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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00013477 ID=TCONS_00013477|Name=TCONS_00013477|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2165bp
ttaaaaaaaacgaaatcaGTTATCTTGCGTGGTCAGAGTTCCCTCCTTGA
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CCtgcttgaaaatttcaaatagcaTCAGCCATTAATTTATTTAGGTATGG
TTTTTCTATtacaaa Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00013477-protein >TCONS_00013477-protein ID=TCONS_00013477-protein|Name=TCONS_00013477-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=424bp
MTKGILIKMLNLTTTVTPDTNQFNITCNGTLVTHNTTNITCIPNNTKAVN
FPIPEYQPSVWEIVSLCFISVIVIFVNLLVILAYFNGARRLRTKTNLFVI
NLAVTDTMVGLISIPFWISSLLNFITKNHPLYKYLIILDVLFGTTSIFSL
TAISFERMFAVKYPTTHHNLNDPPFYFIIGIIWCIGILTAGIRYNFPNPV
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VAKTISIIIGLFVICWLPFFTVNMCYYFGTPSLRTKMLSSIGLISATKGM
HYSNSMMNFFVYAVRSPDFRTAFKALLCSRCDKKVLRERLRTFSNAHMLL
PGSLRVQRLKTSTTSGGSGGSLTNVTTLQTTPNQSLVNLQNNSGSLSLLR
SDSGATSLLRNGKIPNNNDDNVFN Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000168:410823..425938+ Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00013477 ID=TCONS_00013477|Name=TCONS_00013477|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=15116bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000168:410823..425938+ (Clytia hemisphaerica)
ttaaaaaaaacgaaatcaGTTATCTTGCGTGGTCAGAGTTCCCTCCTTGA
TGGGGTGTTCCAACATATTTTAGCCATAATCATATCTAATCTCTCTGGCC
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CTCCCGGGCACTTTAGCCTGGTAACAGTTACAAGCACACCTATTAACACT
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TGGGGTTGTTAGATAGTCGTTTGATATATATTTTAGCTGCTATTATTGAA
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TCGGAGAAATTTGTTGACACTTGCtttgttttaatctttaaagaaggTTT
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GTACCATATAATcatatactctcgggtacctaatagccgtggggattgga
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GTTAATTAACTGTAATATTGCCCttatatttttaatttgatattcCAAAA
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GCTGCGTTTTAATGTTTGATGAAAGCCTCAAAAAAGACGTTTGGAAggaa
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TAAATAGAAACAAAATCTTtctcgaaatgaaaaaattggtcccataaaac
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CGAGTTTATCCttttttctgattggttgattcGTTCTGCTTGATTCAATT
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TTTCACGTTTACCATGACGGTAAAATGTCACTACACTGTGCTTCTGTTTT
CCCAATATCTTTTCTCAAATTGACCCAAGTTTGTCAACTAGTGAAAAggc
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GAGAGAACTACCTCATCCCTTAACTGGAGAGTGATTGTagtaaaattaat
tttccttTCAACTGTTTTAGGTGTTTTATAAAACCCAGGTTTTATTTGAT
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CCGTTCAACTTTATTAAAAACCTGCCTCGTTCATTTTTCACTCACTTATT
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ccacttatttcccatccaaaacgcgcatagaaagcgccgtaatcatgacg
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actacgcgaatgcgttctggatgggaaataagtggtttcatttcccatcc
acgagtctcgcctctagcccttcggcctTTAAACTCGATGAGTTGAAGAG
