TCONS_00018277 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00018277
Unique NameTCONS_00018277
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2997

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00018277 ID=TCONS_00018277|Name=TCONS_00018277|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2997bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000295:75106..97484-

Legend: exon
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>TCONS_00018277 ID=TCONS_00018277|Name=TCONS_00018277|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=22379bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000295:75106..97484- (Clytia hemisphaerica)
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TAGATTAAATTAGAATTGACTTGTTTCACCTTTATTTTTAATTTTAAGTC AAATCAAATAAAAACCCAAAATTTGTACAAAACAAAACGTACTTTACACA TGTGACTATGTTGCCAGACACATCAAGCAACAACCACAACAATAAATACT CACGAACAAAACATCAACATCACGTGACACACAACAACAATAACAATACA GTGGTCTCTATGACAACAGAACAAAGCAAAGAAAGATCAATGACTTCTTC TTGTTTGAATGAAGATTTATATTTCTCGGCAACTGAAGATGACGAAGAAA TGCTTTGCTCAAAATGCAGGTTTGTCTCCCTACCTTTTTCGAACCTCTCA AAATGCAGGCTTGTCTCCTTACTTTTTTAAAACCTCTCAAAATGCAGGTT TGTCTCCATAATTTTTTGAAACCTCTCAAGATGCAGGTTTGTCTCCCTAC TTTTTTCGAACCTCTCAATATAGGTTTGTGTCCCTATTTTTTTCCAAAAC TCAAAACCAATCAACATATTGGTTTATCTCCCTGTTTTTACAAACCTTTC CAGATACAGGTTTCCCTCCCTTTTTTATCTACCAACAGGCTTAAGAAAAT TCTCCAGGTTACAATGCAAGATTTTTTACCATACATTTCTTAACCCTTAT CACTTAGGTGATTTTGAATAAAGGAATTTTTTTCAGGAAAGTAGAATTTT CCTCTGAGCGTAGCGAATGCATTAATCTTATCTTTAAATGATCATTTTAT CAACAGTGTTTCATTTAAATCGTCAATCTTGCAATGTTAATAGTATAAAC TTTTTGATTGACGGGTATAAATTCAGAAAAAAAGAATGATACCTCACATA GTGAGGGAATTTTTAATGAACGAATTATCGATTTTTTTTCGTACCAGTAA AAGATCTATAATACAGCTTCGAACGTTTTATAATATGGTCGTTCTGATTT AATTACAGCCTTAACCCTTTCCGCCCGAAATTTATCATTTTTTACAAGAT TTTTGTATTAGGTGGTTTGAAATAAAAAAAATGAATAGTTACAAACTTTT CTATGTTGAAAAATAACTATTCTACAATGTTCAACTCAAAATTATAGTCA TTGGCTAATACTTCATATATTATTCAGAAAATGCTAAAAAAAAGCGACGG GCAGTTAAAGGGTTAAATAATTTTCCAAGGATATTTCGATGTTTGAAGAA ATTATTTGTCATTTTCCATTTTGGTTTTTTATCTTTCAAAATTTGTTCGG TTTGATTCATTAACAAAAAGGAAATTGGTTTTCAGCCGATAGAAAATCTA ATTACATTTTCTTGTCCGTATCTCTTCAGACAGTTTCGTAACTCCATCTT CTTGTCATCGTTTGTCTTCTTAATTCCACACAATAATGTCTTGACAAGAA TTTGGAAAATTTATAAAGAATTTTGTATAAGTCGTTAACTACCGCTCCTT AGATTTAAATTTAGACTGATTTTTTGATAGATGTTATCAATTTCCTTGGC GGATACTTTCATTTGTTTTGGAATTCCATGTATACTTTAGATTGTTATTA