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transcript sequence >TCONS_00012633 ID=TCONS_00012633|Name=TCONS_00012633|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1969bp
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TAAAGCAGTCACCTTTAAT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000146:258475..274561+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00012633 ID=TCONS_00012633|Name=TCONS_00012633|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=16087bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000146:258475..274561+ (Clytia hemisphaerica)
CCCCTGAAAACGTGCTGGAAGGCAATAAAAATTTGTCTGACTCAAAGCTC
AAAGGtatcttttaaaatttaaaattaagtCACATTGACCTGgccttttt
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AACAGGGGAGGCTTGCACCCTTCaaagtttttatataaaaaccaGTGGTA
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AGCCAGAACTAAGTCGCGCGACACATAATATCCTTGAACGCCAAAGAAGA
AACGACTTGAAGTTACGCTTCAGTATTTTAAGAGACAATATACCAGAATT
AGCCAGCCATGAGAAAGcaccaaaaattcaaattttaagaaaaggaCTTG
AGTATTTGACCATCCTAAAAAGTGAAGAACAAAAATTAATAGCTGACAAA
GAACTCGAAAAACAAAGGAAGCTGATTTTAATGGAAAGGTTGAAGACGCT
ACGACAGAGTAATCattaagaattttatttatttttttcagagatATATT
TTAACTGAAGGTCCCAATTAATCCTAACGTTCTTTGATTACAGTTTTAAG
CCTTTAAGGCTAATATGTTTTGCAAAGAAAATTTGCCCAGTAGAGCTACA
TCCTACTCTTGTATATCCGACGCGGTGGGCAACCCAAACCACTTTCAAAT
CGAGCAAGTACTTTGTCTTAGAActtctttgtaaaaagttttcgattggg
gctttattttatgattttttggcaatttcttcagacattcttttttttaa
agatcttaTATTATTGTATATGTTTGTACTATTTTTATTAAAGAGAGAAA
ACACAATTTTAAAAGTCAGTATATTATTAGGTTTATTTCGCCTTAAAATT
TGGGgaaataacattttaaggctctatTTTCACGAGCTTATATTACAGTa
ctgatttttttgaagatgtATTTAATATTTTACGCGAAGAGatattgaaa
tcatttttgtacATATTGTATCTTTTGTTATATTATTTTGATCTTagttt
ttacagaaaaagatAGATTAAAGCAGTCACCTTTAAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00012633-exon-sc0000146-1491911889:258475..258528 | TCONS_00012633-exon-sc0000146-1491911889:258475..258528 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012633-exon-sc0000146-1510915933:258475..258528 | TCONS_00012633-exon-sc0000146-1510915933:258475..258528 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012633-exon-sc0000146-1575043694:258475..258528 | TCONS_00012633-exon-sc0000146-1575043694:258475..258528 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012633-exon-sc0000146-1491911889:260719..260768 | TCONS_00012633-exon-sc0000146-1491911889:260719..260768 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012633-exon-sc0000146-1510915933:260719..260768 | TCONS_00012633-exon-sc0000146-1510915933:260719..260768 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012633-exon-sc0000146-1575043694:260719..260768 | TCONS_00012633-exon-sc0000146-1575043694:260719..260768 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012633-exon-sc0000146-1491911889:263516..263836 | TCONS_00012633-exon-sc0000146-1491911889:263516..263836 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012633-exon-sc0000146-1510915933:263516..263836 | TCONS_00012633-exon-sc0000146-1510915933:263516..263836 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012633-exon-sc0000146-1575043694:263516..263836 | TCONS_00012633-exon-sc0000146-1575043694:263516..263836 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012633-exon-sc0000146-1491911889:270375..270727 | TCONS_00012633-exon-sc0000146-1491911889:270375..270727 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012633-exon-sc0000146-1510915933:270375..270727 | TCONS_00012633-exon-sc0000146-1510915933:270375..270727 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012633-exon-sc0000146-1575043694:270375..270727 | TCONS_00012633-exon-sc0000146-1575043694:270375..270727 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012633-exon-sc0000146-1491911889:271407..271466 | TCONS_00012633-exon-sc0000146-1491911889:271407..271466 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012633-exon-sc0000146-1510915933:271407..271466 | TCONS_00012633-exon-sc0000146-1510915933:271407..271466 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012633-exon-sc0000146-1575043694:271407..271466 | TCONS_00012633-exon-sc0000146-1575043694:271407..271466 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012633-exon-sc0000146-1491911889:273431..274561 | TCONS_00012633-exon-sc0000146-1491911889:273431..274561 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012633-exon-sc0000146-1510915933:273431..274561 | TCONS_00012633-exon-sc0000146-1510915933:273431..274561 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00012633-exon-sc0000146-1575043694:273431..274561 | TCONS_00012633-exon-sc0000146-1575043694:273431..274561 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000146 | supercontig | sc0000146:258475..274561 + |
Blast
BLAST of TCONS_00012633 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: MYC (Myc proto-oncogene protein OS=Homo sapiens GN=MYC PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 90.5077 bits (223), Expect = 3.455e-19 Identity = 55/139 (39.57%), Postives = 81/139 (58.27%), Query Frame = 1
Query: 1027 SNHENNYIRQQMAYEAMFHGHPAMKRQRYDSHETI-----------------EPELSRATHNILERQRRNDLKLRFSILRDNIPELASHEKAPKIQILRKGLEYLTILKSEEQKLIADKELEKQRKLILMERLKTLRQS 1392
S H++NY A + +PA KR + DS + E + R THN+LERQRRN+LK F LRD IPEL ++EKAPK+ IL+K Y+ +++EEQKLI++++L ++R+ L +L+ LR S
Sbjct: 303 STHQHNY----AAPPSTRKDYPAAKRVKLDSVRVLRQISNNRKCTSPRSSDTEENVKRRTHNVLERQRRNELKRSFFALRDQIPELENNEKAPKVVILKKATAYILSVQAEEQKLISEEDLLRKRREQLKHKLEQLRNS 437
The following BLAST results are available for this feature:
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