|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00013712 ID=TCONS_00013712|Name=TCONS_00013712|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3096bp
TTCCatgaaaattaatcccattaaagtatcaccttttaaattcagtaaaa
tttTCAAGCCCCCCTTTTTTCAGGGTACAAGTTACAAATCCCAATGgttg
atttaaatttttcacctatatgtttttgttttccttcttGTTTGTTTCCC
TTTGTGATTATCAGTTAGGTCCTTTCATTCTTTTGAAATCAATATTcact
tttgaaaattccaaaaaaatattaatacaGGGTATCAAAAGGTACCAACA
AAAGTCTACTTTCAACtttaaactttttctaaaaattttaatatttacTG
TTGTTTTTGCAGAGTAAAATgcttgaaaataaagaaaaaggagaaagtaA
AAACACTTTACAAACAAATACAACAATAAAACATGACACAAAAGGTTGGC
ACGAGTTTGCTGCTGGCGGCTGTGCTGCTGTGGTTAATATAATGGTGACA
TTCCCTGTATATAAGACAATGTTACGTCAACAAATTGATGGGATAACGAT
GCTCAAAGCAGTTACTCAAATCAAGCATGAAGGACTTTTCAAATTATATC
GTGGAGTTGGACCTCCTTTAATGCAAAAAGGTATCAGTTGTTCCATCATG
TTCGGGTCTTATCATTCCatacaaaaaaaattggttgaaaCATATCCGAG
GACGAATGAAACTTTCTTGAAAATAGTTGCAGCAATGACGGCTGGTAGTT
TTGAGTCCTTGATGACTCCTTTTGAACGTGTACAAACCTTACTTGCCATT
TCTGAACATAAAGATTACGTCAAAGTTCATAACACAGTACATGCtttctt
gaaaataaagaaacatcataattttaaagaatattatCGTGGATTTACTG
CTATTTTGCTTAGGAATGGTCCGAGCACTGCTTTGTTTTTCTTATTGAGA
GAACCTATAAAAGACTTGCTACCTACGGCGGAATCAGGATTGACTAATGT
TGCTGAGGATTTTGTTAGTGGAGCAGTGCTTGGTGCATCTATCAGCACTT
TAGCCTATCCATTAAACGTTGTAAAGTCAAACATGCAGAAGAGGCTGGGT
GAGGAATACAGAGGCATAATGTACACTTTTCGTGAAGTTTATAATCAACG
TGAAAGAAGTATTCGGAGAATTTATTTTGGTGTGAGCTTAAATTTTTCGA
GAGCTTTGATTTCATGGGGAATTATCAATGCAActtatgaaattttcatt
aaattcttAAATGAGGTGGATCCTTAATCGAGATGTTCCTTTGAGCTTGT
TGTTGGTGGATTCGTGAGTTATGTTTTTCATTATTATGAAAACTAGACGT
ttcgaatttcaaaaaacttactAGACCATGCTGTACAGATTTACTATCAA
TTTTAGAAATgttttaaatgaatttatttagatgattatttttctgatat
tatagatatttttatcttaacaacattgttaattctttttatttacaaTG
ATCGCGAAAGGTGTAGTAAAAGCAAgtttatgtgtgtttttctgcgatgA
AGATGGTTAGCTTTCAATTTAtctagatcctgactgactgaggtcGGCGG
TAAATCAGCAcgtttaccgtcctcgattttgtgggTCAAAACAGCGATAT
ATTCCAAATCGCTACAGTCAACATTTAATGATGACCAATACACGAGAAGA
GATCGCCCTGCCAAGTCTTTGTTGGATCAAGTTGTTGGTCATAAAATGAT
TTCTATTAGTCAATTTTGTTCTCTTGCCTTAAGCAAGAAGTAATGAtgtg
aatttgaatttaattagTTCGACATGGGAAAATACCTCTAAGTGAATAGG
CCTCACGGTGAGATACTTTCCCATGTCCAACCATGTCCAGTAATGGGCTG
TTGtagaattttattattattattattattattaacctGTCGTCCTGAAA
AGCAcggatacataaactcgcttatAGTTTATGCGACGGAAGGTACTTTT
