|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00013143 ID=TCONS_00013143|Name=TCONS_00013143|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1632bp
ACTCTAATAATGACATACAGACACCTTTGACTGTTAAAGTTTATAAAAAA
CGATGGCTCATATTGTTCATATTCTCTATAAATTCGATGGCCAACGCAAT
TTTGTTCACATGTATTACTGCTATTAACAAAATTGTTTGCAAGTATTACC
ATATCTCACCTGAGTTGACTGACTGGGCCGGAAATATTTTTGACTTAGTT
TACATCCTGATTGCCCTCCCATCAGCTTACTGTATGGACAACTTTGGAAT
CAAAACACTTTTGATAATTGGATCCAGTTTAAATGGAGTTTGTGTGTGTC
TTCATCTAGCTGGTACAACACAGCAAGggatttggtttgttttggtgggT
CAACTTACCGCTGGCTTTTCAGTAGCAGCAGCTCTTCAAATTCCAACACA
ATTATCAATGGTGTGGTTTCCAGAACATGAGTATGCAAAAGCTACAAGTG
TATCATTGGGATTTAATGTTTTGGGATTGGCAATTGGTTTTTTGCAGCCT
TCCATTATGGTTCCGGATAGTGAAAATATGAATGAAATTTATGATGGATT
ATTGAAAGTGAATATCTCACATGTTGCTCTCTTAGCAGTGTGTTTGATAt
ttgcttatttatttttcgatgaaaaACCTCCATTGCCACCCTCGTATGCA
AAAGCTGTTGTCGATAGTTCAACCGTTGATGAACATGGTGAGACACCTGG
CTTCAAACTATCCTTGAAATTGCTTTTTACTGACAGAAACTTCATGCTTC
TAGCCTTGGTATATGGTTTACAATCTGGTCTGTATAGTATGTTTGTTACC
TGTCTCAATGAGATGGCCAACACCATCGTAAGCTCTTCGCAAATCGGTTG
GATAGGTTTCTTGGGCAACCTTGTCAGCATCGTTGGCTTAATGTTATTGG
CTTCCATAGCTGATAAATACAAATGTTACAAGAAGATCACCACTCGCTTG
TTCTTTGTACAAATTCTTTGCTGGATAGCATTTAGTTCTACTATACTGTA
TTGGAAAACAGCCACGTCACTATTTGTGACGTATTCTTTCTTGTGTTTCT
TCAATACCTCTTTTAACGCTGTTGGATTATCTTTTGCTACTGAGGTTTCT
TACCCAGTGACGGAAGGGATGTCGACCGCTATTGTGCTTATGATTACCAA
CACTCTCGGTTTCAtcaatattcttatttttggaAGGCTTGTCGATGATG
GATATGTGTTTTTGATGTGTAGCATTGTTACTGGAATGTATGTGGTGGCT
TTCATTTTGACCTTCTTCGTCAACGAGGATTTGAAGAGATCCAAACTTGA
AGGTCAACACAATGTCAAACCCCTTCCTCAAGTTTCAAAAGAAGCTTAGT
TTAGTTTGAAAGTATAATTTGGACTATGGACTATTGGGAATATGATTGTC
CTTTAGTATAAATCTTTTTCAGgatatttttgtttaaattttatataatt
attattttgatgctAAGCATTTTTAGTCGAGTAAATTTCTTGatacattt
gaaatatttttaatgactttATATTTTGTATGTATAATTTATCAAATTGT
ATTGGATTTTGTAACTTCAAATTTTTACCTTTTATAAAGGCTAGTCTTCT
TGGGAAATTCTGTcagaatctttttttaaatg Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000162:204403..210497- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00013143 ID=TCONS_00013143|Name=TCONS_00013143|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6095bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000162:204403..210497- (Clytia hemisphaerica)
ACTCTAATAATGACATACAGACACCTTTGACTGTTAAAGTTTATAAAAAA
