TCONS_00012999 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00012999
Unique NameTCONS_00012999
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length354

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00012999 ID=TCONS_00012999|Name=TCONS_00012999|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=354bp
GCCAAAACAACTATACAAGGTATATTACTTTGATAGCATGGTGTTTCACT
ATATTGGTAAGTTGACTCGTCTGCAAAAACAGGACATCTTCCAAGGAACA
TGTTTCTGCTTTCATAGCAACCCCTTGACACATCATCATTGGATGTATTG
GTTGGGCCAGGAAGTGTGAAAGGATCATATGATTGTCCAGTTGTTTCATT
ATAGCATTTGGGGTTTTTGTTGAGAAATCCATACGCCAGAGGTGCACAGG
CAGTGATTGAATCTTCAGTAGTTGAAATAGATACACCCAGCAATTCACCA
TTCAATGATTTATCTATGGAAAGAAATTGTTATAAATTTTAAAGCAACTC
TTAT
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000161:71070..76764-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00012999 ID=TCONS_00012999|Name=TCONS_00012999|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5695bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000161:71070..76764- (Clytia hemisphaerica)
GCCAAAACAACTATACAAGGTATAGTAAGGTCACATCTGATAGCGACAGT
CAAATTCAACAAAATCTGAGTTTTTCTGAAAAATCATGAAAAATCGCTAC
TAGACCCACTCAAATTCATCAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNGGTTACTCTTGTAGAAAAGCACCATTTTCACTGTAATCCTGTGTTAAG
CTAAAGCTAATAAGGCTATTAATCAAAGATCAATATTATTTGTTTTGCAT
GACTATAAACATCAAATCATAAACTAAATCACATCTCAAGATGGATTATT
AGAAGTAAAAGAAATCAGAATCTTTAAAATTCAAATTTTGATGGGTTTTT
GAGGTTACTACAATCCACCGAAAAGTAACCTCAAATATCACACCAAATCT
TCAATATTTTTCGCACTTTTTTTGACCAAGTGTTGCCATGTCAGTATAGA
GTATGCTCTCAAGTTTTTAGAGGTTAAAATAGTTTTTANNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNATGATGGTAACCTCAAAAATACCCCATAAAATCTTCCGAAAAATTTAT
GACAATACCGTGCTAAGACATCGACCCTGGGTGTAAAATTTCAAAGCCTA
AATGTGATTATTTATGATTTTATTCTAAATTTACCAAAAAGAGCAATTTT
TTGACTTTCCAAAAATGTCACACAATTTTTGACTGTGTTCAGTGAGGAAG
AGAAAATGAATGTTTTTGGAAATCTCCCAGCGCTAAAAGGAATTGAAGCC
TATAAGGGGATGAGCATTTGCGAAGATCTAACTCCAGCTCAAAGAAAAAA
GTACAAAGAGGCGGCAGAAGATGCTAAGGCACGAAATCAAACCGAAAAAG
ATGGAGTCTGGAGAGTGCGGGGTTTTGCAAAAAACGGATTCGATGTAAAG
AAGATAAACGCCAAAGATCGGCAATAAACCAAACACGAAAAAACCTTAAC
ATACTATATACTAATGCAGACCAACTAACTAAAATAAAGAGAAAAGAACT
AAATGAAGTGATTTCAAAAGAACAACCCGATATCATTGCNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNACTAGAATTGACAAACGAATGGAAAGATAAGATCTATAAATTGTAAAG
ATGTAAGATTGTTTCATAGAGGTCAATAGACCTGAGAAATACACTTCTAT
AAATTATAAGGTATATTACTTTGATAGCATGGTGTTTCACTATATTGGTA
AGTTGACTCGTCTGCAAAAACAGGACATCTTCCAAGGAACATGTTTCTGC
TTTCATAGCAACCCCTTGACACATCATCATTGGATGTATTGGTTGGGCCA
GGAAGTGTGAAAGGATCATATGATTGTCCAGTTGTTTCATTATAGCATTT
GGGGTTTTTGTTGAGAAATCCATACGCCAGAGGTGCACAGGCAGTGATTG
AATCTTCAGTAGTTGAAATAGATACACCCAGCAATTCACCATTCAATGAT
TTATCTATGGAAAGAAATTGTTATAAATTTTAAAGCAACTCTTAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_007287XLOC_007287Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00012999-exon-sc0000161-1575043694:76746..76764TCONS_00012999-exon-sc0000161-1575043694:76746..76764Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00012999-exon-sc0000161-1575043694:71070..71404TCONS_00012999-exon-sc0000161-1575043694:71070..71404Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00012999-exon-sc0000161-1510915933:76746..76764TCONS_00012999-exon-sc0000161-1510915933:76746..76764Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00012999-exon-sc0000161-1510915933:71070..71404TCONS_00012999-exon-sc0000161-1510915933:71070..71404Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00012999-exon-sc0000161-1491911889:76746..76764TCONS_00012999-exon-sc0000161-1491911889:76746..76764Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00012999-exon-sc0000161-1491911889:71070..71404TCONS_00012999-exon-sc0000161-1491911889:71070..71404Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000161supercontigsc0000161:71070..76764 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	1.49462	1.07687	0	0.853168	0.697618	1.11671	0.769427	0	0	5.21612	0.782162	0.857507	0	2.57465	0	0	0	0.739135	1.31162	2.16225	4.56187	0.0182438	0	0.513633	1.15126	0.0664375	0.620189	1.82206	0.897233
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00012999 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
back to top