GATGGAATGATCATACATTAGCAGTCGATTTACGCATCGTTGAGGGAAGT
GCAAAGAAAATTTCCATCTTTGATGCTTATAAACGAATAGATTGTCAAGT
TATGTAAgcttaaaaatgtattttgatTGGTGATTATATACTGGGTGTCC
CAACGAGTGTTTGTTACTGTCGGGGTATACATTCATtgtacattttcatt
tttacaaaaCTTGATCGTGAGGCTGTTACAATCTACTCCTCTTCGTTTTA
TAAATGGCAAATGGCATCAGAACTTCAAGAATTCTTTAATAAGATATATA
TTCTTCCCGAGTTTCCTGAATACCCTCATTTAAGTGGCTCAACGATTTAG
CTTCAAGTTAGTGCTCGATGTAAAAACTCTCCTGTTCAGGTTATCTGAGT
AACAAGACCTTTTTAGTCTTAAAGTTTGTCCTGTTGTGCTTGTTTTCTTA
AAACAGTGATTTGAATGACCTTTCAGTTTTGTTGATTGATAAGGTATCTC
GTTTTGCGGTCGAATTTGATACTTATTAACAGGGAAGTTTGGGGTTTTTT
CTTTCACCTAAAGAATTACTTTTCAACAACCCTTAAAATATGATACTTTG
TTGGAAGGATGatcacagattttttttctattctggAGAAAATTGAAAAG
CTTATGTTAGGGATGTGAAGTATTTGGAAGTGTTTCGTACTTATAACTTT
TCAAGAAACGATTTCTTGACCTCGCGGGATTTTTAACCCGCAAAAGCATT
GTCTTAATTTCAGACATCTACAAAACTGCAGGTAGTATAGTGTATAAGAG
CATAAattcgttagtggatgccagcgaCGTAGTGAAAGTACGGTTGTACA
GtaatctctctctaattcaaagaaACGTCTTTGTCCCAccaagatcgaat
tagagagaggtaGCTGTATTTATTTGGCAATTTTATTCTTAACTGTACCT
TTTCTTATTTACAGGGTATACTCATTAAAATGTTGAATTTAACAACAACC
GTGACTCCAGATAcaaaccaatttaatatcacatGTAATGGTACCCTTGT
TACACATAACACAACCAATATAACATGCATCCCAAATAATACAAAGGCCG
TCAATTTTCCAATACCTGAATACCAGCCCTCCGTATGGGAGATTGTATCG
TTATGTTTTATCTCCGTCATTGTGATTTTCGTCAATCTGTTGGTTATACT
GGCGTATTTTAATGGAGCTCGAAGATTAAGAACTAAAACCAATTTATTTG
TTATTAACTTGGCTGTTACAGATACGATGGTTGGATTGATTTCAATACCA
TTCTGGATTTCTTCGTTGCTCAGTAAGtgatgatattcatgacgtaatgt
tttctgcGGATATTTCCcagatttttgcatttttgcacCAGTAGTGGCAA
ATCAAAGCTAGAGAAAAATTGTTTAATATTTGTCATTACTGGCAAAACAC
CTCTgttcaaaagaaaacattatGTAATGAATGGATCAAATTCCAATTTT
AAACTTGTACAGAGTCACTTAGCTtacattttcaataataaaaAAGGGTC
GAGATCTGCTCTTGGTACGAGATAGAGCTACTTTTTGGACATTCTTACCT
CATAATTCGTTAAATGCGATTTTAGGGATAACACCGTTTATTGAGATACA
ATGCTTTAGAAACCGGTATAAAAAATGCAGCTTGGGAAAAATGTTGCAGA
CCCGGGTAAATTGCATACCACTGCTCCTCTCCCTACACGACTTTGAGTTG
TAGATTCAATACTGATTTTGTAAATCGTCTTCTCTTGCACATAAACCCTT
TGGAAAGCATTTTTGAGTCTACTAGGAAGAATTGAAGTCAGAGTTCTATG
TCTatgcactgacctttatatattccTGGACCAGGTTACTCAATCCCAGC
CAACCTAAAGTCTTTGATccgagtttttttttgaaattggtaccctaatg
gcggcactactcaatagcggtgaaaatgcatcgagagcgctagatctaat
tttcctcgaatacttttgatgataatAGTGCCGGTAGACGTAAATTTTTT
TGGCTTCTtttcgggtaccaattccaaaacaaactctgatcaaagatggt
ggatatagcttggtccagggatatataaaggttagTGTGTCTATGTCTAA
ATCAATGCGGCGGCTTCGGATATTCTACCATTACATCTGGTAAACCCGTC
TACCCAGTCTCTACAGGTTAAAGTATCTCCAATGATAACAATGATAACTC
TTTTTTTCCTCATAGACTTTATCACGAAGAATCATCCGTTATACAAATAT
CTCATCATATTGGATGTTCTCTTTGGAACGACGTCAATCTTCTCCTTAAC
CGCCATCAGTTTTGAACGTATGTTCGCTGTCAAATATCCGACAACACATC
ATAATCTCAACGATCCACCGTTTTATTTTATAATCGGAATCATTTGGTGT
ATAGGAATTTTAACAGCTGGTATTCGATACAATTTTCCGAATCCTGTTGG
TGAGAAATATTACACTCTAGCCGTCCTCATTGTAGCTTTTCTTCTACCGT
TAGTGATCATCGTGTGTTGTTATTTCATGCTTTTTTACACGGCACGATCC
ATGATGGTTGCCAGTAACCAAGAGAACAATTTATCACGTGATTTACGTGT
AGCTAAGACCATTTCGATTATTATTGGACTTTTTGTCATATGCTGGTTAC
CTTTCTTCACAGTAAACATGTGTTATTATTTTGGTACACCGTCTTTAAGA
ACGAAAATGTTGTCTTCCATTGGACTTATATCAGCCACTAAAGGGATGCA
TTATTCAAATTCCATGATGAACTTTTTCGTATATGCAGTTCGTTCACCTG
