTTAGGGCGG
AGAAGCCACCCAATATTGTTTTGATGGTTGCTGATGACTTGGTATGTTCT
TTAAAGATCTTTTCATAAATTATGATTCTTTCTTTTCTTTGAAGATGTAC
ACACTTTAGTTTGTGTTTTTCATTCGTGTATTTGCTGTAACTGAACACAG
CTGTAATTTAAGAATTTGCCCTAAAGCGACTTTTTCGCCCGAACTTTAAA
TTGCTGAAAACGAGGAATTCCCAATCCAAAATTCCCAATATATTTTGACC
AAGATTGTACTTGTTACCTATTTTAACGTTATTTTTCAGGGTTGGACAGA
TGTTGGATTCCATGGATCAGATCAAATTCCAACACCGAATATTGATAAAT
TGGCAAAAGAAGGAATTATTTTAAATAATTATTATGTGCAACCAATCTGT
TCTCCAACGAGAAGTGCTCTGATGACTGGAAGATATCCAATTCACACTGG
TTAGTTGGTTATACTAACAATCAGGACTTTTTACTGGTTTATTGTTGAAA
TTACTGAGTACATTTAAGTTAACGCTTACGGATCTGTTTATTTTGTCTGG
ATAAAGAATTTTTCGTTTAGAAAATGCCCGTCGAAAAAAAATGCGAAAAG
ACGATTATTTATGCAACATTGAATTTTTTTCTCTCTATCTTATAGGCATG
TACCACAATACAATTTATGTGGAAGAACCTTGGGGTCTTCCCCTTGAAGA
GAAAATCCTGCCACAATATTTAAAGGATATGGGGTATGCTACACACGCCG
TTGGAAAGGTTCGTAATTATAATTTTTACCATAGAAAGGTGTAAGAAAAT
AGATTGGTCCTACATATAAANGTTATAATTTTTACCATAGAAAAGTGTAA
GAAAATAGATTGGTCCTACACGAAAAATATATACAGAATGACCATTAAAA
TGTTTTTTAAATTATTGGTCCTACATATAAAACCTTTCATTAACATTATG
ATCTTGACGGTAAAATCTTCTCCTTTATTTTCCAGTGGCACCTTGGTTAC
TTTGCCAAAGAATACACACCAACCTATCGAGGATTCGATTCATATTACGG
ATATTATTGCGGTGCGGAAGACTATTTCAACCATGCGAGATCTGGTGCTG
ATTTCCCAAGTTTTTATGGATTAGATCTTCATCGGGATTACCATGGAATG
AGTGAGGTAGGTTGTTAATATTCAAATCTTTGTCTGTAAAGGGCTGGGAA
CAAGTCCTGAGGGGGATGGGGCACTCAAGGTAAATGACCAATCATATTTA
TTTTCCAAGTTCCAAAGTGCACTGTAAGGGTCGAAATCAGCAAAGATGAG
AAAAATTGGGGAACAAGTTAAACTTGGAACTTTACTGCAATTAATTAAAA
AGAGTCCGATTACCTTATTCCATGTTATATAACATAATTTAACGTTAAAT
TAAGATCTCCAGCCACTTGCCTAACTCAGCATTTTTTAACATAAGAAAGA
GCAACGTTTCCCAATTTTTCCCGCGCCGTGTGAGCACAGAGACCATCAAA
CAATTTCATGACATTTTTTCTCTTCTACAGCCTGACCGATCACAAAAAGG
AAATTACAGTAGCAATCTGTTTGCTTCTGAAGCTATTGACATCATCGAGA
AACACCAGGAAGAACAACCTCTCTTTCTTTATCTACCATTCCAAAACGTT
CACGTTCCTTTACAAGCGCCCAAAGAAACCATTGATAAATTTTCGTACAT
TGAGGATAAAAATCGAAGAACGTTTGCAGCAATGATGTCCAAACTTGATG
ATGCCATTGGACAGGTATTACTTCTTCGTAAACTTCTTTAAATGCATTAG
AACAGTAATAGTCTCTTAAAGTAGCAGTGTAGTAGTGTAGTGGTTATCGT
TCTCGGCTTCTGGCGGGACTTTAGGGTTCGATTTCCACTCGGTGAAACGA
TTCATTTGACATGTTAACCATGCAGCTTCGGTTCAACCCATTAATCTTGT
AAACTATTCTAAACGTCTTTCAGAAACTTACAGACTTAACGTTTTTTAGG
TTCATCAAGCGTTGGAGGAGAAAGGTATTTTGGATAATACCATCATCATC
TTTACTTCTGATAATGGTGCCATTTCAACGGAAGGATTTTCAAGCAATTA