TAAGTTGACTCGAACCCAACTATCTATGACTAAGGTTTGTAAATACCTCC
GGAAAGTTACTAGTGAAATCCCTCAATTTAATATTCTTGAACATTCATAA
AAATAGTGTCTGTCTTGTctgtttttggaaaataattagATCAAACAAGA
ATTGTATCTTAATCTCGTAAAAGATCTTGTCTCAACTTTGAAAAGAGGAA
GTTTAACAGTTTCAGAATCAAAATTCACAGGCGAAAGAACTTTGTAGAGA
TTGGTTTCTGGTTCAATGCTAAAACTACACCTTTCTGCTAAAGTATCATT
TTAGAAATGGTTGGTTTAGAGAATACGTAAGACAACGTTCACCTCAAAGG
GAGAACTTTTGGCGGAACAGggtggaaatttaatttggtagatggttgaa
aaggatttttcagaggaaatttaatttggcagatattttgcaaaaatgct
ACTAAAAGAGCATGTTAAGCATGTTTTAGGCctaaaatagcaaaaatttt
ggggaatgaataaaataatttaaaattggCTTGAATTTAATCCTGCCAAA
TCCGCCACCAAATTTTCTCTTCACTAAAAATTCTTCCTTTAGGTCACCTT
TAGTGAAATGTTTTGGATATGGAACATTCCGAACGGGTATGTCCACAATT
TTGACTGAAGCTTCGAGTTCGATCTACTTTGTAGACGGCAGAATCTTTTG
CAGGGttgcaaaatcgcgaaatttcgcgaattttactTTTGGAACAAATT
CAGCGGATATAACTTATAGCGAATTTTAGAATGTTATTTCATTTTGTGGG
CAAAAAAGCGATAAAAATgcacaaaaactgaaaactgagtATAAAATGGC
AAAAACAGTGTACTTTTCgccaaaaaaactttactttgcagaaactttcg
cgaaaaagggcGTAAATCGCGaaaattgcgaaagtttctgcccttaaagt
atctATCATTTTGAAAGTTAGCTCTAACTAGACGTCTCTATTcagaataa
agagaaaaaaaaatttgtcagtcaaagaaaaatatttgcCACCCTTTTAA
AGTCACCTTACATCATTGCTCAACTTTTAATAAAGTATTATTGAAAATCA
CcagtttatatttttatacaaagtttatttgatgtttataatGAAG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000171:220784..223879- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00013712 ID=TCONS_00013712|Name=TCONS_00013712|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3096bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000171:220784..223879- (Clytia hemisphaerica)
TTCCATGAAAATTAATCCCATTAAAGTATCACCTTTTAAATTCAGTAAAA
TTTTCAAGCCCCCCTTTTTTCAGGGTACAAGTTACAAATCCCAATGGTTG
ATTTAAATTTTTCACCTATATGTTTTTGTTTTCCTTCTTGTTTGTTTCCC
TTTGTGATTATCAGTTAGGTCCTTTCATTCTTTTGAAATCAATATTCACT
TTTGAAAATTCCAAAAAAATATTAATACAGGGTATCAAAAGGTACCAACA
AAAGTCTACTTTCAACTTTAAACTTTTTCTAAAAATTTTAATATTTACTG
TTGTTTTTGCAGAGTAAAATGCTTGAAAATAAAGAAAAAGGAGAAAGTAA
AAACACTTTACAAACAAATACAACAATAAAACATGACACAAAAGGTTGGC
ACGAGTTTGCTGCTGGCGGCTGTGCTGCTGTGGTTAATATAATGGTGACA
TTCCCTGTATATAAGACAATGTTACGTCAACAAATTGATGGGATAACGAT
GCTCAAAGCAGTTACTCAAATCAAGCATGAAGGACTTTTCAAATTATATC
GTGGAGTTGGACCTCCTTTAATGCAAAAAGGTATCAGTTGTTCCATCATG
TTCGGGTCTTATCATTCCATACAAAAAAAATTGGTTGAAACATATCCGAG
