TCONS_00010583 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00010583
Unique Name	TCONS_00010583
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3265

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000107:480946..494751-

transcript sequence

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TAGACGCCAAATGGAGCCAGAACCATCAGCGCAAGTTCTACCACATGTTG
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TGGCGATAACGTGTCTAATTTCCTCGCTAAATATTGTGACGAGGAAgaat
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transcript from alignment at sc0000107:480946..494751-

Legend: exon

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>TCONS_00010583 ID=TCONS_00010583|Name=TCONS_00010583|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=13806bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000107:480946..494751- (Clytia hemisphaerica)
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ATTTATAAATGTGTATTCGTCAAATCAAAAAAAAATTGTTTTCAAAGATT
ATCAAGAAAATTCGTATGGAATTTTGATTTACTTTGATTTGATAGCATTC
TGTTGGTTCGTTTTTAAGCCATTTGTAAATCCAGAGGGGCTGTCTGTTTA
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TGACTTTTTGTGGAGATGCTATGCTCTTCGTTTCAGGAGAAAACCATGTG
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TAGAATAAAACTGTATTGGACATCTGTATACTATTTAATGAAGAACGCAG
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CGCATCGTCAAAAAGTAACAGTCAAAATGGTACCCGCTGCTTCGAGGACC
AGCACAACGTATGTTTCATCATCCATTTGTCAATCTCTTTCAGAATCGCT
CTATCTTAATTCTTGCAAAGCTTTTGTCTAAAAACTTACGATTTTCAAAA
TGTGTTAAAGAATAAATTGAAAGCATTATGTGTGTGATAATTATTGAAAT
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TTAAAAAAGTACATCTGGTTTTCTTCTTTAGTGTGTATCCATCGAACACC
AGTAAAGTGGCTCACACTCAACAGCGACCCGCATCCGCTGACCCGCTGAA
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TCATCAAAATTGCCTGTCGAACAATCCAAACCACAACGACCAAAGCTCAA
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TACCAGGATAATGATTATCAGCCTTTAATACTTTTTTTGAGCTGGGTAGA
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ATAGTTGCGACACTTGACTTTGTTGTTCATTGACTTTGAAAAAAAATTGT
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AACCCAACAATAACAGCTCAAACGAACTGCAACCTCCCGTACATAAACAT
TCACGTTCATTACCTATCGAAATTGCTGGACAAGACTTCGCAGCTGCTTA
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CCAGCTGTCCCGCAACGTTATTCACAATCGGACATGTTGAAAAATTATAA
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GTTTATTAGGTACCTGAGAGTACAATTTTCCGTTCGTAATCAAACCCCTG
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AAAAAGGACCTTTGAGGCTTTTGAAGGTGTTGAACATACAGCTGAAAGAG
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TTTTTTATTCTTTGTGAAAATCATCGGAGAAGGATTGGAAGGATTTTTGG
GAAGATTTCTTTATTTGAGATTGTATGCATCGTGTTTGTCAGAGGCTAAT
AACTTTGCATACAACAATTGAATGATTCTGATGATATGATGTTTGAGGGA
GAAATTTTCTTCCTCTTTCCCTTCTCTCCAATGTCTTGTGTTTTTTCTTG
GTTTATCTTTCTTTCTTCTCTTGCTTTGGTTTCACAATTATTTGGCTGCC
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ATGCCATTTTTGTGAAAAGAGTGAGCCTTACTTGGGGGTAATAACAATTT
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TTGGCCATTTCCATCATGGACATTCTTATAAAGTGTATTCTTATAAAAAA
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TTTTTCATTTTATTCCGTATGTTAGTTTGTGTATGTTACAGAGCCATATG
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TGAAAAATAACAGTCCAAATGGAAATCAGTTTTTGATGATAGAAAATATT
TTCATTAAATTTGTCCTGCTGGTCATGCTAAGTTTATGTTTATTGTGTGA
AATTTTGTGACGTAAAAATTATAACCAGCTTTAGAGGGAAACGAGATGAC
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TTTCGTCATTGGTGTTTGTACCTTCTAACAAACCTTGCAAAGAAAGTATC
ACCCAGACTGCTCATATTTTGAGACATTGATTAATTTGAATCTGACTTGC