TCCTCTGCGAGGTGTAAAACACATGGTGTTCGAAGGTAATGTTTTATCAA
CAACCGGAAGCATTAAACGAAATTTCTTTAAGCAACCTACTCATACTATT
CTAAAACAATAAAATTTTAGGTGCAGTCCGAGTGCCAGCTTTTATCAACA
GTCCACTTTTGAAAAGATCAGGTGTTACTTCAATGCAAATGATGCATGTT
ACTGATTGGTTACCAACTATCGTCAACCTTGCTCAAGGGAAAATCACAAA
AGAAATTGATGGTTTTGATCAATGGAAGACATTGCAAGATGACGTTGAAT
CACCAAGGAAAGAAATCTTGTTGAATATCGATAATGTGGAGTTTCGACAA
GAAGGTTTGATTTCTGGAGAATGGAAAATTATTATCGACAGTGAGCACGA
TAGTAAGTTATAAAGTTTTTATCCTGGTCTAGGATCTGATATCTTAATGT
ACGCCAGTCGTAAAGGGGGTAATTAAGCGAAAAGAGGTACACGAGTGTGC
CACTTGACCTATTTTTCGTCTCTATCAGTTAGTACCAGGTAGGATCTCAC
GAAAATTACAAAAGAAAGACACAACATTGAAAAATTACTTCCTTGTTCAG
GTTGCCTTTTTGGATTTTAGTCCCTTTGAGCTCACTAATTTGAAAATTGA
TAAAATGAGTCCTTTGTAGTTTAATTCATTTTACTCATGAGATCAAAAAG
TAACGAGGTGAAACCTACATCTAATATTTTAACATTCAGTTTATGCATCA
GACGGTTGGATCAAAGCCCCAGGATACAATGCCACTGGAAAAGCAAAAAC
GGTTATCAAATGTGGTCATAAACCTGACAAAACAACACATTGCAACGAGA
CACATTGTCTGTTCAATCTACATAACGATCCTTGTGAATATAATGATGTT
TCAAGTCAATATCCTGAAATTTATCAACAAATGAAAAAAAAACTTGAAGA
TTATAAAAAGGGAATGGTCCCTAATCGAAACAAGCCAGGAGATAAAATGG
CAGATCCCAAACTACACAGTGGTGTTTGGGGACCTTGGATTAAGCTTTGA
TAGCTACTTAAGCTGAATTTGGTAGAATGTTGCCTTTTTTGAATGGAATG
TCACAAAGGCATTAATTGCTTTAAGCTTTATACTGTACTCATTTATTTTG
TGCTAGAACGTTGTCAAGTATTCTTTGAAGCTATATGGCCAATCCAATCC
TTGTAGGGTTTAGATTGTAAACTTTTACTATTATTTATTGTCATAATCTT
TTTAGGTAGTTAATGTACTTTTTTGTGGTAGATATCTTAACACCTTTTTT
ATGAATTTTCGTATTTAATTTAACGCATTGTAAATTTTTATAGGATCTCG
AGCAAAACACTTTTCATTAAACAGTTTAATTTTAATATGAATGTCTGTTG
TTACCTCGATTTGGCTAATGTAGAGAAACTCCCTAATTCGTTCTCTGTTT
CATTTGACTGTTGAATATAACTTGATTCTTTTTGTTTATCACAGATCTAT
AAAAGAATAAAACAAATGTAATGTACGCAATCTTGAATATTTTAAACTGA
ACGATGGACAAGTTCAACGACCTTGTATTTTTCACCATCGTTTGTCTTGG
ATATGCTTTGGTGAAAAGCGAGCAGCCACCAAATGTGGTTTTCATTGTGG
CTGATGATTTGGTAAGACGTTTGTCTTCAATATTTTCTCATTTTCCCTTC
AATGCAAACTCAGAAGATGTGATTGTCATTATGTAACCTAAGGGCGGCTT
AAGCAATTTTGGTTTAAAATTTTGAAATCGATGAAATACCGGGTGCACCA
CAAAAAAGTTTCTCTCTTTAAAGTGAATTTTTTTTAGTTTAAAAAATTTT
GAAAGAATTAATTTTTTTTCATTGGAAATAAGAAAAATTAACTTGAATTT
TGATGGGTNTTTTTGAAAGAATTAATTTTTTTTCATTGGAAATCGACCTA
TCAAATTAATTAGAAGCATAATTACTTAACACGTCAGTATTTTCGTTTCA
AGTATTAAAAATGATAATTAGCTGTGATAATGACATTTCGTTGTATAAAG
GTAAGAGTTGAATATCAATAAAAGGAAGAAAATTCGTCGGAAAATGCCAA
AAAATATGGTAAGATTCGTGAAAATACATCAAATATTAGGTTTTGAAGTA