GACGAATGAAACTTTCTTGAAAATAGTTGCAGCAATGACGGCTGGTAGTT
TTGAGTCCTTGATGACTCCTTTTGAACGTGTACAAACCTTACTTGCCATT
TCTGAACATAAAGATTACGTCAAAGTTCATAACACAGTACATGCTTTCTT
GAAAATAAAGAAACATCATAATTTTAAAGAATATTATCGTGGATTTACTG
CTATTTTGCTTAGGAATGGTCCGAGCACTGCTTTGTTTTTCTTATTGAGA
GAACCTATAAAAGACTTGCTACCTACGGCGGAATCAGGATTGACTAATGT
TGCTGAGGATTTTGTTAGTGGAGCAGTGCTTGGTGCATCTATCAGCACTT
TAGCCTATCCATTAAACGTTGTAAAGTCAAACATGCAGAAGAGGCTGGGT
GAGGAATACAGAGGCATAATGTACACTTTTCGTGAAGTTTATAATCAACG
TGAAAGAAGTATTCGGAGAATTTATTTTGGTGTGAGCTTAAATTTTTCGA
GAGCTTTGATTTCATGGGGAATTATCAATGCAACTTATGAAATTTTCATT
AAATTCTTAAATGAGGTGGATCCTTAATCGAGATGTTCCTTTGAGCTTGT
TGTTGGTGGATTCGTGAGTTATGTTTTTCATTATTATGAAAACTAGACGT
TTCGAATTTCAAAAAACTTACTAGACCATGCTGTACAGATTTACTATCAA
TTTTAGAAATGTTTTAAATGAATTTATTTAGATGATTATTTTTCTGATAT
TATAGATATTTTTATCTTAACAACATTGTTAATTCTTTTTATTTACAATG
ATCGCGAAAGGTGTAGTAAAAGCAAGTTTATGTGTGTTTTTCTGCGATGA
AGATGGTTAGCTTTCAATTTATCTAGATCCTGACTGACTGAGGTCGGCGG
TAAATCAGCACGTTTACCGTCCTCGATTTTGTGGGTCAAAACAGCGATAT
ATTCCAAATCGCTACAGTCAACATTTAATGATGACCAATACACGAGAAGA
GATCGCCCTGCCAAGTCTTTGTTGGATCAAGTTGTTGGTCATAAAATGAT
TTCTATTAGTCAATTTTGTTCTCTTGCCTTAAGCAAGAAGTAATGATGTG
AATTTGAATTTAATTAGTTCGACATGGGAAAATACCTCTAAGTGAATAGG
CCTCACGGTGAGATACTTTCCCATGTCCAACCATGTCCAGTAATGGGCTG
TTGTAGAATTTTATTATTATTATTATTATTATTAACCTGTCGTCCTGAAA
AGCACGGATACATAAACTCGCTTATAGTTTATGCGACGGAAGGTACTTTT
TAAGTTGACTCGAACCCAACTATCTATGACTAAGGTTTGTAAATACCTCC
GGAAAGTTACTAGTGAAATCCCTCAATTTAATATTCTTGAACATTCATAA
AAATAGTGTCTGTCTTGTCTGTTTTTGGAAAATAATTAGATCAAACAAGA
ATTGTATCTTAATCTCGTAAAAGATCTTGTCTCAACTTTGAAAAGAGGAA
GTTTAACAGTTTCAGAATCAAAATTCACAGGCGAAAGAACTTTGTAGAGA
TTGGTTTCTGGTTCAATGCTAAAACTACACCTTTCTGCTAAAGTATCATT
TTAGAAATGGTTGGTTTAGAGAATACGTAAGACAACGTTCACCTCAAAGG
GAGAACTTTTGGCGGAACAGGGTGGAAATTTAATTTGGTAGATGGTTGAA
AAGGATTTTTCAGAGGAAATTTAATTTGGCAGATATTTTGCAAAAATGCT
ACTAAAAGAGCATGTTAAGCATGTTTTAGGCCTAAAATAGCAAAAATTTT
GGGGAATGAATAAAATAATTTAAAATTGGCTTGAATTTAATCCTGCCAAA
TCCGCCACCAAATTTTCTCTTCACTAAAAATTCTTCCTTTAGGTCACCTT
TAGTGAAATGTTTTGGATATGGAACATTCCGAACGGGTATGTCCACAATT
TTGACTGAAGCTTCGAGTTCGATCTACTTTGTAGACGGCAGAATCTTTTG
CAGGGTTGCAAAATCGCGAAATTTCGCGAATTTTACTTTTGGAACAAATT
CAGCGGATATAACTTATAGCGAATTTTAGAATGTTATTTCATTTTGTGGG
