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transcript sequence >TCONS_00018277 ID=TCONS_00018277|Name=TCONS_00018277|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2997bp TGGATTTCATCTTCTTTCTTCGAAGAGAAACTGGACAGAATTTGAAGAAA CTTAAAGGAAAATATGTCGTCACTGTCGGTGCAGTAGAGAAGATCACTGC TTACTACCGCCTACCATACAAGAGAAAACGTACAGTATAAGTAAATTTGC TGACCAACATCCAAGCAGTATGGGTAATGATGGAGATAGTGGATGCTCGA CTGAAGAATATGCATGGGTGCCACCTGGCGTCTCTGGAGAACTGGTCAAT GCTTACATGAACAGTTTACATGAAGACAAAATCCCGTTTGTGAATAGTAT TGGTGAAAACTATCGAGCCAAACAATTATTATACCAACTACCTCCTCATG ATAGCGATTCAAAACATTGTCATAATTTatctgaagaagaaaaacgTGAA CTTCGCAGTTTTCACGGTCGACGACGTAAAGATTGTTTGGGTAGAGGAAA CGTCCGCTTATTTCCGAACGTTGCGGAAGGAAGTTCGGGTGTCTGCCAAC AGTGTTCCAAACGTATCGTGCCTGGCGAAGTAGTTGTTCACGCCTGGCGA GCAGGAAAAGAAGCATGCTGGCATCCGGCTTGTTTTCAATGTACCACGTG TCAAGAATTGTTGGTTGATCTGGTGTATTTCTACCAAGAGGGACGCGTCT ATTGCGGACGTCATCATGCTGAATTGTTGAAACCTAGATGTTCAGCTTGT GACGAGATCATTTTCTCGGATGAGTGTACAGAAGCAGAGGGTCGTTTCTG GCATTTGGGACATTTCGCATGTTACGAGTGTGACAGTTCACTCGGTGGAC AACGTTACGTCATGCGTGATAACCATCCAATTTGTTGCGTctgttttgag aaaatgttcGCTGAGTTTTGCGATTCGTGTGGAGAGCCGATCGGTATCGA TGTCGGTCAAATGGCACACGGCAGTCAACATTGGCACGCGAATGAGAAAT GCTTCAGCTGTTTCAATTGCGGACAAACGTTACTCGGCCAACCATTTCTA CCGAAAAACGGAGAAATCTTTTGCTCTTCCGGTTGTAGTCGGGGCATCCC ACCACCGAATCCGGTTAACCCGAAATATCCTCCTCGATCAGCGTCAAGAA ACCGATCTTACAGACCGTCGTCAGAAAGTTCAAACAATAATTCACGCGAC GGGTATGTCAGTTCCAGTACAATGTCACCTGAACCGGTTCGCAAAATCGT CGAAATCAGATCGAAGGCTAGTTATCGAAGTTCTTTGGATAAATACGGTC TAGCAGCAGCAGAGAAAATCGGTGATATAGTACGTAATATGCCGAACGGT GGCGTAATAAAGgaagaaagtgacgaaaaaGACGAGACGAGTTCCACTTG TTCTTCCGTCGCTTCCTCAAGAGCGAAGGAACTTCCATCCTTTCCTCCCA GTAATCGTCACAGTAAGAAACCTATACTTCGTGTTCCCCCGAAACAAAGA CCTAAACCTACGGGACCGGAGATTTGGATCGATATGGTACCCCCTAAAGA AGCGACCACGCATCGTAAACAAGAAGAGGACTGGGAGAAACAATCTGTAC GGAGCATGCGCAGTAACCGAAGCACGACGTCGACTAAAAAATATGGCGAC GCTATGAGTCATTTGAACGGTAATGATACTATAGAAAGACTTGTCCAAGG TGAACGACAAATTAATCGTCGGCACCGACGTCGGAAAGTTGACGATTCAT ATTTCTCGGACTACGAAGTTGAGAGACGAAAACGCACGCAAAGACGTAAA CAAACTCCTCTCGTTTATCAAATGGACGACGAAAAACCTAACATCCCTCT TATGACTGTTAAATCGCGTTCAACAGAATCGTTAGACGCGGGAAAAGCGC GTGTAGCGGGTCGCCGTGACGAACGGGACGGTAAAAAGAAACGCACTAAA TCGGAAACGAATTTAACGAACTCTAAAAATTACAAATCGAAAAATGACGC AGTTGCAAACTTAAGACTGAACATTGATGTCAATTCGCCGaagaaacaat cttacaataaaATGGAGTTGAGTAAGAAAGCAACCAATAAAAAAACAGAA TCTAACGACTCCCGTAAACCAGCCCGTTCTTTCGGTATGTTTTCGGCTGA AGATCAACAAATGACTCGAATTAATTACGTCACACAAGACGATATGGCTA TGGACCATCGAAGAAATAGTAAAAgtcccaaaaaatcaaaaaggaaaAGT AAAAACCAAGGGCAATGTGTTATCTCATAACCATTTCATagttaatattt tattttttattccaCTGATCTAGCTCTCTCcttacatttgaaaattatgc atttttaactttttttggttttatatttttagttttactAAAATCTATTT TACATCATTCCTCTAGTGTATTATGGCAATGATTTGGAGAACTGAGTTTT TCACTCAGTTTAATGTTAAATCTGCACACATAATATGtaataataatttt gaaattggttCGTCTTAGATCCCAAGGTAATTAAAAGATTCAGAAATGTT