GCAATATTTTTAGGTTTCAGAGATTCCGGAATAGGGCTAAAAATGACCCT GTTCTGATATTCCTATAATTGACGGATCAACAAGCTTGTCAGTTTATAAC CTAATATTCGACAATTACTACCCCTCAAAGGAGACCCCCTTATTTTGAAC TACAGTCTTTCTACTCTCTCAGAATAATATGTAAACTAATAATATGGTGG GTTCATCATTAGATTTAGATTCTAACGGTAGATAGCAAAACCAAAGCAAG GCGATCTTAGGCAAGTCTTTCAAAATTAGATTTTACTGAAAACCCACTAC ACGAGATTGACGTAGATTTGACGAATTTGTCTCCCCTATCGTGATATAAA AGTCGCAAAGTGGAATAGACGTTAATTGCGTAAAAAAACGCGGGTGACGT CTAGTATAGGCTATCCCCTATCGTGATATTTCAATGTAAGTGCCAATTAT GCTATACAGTCTCCCATAAAAAACCTTTCATGCCTGCCAAGTTGAATTCA GCTCGTCAACAACATGTGACGATTTTATCTCCTTAATATGTCTTTTTTGG AATTACAAGCGTGCTACTATTTCCGTCGACGGGAAATCAAACTCATTAAA ATATGTTGGTTCATTTCTCATTAAAAGTGATTGTTTTTTTATGAAAAGCA ACCCTAATCTTCCTTTGAATTTAATTAAAAGAAATTTTGGTGTATTTTGC AACATAATTTTGTAAAATTTAGGAAAAACCGATATCTTTTGGTTTTTGAA TAATGCTCATTTTTTGATTGCATCTTTTCGCCTGATTTTTCAGTCATGAA ATTTGTACTAAAATTACGACTAGCTATTTGGTAAATTTACTTGCAATTCT TCTTATGCCTAAAATAAAGTTTCGAAAATTGCTTGAAAATTATCGTCTAA TCATTACGGTTAAATTGCCATATGAACAGACAGACATTATAAATACTGCA ACCAAAACAAAGCTATTAGTAAAAAAACTCCAAGTTGACAGTTTAATAGG GTGTTTGGTTGACACTTCGATCTTTTGCTGTTAATCATCTAAATGCAATT TTAAGTACCGCAATTCTTCATTTTCGACATTATTTTCGTAACATTTTTTT ACTGACGCAAATTATAAACGCCTTGTTGTACGCGCGGCCCGGATATTGGT CATTTAGTTTCTTATGTAACACTACCTAGCGTTTGAATTTTGAATTTTTT GAAAGAGCGCGAGACGTTTTTGGTTCAAAAGATACCGCACAATTTACATT TCATGATAATTAGTTTTTCTTTTAATTGAAACCTATTTCATATGCTAGCC 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AACCAATGACAACTAAGTTTAATGCAAATTAAACATATATTTAACTTGTT ATTGATTATTGCATTTTTTATCTCGTCAGAGAGAACTTTCTACATCATTA GAACAAGATCTCATTAAGCCTCAATCTTTTTTAGGTCAATGCTTACATGA ACAGTTTACATGAAGACAAAATCCCGTTTGTGAATAGTATTGGTGAAAAC TATCGAGCCAAACAATTATTATACCAACTACCTCCTCATGATAGCGATTC AAAACATTGTCATAATTTATCTGAAGAAGAAAAACGTGAACTTCGCAGTT TTCACGGTCGACGACGTAAAGATTGTTTGGGTAGAGGAAACGTCCGCTTA TTTCCGAACGTTGCGGAAGGAAGTTCGGGTGTCTGCCAACAGGTAACGAG AGATTATGTTTTCATTTAAAAGTATTTCTAATGAGTAAATTGTCGAAGGT TTTTTTAAATGTGGTTTAAAAAAGGGTTTAAATCTTTGTTTATAGATGAC TTTCTTTCTTGAAAAAGGAAATAAAATATGCTATTACTTCTTTAATAAAG TGAAGCTTTTTTTTGCAAATGTTCAAACATTTACTTTGTTTCATATCAGT GTTCCAAACGTATCGTGCCTGGCGAAGTAGTTGTTCACGCCTGGCGAGCA GGAAAAGAAGCATGCTGGCATCCGGCTTGTTTTCAATGTACCACGTGTCA AGAATTGTTGGTTGATCTGGTGTATTTCTACCAAGAGGGACGCGTCTATT GCGGACGTCATCATGCTGAATTGTTGAAACCTAGATGTTCAGCTTGTGAC GAGGTTAGTNGGGACGCGTCTATTGCGGACGTCATCATGCTGAATTGTTG AAACCAAGATGTTCAGCTTGTGACGAGGTTAGTGTTTAATAAAAGCTTTC