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transcript sequence >TCONS_00015218 ID=TCONS_00015218|Name=TCONS_00015218|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3253bp tttggAAGACAATAATCTTGATTTAATTTGGATTAACTCGATTGCATGAT GCCTTTATTATAAATAAAACGAGTGAAAACTTGGCAGTTAATTCTTGGAA CTTTGGTTATTGCATATTTTGGGGGTAGTGGCTGTTTTAGGCCACTCACA AAAGATCATTATTGAATGGCTGCTGTTCCCTTAGCATTAAAGatacCAGA ATCAATTTCTACAAACTCAACAAACGGCTCAATAAATAAAGACCGAGCTC CTAAGCTACATCGTCCCTACAGTCTCTCTGACAGTGAGGACGAAAAAGCT GAGAAGAAAAGTGAAGTTCCGCCTACTAGTCTATTAAGTGTAGTTTCTAC GCTATCCACAAAAGACGCAATGAATCTCATATATACGAACACATTTCAAA AATCACCGCTCGCCGCATTCCCGTACGAGAGCAGCTACAATGGCGCACCA GACACGCTTTTCCGTGGAATGCCTTCATTATCCAATGGTATCGGGCGTTC ACCGCCTCCATTAGAAAAAATGCGACGCGAAAAGGCCGCAGGGGAAGACT CCGTTTTCGCCAATTCTCCAGACCCTCGTTCGCCTTTCGCAAGAGTATTT GATTATAATTGGAGTAATTCGGTCACCGATCGTAAACCGTTGTATGAAAA CGGAAGTTTACCAACGTCAACTTCTTACGATGCTCTTCTTAAAGCGAACT ATGAGAAAATGAGATTTTCTGTTCCCTTCAGAGACTCACCACCTATATCC TCCGCCGTGGGTGAAATCAATCCTCCGTCACGCTCACCAACTAAAGCACG CATGAAATACACACCCATGAGGGAGAACATTTTCAGCGATTCCCTTGCAA CGACTAGCGGAGGAGTGGCAAAATCACCCACCATGTTCTTTTCACGTGGC TCAACAGAGGATCGCAAACCGTACCGCCGAGAAACAGACTTAGTTCGGAG CATGAATCTACACAGCGCTGCGGCTAGTCAATACGATTTGGACCACAACC CATTGAAGATTATCCAGAGCCCAAGCTACCAGGTTAAGCAACGACATCTT AGTGAATCGCTCCCTGATAAACGATCAAGTGTAAGTAGTGCCTTCTCTGT CATAAGGCCCCATTTCCAGCGCATGTATGAGAGGGAGAGCGGTTATAACA GTGACCCTTCTGAGAAAGGGAAAAAACTCTTCAAACCTTACGAAACATTT GAGAAAAGTAAAATCTACGCACGACGACATTCGGAAAATTACAGACCAGC TTTAAACGGGAACAATGGTGCAGATATTGACAAAGAAATTGGGGTCAGTA GATTACACGTTTCAGATGAAGCAAGCAAAGAAGCTTTACAAGCTTTCGAC GCGCATGTGCAGAAAATGATGGCTGAGAAATCAAGATTACAAGGACCGGC ACCCATCGGGTCACCAAAACTGGCCTCAATGAGCCGGCCTAAAGAACCGA TGGCGATTCAATGTTCAACTATTGATAGCAGTATGCCGCAAACGTCGACG ACATTAACGAATGTCGCCGATTTGTCACACGGCGTCGGTGGTTTGCTGGG ATTGACGCGAATCGCGAATGAACATTTGGGACAAGCCATTGCGAAGGAAA AGAAACGCTCAAAAAaCAACAACTGTTTACATTTATGGCAATTCTTACGC ACTGTACTCgaagaagaaaaagacaaaccGAATCGGTGTATCGAATGGAC AAATCGGGAAAGAGGCGAATTCCGATTAATCAAAACAGCCGTTATTGCGG ACCTTTGGGGACAATCTAAAAATCGAAAATGTATGACGTATGAGAAGATG GCGCGTGCTATGCGTTATTactataaaatgaaaatcttggaGAAAGTACC TCACAAGAGACTACATTTCCGGTTCGGTGAAAAAATGTTGGCCCGCGTAC TGGACCCTAATACAATTAAGCCGTTTCGGCGTATGAGCACCGGGGACCAA CATATGCGACCGGCAAATGGAACTAATGGCTATTATTCAGGACCACCGCC TCCGCTGCAAATGTTACGTCGTGGTTCGATTGATGGATTGAATTCGCCTG GAGTTATCTCCTCTTATCAGGGTGGCCGCCTTGGAAGTCAAAGTGATTGT CCACCCACGCCCATGACTCCATTATCGCCTTGCACACCAATGACACCTTT AACGCCCTGCACACCGGGCGTAAACCGAACACCCGTTATTATGTCTCGTT CAACCAATGTTTTCTTCCCGCCAGATTCTCCATTACCCAAACTCGAAAAC TACGAATCAAAATCACCGCCAAGAAACGGGCGTCAAAATTCACCACCCAC CACCTATCTTCAGCAGCAACGATTACCCCAACAAAGTCAGCCAATCAAAG ACGAATTTAACAGAAATTTACCAATAAAAGAGGAGTATAACAGAAATCAG CCAATCACTGAGGAGTATAACAGAAATCAGCCAATCAAAGAGGAGTTTAA TAAAAATCACCCAATCAAGGAAGAGGATGATAGACTGTCAGAATCAACGG CAACGACCACTTCTAAAGATGGCGTCGCTTCGGACAATTCTATTAATGCA GACGAAGAGTCGGATAGTGAACTTATCGTTGATATGGACTAATTTGTATA GAAATTGTGCTAACATTGTAGATAATGAAAAGGCCTAATTAAGCGTAAAT CTATAACTTTGGGACAAGTTCgtgtttttacaagctctttttgATTTGGT TAAGTGGTTAACCTCTAATAAATCAATtctattactttttctaaagaacg cgggCGGCAGCTCTAtaacttcaaatgaccaatgagtgaagtatcttgta ataAATTCAACTCTTTCCATAACTCTTAGGTGGCGAGATGTTAAGgacaa aatttcttttaagaGTTTAAGGTTGCCATAAAATTCGAAATAGCAAGAAT CGTAAAAGTAAAGTAACAATTTTTTGAATCCGCTAAAGTGGATAGTGGTA GCAAAGGAGTGTAAAGTATTTAGAAATATTGGATTTTTTAGTGTGGGCgc aatttatttttttaccgGCGTTGTATATAGTATATGTNGATAGTGGTAGC AAAGGAGTATAAAGTATTTAGAAATATTGGATTTTTTAGTGTGGGCgcaa tttatttttttaccgGCGTTGTATATAGTATATGTTATATAATGTTATAT CAGTTGAAGGTTTtaatgtgaattattttttatccCCAATTTATTATTTC AGTTAAAGAAAgttctttttaaagaattcaACTTGCACATTACATAGTTA AGA Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000205:139400..153842- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00015218 ID=TCONS_00015218|Name=TCONS_00015218|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=14443bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000205:139400..153842- (Clytia hemisphaerica) TTTGGAAGACAATAATCTTGATTTAATTTGGATTAACTCGATTGCATGAT