CGATGGCTCATATTGTTCATATTCTCTATAAATTCGATGGCCAACGCAAT
TTTGTTCACATGTATTACTGCTATTAACAAAATTGTTTGCAAGTATTACC
ATATCTCACCTGAGTTGACTGACTGGGCCGGAAATATTTTTGACTTAGTT
TACATCCTGATTGCCCTCCCATCAGCTTACTGTATGGACAACTTTGGAAT
CAAAACACTTTTGATAATTGGATCCAGTTTAAATGGAGTTTGTGTGTGTC
TTCATCTAGCTGGTACAACACAGCAAGGGATTTGGTTTGTTTTGGTGGGT
CAACTTACCGCTGGCTTTTCAGTAGCAGCAGCTCTTCAAATTCCAACACA
ATTATCAATGGTGTGGTTTCCAGAACATGAGTATGCAAAAGCTACAAGTG
TATCATTGGGATTTAATGTTTTGGGATTGGCAATTGGTTTTTTGCAGCCT
TCCATTATGGTTCCGGATAGTGAAAATATGAATGAAATTTATGATGGATT
ATTGAAAGTGAATATCTCACANTAGTGAAAATATGAATGAAATTTATGAT
GGATTATTGAAAATGAATATCTCACATGTTGCTCTCTAAGCAGTTTGTTT
GATTTCAGCTTATTTATTTTTCGATGAAAAACCTCCATTGCCACCCTCGT
ATGCCAAAGCTGTTCGTGATAGTTCAAGCATTAATGGAGACGCTGGTTCG
CCTGGCTTCAAAGAATCCTTGAAAATGCTTTTCACAAACAAAAATTTCAT
GTTACTTTGTTGTGCTTATGGCGTACAATTTGGTATATATAATCTCTTTC
TCACGTGCCTTGATGAAATGACAAATCACTTAACAAGTTCTAAAAATATT
GGCTGGTTAGGCTTCTCAGGCAACATTGCAAGTATAATTGGAATTCTTGG
CTTTGCTTCTATTGTTGACAAATACAAATGTTACAAGAAAATGATGTTTT
TCCTCTTTTTTATGCAGATTCTTTGCTGGATAGCATTTAGTTCTGTGATA
TTGTATTGGAAAACAACATTAGTATTGTTTGTGTCTTACATCGTGCTGTG
TCTTTTCGGTGTCCCCTTCTTGTCAATTGGCTTATCTTATTCCGCTGAAC
TAACTTACCCAATATCAGAAGGACTTTCAAGTGCTATTTGTTTGGTGTTT
GGAAATACCTTTGGTTTTATTATGATAATTACACTGGGCAAGTTGATCGA
TAATAATCATGCATTTTTGATGTGTGCAATTGTTGCTGGATTTTATGTTA
TTGGATTTCTCTTATGTTTTTTCATCAAAGAAGATTTGAAAAAAATGAAT
ATCGAATCAGAACAACCTGATCCTGTTACCATTGGGGCTGAAAATACTTA
AATTGATTCTGTTTATAATTCTGTTCAATCAAACTCAAAGAGAGTCTTTT
TTGTTGTAGCAATGCCAGTTTAAAATGGATGCCTAAGCATGTGTTGTTTA
TTAGAAAGTTTAAACCTTTGTACGGGGTCCGATCGTAGTTATAAAGTCAA
TCCATCTGAAGTTTCACCTAACAAATAATGTATGTCCATTCACACATTCG
TATTTTTAGCAATATTCGACACAATATCGTTCAATTTATTTTATAACGCA
TTTTATAACATTTTATTAAATTATATTTTGTAATTATTTCTTGGATTCTT
TACTTTTATTAAAATTTTTGTATTGTATTTTTTCAAATTGAATTCTCAAT
ATATATTAAATTGTCTCTACTAATCTTTTTCCTTTGTTCCTTTTTTACGA
GTTTGGATTTAAATTGATCATCTTAATATTCGAGCACGGTGGTAATTTTA
AATCAGTAGCTACAAATTTCTTTCCAATATTTCTGAAAGTTTTTCCCTAA
GTAAGTGCAATAAAGATTAAATTCTTCAAAGAACAAGTAAATTCAAACAT
ATTAATAACATATGTGTCTTCAAATCTTAAGGAAGATCAATGAATTAATC
CCTCTTTTGCTTGGGTTCTGTCATTCAACGCTGAGGGTTTTTTTTTTTTT
ATGTTTGACTAATTCCAATCATTCTTGAATACAAAAAATTCCCATACCCT
TTAAAAATACACATTCCAAGCTTAATTTGATTATTCCCACTTTTGTTTAG
ATAATGGAAGAAAACAAAAGAATCACATCTTCTGGTGAAAATATTCAGAA
ACCTTTAAAAGTGAAAGTTTACAAGAAACGATGGATCATACTGTTCATAT