AATCCTGCCTAACATTGACTTTACCTAGTCTAGAAGCAGAGATCTGAGGA
AAAGTTCGGTAAAAGTAAATCATAATGACTGAGATGACGATTCCAAGCCC
TTTCGAGGCTTCAGCTTCAAAATTGATGGGTTTGATCACTTAATATTGCT
CTTAATCATGTAAAAACTATTGCGATTGCCAATTTTGAAATAAAAATTTG
ATAGGTCAATTTTCAACGTTTTCGAGCACTTTCTGAAAGTATAATTTTCG
ATCTAATGAACCGAATTTAATAAATGACCCCTCAAAATTTAAGTTTATCT
TTCTTCTTTCCANATAACTTTTTTATTCAATTGAGCATAAATCTCGATCT
AAAGAACCGAATTTAATAAATGACCCCTCAAAATTTAAGTTTATCTTTCT
TCTTTCCAATAAAAAAGGAATGGTTCTTTTAAAGTTTTTAGACCTTGAGA
AAATTAACTTTAAAGAGAGAAACTTCTTTGTGACGCACCCGGTGTCTGAG
TTGTTTTTCCAATATTGTACTATCAGGGTTGGACAGATGTTGGCTTCCAT
GGGTCAGATCAAATCCCAACACCGAATATTGATAAATTGGCAAAAGAAGG
AATTATTTTGAATAATTATTATGTGCAACCAATCTGTTCTCCAACAAGAA
GTGCTCTGATGACTGGAAGATATCCTATTCACACTGGTTGGTTTAAACCT
TATCATTTAAAGTATCAATCAGTAAATTTTGACTCAGACTCGACTGCTAA
ATTTGTATTTATTCACTTAAACTAAAGAGGGCTTTAAAACCATTGACATT
TTAAAAATCTGACGCTAAATTTGTTTTAAATTTTTTCTTAGTATTTTGGC
ATAGTGGTCTTACAAAGTTGTACTTCTGGAAAGGTGAGGTATGTATTCTT
TAAAAAGATGACTAATCGACTAATAGGTTTATAGCTTGGAAAGAAACCTT
TCACGATTCACTTATTTTTTAAGGAATGTTTCATGGAGTCATTTGTCCAG
AGGAGCCCTATGGTGTATCTTTAGAAGAAAAAATTCTCCCAGAATATCTA
CGAGAATTGGGGTATGCTACCCATGCCATCGGGAAGGTTTGTATCTCTTT
AACTTTTGTCATTGTAGTTCAGTAATTCTCCATTGATCCTACTCCCATCT
TACTCCAAAAATATCTTTGGCATCTTTACCAAAGCCTTTAAAAATTTTTA
AAAATCTTTTATTTAGTGGCACCTTGGCTACTTTGCCAAAGAATACACAC
CGNTTCCGAAAGAATCTTTTATATCTTTTACCAAAGCCTTCAAAATTATT
ACTTTTTATTTAGTGGCACCTTGGATACTTTGCTAAAGAATACACCCCAA
CATACAGAGGATTCGATACATTTTACGGATACTACAATGGAGCTGAGGAT
TATTTTTACCACAACAGATCTGGCTATCATTTTCCAAAATTTCATGGTCT
TGATCTTCACCATGACGTAGAAGGAGATCAACAGGTATTCGCTCAATAAC
CAATAACCATCAGATAGTGACGAGTTCTTGAAAATTGTTGAAGGAGGCAA
AAATCATCAGTCAAAATTAATTAAACCTAACGCTTGAGTTACCAGTGCCA
TAAATGTAATGTCGAAATAACTTTCAACAATTTTTGTCATACAGCCCTGA
TAAATACTAACTCAATCTCGCTTCAAATAGCTTTTGACCAGATTATTTCA
TGGCGTATTTAACATTTTAGCGTAATTCTCCAACTCTAGTTTCATTTTTC
ATTTTGCCGGTCTATTATTTAGCCAGTGCGAACACAGGACGGTAATTACA
GCACCTACATGTATTCGGATGAAGCAATCACTACAATCAACCAACATCCA
ACAGAAAGACCTCTTTTCCTGTACCTTCCTTTCCAAAATGTCCATGGCCC
TCTGATGGCACCTCAAGAAACTATTGATAAATTTTCATACATCGAAGATA
AAAAAAGAAGAGTGTTAGCTGCAATGGTATCACAATTAGATGATGCTATC
GGTCGAGTAAGTCGAAACTTTTTTTCAAATTTCCAAATGATATGAAACGA
ATTTTGGGAATCATATTGCGTTCATTGTAAATGTGTTTTGATATTTTTGC
CTGGTTTGGCATGATCAAAAACTTTTCAGTTTTTCATTCAACATTTCATC
