TCONS_00015846 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00015846
Unique Name	TCONS_00015846
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	4978

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000217:216138..232664-

transcript sequence

>TCONS_00015846 ID=TCONS_00015846|Name=TCONS_00015846|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4978bp
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GACGAAACAAATTAAAGATCTTTTGTTT

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transcript from alignment at sc0000217:216138..232664-

Legend: exon

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>TCONS_00015846 ID=TCONS_00015846|Name=TCONS_00015846|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=16527bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000217:216138..232664- (Clytia hemisphaerica)
ATTGTATTCAAAGATTTATAAAGAGTTTATTTTCCATTTTACGATTTTAC
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TTTATTTTGTCAATTCATTTATCGCCTTTTTTGTTGTTTACATTATTGCA
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GCAGGTCCACATCAGTTTTTACTGCCAAAATATATGAAATTGTATAGTTT
GTATATATACTTTTGTATATAGAACCTGACCTGTGTTGACAAATAAATAA
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CATCCTCATTCAAATTCAGGTAATAATCCTCTTTATTTCCCAATGAACCA
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TCCTTAACCCATAGAGGTATAAAGAAAGACAGGAGATGAATTTGTGGGTA
ATTGGTCGTTAAAGTCTTTTGATTTCTTTTATGTAAGAAATCAAAAGAAA
TTCTAGGCTCGCCCGACGAAATGCGACTCTGTTCTGAACATTCTTACTAT
CAGCATCAAAGATTTCTAGCCTTCTAATATACGAGAATAAAATAAAATTT
AGCTCCACGAAATAAGTTTGCGTTCAATTTTGGCATTCATTAAATTTTGT
TTTGAAAAGATATTTTCTCTAGCCAGAAAATAAAAAGTTCTTTATAAGCA
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GAGGAAAGTATTAAGCAATAGGATTCACCTTGAAGAAAATGTTGATCGAA
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ATATTTTTTATCATTAAAGATTTATGTAATCTAACTTAATCGAGTCAACA
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GTTGAAACTTACCGTTGAAAATATTTGATTTTTTTTTTCAGGAGATCTGG
ATATAGTTCAGGTGGTGAAGTGGAACAGCGGAAGAAAAAGTAAGACACTT
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TCTCTATCATCTAACGATAGCTGGAGAATTGTTAAGAACAAGACGTACAA
TAAAAGTGGGAAAGAAAAGAAAGAAAATTTAGTTTTTTCTTGTTTGATCT
GAACACGGTGGGTGGGAGGGAGGCGGGTGTACTAGGTTTACCTGGTGACG
GGTGGATGATTTGGATTTATCTAGTCCGCCCAATTACCGCCCAATTTTTG
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TAAAATTGATTTTTGGACCTACCGGGAGGTCCTTTAATTTGACCGTTGTC
TGTTCGTCTGTTACAAGCTTTTCTCGGGATTGGCTCATTAGTTTTTTTTA
ATTTTTTGCAAAATGATACAAAATAGCAATGCCTAAAAAGTGATGGAGTC
CGATTTTTGAAAAAAAAATTTGGGGGGCAAATTTGGGCCAAAAACTACCT
AAAAATAAGGTTTTTTGGACTTTGTGCAAAATCGCTTTATTAGTTTTTCC
TGATTTTTGGCAGAAAGATAGAGTGCAAGCTACCCTAAAATGTGGCTGAA
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AGTTTGGCCCAAAAACTACCTAAAAATAAGTTTTTTTTGGACTTGGTGCA
AAATTGCTTCATTAGTTTTTCCTGATTTTTGGAAGAAAGATGGAGAGCAA
GGTTCTCTAAAAAGTGACTGAAGCAGTTTTTTTCGGAAAATTTTTTTTGG
CCGTAAAAATGGGTTTTTCTTATTGGGGAAATTCCCTTATGTCATTTTTA