TTGCAATAAATTCTTTGGCAAATGCTCTATTATTTGTGTCAACCACATCC
ATCAATAGTATTATCTGCAGATATTACAATATTTCACCATCGCTGACAGA
TTGGTCTGGGAATAGCTTTGCTGTTGTGTTTGTGTTGATTGCATTACCTT
CTGCTTACTGTATGGATTCATTTGGTGTAAGGACTTTGGTACTGATAGGC
TCAAGCTTAAATGCCATCTGTGTTTGTTTACATGTAGCAGGTACAGCTAG
AGAAAATGGCATATGGTATGTGTTGACTGGTCAATTCATTGCTGGCTTTT
CAGTTGGTGCAATCCTCCAGGTACCCCCACGTCTTGCTTCAGTATGGTTC
CCAGAACACGAACAAGCTAGAGCTGTAAGCATGGCTACTGGATTCAATGT
GTTGGGATTGGCAATTGGTTTTTTACAGTCATCTTACATGGTTCCAGATA
GTGAAAATATGGATGAAATTTATGATGGATTATTGAAGATGAATATTTCA
CATGTTGCTCTCTTAGCAGTGTGTTTGATATCTGCTTATTTATTTTTTGA
TGAAAAACCTCCATTACCACCCTCGTATGCCAAAGCTGTTCTCGATAGTT
CAAGCGTAGATGAACATGTTGATACACCTGGCTTTAAACTTTCCTTAAAA
ATGCTTTTCACTGACAAAGATTTTATGATTTTGGCGTTTGTTTACGGTAT
ACAGTTTGGATTATATAATATGTTTGTGACTTGCCTCAATGAAATGTCCA
GCAATATCACAAGCTCAGCAAACATTGGTTGGCTTGGATTCATCAGTAAT
GTCATCAGTATTGTGGGAATCTTATCATTTGCTGCTCTGGCCGATAAATA
CAGATTTTATAAAAAGATAACTCATTTTCTGTTCTTTGTACAAATTCTTT
GTTGGGTAGGATTCAGTGCTGCTACTCTATATTGGAAAACGACAGCCACA
CTTTTTATCACCTACTGTTTAGTGTCATTCTTCAACGTACCTTTCATAGC
TGTTGGTTTGTCATATGCTACAGAGCTTACGTATCCTGTGACTGAAGGGA
TGTCCAGTGCCATTGTACTAATAATTGGAAATTTGATTGGATCTTCAAGT
GTTTTTGCGTTTGGGAAATTGATTGATAATGGATATATGTTTTTGATGTG
TAGCATTGTCACTGGAATGTATGTGGTCGCCTTTATCTTGACTTTCTTCG
TCAAGGAGAATTTAAAGAGATCTGACCAAGAATCGCAACACAACAGTGAT
TCACATTATCCAATTTCTAAAGATACTTGATCGTGTCGATTTATTATCTT
GTTTTAGTGATTCTTTAGCATGACACCAATCTTTTTTCAGAATTTTATCC
TTCTCGAAACAGACCAATGAACAAAACTTTCAATTCCCCAAAAAGCTTTA
GGCCTAAAGAATAATTGATCATTTTTATTTTTTCTAAAGTGATCTTTTTC
CTGACTCCTCATTATAAAGGAAATGATATTCTTGTTAACTGATAATTTAG
TTTTACATTTAGATACATTGATAATGTTTATCAACTAAGATGAAGCTTAA
TGGGCTGTTCCATTGAAAGGAGGGGGGGGGGTGCTACGAACCTTTTAAGT
AAAAAAAAAATATTGAAAATGTGTGGATACCCCCTGGGAAATGGTAATGT
TTGCAACAATGCCCTTGGAAAAATTATTTTCATACATTAAAGTGAGAAAT
GAAATGAAAATGTTCGCCCACCCCCTGTATTGATATCAAATGGAATGGCT
CAATCTAAGACGCTGTAGAAATCTGTACATTAAAATTCTTACTTTTGATT
GTTATATATTTAAAAGAAAGATAATTTTGATGATTTTTGTATGTTTTGAT
TTCAATATTATTTCTTAAAATTTAACGACTGTTTTTTAATTGCATTAGAA
TATTGTTTATTGATCATTGTATTTTTATAAAAAAATTATATTTTTTGAAA
TTATCTTTATTCCTTAACATTTAAGATGTGAATTATTGATAAGTTATTGA
CTTTATACTTTGGAAGATAATCTTCAAATGCTTTTAAGTATCTTTACTCT
GTTCGGTACCGTATATTTCAATGGATGTGAATTTTCGAGACTTTTCTTTT
TCTTTCCAGAAACAAAGAAAATGAAAAGCTACGAAAAGATACCAACAACG