CAACATTTGAACAAAATGTTGGATGAAATGTTGGAGTGGTGTGCTCCGGC
CTTTAGTCGCCTATATAATACAACATTCCAGTAAAAGCTCTTAAATTCAA
GCTTTAAACAAGTATGTATGTTACATTATTTTCTAGATAAACGGTGCGTT
GGAAGCCAAGGGCATTCTAGAAAACACAGTGATCATTTTCACTTCAGATA
ACGGTGCACCCTCAGGACAAGGGATGGGAAGTAACTATCCCCTTAGGGGT
GAAAAATTCATGGTCTTTGAAGGTATTCAAAAAATTCTTCATTATTTTAG
TCTCCACCTTTATATGTCCAATCCAACATATAGTACCTGCTAATTATGGT
ACCTTTTTGTCTTTTTATACAGATTTATGATTTAACATTTTCGTTTATTT
ATGGAAAATTTCTAAAGGTGGTGTTCGAGTGCCAGCGTTTATCAACAGTC
CACTTTTGAAAAGATCAGGTGTTACTTCAATGCAAATGATGCATGTTACT
GATTGGTTACCAACTATTGTCAACCTTGCTCAAGGGGAAATCACAAAAGA
AATTGATGGTTTGGATCAATGGAAGACATTGCAAAGTGATGTTGAATCGC
CAAGGAAAGAAATCTTGTTGAATATCGATAATGTGGAGTTTCGACAAGAA
GGTTTGATTTCTGGAGAATGGAAAATTATTATCGACAGTGAACATGACAG
TAAGCTATTACTTTTTTATCCTAGCCCTGGATATAAATACTTTTAATGTT
GGTCCTGGATTTAGATACTTTTTTGATGTTTTAAATGTACGCAAGTCGGG
AAAGGGATAATTAAGCAAAAAGAGGTACATGAATGTGCTACTTGGCCTAC
CTTCCGTCTCTACCAGTTAGTACCAGGTAGGATTTCACGAAAATCGCAAA
AAAGTGAAAAATCAGTTCCTCGTTCGGTTGTCTTTTTGGGATTTTAGTCC
CTTTGAGCTCACTAATCTGAAAATTGATAAAATAGACCCTTCGTAGTTTA
ATTCATTTTATTCATGTGATAAAAAAGTAACGAGGGAGATACTTACATCT
AATATTATATTATTTAGTTTATGCATCAGACGGTTGGATCAAAGCCCCAG
GATACAATGCCACTGGAAAAGCAAAAACGGTTGTCAAATGTGGTCATAAA
CCTGACAAAACAACACATTGCAATGAAACACATTGTCTGTTCAATCTACA
AAACGATCCTTGTGAATATAATGATGTTTCAAGTCAATATCCTGAAATTT
ATCAACAAATGAAAAACAAACTTGAAGATTACAAAAAGGGAATGGTCCCT
AATCGAAACAAGCCAGGAGATGAAAATGCAGATCCCAAACTACACAATGG
TGTTTGGGGGCCTTGGATCAAGCTTTGATAACTACTTAAGCTGAATTTGG
TAGAATATTGCCTTTTTTGAAAAATGTCACGAACACAATTCATTGTTTTT
AGCTTTATACTATTTATCTTGTGATAGAACGTGTCTCAATCTTTTCAGGT
ATTTATTGTACTTTTTTGTGGTAAATATCTTGACATCTTTTTTATGAATT
TTCGTATTTAATTTAACGCATTGTAAATTTTTATAGGATCTCGAGCATAA
CACTTTTCATTAAACAGTTTAATTTTACTATGAATGTCAGCTACTATTGT
TACCTCGATTTGGCTAATGTAGGGAAACTCCCTAATTCTTTGCAGTTTCA
TTTGACTGTTGAATATAACTTGATTCATTTTGTTTATCACAGATCTATAA
AAGAATAAAACAAATGTAATGTACGCAATCTTAAATATTCTAAACTGAAC
GATGGACAAGTTCAACGACCTTGTATTTTTTACCATCGTTTATCTTGGAT
ATGCTTTGGGAAAAAGCGAGCAGCCACCAAATGTGGTCTTCATTGTGGCT
GATGATTTGGTAAGACGTTTGTCTTCAATATTTTTCCATTTTCCCTTCAT
TGCAAATTCAGAACATTTGATTGAAAGGTACAAAGTCATTATGTAGCTTA
AGGACTTGAGCAATTTTTTTCCCGATATTGTACTTCCAGGGTTGGACAGA
TGTTGGTTTTCATGGATCAGATCAAATCCCAACACCGAACATTGATAAAT