GGGAAAAAGAGCGTTTCTGGCGATTGGATCGATATATTTTTTTCTGATTT
TTTGTACTTTGATGTAATATGGTAATATTTAAAATCTGATGAAGTCCGAT
TTTCAAAAAAGAATTTTTTGGGGCAAATTTGGGCCAAAATGTGCCTAAAA
ATGGAGTTTTCTGGACTTTGTGTGAAATTGCTTCATTAGTTTTTTCAAAT
TTTTTGGACAAAGATAAAAGGCAAGGTTATCTAAAACACGACTGAAGCCT
TTTTTTCCGGAAAATTTTCTTTGGCCGTAAAACTCGGATTTTCTTATTTG
GGGAAATTCCCTTATGTCATTTTTAGGGAAAAAGAACATTTCTCGCGATT
GGATCGATATTCTTTTCTGATTTTTCGCACTTTGATGTAAAATGGTAATC
TTTAAAATCTGATGAAGCCTGATTTTCAAAAATTAATTTTTTGAGCAAAT
TTGGGCAGAAAAGTGCCTATATTCAAGCTGCTCATTACACTTTCTTACTC
TCTTGCTATTTGTCCTATTTTTATCTGATTTTGATCACCAGGTAGGTCCG
TTCAGCATGTTGCTTGTTTTTTTTACGACCCTTTAAGGTCGAAAATACCA
GTACCTACATTTGCCTACTGACCCATCCCCTAAAGGATCTGAATTGCTAC
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GACGCTCGGTTGTTCTTATTTTTTTGGCACTTATAGCATCATTAGTGTTC
TTATCCTGTTCTAATTTTTAGGGGCAGATTTTTGATTGACTTTTTGCCTT
ATTCTTAACCCTTGAATGATTTCAATTCAACTATTCCATGTTCAGCATTG
CTATCAAATGTTCTATTTTTTGGCAATTTTGAGCCTCGTTGTTCTTACAA
AATTGTTCTTAAAAAAAGAGTATCCCTTTTAATGGTGCTCCGAATCACCT
ATTTCCAATCAGATATGGTTCTGCACCGAATATTCAGCACAAAATGTATC
CTCACCACCATCCAGCCAGCAGTAACAACTCCACCAATAACGACTATCCT
CAATCGAGATACAATAACGATGATATGCAAAGACAACATCGACATCAACG
ACATTCGAGTAGAGAGTAAGTACTTCTTTTTTCCACTCATTAATAAAGAT
AATAAGACCGCATTAAATAATGATATACGTTATTCTGCATTGGGCTGCGC
GGAAATTAAAAATTGCGCAAATAAGTACTTTAAGGGCAGAAAGTTTCCCG
AAGTCAAAAAGTCGCAAAATTTAGCGAATTTAAGTTTCGGGAATTATGGT
TTTAGCCGAAATTTCACTGATAGAACATTCACGAATTCTTATAAAATTTA
CCTTTGGTAACAAAAACTCATAAAACACGCAAAAATTTAGCAAACAGTGC
AAAACTGAGTAGAAAAGTTTATTTTTCGCGTTTTTCAGGTTTAATTTTTT
ACCTGGCAGAAACTTTCGCGAAAAAGGATCAAAATCGTGAAAAACGCGAA
AGTTTCTGCCCGCAAAAGTTTATACCCGCAAAAGTAATCGTAATAAACGT
GTAGAAATCTCATAATAGCGCTCTGTTTAAGAAACGAGTCCTCTAATCAG
GTTGAATAATTTTCTCCTTGGCGGAAAATACGACCTCAGTAACACGGGGC
TGAAATTTATTTTTCCTGCAAGCCATCCTAATCTATCTCACGAGTGATTA
ACTACACATTTTCTAGATACCTGGATAACTTCGAGGAGGGTAAAAATACT
TTAAAACTTATCCTTTTCTCTTACCATAGGTCCTTACCGACGCAACAACA
TTACGGGCATCACCCTCAAATGAACGGATATGGTAGTGGAAATGACCAGA
GGTATGTATTTTTTTTCAAAAGATCAATATGTAAAAAGTCATATCTGATC
CATTTGAACATATCGTTCACAAACCATAACCTCAACACGACTAAAAGTTG
CTGAGGTGTTAAGAATAAACTTTTTTCGATTTGAAAATGCAAATTGTCCG
AAAATTTACAATTAATTAAAGTTAGGGTAGCCACAAGTAAGTAATGAAAT
CTTTTGATATCAAGTTCTACTTGATTCTTAGGAGGTACCGTCCATCTGGC
TCCAAAAGCGACGGCGAGGACAGTTCAAGGCGCCGACATCACCATCATCG
CAGTCGACAATCAGATAGGTAATCAAGAACTTTTTTCTTATAAATTTTCC
ATGATTTCTCCTTGATTAGATTAGTTTTGAATACTTATAAGACTTTTAAG
TCTCTGGGATTATGTACACCTTTCCAGCTCTCACAATTGATGGAAAATTT
TTACTTAATTAAAAAACATTAATAAGAAATTTTCCTAATTTTTTTATTTT
TATCTCAGCGAGATGGTAGCACCACTTGACGTCTATCACAACACGATGGG
TGTCGCACATAACAACGGCGACGAAAAGAAACGACGTCATAATCGGCGAC
ACAATCATTCGCAACAGCGTCATCATCGTTCGACCGGTCATATGCCTGGT
TACGACCCTAATCAAGCCGAGGTTTGTACTTATACACCCCTGTCTCAGTG
ACCGACTGAAAATCTTTCCACTAGTTGGAATAAAAAATCCAAATAGTTTG
TCCAGTTGGAATATAAAATATAAAATTTTGATGCTGTAATAGATGGTGCG
AGCTCAATCGTCAATTCTAGACTGAAAGTTTAACTTGTTCACTAGTTTTG
ACTCTACATTACTGTATAACATGTATTGCCGTTATGATCTGATATTATGG
