TCONS_00017684 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00017684
Unique NameTCONS_00017684
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1987

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00017684 ID=TCONS_00017684|Name=TCONS_00017684|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1987bp
ATCAAAATAAATATGACAAGATatcctgaaaaaaataaatacataaataa
tattttgatttttctattgCATACAATAAATAAATTTGTGCATTTATGCT
TCCATTTTTTGTTCCGttaaataaagaactttttgaagaaaaggcGTGTA
TTTAAAAGGGTAGACTTTTTTTTGGTAATGGATATGTGATTTTTCTTACT
AACAATGCATGAGTAGAGCCACTATCTAATATGCCTCAGTAGAGTAAGTA
GGGTAAGTACTGCCATAGTATGTAACGGTTTCAGTAAAGCCCGTTGTTGT
TCCATATTCTGTGGTTGTTGGTTCTTTGTCGGTTAGTAGGTCAGTGGTAA
CCGCGTAGTCAGTGGTAGCATCGTAATAATCTGTGGTGGTATCGTAATAG
TCTGTGGTAGTGATGAGGTCTGATACGGTTGTTGGTTCAGTTGTGGCAGA
AATTTCTGATGTAGTGTAATAGCCTGTTGTTGTGATGTAGTCGGTGGTTG
TAGCATCTTTCTCCTCAGTGGTGGTACTGTCATAGTATGTGGTGGTTGTG
TCTGCACCAGTGGTGGTAGTGCTATCGTAGTAAGTGGTGGTTGTGTCTGC
ACCAGTGGTGGTGGTATCATAATAGTCGGTGGTGGTGTCCTTAGCTTGGG
TGGTGGTGGTATCATAATAGTCGGTGGTGGTGTCTTTAGCTTGTGTGGTG
GTGGTATCATAATAGTCGGTTGTGGTGTCTTCAGCTTGTGTGGTGGTGGT
ATCATAATAGTCGGTGGTGGTGTCCTTAGCTTGAGTGGTGGTGGTATCAT
AATAGTCGGTTGTTGTGTCTTCAGCTTGTGTGGTGGTGGTATCATAATAG
TCGGTGGTGGTGTCTTCAACTTTGGTGGTGGTGGTATCATAATAGTCGGT
GGTGGTGTCCTTAGCTTGTGTGGTGGTGGTATCATAGTACTCGGTGGTGG
TGTCCTTAGCTTGTGTGGTGGTGGTATCATAATAGTCGGTGGTTGTGTCT
TTAGCTTGTGTTGTGGTAGTATCATAATAGTCGGTGGTGGTGTCTTTAGC
TTGTGTGGTGGTGGTATCATAATAGTCGGTGGTTGTGTCTTTAGCTTGTG
TTGTGGTAGTATCATAATAGTCGGTGGTGGTGTCTTTAGCTTGTGTGGTG
GTGGTATCATAGTAGTCGGTGGTGGTGTCCTTAGCTTGTGTGGTGGTGGT
ATCATAATAGTCGGTGGTTGTGTCTTCAGCTTGGGTGGTGGTTGTATCAT
AATATTCAGTGGTTGTGTCTTCAGCTTTAGTGGTGGTGTCTTTAGCTTGG
GTGGTGGTGGTATCATAATATTCGGTGGTTGTGTCTTCAGCTTTGGTGGT
TGTGGTATCATAATAGTCGGTGGTGGTGTCTTCAGCTTTGGTGGTGGTGG
TNATAGTCGGTGGTTGTGTCTTCAGTTTGGGTGGTGGTTGTATCATAATA
TTCGGTGGTTGTGTCTTCAGCTTTGGTGGTTGTGGTATCATAATAGTCGG
TGGTGGTGTCTTCAGCTTTGGTGGTGGTGGTATCATAATAGTCGGTAGTT
GTGTCTCCACCAGTAGTGGTAGTGCTGTCGTAGTAGGTGGTGGTTGTGTC
TTCAGCTTTGGTGGTAGTGGTATCATAATAGTCGGTGGTGGTGTCTTTAG
CTTGGGTGGTGGTGGTATCATAATAGTCGGTGGTGGTGTCCTTAGCTTGT
GTGGTGGTGGTATCATAGTAGTCGGTGGTTGTGTCCTTAGCTTTGGTGGT
GGTAGTATCATAATAGTCGGTGGTGGTTTCTTGTTGTGTTTTATCACCAT
CACAATTAGCAATAGCCGGCCAATCACAGACCTGAAGCTTTGCGTTGAAA
TGTGTTCCTTTAGGACAATTCATGATGTGTTTTATACCATGATCACAAAC
GATGTATTGATCACATCGCTCAGCAGGTAAGTATTTCTTTGAGTAGCATC
CATCTTCAGAAAAAAGACTTCTTCCTTGGACCAAAAC
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000273:78946..81157-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00017684 ID=TCONS_00017684|Name=TCONS_00017684|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2212bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000273:78946..81157- (Clytia hemisphaerica)
ATCAAAATAAATATGACAAGATATCCTGAAAAAAATAAATACATAAATAA
TATTTTGATTTTTCTATTGCATACAATAAATAAATTTGTGCATTTATGCT
TCCATTTTTTGTTCCGTTAAATAAAGAACTTTTTGAAGAAAAGGCGTGTA
TTTAAAAGGGTAGACTTTTTTTTGGTAATGGATATGTGATTTTTCTTACT
AACAATGCATGAGTAGAGCCACTATCTAATATGCCTCAGTAGAGTAAGTA
GGGTAAGTACTGCCATAGTATGTAACGGTTTCAGTAAAGCCCGTTGTTGT
TCCATATTCTGTGGTTGTTGGTTCTTTGTCGGTTAGTAGGTCAGTGGTAA
CCGCGTAGTCAGTGGTAGCATCGTAATAATCTGTGGTGGTATCGTAATAG
TCTGTGGTAGTGATGAGGTCTGATACGGTTGTTGGTTCAGTTGTGGCAGA