TATCTTAAATGCCTTTGCTTGTACTTTCTACCAAGGTTGCATGCTAAACA GGCTATTTCTTGTTAGGGGAGAAAATATTTCACTCTACCGTAGGTGTTTT ATTCATAAGTTAAAGTTTTAATTTGTGGACTTTTTTTTTGGACTATGAAG TTCACTTACTTAACCTTTTTTTGCCTTTCATTTTTCAGATCATTTTCTCG GATGAGTGTACAGAAGCAGAGGGTCGTTTCTGGCATTTGGGACATTTCGC ATGTTACGAGTGTGACAGTTCACTCGGTGGACAACGTTACGTCATGCGTG ATAACCATCCAATTTGTTGCGTCTGTTTTGAGAAAATGTTCGCTGAGTTT TGCGATTCGTGTGGAGAGCCGATCGGTATCGATGTCGGTCAAATGGCACA CGGCAGTCAACATTGGCACGCGAATGAGAAATGCTTCAGCTGTTTCAATT GCGGACAAACGTTACTCGGCCAACCATTTCTACCGAAAAACGGAGAAATC TTTTGCTCTTCCGGTTGTAGTCGGGGCATCCCACCACCGAATCCGGTTAA CCCGAAATATCCTCCTCGATCAGCGTCAAGAAACCGATCTTACAGACCGT CGTCAGAAAGTTCAAACAATAATTCACGCGACGGGTATGTCAGTTCCAGT ACAATGTCACCTGAACCGGTTCGCAAAATCGTCGAAATCAGATCGAAGGC TAGTTATCGAAGTTCTTTGGATAAATACGGTCTAGCAGCAGCAGAGAAAA TCGGTGATATAGTACGTAATATGCCGAACGGTGGCGTAATAAAGGAAGAA AGTGACGAAAAAGACGAGACGAGTTCCACTTGTTCTTCCGTCGCTTCCTC AAGAGCGAAGGAACTTCCATCCTTTCCTCCCAGTAATCGTCACAGTAAGA AACCTATACTTCGTGTTCCCCCGAAACAAAGACCTAAACCTACGGGACCG GAGATTTGGATCGATATGGTACCCCCTAAAGAAGCGACCACGCATCGTAA ACAAGAAGAGGACTGGGAGAAACAATCTGTACGGAGCATGCGCAGTAACC GAAGCACGACGTCGACTAAAAAATATGGCGACGCTATGAGTCATTTGAAC GGTAATGATACTATAGAAAGACTTGTCCAAGGTGAACGACAAATTAATCG TCGGCACCGACGTCGGAAAGTTGACGATTCATATTTCTCGGACTACGAAG TTGAGAGACGAAAACGCACGCAAAGACGTAAACAAACTCCTCTCGTTTAT CAAATGGACGACGAAAAACCTAACATCCCTCTTATGACTGTTAAATCGCG TTCAACAGAATCGTTAGACGCGGGAAAAGCGCGTGTAGCGGGTCGCCGTG ACGAACGGGACGGTAAAAAGAAACGCACTAAATCGGAAACGAATTTAACG AACTCTAAAAATTACAAATCGAAAAATGACGCAGTTGCAAACTTAAGACT GAACATTGATGTCAATTCGCCGAAGAAACAATCTTACAATAAAATGGAGT TGAGTAAGAAAGCAACCAATAAAAAAACAGAATCTAACGACTCCCGTAAA CCAGCCCGTTCTTTCGGTATGTTTTCGGCTGAAGATCAACAAATGACTCG AATTAATTACGTCACACAAGACGATATGGCTATGGACCATCGAAGAAATA GTAAAAGTCCCAAAAAATCAAAAAGGAAAAGTAAAAACCAAGGGCAATGT GTTATCTCATAACCATTTCATAGTTAATATTTTATTTTTTATTCCACTGA TCTAGCTCTCTCCTTACATTTGAAAATTATGCATTTTTAACTTTTTTTGG TTTTATATTTTTAGTTTTACTAAAATCTATTTTACATCATTCCTCTAGTG TATTATGGCAATGATTTGGAGAACTGAGTTTTTCACTCAGTTTAATGTTA AATCTGCACACATAATATGTAATAATAATTTTGAAATTGGTTCGTCTTAG ATCCCAAGGTAATTAAAAGATTCAGAAATGTTGAATCCAAAAAGTGGTTC AAGTCTCAAGGCTCTGGGTACGATATTAGATCATAAATCAAATGATCGTG AAATGTATTTTTTCATTGTGAAATATATTAGAATATGTTAGGTTTAGTGC TCCGTGTGCAGGCTGTGAAAAATTCACCGCCGGGTGTCAATTAAATTATG TATTTTCTTAAGTGTTGTTATATATACAAAAGGAAAATAAAAAATGTAAA TAATGAAATAACAAAATGTTAATAAAACAAAGTAAAATCTATGTTTGCTA