TCONS_00014212 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00014212
Unique Name	TCONS_00014212
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	4758

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000183:341225..363210+

transcript sequence

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TGTTtgct

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Legend: exon

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>TCONS_00014212 ID=TCONS_00014212|Name=TCONS_00014212|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=21986bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000183:341225..363210+ (Clytia hemisphaerica)
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GAAGCTTCCAACTGAAGAAAAgtggttttatttttatctttttatcccGC
CTTACTTTCTAGcactttcaattttcatttttttagttttcttttttatg
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AAGCCGGAAGAAAAGTTTTATTGTTAACTATTCAAATCATATTGCACTTG
GGAGATTCACAGGTTTTATTCATCTAAACAGAATTTCAGAAAATGGGAAT
TATGAGATTTTCAATCAAAGATAAAAAATCGAGTCCGCAATATTTCTTTC
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ATCCACTTTTGATATCGACGTCGACTTTTCTAAAGACTTTTTTCTATCGG
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ATTGTAAATCTTGATGTGAATGAAAAAACTATACCCACCAATCAATACAA
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ATAGTGGAATACATATTAAGCCGTATAGAAAGTCACTAATTGCAGCGTTC
ATTAGGAGATAGTTGGATGGTGTTTTTAGTGTTGGGGTTTGATAGATCGC
CAGAATGACCAAGAAGTTTGAAATGATGGTTGATGCACCAATAATGAGAT
TGACGCCGATCGATGCCAGGATCGCATTCACATTGGAATCGTCTAATGGA
TACTTGGTGCCTAAAAGATAGAAAAATGCTCGGTCTAATTTACTTTCCAT
TTTGCGGCCCGGACTCCTCGTAGAATATGCAATTTTATGATTGTATCAAT
TTAGCTCAAACAAGGGGCAGAAAATGAGTCATTTGATTCGATAGATTTTC
TCAGGAAATCATGTGTAAACAATGTATAAGCTAGGCGACCAAGTTAACGA
TACACCTAGTCTGTTTTTAGACCTATAGTTTGTGCTCCAAAAAGCTTACC
CAAAAGTATATCAAGATAAAAACATTTAACGGACTGAGTCTCAAAATCAT
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AATTTGAACCATCATCCAAAGTATCATTTTTGGTCATTTCCTTTGTGTTT
CAACTTCATATAAAATATTATTGGATTTTTAATGAGACAGTAACGTGACC
ATAAGAATTTTTGTCTTCTCGATATCTAGCCTTCAATCTAGCCAAAGTCT
TCCTCAAACACTTACTCAAGTCAATATTATATAATCAATATATTCTCTGT
CATATGATTGAATCTATAATAAATAGCACTTAAAAGATTATGAATAAGAT
AATTATAAAAGATGCAATTCAATTCTCATAGCTATTACATACAAAAGTAC
CTACATTATCTTGGACTCCATAGGAGCTCTCTTTATCATCCTGAACTTTG
TAAACATCCTCACTATGAATATTTCATAAACATACACCCGCCTACTCTAT
TCAAACTTTTAATCAAGGAGGTATTGGAAACTGACAATGCTCATCtttat
ctttttatcttttagAACTGATTTCTGGAGAGCCATACTTTGGAGATAAG
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TAAAGTCGATCGCTCGCGTGACAATCTAGGCGTCATTGAAGAAGGCCGAG
GCGCGAGCCCGAAAGTAGAAAGCAGGAATACGCCAGGTAATAACAGTATT
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GAgtgtttttgtgcaatttcctagaaattaggtgttttagagtccaaaaa
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TTTCGCTTCAACTTTCAGAAacctgaaaaaatatttttttgttttttttt
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGTAGTTGAGTGTAATTTGCATGCA
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Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_007950	XLOC_007950	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000183	supercontig	sc0000183:341225..363210 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00014212 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: MELK (Maternal embryonic leucine zipper kinase OS=Homo sapiens GN=MELK PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 276.559 bits (706), Expect = 1.129e-78
Identity = 144/261 (55.17%), Postives = 194/261 (74.33%), Query Frame = 2

Query:  170 ELSKYYEDKNKVLGSGGFAKVILAEHIATGQKVAIKVMNKNYLKKKDDLHRAYNEIYALKHLSHQHVCQLFEVFECEEFIYLVIEHCPGGELFDYIVTKKRLEEREARYLFSQILSAVAHFHKHGYAHRDLKPENMLLXXXXXXXXXXFGLSAKPENGLTSALRTRAGSVLYASPELISGEPYFGDKTDIWSLGVVLYALLCGFLPFDHESTVELYKKIKKGEFAXXXXXXXXXXXXXNGMLETDPKRRITIEKILSHPWM 952
            EL KYYE  ++ +G+GGFAKV LA HI TG+ VAIK+M+KN L    DL R   EI ALK+L HQH+CQL+ V E    I++V+E+CPGGELFDYI+++ RL E E R +F QI+SAVA+ H  GYAHRDLKPEN+L D+   +K+IDFGL AKP+      L+T  GS+ YA+PELI G+ Y G + D+WS+G++LY L+CGFLPFD ++ + LYKKI +G++  P WLSP S+ LL  ML+ DPK+RI+++ +L+HPW+
Sbjct:    6 ELLKYYE-LHETIGTGGFAKVKLACHILTGEMVAIKIMDKNTLGS--DLPRIKTEIEALKNLRHQHICQLYHVLETANKIFMVLEYCPGGELFDYIISQDRLSEEETRVVFRQIVSAVAYVHSQGYAHRDLKPENLLFDEYHKLKLIDFGLCAKPKGNKDYHLQTCCGSLAYAAPELIQGKSYLGSEADVWSMGILLYVLMCGFLPFDDDNVMALYKKIMRGKYDVPKWLSPSSILLLQQMLQVDPKKRISMKNLLNHPWI 263

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00014212 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00014212 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
MELK	1.129e-78	55.17	Maternal embryonic leucine zipper kinase OS=Homo s...	[more]

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TCONS_00014212 (transcript) - C. hemisphaerica