TGGCAAAAGAAGGAATTATTTTGAATAATTATTATGTGCAACCAATCTGT
TCTCCAACGAGAAGTGCTTTG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00009244-exon-sc0000091-1575043694:74427..74567 | TCONS_00009244-exon-sc0000091-1575043694:74427..74567 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00009244-exon-sc0000091-1575043694:69641..69691 | TCONS_00009244-exon-sc0000091-1575043694:69641..69691 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00009244-exon-sc0000091-1575043694:65897..65977 | TCONS_00009244-exon-sc0000091-1575043694:65897..65977 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00009244-exon-sc0000091-1510915933:74427..74567 | TCONS_00009244-exon-sc0000091-1510915933:74427..74567 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00009244-exon-sc0000091-1510915933:69641..69691 | TCONS_00009244-exon-sc0000091-1510915933:69641..69691 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00009244-exon-sc0000091-1510915933:65897..65977 | TCONS_00009244-exon-sc0000091-1510915933:65897..65977 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00009244-exon-sc0000091-1491911889:74427..74567 | TCONS_00009244-exon-sc0000091-1491911889:74427..74567 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00009244-exon-sc0000091-1491911889:69641..69691 | TCONS_00009244-exon-sc0000091-1491911889:69641..69691 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00009244-exon-sc0000091-1491911889:65897..65977 | TCONS_00009244-exon-sc0000091-1491911889:65897..65977 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000091 | supercontig | sc0000091:65897..74567 - |
Blast
BLAST of TCONS_00009244 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ARSB (Arylsulfatase B OS=Homo sapiens GN=ARSB PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 82.8037 bits (203), Expect = 1.668e-19 Identity = 35/59 (59.32%), Postives = 49/59 (83.05%), Query Frame = 1
Query: 97 AEKPPNIVLMVADDLGWTDVGFHGSDQIPTPNIDKLAKEGIILNNYYVQPICSPTRSAL 273
A +PP++V ++ADDLGW DVGFHGS +I TP++D LA G++L+NYY QP+C+P+RS L
Sbjct: 41 ASRPPHLVFLLADDLGWNDVGFHGS-RIRTPHLDALAAGGVLLDNYYTQPLCTPSRSQL 98
The following BLAST results are available for this feature:
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