AATTTCTGATGTAGTGTAATAGCCTGTTGTTGTGATGTAGTCGGTGGTTG
TAGCATCTTTCTCCTCAGTGGTGGTACTGTCATAGTATGTGGTGGTTGTG
TCTGCACCAGTGGTGGTAGTGCTATCGTAGTAAGTGGTGGTTGTGTCTGC
ACCAGTGGTGGTGGTATCATAATAGTCGGTGGTGGTGTCCTTAGCTTGGG
TGGTGGTGGTATCATAATAGTCGGTGGTGGTGTCTTTAGCTTGTGTGGTG
GTGGTATCATAATAGTCGGTTGTGGTGTCTTCAGCTTGTGTGGTGGTGGT
ATCATAATAGTCGGTGGTGGTGTCCTTAGCTTGAGTGGTGGTGGTATCAT
AATAGTCGGTTGTTGTGTCTTCAGCTTGTGTGGTGGTGGTATCATAATAG
TCGGTGGTGGTGTCTTCAACTTTGGTGGTGGTGGTATCATAATAGTCGGT
GGTGGTGTCCTTAGCTTGTGTGGTGGTGGTATCATAGTACTCGGTGGTGG
TGTCCTTAGCTTGTGTGGTGGTGGTATCATAATAGTCGGTGGTTGTGTCT
TTAGCTTGTGTTGTGGTAGTATCATAATAGTCGGTGGTGGTGTCTTTAGC
TTGTGTGGTGGTGGTATCATAATAGTCGGTGGTTGTGTCTTTAGCTTGTG
TTGTGGTAGTATCATAATAGTCGGTGGTGGTGTCTTTAGCTTGTGTGGTG
GTGGTATCATAGTAGTCGGTGGTGGTGTCCTTAGCTTGTGTGGTGGTGGT
ATCATAATAGTCGGTGGTTGTGTCTTCAGCTTGGGTGGTGGTTGTATCAT
AATATTCAGTGGTTGTGTCTTCAGCTTTAGTGGTGGTGTCTTTAGCTTGG
GTGGTGGTGGTATCATAATATTCGGTGGTTGTGTCTTCAGCTTTGGTGGT
TGTGGTATCATAATAGTCGGTGGTGGTGTCTTCAGCTTTGGTGGTGGTGG
TNATAGTCGGTGGTTGTGTCTTCAGTTTGGGTGGTGGTTGTATCATAATA
TTCGGTGGTTGTGTCTTCAGCTTTGGTGGTTGTGGTATCATAATAGTCGG
TGGTGGTGTCTTCAGCTTTGGTGGTGGTGGTATCATAATAGTCGGTAGTT
GTGTCTCCACCAGTAGTGGTAGTGCTGTCGTAGTAGGTGGTGGTTGTGTC
TTCAGCTTTGGTGGTAGTGGTATCATAGTAGTCGGTGGTGGTGTCTTTAG
CTTGGGTGGTGGTGGTATCATAATAGTCGGTGGTGGTGTCCTTAGCTTGT
GTGGTGGTGGTATCATAATAGTCGGTGGTGGTGTCTTCAGCTTTGGTGGT
GGTGGTATCATAATAGTCGGTAGTTGTGTCTCCACCAGTAGTGGTAGTAC
TGTCGTAGTAGGTGGTGGTTGTGTCTTCAGCTTTGGTGGTAGTGGTATCA
TAATAGTCGGTGGTGGTGTCTTTAGCTTGGGTGGTGGTGGTATCATAATA
GTCGGTGGTGGTGTCCTTAGCTTGTGTGGTGGTGGTATCATAGTAGTCGG
TGGTTGTGTCCTTAGCTTTGGTGGTGGTAGTATCATAATAGTCGGTGGTG
GTTTCTTGTTGTGTTTTATCACCATCACAATTAGCAATAGCCGGCCAATC
ACAGACCTGAAGCTTTGCGTTGAAATGTGTTCCTTTAGGACAATTCATGA
TGTGTTTTATACCATGATCACAAACGATGTATTGATCACATCGCTCAGCA
GGTAAGTATTTCTTTGAGTAGCATCCATCTTCAGAAAAAAGACTTCTTCC
TTGGACCAAAAC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_009891XLOC_009891Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00017684-exon-sc0000273-1575043694:79572..81157TCONS_00017684-exon-sc0000273-1575043694:79572..81157Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00017684-exon-sc0000273-1575043694:78946..79346TCONS_00017684-exon-sc0000273-1575043694:78946..79346Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00017684-exon-sc0000273-1510915933:79572..81157TCONS_00017684-exon-sc0000273-1510915933:79572..81157Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00017684-exon-sc0000273-1510915933:78946..79346TCONS_00017684-exon-sc0000273-1510915933:78946..79346Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00017684-exon-sc0000273-1491911889:79572..81157TCONS_00017684-exon-sc0000273-1491911889:79572..81157Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00017684-exon-sc0000273-1491911889:78946..79346TCONS_00017684-exon-sc0000273-1491911889:78946..79346Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000273supercontigsc0000273:78946..81157 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0	0	0	0.0538175	0	0.0256537	0.0240167	0.0168146	0	0	0.0132891	2.26576	6.401	1.88289	5.25587	0.134813	0.0460596	0.0212113	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00017684 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
back to top