CAAAAAAGCGATAAAAATGCACAAAAACTGAAAACTGAGTATAAAATGGC
AAAAACAGTGTACTTTTCGCCAAAAAAACTTTACTTTGCAGAAACTTTCG
CGAAAAAGGGCGTAAATCGCGAAAATTGCGAAAGTTTCTGCCCTTAAAGT
ATCTATCATTTTGAAAGTTAGCTCTAACTAGACGTCTCTATTCAGAATAA
AGAGAAAAAAAAATTTGTCAGTCAAAGAAAAATATTTGCCACCCTTTTAA
AGTCACCTTACATCATTGCTCAACTTTTAATAAAGTATTATTGAAAATCA
CCAGTTTATATTTTTATACAAAGTTTATTTGATGTTTATAATGAAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00013712-exon-sc0000171-1575043694:220784..223879 | TCONS_00013712-exon-sc0000171-1575043694:220784..223879 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00013712-exon-sc0000171-1510915933:220784..223879 | TCONS_00013712-exon-sc0000171-1510915933:220784..223879 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00013712-exon-sc0000171-1491911889:220784..223879 | TCONS_00013712-exon-sc0000171-1491911889:220784..223879 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000171 | supercontig | sc0000171:220784..223879 - |
Blast
BLAST of TCONS_00013712 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: S2551 (Solute carrier family 25 member 51 OS=Homo sapiens GN=SLC25A51 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 226.483 bits (576), Expect = 2.843e-66 Identity = 116/269 (43.12%), Postives = 167/269 (62.08%), Query Frame = 1
Query: 403 EFAAGGCAAVVNIMVTFPVYKTMLRQQIDGITMLKAVTQIKHEGLFKLYRGVGPPLMQKGISCSIMFGSYHSIQKKLVETYPRTNETFLKIVAAMTAGSFESLMTPFERVQTLLAISEHKDYVKVHNTVHAFLKIKKHHNFKEYYRGFTAILLRNGPSTALFFLLREPIKDLLPTAESGLTNVAEDFVSGAVLGASISTLAYPLNVVKSNMQKRLGEEYRGIMYTFREVYNQRERSIRRIYFGVSLNFSRALISWGIINATYEIFIKFL 1209
+ G CAA N+ +TFP+ K + RQQ+ GI A+ Q++ +G LYRG+ PPLMQK + ++MFG Y + L+ + E VAA+ AG+ E++ TP ERVQTLL +HK + K NT AF K K H EYYRG IL RNG S LFF LR PIK+ LPTA + ++ DF+ G +LGA + L +P+NVVK+ +Q ++G E++ F++++ +R+R + ++ G LN+ R+LISWGIINATYE +K +
Sbjct: 33 HYLCGCCAAFNNVAITFPIQKVLFRQQLYGIKTRDAILQLRRDGFRNLYRGILPPLMQKTTTLALMFGLYEDL-SCLLHKHVSAPEFATSGVAAVLAGTTEAIFTPLERVQTLL--QDHKHHDKFTNTYQAF-KALKCHGIGEYYRGLVPILFRNGLSNVLFFGLRGPIKEHLPTATTHSAHLVNDFICGGLLGAMLGFLFFPINVVKTRIQSQIGGEFQSFPKVFQKIWLERDRKLINLFRGAHLNYHRSLISWGIINATYEFLLKVI 297
The following BLAST results are available for this feature:
|