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GTCCTGCGAGAGCGATTACGGACTTTTTCGAACGCTCATATGCTGCTTCC
AGGATCTTTACGAGTTCAGAGATTAAAGACTTCAACAACTTCTGGAGGGT
CTGGAGGAAGTCTTACAAACGTTACAACGCTACAAACTACCCCTAATCAA
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ttctattaAATGGGGTTTCTTACTAACAGATTAACCCATGGCCTAGGTTC
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ttACTTAACGAGTTGCCCCCTGTTGCCACTTCGCTCCTGGTTTATctgca
atcatggtcgtaatatttgagaaaaaagggaaattcaccgggaaattttg
aaaccacaatcgatttgtaggtgctctaaagtaggttggaagggtagagt
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tttctTCAAGCTTTTCCAAACAAAGATTTTAGCTTCCAACTTTTTTCCCA
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acatGTAATGGTACCCTTGTTACACATAACACAACCAATATAACATGCAT
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TATTTTATAATCGGAATCATTTGGTGTATAGGAATTTTAACAGCTGGTAT
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
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|---|
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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: Biological Process
| Term | Definition |
|---|
| GO:0007186 | G-protein coupled receptor signaling pathway |
Vocabulary: Molecular Function
| Term | Definition |
|---|
| GO:0004930 | G-protein coupled receptor activity |
Vocabulary: Cellular Component
| Term | Definition |
|---|
| GO:0016021 | integral component of membrane |
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
| Category |
Term Accession |
Term Name |
| biological_process |
GO:0007186 |
G-protein coupled receptor signaling pathway |
| cellular_component |
GO:0016021 |
integral component of membrane |
| molecular_function |
GO:0004930 |
G-protein coupled receptor activity |
Blast
BLAST of TCONS_00013477 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SSR2 (Somatostatin receptor type 2 OS=Homo sapiens GN=SSTR2 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 86.2705 bits (212), Expect = 5.493e-18 Identity = 75/302 (24.83%), Postives = 135/302 (44.70%), Query Frame = 1
Query: 565 RLRTKTNLFVINLAVTDTMVGLISIPFW-ISSLLNFITKNHPLYKYLIILDVLFGTTSIFSLTAISFERMFAVKYPTTHHNLNDP--------PFYFXXXXXXXXXXLTAGIR----------YNFPNPVGEKY--YTLAVLIVAFLLPLVIIVCCYFMLFYTARSMMVASNQENNLSRDLRVAKTISIIIGLFVICWLPFFTVNMC----YYFGTPSLRTKMLSSIGLISATKGMHYSNSMMNFFVYAVRSPDFRTAFKALLC----------SRCDKKVLRERL-RTFSNAHMLLPGSLR 1362
+++T TN++++NLA+ D + ++ +PF + L + + ++ +D + TSIF LT +S +R AV +P P + + ++ ++ AG+R N+P G Y + + I+ FL+PL II CY + +S + + +V + +SI++ +F+ CWLPF+ N+ TP+L+ G+ + Y+NS N +YA S +F+ +F+ +LC R D K + RL T LL G L+
Sbjct: 73 KMKTITNIYILNLAIADELF-MLGLPFLAMQVALVHWPFGKAICRVVMTVDGINQFTSIFCLTVMSIDRYLAVVHPIKSAKWRRPRTAKMITMAVWGVSLLVILPIMIYAGLRSNQWGRSSCTINWPGESGAWYTGFIIYTFILGFLVPLTIICLCYLFIIIKVKSSGIRVGSSKRKKSEKKVTRMVSIVVAVFIFCWLPFYIFNVSSVSMAISPTPALK-------GMFDFVVVLTYANSCANPILYAFLSDNFKKSFQNVLCLVKVSGTDDGERSDSKQDKSRLNETTETQRTLLNGDLQ 366
The following BLAST results are available for this feature:
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