ATCCCCCTTTTGACCAAAAATAGTGTTGACCAAATGGATGATATGTTATG
TTATGTTAAAAGTGATTACTGAAAAATCACTCCTCTGTGTTTATCACTTT
AGCTTCTATTAGAGCTTGGCCCGGACTCAGGGTCACGTGATCAACTATCT
GACCAATTATCATCGACCATCGCATCAGACAAAGAGAACGTACATCCGCA
ACAGCGATCGAATTCATCAGGTCATTGGAACGGCCATTCGTCGCCACACA
CGCCCAATAATCAACTCATCAATCAATATCTACCTTCGTATGTTGTTGAT
GTTATTCTCTTTACTGAAACAAGTTAATCTTCAAATTCTAACAAACGGGG
GGATGGGTACCTAATTGCCAAAGGGGTGGGTTGGAAATTGAACCGTTAAA
TACCGCCCTAAAATAAGGTAATTATGAATTAAAACCAGGCTAGAGTCTCA
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CCGCTTTAATTATCCCTATCCAATATAATTTTATAAACTTTTTATGTTTA
TTTTTTGCTTTTTCACATACAGACATCTCCTAAAACAACAGAATCGACCA
CCGGTAAGCATCAGCAGATTTATTCATATTAGTTTTTCTGTAGCCTATAC
TTTCTACGCAATTAACGTCTATTCACACACTTTGAGACTTTTTCGAATGT
TTTAAATCCAGGTTTTTGGGCTTCAAAACTTTCAATTTTTCGACGTCACT
TTTAGCTTTCGAAGCTTCTGCAGAAGCGAAAAAAATCGAATTTGAAGCGC
TTGAAAGGCTTCTATGTTTCGAAAATCTTCAAAGTGTAACTCACTGAGAA
ACGGAATGAAAAATCCAGGTTTTTGATGAGGTGCTCGATAGTTTTTCTGA
GACTTTTCAAAGTATGGAGACAAGACTGAACCTTTTTTACAATTAGATAA
CACAAGTACCAAATTCAGGGGGTCGTGATGGTGGTGGTGGTCGTGATGGT
GGTGGTGGTGGAGGCTATCGACCACAATATGTCGAACAGGTATTTGTCTT
GTTTTTAATTTTGCACCTATGTCGTTTGTCTTTTTGCTTAAATCATTGAA
AAGGGCTTTCAGACAGTCTTTTAATTGTTTTCCTTAATGATTGACTCTGG
AAAGAATCGGGGGTGGGGCCGGAAGCAGATAGGATTCAACCCAATGTATT
TCCAACGAATCAATGGTATGTAAGCTTTTGGCTAAGATGTTTTATTTTAA
TTCAATCCCGGAAAATCTTTCTAGAATTCCTCTGAGCAACTTCATTCAAA
ATCAATTAAAACAAAACACTAATATTAAAATCCTCAACCCCATTCTCTAA
AAATGTATCATACCATTTCACTCTTTCCCTGCCCATGACTAGAAAAATCT
CTACCAACCCTATTCGTCTTTCCATTCCTGTACCCCACCATCTACTTCAG
GTGGGATGGAAAGTATGGAAGGTCTCAAAGACTGAAAGAAAGTCACAGCC
CCGACAATAATTTATTTATTTAAAATTCCTAATATGATGCGTTTATCAAA
CTGTATTTTCTTATCATCTTCAAACACTTTACCACATTAGCGACGCCATC
ATCCGCCAGGCTACCACCCGAATAATTATCGTATCAATCGATTGTCGTTG
AACCTATCATCTGTGGCGCCTCCGCCATACCGACATCGATTGCCGCAACG
AAGCCAATCTTTTAATCGATTACATAAACCTTATAAACCGGTAACCATTA
CGTAATGTTTAAAATATATTAAAATGCACCGACAATGACTCGGACAAATA
AATTAACATAAATTACAATAAAATACTGAAACATTTTAAATCACAGCTTA
ACGACACGATCAGAATTTTAAACAATAAATTGTTTTTTCAAATTTAACTA
AAGACTACCATCTGGGAACCATCTACATCAAAAATATTCTTTGAATTATC
TACGAACTGTTAAATGACTTTGACAGTCTAAAATCAAGACAATCTTGTGC
ACTTTGTTTTTTTTCAATGTTTCTTTGCGAATTTTATCTCGCTAATTCGA
ACTTCTTTTATTCGAATCTCTCTATAGTTCGAAATTATTCTCAGTCCCCG
TCGAGGAGAAACCTCTGTAAAATGCTTTTTATAATCCGAATCTTTCTGTA
ATTCGAACAAATAAGATTTCCCGTTCGACTTCGAATTAGCGAGAGTTAAC
TTTACTTGCAAAAAATAAATAAAGTTAAAAAACGTAGATCACAATAAATC
TTATCGGAGATCACAATAGATCTTATCGGAGTTTTTGATTTTTCTAAAAA
AGCGATGCATTGTGGGATTGTTTCGAGAGTATTACAATAGAATTCCCTCG
AGGAGTTCCTAAAAACTCTGATAAGATCTATTCATGAGTATTTTCTTTTT
CAATAATTTTTTTTCTACTTTGTCATTTTTTTTCAGGTGGTCACTCCAAA
CAGAAGCGGATCACACAAAAATCTGAAGAGTAGTAGTAATTACAATGTGA
CCACGGAATTATAAAACAATGGGGCGTCAATGATCTCATTGTGCTATGGT
GAAACCACTGTTTGTAATGGTGGACAAGGAACGTAGTATTCGGGAGAATT
TATTCTTGTGTTTGATGTAGCATCATACCGACATTCTTTTAACGTTGGTT
GTTGTACGTTAAATGGATTTATGGGCTCAATGTGGGTGTTGTTTGAAGAG
GCGTACCAACTGTGAAAGAAAAATGAGTGAGATAACAGTTTCTCGATTTC
TTTGTTGAACTTTCAAAAAATTATGATTGTGAAACCATCGCTAAAGATGA