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GATTCAATGTTCAACTATTGATAGCAGTATGCCGCAAACGTCGACGACAT
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ACGCGAATCGCGAATGAACATTTGGGACAAGCCATTGCGAAGGAAAAGAA
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TAAGAACTTACTATATTCATAGTAAAAGAAAGCCACTATGGTATATTATT
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AAGAGTTTAAGGTTGCCATAAAATTCGAAATAGCAAGAATCGTAAAAGTA
AAGTAACAATTTTTTGAATCCGCTAAAGTGGATAGTGGTAGCAAAGGAGT
GTAAAGTATTTAGAAATATTGGATTTTTTAGTGTGGGCGCAATTTATTTT
TTTACCGGCGTTGTATATAGTATATGTNGATAGTGGTAGCAAAGGAGTAT
AAAGTATTTAGAAATATTGGATTTTTTAGTGTGGGCGCAATTTATTTTTT
TACCGGCGTTGTATATAGTATATGTTATATAATGTTATATCAGTTGAAGG
TTTTAATGTGAATTATTTTTTATCCCCAATTTATTATTTCAGTTAAAGAA
AGTTCTTTTTAAAGAATTCAACTTGCACATTACATAGTTAAGA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00015218-exon-sc0000205-1575043694:153689..153842 | TCONS_00015218-exon-sc0000205-1575043694:153689..153842 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00015218-exon-sc0000205-1575043694:151588..151625 | TCONS_00015218-exon-sc0000205-1575043694:151588..151625 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00015218-exon-sc0000205-1575043694:141382..142804 | TCONS_00015218-exon-sc0000205-1575043694:141382..142804 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00015218-exon-sc0000205-1575043694:139400..141037 | TCONS_00015218-exon-sc0000205-1575043694:139400..141037 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00015218-exon-sc0000205-1510915933:153689..153842 | TCONS_00015218-exon-sc0000205-1510915933:153689..153842 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00015218-exon-sc0000205-1510915933:151588..151625 | TCONS_00015218-exon-sc0000205-1510915933:151588..151625 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00015218-exon-sc0000205-1510915933:141382..142804 | TCONS_00015218-exon-sc0000205-1510915933:141382..142804 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00015218-exon-sc0000205-1510915933:139400..141037 | TCONS_00015218-exon-sc0000205-1510915933:139400..141037 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00015218-exon-sc0000205-1491911889:153689..153842 | TCONS_00015218-exon-sc0000205-1491911889:153689..153842 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00015218-exon-sc0000205-1491911889:151588..151625 | TCONS_00015218-exon-sc0000205-1491911889:151588..151625 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00015218-exon-sc0000205-1491911889:141382..142804 | TCONS_00015218-exon-sc0000205-1491911889:141382..142804 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00015218-exon-sc0000205-1491911889:139400..141037 | TCONS_00015218-exon-sc0000205-1491911889:139400..141037 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000205 | supercontig | sc0000205:139400..153842 - |
Blast
BLAST of TCONS_00015218 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: EHF (ETS homologous factor OS=Homo sapiens GN=EHF PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 92.8189 bits (229), Expect = 4.246e-20 Identity = 44/97 (45.36%), Postives = 62/97 (63.92%), Query Frame = 1
Query: 1591 AKEKKRSKNNNCLHLWQFLRTVLEEEKDKPNRCIEWTNRERGEFRLIKTAVIADLWGQSKNRKCMTYEKMARAMRYYYKMKILEKVPHKRLHFRFGE 1881
AK + N HLW+F+R +L P I+W +R G FR +K+ +A LWG+ KN MTYEK++RAMRYYYK +ILE+V +RL ++FG+
Sbjct: 195 AKCHTKKHNPRGTHLWEFIRDILLNPDKNPG-LIKWEDRSEGVFRFLKSEAVAQLWGKKKNNSSMTYEKLSRAMRYYYKREILERVDGRRLVYKFGK 290
The following BLAST results are available for this feature:
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