TTCCTTTTTAGATACGGGGGAGTTGGTATGTATCGTATTTCGACCGATTA
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ACCGGTTACGGATTTTTAAATTTAGCTCTTTCCTAAGCGGTTAAACTGAA
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AACATGCACGGGGAACACAAATTTGTTCGAGTTAATGAAATTTCGAGTTA
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CCATTTTGTGTTTTTGAGTCTGCAAAGCCTTAAAATGTTCTTAACTTGTT
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ATCTGTTGTGTGAGGTAGAAGACGCATTTTCTTTAGGTTTTCTACATTCC
AAAAAAAATTGGTTTGGATTTAATACAGAGATCTAGCTTTCATCATATCT
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ACGGGTTTATCGGGATGTTGTTTTATATGCAACGAATCCCAGCGTAAGTT
CTTTTCATTTTTTATTTCCTTTCTATTTTTATGTTATGCTCATAACATAA
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GTTGACCTGACAATAAGGTGGAATTCTTTGCACTCTGTTTCCTGTTTTGC
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ATCCATACCTCCATTTTTTAGCTTGCTATCTGTTTCGACTCTGTAACTCC
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CTTCACTATGAACAATTCTCAGTGAAATTTTGAAAATATTTTGAAATATT
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ATTCTTAATTATGTTTTGACTTCGCTTTGTCATAATAATCAGTCAATCGG
TCATTTCATATGGAATATTTTCTTCGTTACAAAATATATTTGTAAATTTG
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GTCGAATATATAGTTTTTAATAAGAAGCAAAAAAGCTTCTGGTTATTTTG
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TTGACGTGCTGATGTGCTGATTTTACAAAGTCAACAAATGCAAAATTAAT
ATCTTTAACTTTACCCTTTCTAAACTGATAATGTTTCATAAATAAATAAA
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TGAAACCCTTTTCCTGATTCTCAAATTGACCTCTATTGAATCCTCTTATA
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TATTCGATTATAATTTGATATTTTAACTCGACCAAAAGATCATCTTTTCC
AATCCTATTTTCAAATTATGGAATCTTTTCAGACTAGCACTGTTTTTCTG
TCAACTTTAACTGTATACAATAGCTCTTTTTTTACATTTAGCTTTTTATC
TTTATCGATAGTTTTGAAAAAAGATGATTTTATAAAAGCCCGTTATCATT
TGCTACTGGCGATGCTTCAAGTTGAACAGGGTTATACTGCGAATTCCTTT
TCCAGGTATATTTTGAGCTTGGGGGTTTGCTTTTTTGTTCAACTACGTTT
TTTTTGAAAAAAAAGGTGATATGCTCTGTTTTGGTAGGGCTGCTTGATTT
ATAGCCTGACTTGCATTTTTGACATTGTGGTGAAACCTAGACTTTGTCTA
CGGTAGATTGCTGGAAGATGATTGTTTATTTTACATGGAAGTTCGTGCAG
AATAATAAGCAAGCTGTCTTCGTGCGTGTTTCAACTGAAGAATGATTTCC
GCCTGAAGAATTGATTGTCCAATTGTTTTATTTAATTTGCTATGGTGATT
ATCGTACACAATATCTTAACATAGATCTCTTGTTTCCTTATCCCTTTTTA
ATTTCTTATTCTCTTTGTTAAAATTTTTGATGCTAAATATGGAAAGCAAA
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TTTTCCGTTGCCAAGGAATTATTGGTTTTGTACGTTGCACAGATTTTGTT
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CTGGAATTTAAACTCAACAAGGACCTTCGCAACGTCTAAAGTAACCCCCC
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TCGATTTTTGGATTGATTTTCTGCCAGATTCACCCATCTCTAAATAACAA
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AATTCTTGCTAAATTGATGTACTCGGTGTATGCCCGGGTAGAGCTGACTC
TTCCTTGGATCGATTGGCCTATCTTACAGTAGACAGTTGAATTGCAGGTT
TTATTGATTGTTTTGGAATTTATTTACCAATTTATTATGATCGATGCATG
GTAAATCAATCTTGCTATTTATTGTTTTGACTGTATCACTTTCTTAGTAA
ATTAACTTAAATTTTCTTAAGTTGAGTTTGGAATGTTAATCTCTTAGTGG
GCTCACGTCGGGTGGTAGAAAATATCTCGAAAATCATATTAAAAAGTCAA
AATTTGATGTTTGTTTTTCGGAAACTATTTTGGATTTGCTCTGGAACTGT
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AGCCCTATCTGATTCTTTAATGTTAACAGAGATCACTACCTTGAGAAAGT
TTTTTTATCATTTCATCATGAATGACAATTTCATCAATAGTTTTAAACAT
TAATCGTGACAGCCTCGGGTCTTTCGTGGGTGTCTCTTTATAGCTAAAGC
GTTACATCATAGACGAAGTTATAAACGCAAATCTTTAACATTAACACTGT
TTTCTATTTCTTTTAAACAGGGGAAACAGTGATACACTGGACGACAATCG
AACGACGCCCGTCAAAGTGACAACATCCGCTCATTCATCGCCCCAACAGC
ACGCTATCACGCCCACGACCAGCAACAATAATTCAGCGGATAATTCTTTC
GATACGGGTTTTGAACCAGCTCAATATGCCGACATCGATGCGACGAACGA
GAACATATTACTAGCCTCGTCTCGTAGAACGCCAGATTTAGACAGTCAAA