TTTTCTGGAGGATCTGTCATGTTGAAGAAAGAAGAAAAACTTCATAGGTG
AACTTAAATTGTGATGAGGTATTCCTTGCTGACCTTGTCTGGAAAACTTT
TTATATACCGATGTTTCCTAAACATGAGGATCTGATTAAAATCTCAAGAC
AGTTTTGCTTCAAATGGGAAGGGTGTTTCGTGCTCTTTGTAAAATAAATG
GATTACCTCATTATATTCGGGGATAAAATTTGGGTACATCTTTTCGATGC
TCCTTACTTCATGCTTGTTGATGTCATTTGGCTGTAAAAAGAAACAGTTG
GTCTTCTGGACAGAGAAGAAAACTAATTTGAGAAAGAACCTTTTATTCTG
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AATACCAATATTCCAGTCTACAGGCTGTCTCGATGATTTTTGATAGAATG
TGAATTAGATAATGTTTTTGTGGTCGTTGGAAAAGTAATTAGGAATGGAA
AGGAATCAACTTCTTGTAGAATTGTTCGATGCTCACCCCATACAAAACCT
AAAGATATCTTAGATTTTATAAAACAGATTTAATATTTAGTATTTATATC
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TGATATTTTTAATCGCAACTTTACAGGTATACTCTACAACGATCCAATTT
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ATACTTTTCTCAGTAAGAGTTCTTATTCACAAAGAAATTATGTTCGTTAT
GTACAAATAATTTAACAAAGAATTCCTCTTAAATTAAAATTATTCAATGA
AAACATTGCACTTTGCACGCGTGGTTTGGTGTGAAAATGCACAAATTTGT
TAAATATGAAAGACTAATCTAAAGCAAGGACGCAACAATGCTTCATTTTA
CCAGTATTGATGTCATCTTTAGGTAATTTTTCGAGATAAGATTTTTTAAA
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TAAAGAATATTTAAAAAGACAATATTTTTTATGATTTTGAATGATTTTTT
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GTTCTATAACCTATGTACAAGTCATAATATCCAAAAGATATAAAATCTTT
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TGGAAAGATAATCTCGATTTAATATTTTGAGATTGAGAAAAAAATAGAAG
GCAAAATTTTTTGAAAAGAAGACTTTTAAACGGGTATAACCGATTTCATT
ACCTAACTCAAGATAATTCACGCAGAAGATGCTATATATGATCAATTTTA
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GGTAAGGAAATCGGCTATAACCGTTTAAAAGTCTTCTATATAGTTTTTCG
AGAGCTTTCGAATGGTATATTTGATAAAGTCTAAAAATGAGTTTGAAATT
TTCTAAAAATTTCGCCCTTAGGATTTTGCCTGGGGAAAATAGAAATTGCT
CAAAAAAGGGATGTACCACCAGTGGGATTTTAGGGGATTTTTTCCTGAGG
TATAATAAGTATCCTATAGAGAAGGTCTTGAGAAAGTTTCAGCGAGATCT
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CCTGTAGACAGTCCCAAAATCTACAGAAATTGCTAAAATTTCATCGGACA
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ATAAATTTGAAAATTTGAAAATGAAAATAACCTTCATTTAGAAAAATATT
TTTTCAAAGTAAAAGAAGAACACGTCGATCTTCTTCATTTTCTACTTGAT
TTCTTCCGTTTCTGATTTCGAACCTCACGACTCATCCATTCCATACCAGC
ATACAGACCATCCCCTTTCACAGCAGATGTAGCCTGGATATACCAATTAC
GATTTCGCAGGCTAAGGAGTCCAAGTTTGTCAGTAATCTCAGTTGTCGAC
ATAGCCCCAGGTAAATCTTGCTTATTAGCATAAACCAAAAGTACAGCTTC
CTGTAAATCGTCTTCTTTGAGAAGCTTAAAGAGCTCAAAACGTGCTTCTC
GAATACGTTCTCTATCATGAGAATCAACAACAAAAATAATTCCCTCAGTT
TCTTGGTAATACAAACGCCATAACGCCCTTATTCGATCTTGTCCGCCAAT
ATCCCATACTGTGAATTCCAAATTCTTATAATGTACAGTTTCAACGTTAA
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TACAAAATGGTAGTTTTTCCAGCTGCATCCAGACCAACCATTAGGATTCG
ACAATCCATTTTACCGAAAAGGTTCTTGAAAAAGTTGGTAATAGTATTTC
CCATATCTGTGAAACAATGTTTGATTTTCCTTTTGAATTATTTTTTAAGG
AATGAATTTTACTGAAGCATCATCTTTTAGTTTGATTGATAATGGAATTT
GAAATATTCGAAATTTAGGATAAAATTCATTGAATCAATTGGAATAAAAT
ACCAAGTTGTAAAAACAGCACCACCAGAAAACAAATCAAATAATTTGCAA
AAGTCTAGTTCTGCTTAAAAACCGGATAAAAAGATCTTGTTGCACAATAG
ACGAAACAAATTAAAGATCTTTTGTTT