GAAGATGATCAGAAACCTTTAAAAGTGAAAGTTTACAAGAAAAGATGGCT
CATACTGTTGATATTCGCAATAAATTCTTTGGCAAACGCTGTTTTGTTTG
TATCAATCACATCCATTAATAATATTGCTTGCAGATACTACAATATTTCA
CCAGCGCTGACAGATTGGGCAGGGAATGGTTTCAACATTGTTTATGTCTT
CATAGCACTGCCATCCGCTTATTTCATGGATTCCTTTGGTGTGCGAACCT
TGGTTATATTGGGTTCAAGCTTGAATGCCATTGGTGTTTGTTTACATCTG
GCTGGTACACCAAGAGAGCATGGTATAGTGTATGTATTGAGTGGTCAACT
TATGGCCGGTCTTTCAATGGGAGCCATTCTTCAGGTTCCAGCTCGACTTG
CTACAGTTTGGTTCCCAGAGCACGAACAAGCAAAAGCACTGAGTTTAGCC
TTTGTATTCAATGTGTCTGGATTGGCTATTGGTTTTTTGCAGCCCTCTTA
CATGGTTCCAGATAGTGAAAATATGGATGAAATTTACGATNAGCAATTGG
TTTTTTACAGCCCTCTTACATGGTTCCAGATAGTGACAATATGGATGAAA
TTTACGATGGATTATTGAAGATGAATATTTCACATGTTGCTCTCTTAGCA
GTGTGTTTGATATTTGCTTATTTATTTTTCGATGAAAAACCTCCATTGCC
ACCCTCGTATGCAAAAGCTGTTGTCGATAGTTCAACCGTTGATGAACATG
GTGAGACACCTGGCTTCAAACTATCCTTGAAATTGCTTTTTACTGACAGA
AACTTCATGCTTCTAGCCTTGGTATATGGTTTACAATCTGGTCTGTATAG
TATGTTTGTTACCTGTCTCAATGAGATGGCCAACACCATCGTAAGCTCTT
CGCAAATCGGTTGGATAGGTTTCTTGGGCAACCTTGTCAGCATCGTTGGC
TTAATGTTATTGGCTTCCATAGCTGATAAATACAAATGTTACAAGAAGAT
CACCACTCGCTTGTTCTTTGTACAAATTCTTTGCTGGATAGCATTTAGTT
CTACTATACTGTATTGGAAAACAGCCACGTCACTATTTGTGACGTATTCT
TTCTTGTGTTTCTTCAATACCTCTTTTAACGCTGTTGGATTATCTTTTGC
TACTGAGGTTTCTTACCCAGTGACGGAAGGGATGTCGACCGCTATTGTGC
TTATGATTACCAACACTCTCGGTTTCATCAATATTCTTATTTTTGGAAGG
CTTGTCGATGATGGATATGTGTTTTTGATGTGTAGCATTGTTACTGGAAT
GTATGTGGTGGCTTTCATTTTGACCTTCTTCGTCAACGAGGATTTGAAGA
GATCCAAACTTGAAGGTCAACACAATGTCAAACCCCTTCCTCAAGTTTCA
AAAGAAGCTTAGTTTAGTTTGAAAGTATAATTTGGACTATGGACTATTGG
GAATATGATTGTCCTTTAGTATAAATCTTTTTCAGGATATTTTTGTTTAA
ATTTTATATAATTATTATTTTGATGCTAAGCATTTTTAGTCGAGTAAATT
TCTTGATACATTTGAAATATTTTTAATGACTTTATATTTTGTATGTATAA
TTTATCAAATTGTATTGGATTTTGTAACTTCAAATTTTTACCTTTTATAA
AGGCTAGTCTTCTTGGGAAATTCTGTCAGAATCTTTTTTTAAATG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00013143-exon-sc0000162-1575043694:209928..210497 | TCONS_00013143-exon-sc0000162-1575043694:209928..210497 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00013143-exon-sc0000162-1575043694:204403..205464 | TCONS_00013143-exon-sc0000162-1575043694:204403..205464 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00013143-exon-sc0000162-1510915933:209928..210497 | TCONS_00013143-exon-sc0000162-1510915933:209928..210497 