TCONS_00014719 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00014719
Unique NameTCONS_00014719
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2892

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00014719 ID=TCONS_00014719|Name=TCONS_00014719|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2892bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000197:65892..93664-

Legend: exon
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>TCONS_00014719 ID=TCONS_00014719|Name=TCONS_00014719|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=27773bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000197:65892..93664- (Clytia hemisphaerica)
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000197supercontigsc0000197:65892..93664 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
3.92855e-05 0 1.96895 0.564654 29.0255 20.7296 29.3198 32.3381 7.13657 9.95504 4.76062 5.59173 9.5078 11.4209 5.39444 4.55958 4.925 6.93954 13.1944 10.2063 12.2075 7.05665 4.9054 4.77103 14.975 12.3755 1.22847 3.21588 0 0.5331
Blast
BLAST of TCONS_00014719 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: HTF4 (Transcription factor 12 OS=Homo sapiens GN=TCF12 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 149.058 bits (375), Expect = 4.874e-37
Identity = 77/118 (65.25%), Postives = 88/118 (74.58%), Query Frame = 1
Query: 1297 DDDLNDEPGNEETGGTKVVRESERRHANNARERIRVRDINEAFKELGRMCSLHLKNESPQTKLTILHQAVTIITSLESQVRERNLNPKAACLKRRGDEEKMNDDVSEKRMNMNGSFDG 1650
            D+DLN E         K+ RE ERR ANNARER+RVRDINEAFKELGRMC LHLK+E PQTKL ILHQAV +I SLE QVRERNLNPKAACLKRR +EEK++   +E    + G+  G
Sbjct:  563 DEDLNPE--------QKIEREKERRMANNARERLRVRDINEAFKELGRMCQLHLKSEKPQTKLLILHQAVAVILSLEQQVRERNLNPKAACLKRR-EEEKVSAVSAEPPTTLPGTHPG 671          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00014719 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
HTF44.874e-3765.25Transcription factor 12 OS=Homo sapiens GN=TCF12 P... [more]
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