ATCTGAGTAAGAATTTCTTACAAGGACGGTCTACCCAGGGAGCTGGAACA GTCTTTTCGGTCTGTAATAGCGAACAACTCTGTCGACCCTGGGTTTTTCT TTTAAGGGAAATTTGAGTGAATTCAAAAACTTCTCTATTAGTAGGGGGAA ATTTGTAAAATCGCTCGACTTTTTTAGTCAAAGCACTTGTTATACATTTT TGGTAAGCTAAGGGGTAGGGGAATCAAAA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_010268XLOC_010268Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000295supercontigsc0000295:75106..97484 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.0403086 0.000318446 0.00273148 0.427257 1.16184 1.41883 6.47402e-08 0.00209524 0.00411003 1.29934e-07 1.0189e-05 0.000269789 0.60883 1.35297 0 0 0 0.00102739 5.11266e-09 1.14317e-08 0.00010936 0 7.98784e-06 6.47284e-07 1.31858 2.60106 0.00386532 3.79539 0.000121526 0.0908853
Blast
BLAST of TCONS_00018277 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PRIC2 (Prickle-like protein 2 OS=Homo sapiens GN=PRICKLE2 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 404.445 bits (1038), Expect = 4.811e-125
Identity = 183/312 (58.65%), Postives = 234/312 (75.00%), Query Frame = 2
Query:  110 PTIQEKTYSISKFADQHPSSMGNDGDSGCSTEEYAWVPPGVSGELVNAYMNSLHEDKIPFVNSIGENYRAKQLLYQLPPHDSDSKHCHNLSEEEKRELRSFHGRRRKDCLGRGNVRLFPNVAEGSSGVCQQCSKRIVPGEVVVHAWRAGKEACWHPACFQCTTCQELLVDLVYFYQEGRVYCGRHHAELLKPRCSACDEIIFSDECTEAEGRFWHLGHFACYECDSSLGGQRYVMRDNHPICCVCFEKMFAEFCDSCGEPIGIDVGQMAHGSQHWHANEKCFSCFNCGQTLLGQPFLPKNGEIFCSSGCSRG 1045
            P   EKT S   F  Q  S+  +D DSGC+ EEYAWVPPG+  E V+ Y + L E+K+P+VNS GE  R KQLL+QLPPHD++ ++C++L EEEKREL+ F  +R+++ LGRGNVR FP    G+  +C+QC  +I  G++ V A RAG   CWHP CF CT C ELLVDL+YFYQ+G++YCGRHHAE LKPRC+ACDEIIF+DECTEAEGR WH+ HF C+EC++ LGGQRY+M++  P CC CFE ++AE+CD+C + IGID GQM +  QHWHA E CF C +C ++LLG+PFLPK G+IFCS  CS G
Sbjct:    6 PLEMEKTISKLMFDFQRNST--SDDDSGCALEEYAWVPPGLKPEQVHQYYSCLPEEKVPYVNSPGEKLRIKQLLHQLPPHDNEVRYCNSLDEEEKRELKLFSSQRKRENLGRGNVRPFPVTMTGA--ICEQCGGQINGGDIAVFASRAGHGVCWHPPCFVCTVCNELLVDLIYFYQDGKIYCGRHHAECLKPRCAACDEIIFADECTEAEGRHWHMKHFCCFECETVLGGQRYIMKEGRPYCCHCFESLYAEYCDTCAQHIGIDQGQMTYDGQHWHATETCFCCAHCKKSLLGRPFLPKQGQIFCSRACSAG 313          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00018277 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
PRIC24.811e-12558.65Prickle-like protein 2 OS=Homo sapiens GN=PRICKLE2... [more]
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