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00013143-exon-sc0000162-1510915933:204403..205464 | TCONS_00013143-exon-sc0000162-1510915933:204403..205464 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00013143-exon-sc0000162-1491911889:209928..210497 | TCONS_00013143-exon-sc0000162-1491911889:209928..210497 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00013143-exon-sc0000162-1491911889:204403..205464 | TCONS_00013143-exon-sc0000162-1491911889:204403..205464 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000162 | supercontig | sc0000162:204403..210497 - |
Blast
BLAST of TCONS_00013143 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: FLVC2 (Feline leukemia virus subgroup C receptor-related protein 2 OS=Homo sapiens GN=FLVCR2 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 180.644 bits (457), Expect = 1.474e-49 Identity = 127/430 (29.53%), Postives = 224/430 (52.09%), Query Frame = 3
Query: 33 VKVYKKRWLILFIFSINSMANAILFTCITAINKIVCKYYHISPELTDWAGNIFDLVYILIALPSAYCMDNFGIKTLLIIGSSLNGVCVCLHLAGTTQQGIWFVLVGQLTAGFSVAAALQIPTQLSMVWFPEHEYAKATSVSLGFNVLGLAIGFLQPSIMVPDSENMNEI--YDGLLKVNISHVALLAVCLIFAYLFFDEKPPLPPSYAKAVVDSSTVDEHGETPGFKLSLKLLFTDRNFMLLALVYGLQSGLYSMFVTCLNEMANTIVSSSQI--GWIGFLGNLVSIVGLMLLASIADKYKCYKKITTRLFFVQILCWIAFSSTILYWKTATSLFVTYSFLCFFNTSFNAVGLSFATEVSYPVTEGMSTAIVLMITNTLGFINILIFGRLVDD-----GYVFLMCSIVTGMYVVAFILTFFVNEDLKRSK 1295
+KV ++RW ++ +FS SM N+ + +IN I +Y +S DW + L YI + LP A+ ++ FG++T+ + GS+LN + + L +VGQL + L +P++++ VWF +E + A SV++ N LG+AIGFL P ++VP+ E+ +E+ + ++ I VA L LI + F EKP PPS A+++ + T + + S+ LF + NF+LL + YGL +G + T LN M ++ G IG + ++G ++ D+ K YK+ T ++ + ++ + ++ T L +F+T + FF T + +G FA E++YP +EG+S+ ++ + G I + G+++D+ G +FL C +T + LT F+ DL+R K
Sbjct: 78 IKVSRRRWAVVLVFSCYSMCNSFQWIQYGSINNIFMHFYGVSAFAIDWLSMCYMLTYIPLLLPVAWLLEKFGLRTIALTGSALNCLGAWVKLGSLKPHLFPVTVVGQLICSVAQVFILGMPSRIASVWFGANEVSTACSVAVFGNQLGIAIGFLVPPVLVPNIEDRDELAYHISIMFYIIGGVATL--LLILVIIVFKEKPKYPPSRAQSLSYALTSPDA----SYLGSIARLFKNLNFVLLVITYGLNAGAFYALSTLLNRMVIWHYPGEEVNAGRIGLTIVIAGMLGAVISGIWLDRSKTYKETTLVVYIMTLVGMVVYTFT-LNLGHLWVVFITAGTMGFFMTGYLPLGFEFAVELTYPESEGISSGLLNISAQVFGIIFTISQGQIIDNYGTKPGNIFL-CVFLT----LGAALTAFIKADLRRQK 495
The following BLAST results are available for this feature:
|
