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transcript sequence >TCONS_00017163 ID=TCONS_00017163|Name=TCONS_00017163|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2259bp aaatgatttttgaaaactttgatttcatccccaatCGAAATTCAACGGAA AAAgaTTAAAAGTGACATTCATCAAAGGAAAATGTCGAATGAAAACATAA GAATAACAGAACAACATGCAACAATACCAGATATGACGTCATCGGCGGAA GAACACGAACTAAGAATAAGAGTGACAACTTCAGGAGAACAAAGTTCTAT TGATTTACCATCTTATGACTcttcaagaataaacaatcagcAGAATCAAT CTTTAGAACATGAAGTAAGAATCGAACTTGAGAACACTCATGAGAACAAT CCTGAGAATACTACATCTATTGATATCACAGAGCAACCGGAAACAAACAA TATTTCATTGATAGAGAATAGCGAAAATGAATCAAGAGAATATTCTGAAA ACGATAGCAATTTACGAGCCAGAGCTATTGGTGACAATACCATTTCACAG ACGCAATATTCTGGTAATTTACAGACCGAATCTATTGTTATTGATGATAA TTTACAGACTCGAACGAATTTTGAAGAGGATAAATTTCAGACTCGATCGT CCtttgttgaaaataatttacagaccagattatCTGATAACGAGGAAAAT TTACAGACTCAATCTTCTCTAGTTGAAGATGATTTACAGACTGGATTACC AGTTGACCATCAACATTCATTTCATCACGTGATCGAAGTCGAAGAATTTT cttctaaaacaaaaaataatgaaagtgacaaaaattcgaaaatgtgCCAT TTACAAAGTGCAGATTCTGGAAATAAAAGACTTTCCCAATGTAACTGTAA CTGTCatcttgaaattgaaaacagCCAATCAACGTCGATCACGCACTCAA ATAACCAATCAGAAACCATTAATCATGTCAATGTCCAATCAAATTCAACT ACTCaccaaaataaccaatcagCAAGCTCATTACCAAGTTGTAGCCAATC AAATGCGAACATTCAGTCAACATCTAATTTAGGAGTGACTACGATTGAAG TTACGGAAATGGGTCTTGATAATGCCAGTTTTGAATTTCTACGAGAGAAT TCTACTTCTTCGACAGCGTCATCACAATCTGTCAAGCCACCAACTTATCG GAGTCTTGGCGAATTTTATCTCAATGATGAACCACCCAAATATGAAGCAA TTACTGGCAAAAAATTAGCAGATGAATTGGAGGAGACACCACAAGAAGCA GCTCCCGTCATCCAAATGGTTTCCGCGAGTTCACGACTTAATTGCAAAAG TAAAGTAGCCGGGTTCTTTATCCTGATGGGAATCTGTCTTATAACTGGCC TGCTAGTCTATCTTTCCATTACAAGTGAAAATAACGTGGACCCTACAGGG AGAAGCTGAGTTGATTACCTGGCTAGACCTGCAAATTCACACGATAAAAT GCCGGCAAACGATTCATCTTAATACTATTAGGACGTTACCTGACATTAAA ACTATTTTACAGGGGGTGTAGGGGTTTGAGGACGTGACGGTAGTAAACCC TTTTCCCgtcaaaagagaaaaattgaCTGTTTGTCGGTGATTCAAACAGA AATACGTCGATATTTCGGTATTTGCGACCCCTATACGCCAACTCAAAAAT GTTGGTCGTGGTTGAAACCATTGTTTAGAGTTACCTACAGGGTCGTAAAA ACCAAACTACCAGGCTAGCTACAAGCTTCTCCAGGCTTTATCTACGTTGC TGAAGGAATTTATGTGGCACTATTATTAAGCATCGGGTAGCCGATAgcac gcagggaacgaggttagCTTTCATTCAGCGAAAGTAACTTCAACCCCTAG CTGGCACATCATTGTCTCAATGTTTGCTAACGTTACACTATTTGGGTACT TCATAAGTGCCGACcttataaattttttaaaaataattttttaccttcga ATATTTCAGCCTAGAAAATTATTATCTCAAATTTCTTCCGACAGATTTTT TCCAGCCAGTCTGGTTTATttcccccttcttttaaatacTGTATGTCATT GGAAAGTCAATGTTGCCTGGTGCATCATTGTGTCATTCGCATTATaaatt aattttatattttaaatattaaaagtatttttgtatTGTATCAAttaatt aatcaaaattttaacatctTTTGTATGATATTTTTCCGATATCGCGAAAT TTTCATTCCAAGCATGGAATCAGCGTATTATTAATGTAAATAATGTTTTA TATCAGAATCTTCTAAAATAACAATACTTTCATTAAAGAAACTAGTCTAC ACTATAgac Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000260:366073..379638+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00017163 ID=TCONS_00017163|Name=TCONS_00017163|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=13566bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000260:366073..379638+ (Clytia hemisphaerica) aaatgatttttgaaaactttgatttcatccccaatCGAAATTCAACGGAA
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TCTTTCCAAGAGACATTTTGAAATATAccacacattttttttcttcgaaa
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GAATATTCTGAAAACGATAGCAATTTACGAGCCAGAGCTATTGGTGACAA
TACCATTTCACAGACGCAATATTCTGGTAATTTACAGACCGAATCTATTG