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_008855	XLOC_008855	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000217	supercontig	sc0000217:216138..232664 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.89146e-09	8.6325e-11	0	0	1.1971e-09	0	0	2.79744e-09	0	0	0	1.28706e-10	7.89721e-11	0	0	0	0	7.24653e-11	0	1.05312e-10	9.63336e-09	2.15596e-06	0	0	0.000875901	0	3.78483e-10	0	0	0

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00015846 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ARF1 (ADP-ribosylation factor 1 OS=Homo sapiens GN=ARF1 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 270.781 bits (691), Expect = 2.971e-82
Identity = 128/181 (70.72%), Postives = 152/181 (83.98%), Query Frame = -1

Query: 4163 MGNTITNFFKNLFGKMDCRILMVGLDAAGKTTILYYFKLGGELVHTLPTIGFNVETVHYKNLEFTVWDIGGQDRIRALWRLYYQETEGIIFVVDSHDRERIREARFELFKLLKEDDLQEAVLLVYANKQDLPGAMSTTEITDKLGLLSLRNRNWYIQATSAVKGDGLYAGMEWMSREVRNQ 4705
            MGN   N FK LFGK + RILMVGLDAAGKTTILY  KLG E+V T+PTIGFNVETV YKN+ FTVWD+GGQD+IR LWR Y+Q T+G+IFVVDS+DRER+ EAR EL ++L ED+L++AVLLV+ANKQDLP AM+  EITDKLGL SLR+RNWYIQAT A  GDGLY G++W+S ++RNQ
Sbjct:    1 MGNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLG-EIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLSNQLRNQ 180

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00015846 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00015846 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
ARF1	2.971e-82	70.72	ADP-ribosylation factor 1 OS=Homo sapiens GN=ARF1 ...	[more]

You are here

TCONS_00015846 (transcript) - C. hemisphaerica