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AGTAAAGACTCTAGTACAGATAGTGCTGTTTACGTTACGCCAAAGGATCA
CGTTAACCATCATGTGACTGCATACAGTGGCGAAAGTACGGGTAGCTTGA
ACGACGATTTCGAAAATCACAACTCTTTGCAATTAGATTCAAATCAGCAT
ACAGAAGAGAACAATTTTAACACTTTGATTTCTCATGATGAAGCATTACA
CGAAAATGAAGTCGAAAAGGAAAAAGAGAAGCCGCAACGTACAATAAATC
GTAAAAAGAAAGACTCGGGACCGATCAGTAGAAATAGTTCTTGCGTAAGC
ACAGACTCAACTACAAGCACGGCTACCGTAGACTCCGGAATTGTTGTAAG
GCTCGATTCCAGTCCCCGAGACAGCCCGATTTCGAGTAGTCAGTATTATA
GTAATAAAGACTTATCCACGTCACGTGAAACTTTAGATGATGACGTCAGA
GCTTTGGAAGAAAGCGAGAAAAATAATGCAACTGCTCATTGCTATGGCGA
CGATGATTCCATTTTACCCAATGACGGTCTACAAGAAGAAAGTCTCCCTT
CAACACCGACCAGCATTGATGATCTCGACAACGAAAAGGTAGTTATCTTC
TTATGAATTTCCTCTTATGTTTAAGGCTCTTCCCTCTTAGACGGATTTCC
GTCTCAGCCATTTTAAAGATGGCATTCCCGTCTCTAAATTCAACAAGCTC
TGAGGCGACTTTGTTATCTGTTGTGAATTCCTATTCTGTTAACTCTCTCA
AATCGATCTTCAAAAGACAAAGAACTTTCTTCGGATTATAGAAAGATTTT
TATTTCGAAGAGTATTTTGTATGACTTTTCATGGCAATCTTTTACTTCGA
ATTACAGAAAGATTCGAATAAAAGAGGTTCGAATTAGAGAGAGAGTTGAC
TGTATTTCATCATTCCTGTCAACCTGGAAAGAAAGACGTCAAATTTTAAT
CTTTAATGATAAAATCATTGTATTCATGATATGCACCATTGCAATGTCTT
CTGACATTACATCACGGACCCAATAGCTGATCGGTTGTAAGTGACGTAAA
ATCACTTAATACGTCACTTTCAATAAATCAACTGTTTGGTCCGTGTAAGA
CATTGCGATGGTGCATATCATCATGAATTGACGAGACATTTGACATTTCA
ACGTCAATCCTATCTGGTAAACACAACTCAGTCTCCTCAAGCTTTACTGG
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TGGCGCGTCTCGTTTGCGGTTTCACTTGTTGGCGTTTGGTGGTTAGCGTT
AATTACGTTTGTGCTATTACGACATAGGATGGTCGTTGGCATCAGATTAT
TATACTCTAATTGAGCAATTTTAGTTCCGTTTCGTTCTACGTAAGAGTTT
GAAACAGGGTTTTCAGAATCGCATACACGTCACTGAGAATAAGAATAAGG
CCTTTGCGTTCTCAACAATCAATTAAATACCAAATAATTATATCTTTTGG
TATTATGATCAGATTTTGTGGTTACTCAATTTTGCAATATTTCAGATGGA
GGTTTCATTGGCTTAGTTACAGGAAAATAAATTTCAGGATTTCAAGTAAA
AGATGTTTTTTATGTCATGTTCTGGAAAGCGAACTGATTGGGCTCAATTA
AATTTCTCAAATTTTTAACTTTTTTAAATTTTAGCAGACATTCCGGGGGT
ATTACGGATGAATGATATGTTTTTAATTTCGAAAATTCTACGAGTTTAAA
ACCTTTGACAAATGAACATCATGGCATGAGATATGTATTTTTCGTCAACA
AGTTTCGCAGTTCGAAACCTTACTCACTCTCTCATGAGCGTCATAAGCCA
ATGACCTCACAACAAACTACACACGAGCCTAGCGCGAAAAAAATGATATA
GATTTTCGTATGTAGTGTCATAATGCTGGCATGAGGTACACAGTCGTTTA
CAAAGCCAATTGAAACCTATATCTTTTTTTTAAGACATCATGTTTTTGTT
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TTAGTTGTTTATGCCTTTATCATCCATCATCGTGTTTTGGTTTGTTTCTA
AAAAAAGTTGTTTTTATGACTATAGAAACAACAGAACCGTTAGGTGTATG
ACACATGAACTGCAGTTTTCACATCTTACTGTTTTAAGTGTATATCTTCT
TTCGACCGTTGATAAGATATATTCATTTAAAGGGTATATAGTTTTGCAAA
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GACTTGTAAAATTACCGAGAAAGGGTATATAGTTTTGCAAAGAGTTGAGA
TCATTTCATGAAATTTGTTTACTCGGTTGAAAATAAATACTCGAACGACC
GAATTTATTTAGAATTGTTTTATGAACTTTTGTTTTTATTTTCGTCATGT
TTCAGAGCAAATTGATTGACAGTATGCGAGAAAAGATCAACGAGTTACGC
GACCAGGAGCAAGAAATTGCTGAAGAAATCAAAATGAACGAGGAACTCGG
CAAAAAGGTACTCGGCATGGTCGAATCTAAAGCAACTCAAAGCGAATTTT
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TTTTTATATCTTTCCAGATCTTTCCCTAGTTATGGTAAACTTTTGGTACA
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TTTTGTTCGATTTCCTAAGAAATCGGGTGTTTTAGAGTCTGCTAAGCCTT
AATATATTTTGGCCTTCAAAGCCTTATGTTCTTACATAGTTTGTCCTCGT
TAAAAAGGTAATTTACGGTTGGAAATACCGTATATATTTGAGAAGAATGA
TCTGGGCTAAAGATTTTTGAAAATGCTAATAATCTTTTAAGTGTTAGCCA
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CGTGTCTAATTTCCTCGCTAAATATTGTGACGAGGAAGAATTTTCCGATT
TTCAATACTACGTTGACATGAAATCACAACTCGCTCTCATGCAATCTGAA
ATCCGTGAGAAAGTCAAACTGGGCGAAGAACGTTTGAAAGCTCTTGAACA
AACCGGATCGGATTGGGGTATCGGTTGATATTGGATTACTTTTCATCGGA
ATTGGTTTTATTTGTGAAAAAAAAATTGAAAATGTGAGAGTAGTGTATGT
GTTTTTTGGACCTACCCCGGTGGGGTAGAGGTCCTATAAATTAACCGATG
TCCGTCCGTCCGTCCGTTCGTTCGTCCGTCCGTCTGTTACCAGCTTTTCT
CAGGNN

