TCONS_00015176 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00015176
Unique Name	TCONS_00015176
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3128

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000205:88120..102158+

transcript sequence

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Legend: exon

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>TCONS_00015176 ID=TCONS_00015176|Name=TCONS_00015176|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=14039bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000205:88120..102158+ (Clytia hemisphaerica)
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TAACTTGAGtttagcctgaaaatgttcttaatttcaaagCTTTGTGAATA
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ttcttgatattttggtcatcgaagcttgatgttcttatatagaacGTGAC
TCTAGAAAATGCGGACACTTCTATTTACCAGACGAAAAACTTTAAGCCTT
TTTTTTAAGTTCTGTATCaatatttaatgttttttaaagTTCCCCAACTG
TTGTAATATTTTAAAGTCCTAGTAATTTTGTGAAaatagttttgtttttt
tgaaattgtattttttatttttaagaatttgttTTCTGTTTTAATGGTTG
TGAAGTGTTAAATATATTGAATgggtttgttttttaatt

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_008501	XLOC_008501	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000205	supercontig	sc0000205:88120..102158 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	6.2817e-09	0	3.09812e-08	0	0	0	0	0.434029	0.0363157	1.07164e-06	2.4912e-08	0	2.1557	1.0069e-07	0	4.88929	0	5.60823	0.00580792	0	0	0.00476424	0	0	0	0	0	0.119298	8.19181e-08

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00015176 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: GCSP (Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial OS=Homo sapiens GN=GLDC PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 1027.7 bits (2656), Expect = 0.000e+0
Identity = 514/788 (65.23%), Postives = 618/788 (78.43%), Query Frame = 3

Query:    3 ALVETRASTIANASMEIIVGDYK---EFDFSNKDVSGVLFQYPDTNGHIEDFTELVEKAHEGGXXXXXXXXXXXXXMLKPPGEFGCDVALGNSQRFGVPLGYGGPHAAFFSVTDNLKRFIPGRVVGVSKDVHGNPCYRLALQTREQHIRRDKATSNICTAQALLANMSGMYAVYHGPEGIANISKRVHNAALILAEGLKVGGYTLASESFFDTVKVVGIKDKQWCIDRAASKEINLREFPDGSLGISMDETIQEKDLDDLFWVFSCGETAAHIASEMSSPPQQSILSSDLKRKTSFLDHPVFNSYQSETKIVRYMKMLENKDLSLVHAMIALGSCTMKLNATSEMMAITWPKFTNIHPFVPKDQAEGYYQLFKELEDDLSEITGFDATSLQPNSGAQGEFAGLMTIKAYLKSIGQEHRNICIIPKSAHGTNPASAAMAGFKIIPVNTDKVGGIDYNDLASKVEKHRDNLAAIMITYPSTSGVFEPGIRDMCRLIHENGGQVYLDGANMNAQVGLCRPGDYGADVCHLNLHKTFCIXXXXXXXXXXXICVKKHLQPFLPTHPIVPPVGTDAEGAQPFGTIAAAPYGSAAVLSISWAYIKMMGPKGLTKATQIAILNANYMLHRLEGHFELRFRGPNGNCAHEFIVDCKEFKKSANIEVLDIAKRLQDYGFHAPTMAWPISTALMIEPTESETKAECDRLVDAMISIRQEIRDIEEGRMDKLNNPLKNSPHTQAVLMEENWDKPYSREVAAFPAPW-SLRSKFWPTIGRVDDVHGDSHLICSCPPMESYE 2354
            A+V+TRA          ++ + K   E DFS KDVSGVLFQYPDT G +EDFTELVE+AH+ G+LACCATDLLA  +L+PPGEFG D+ALG+SQRFGVPLGYGGPHAAFF+V ++L R +PGR+VGV++D  G   YRLALQTREQHIRRDKATSNICTAQALLANM+ M+A+YHG  G+ +I++RVHNA LIL+EGLK  G+ L  + FFDT+K+      +  + RAA ++IN R F DG+LGIS+DET+ EKDLDDL W+F C E++A + +E      + I  S  KR + FL H VFNSY SET IVRYMK LENKD+SLVH+MI LGSCTMKLN++SE+  ITW +F NIHPFVP DQA+GY QLF+ELE DL E+TG+D    QPNSGAQGE+AGL TI+AYL   G+ HR +C+IPKSAHGTNPASA MAG KI PV  DK G ID   L + V+KH++NLAAIMITYPST+GVFE  I D+C LIH++GGQVYLDGANMNAQVG+CRPGD+G+DV HLNLHKTFCIPHGGGGPGMGPI VKKHL PFLP HP++       E A P GT++AAP+GS+++L ISWAYIKMMG KGL +AT+ AILNANYM  RLE H+ + FRG  G   HEFI+D + FKKSANIE +D+AKRLQDYGFHAPTM+WP++  LM+EPTESE KAE DR  DAMISIRQEI DIEEGR+D   NPLK SPH+   +   +WD+PYSREVAAFP P+    +KFWPTI R+DD++GD HL+C+CPPME YE
Sbjct:  231 AVVQTRAKYTG------VLTELKLPCEMDFSGKDVSGVLFQYPDTEGKVEDFTELVERAHQSGSLACCATDLLALCILRPPGEFGVDIALGSSQRFGVPLGYGGPHAAFFAVRESLVRMMPGRMVGVTRDATGKEVYRLALQTREQHIRRDKATSNICTAQALLANMAAMFAIYHGSHGLEHIARRVHNATLILSEGLKRAGHQLQHDLFFDTLKIQCGCSVKEVLGRAAQRQINFRLFEDGTLGISLDETVNEKDLDDLLWIFGC-ESSAELVAESMGEECRGIPGSVFKRTSPFLTHQVFNSYHSETNIVRYMKKLENKDISLVHSMIPLGSCTMKLNSSSELAPITWKEFANIHPFVPLDQAQGYQQLFRELEKDLCELTGYDQVCFQPNSGAQGEYAGLATIRAYLNQKGEGHRTVCLIPKSAHGTNPASAHMAGMKIQPVEVDKYGNIDAVHLKAMVDKHKENLAAIMITYPSTNGVFEENISDVCDLIHQHGGQVYLDGANMNAQVGICRPGDFGSDVSHLNLHKTFCIPHGGGGPGMGPIGVKKHLAPFLPNHPVISL--KRNEDACPVGTVSAAPWGSSSILPISWAYIKMMGGKGLKQATETAILNANYMAKRLETHYRILFRGARGYVGHEFILDTRPFKKSANIEAVDVAKRLQDYGFHAPTMSWPVAGTLMVEPTESEDKAELDRFCDAMISIRQEIADIEEGRIDPRVNPLKMSPHSLTCVTSSHWDRPYSREVAAFPLPFVKPENKFWPTIARIDDIYGDQHLVCTCPPMEVYE 1009

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00015176 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00015176 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
GCSP	0.000e+0	65.23	Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochond...	[more]

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TCONS_00015176 (transcript) - C. hemisphaerica