TTATTGATGATAATTTACAGACTCGAACGAATTTTGAAGAGGATAAATTT
CAGACTCGATCGTCCtttgttgaaaataatttacagaccagattatCTGA
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AGACTGGATTACCAGTTGACCATCAACATTCATTTCATCACGTGATCGAA
GTCGAAGAATTTTcttctaaaacaaaaaataatgaaagtgacaaaaattc
gaaaatgtgCCATTTACAAAGTGCAGATTCTGGAAATAAAAGACTTTCCC
AATGTAACTGTAACTGTCatcttgaaattgaaaacagCCAATCAACGTCG
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ACTACGATTGAAGTTACGGAAATGGGTCTTGATAATGCCAGTTTTGAATT
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ATTGGATATTCCTTATTCCTTAAAAGAGATTTTATAATTTCGATATTGTC
CCATTTGAGTTATCGCATTTCACCAAGACAAACTTAACTTACTTTACCAC
CACTCAGACGTTAGCATATTATGTTTTTAGTTAGTAAGTCTACgacgcag
tcggaggcgacgccactctttctccctggattgctccacttacccttaat
ccttctcttaattaaagcagagaggtatcaagtaccattttgaaaatctt
tggtatgacccggctgggggttgaacccacaaccttgaaCCGTAACCGGA
TGCtataccactgcactacggtcgctgtTTTTACTGTCATTTTGTCACAT
CAAAACATTCCTATCtatatttctcatatttttcAGGAGGAGACACCACA
AGAAGCAGCTCCCGTCATCCAAATGGTTTCCGCGAGTTCACGACTTAATT
GCAAAAGTAAAGTAGCCGGGTTCTTTATCCTGATGGGAATCTGTCTTATA
ACTGGCCTGCTAGTCTATCTTTCCATTACAAGTGAAAATAACGTGGACCC
TACAGGGAGAAGCTGAGTTGATTACCTGGCTAGACCTGCAAATTCACACG
ATAAAATGCCGGCAAACGATTCATCTTAATACTATTAGGACGTTACCTGA
CATTAAAACTATTTTACAGGGGGTGTAGGGGTTTGAGGACGTGACGGTAG
TAAACCCTTTTCCCgtcaaaagagaaaaattgaCTGTTTGTCGGTGATTC
AAACAGAAATACGTCGATATTTCGGTATTTGCGACCCCTATACGCCAACT
CAAAAATGTTGGTCGTGGTTGAAACCATTGTTTAGAGTTACCTACAGGGT
CGTAAAAACCAAACTACCAGGCTAGCTACAAGCTTCTCCAGGCTTTATCT
ACGTTGCTGAAGGAATTTATGTGGCACTATTATTAAGCATCGGGTAGCCG
ATAgcacgcagggaacgaggttagCTTTCATTCAGCGAAAGTAACTTCAA
CCCCTAGCTGGCACATCATTGTCTCAATGTTTGCTAACGTTACACTATTT
GGGTACTTCATAAGTGCCGACcttataaattttttaaaaataatttttta
ccttcgaATATTTCAGCCTAGAAAATTATTATCTCAAATTTCTTCCGACA
GATTTTTTCCAGCCAGTCTGGTTTATttcccccttcttttaaatacTGTA
TGTCATTGGAAAGTCAATGTTGCCTGGTGCATCATTGTGTCATTCGCATT
ATaaattaattttatattttaaatattaaaagtatttttgtatTGTATCA
AttaattaatcaaaattttaacatctTTTGTATGATATTTTTCCGATATC
GCGAAATTTTCATTCCAAGCATGGAATCAGCGTATTATTAATGTAAATAA
TGTTTTATATCAGAATCTTCTAAAATAACAATACTTTCATTAAAGAAACT
AGTCTACACTATAgac
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00017163-exon-sc0000260-1491911889:366073..366125 | TCONS_00017163-exon-sc0000260-1491911889:366073..366125 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00017163-exon-sc0000260-1510915933:366073..366125 | TCONS_00017163-exon-sc0000260-1510915933:366073..366125 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00017163-exon-sc0000260-1575043694:366073..366125 | TCONS_00017163-exon-sc0000260-1575043694:366073..366125 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00017163-exon-sc0000260-1491911889:377039..378164 | TCONS_00017163-exon-sc0000260-1491911889:377039..378164 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00017163-exon-sc0000260-1510915933:377039..378164 | TCONS_00017163-exon-sc0000260-1510915933:377039..378164 | Clytia hemisphaerica | exon |
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Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000260 | supercontig | sc0000260:366073..379638 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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