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_005922	XLOC_005922	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000107	supercontig	sc0000107:480946..494751 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.158846	0.208883	0.74473	0.538141	0	0	0	0	0	0	0	0	2.60946	1.80185	0	0	2.81074	1.03819	6.10476	1.60925	6.43062	7.57033	0.302665	2.62093	0.329394	1.77541	4.52125	2.32821	6.94262	5.75371

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00010583 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SHRM2 (Protein Shroom2 OS=Homo sapiens GN=SHROOM2 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 118.242 bits (295), Expect = 1.265e-26
Identity = 72/191 (37.70%), Postives = 116/191 (60.73%), Query Frame = 1

Query: 2485 QEESLPSTPTSID-DLDNEKSKLIDSMREKINELRDQEQEIAEEIKMNEELGKKVLGMVESKATQSEFSKYELFIGELNKIVALLLSLTQRLHRYEMMLQDLDMTNESDKLKKDGLISKIDKLKSQHEEACYLRDVNDKRGDNVSNFLAKYCDEEEFSDFQYYVDMKSQLALMQSEIREKVKLGEERLKAL 3054
            Q+E    + + +D DL  +K +LI+S+  K+  LR+  + + E+++ N  LG +V  +V+     SEF K+ +FIG+L+K+V LLLSL+ RL R E  L +LD  + +    +  L+ K   L  QHE+A  L++  D+R   V + LA Y  EE  +D++++V MKS L + Q E+ +K+ LGEE+LK L
Sbjct: 1418 QQEHEEDSGSDLDHDLSVKKQELIESISRKLQVLREARESLLEDVQANTVLGAEVEAIVKGVCKPSEFDKFRMFIGDLDKVVNLLLSLSGRLARVENALNNLD--DGASPGDRQSLLEKQRVLIQQHEDAKELKENLDRRERIVFDILANYLSEESLADYEHFVKMKSALIIEQRELEDKIHLGEEQLKCL 1606

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00010583 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00010583 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
SHRM2	1.265e-26	37.70	Protein Shroom2 OS=Homo sapiens GN=SHROOM2 PE=1 SV...	[more]

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TCONS_00010583 (transcript) - C. hemisphaerica