GAATCCAAAAAGTGGTTCAAGTCTCAAGGCTCTGGGTACGATATTAGATC ATAAATCAAATGATCGTGAAATGTATTTTTTCATTGTGAAATATATTAGA ATATGTTAGGTTTAGTGCTCCGTGTGCAGGCTGTGAAAAATTCACCGCCG GGTGTCAATTAAATTATGTATTTTCTTAAGTGTTGTTATATAtacaaaag gaaaataaaaaatgtaaataatgaAATAACAAAATGTTAATAAAACAAAG TAAAATCTATGTTTGCTAATCTGAGTAAGAATTTCTTACAAGGACGGTCT ACCCAGGGAGCTGGAACAGTCTTTTCGGTCTGTAATAGCGAACAACTCTG TCGACCCTGGGTTTTTCTTTTAAGGGAAATTTGAGTGAATTCAAAAACTT CTctattagtagggggaaatttgtaaaatcgctcgacttttttagtcaaa gcacttgttatacatttttggtaagctaaggggtaggggaatcaaaa Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000295:75106..97484- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00018277 ID=TCONS_00018277|Name=TCONS_00018277|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=22379bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000295:75106..97484- (Clytia hemisphaerica) TGGATTTCATCTTCTTTCTTCGAAGAGAAACTGGACAGAATTTGAAGAAA
CTTAAAGGTATGAAAATATTCCTTTTACTTTATTTTTTTTCCTGTAAGTT
AAGACTTTTCTTTTAGGAGGGTCCTTAGTTGCTAGAGCGGAGGGCATTGA
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CTGTATTACTCGCTCGTGTTGAAACCGTATATTTTGTCAACAGACGGATG
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TGCATGGCGATATTGGCCTGTGACCCATTTTGAAAATTGGATATATCTTG
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GCTCTTAAGAATAAGATACAAATTGTACAATCGATAATAATCTGCAATAA
CTGAAAGTTTGTTCCATCCTGTGCTAAATTTATTGTCGATGTTGTAGTTA
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GTTTTACTGAACAATGAGATTGTTATCGTAAAACTTTTGGACATTATTTT
GTCAGTCATTGCACTGTATGTGTTTTGTTTTGCTTTGTTCGAAGATAAAA
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TTNATGGAATATATTTGTATTTTGAAAGGGTAGATATTTTATGGTTTGAA
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GAAAAATGAGGTACTAAACGATTTGGTTAGTGTTTACAACATGGTAAGGA
GGTGTTTGAGAACAAGCCTCTTCATGTTTCAATTACTTGTGGTTTATGAT
GAACAAGCCAACAATCGGTTGTCAAAATCTTGTGCTATTTTGTGAATCAG
TTGGTTTATTTTGCCATATACATATAATAGGACATATAATTTACCCTAAA
TATATTCTAAAGGTTGTTGGGTTCGATTGTTGAAGTATTTAGATGTATAA
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GCAATTTCATCCAAGAAAACTTATTGAATTATGCTGAGTTTTTATGTTTG
TTAAATCAAATTTTCATCTTTCGTCTGTTTGATCACACTTGAATGAAATT
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TGTTTTGGGATGTCATTATCTGAAAAGGTTGAATTAAATGAATGTTGGGT
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GTTCGGTAACCATGCCATTGTATCATCCACTATAAGAAATCTCCTTACTG
TTTGAAGCCATTTTTCTTGTAAGAACATTAATTTGTCAAATGCTCACAAG
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AATACAATAAAAAAATGCAATCCTTTGTTTTTGTTTTATGAGTGGTAGTA
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GTTACATGTTCATCTCTCGTCTGTCAGCTCCGGTTGTTTTTAATAGCTGG
GAAATAAGGGTTTCAAAGAAACCAAAAGAGATTGCTTTTTTACAATTGAT
GTGGTCAGAAGTCAATTTTTCTATGTCGGATTGAAATATGATTTTTGTTA
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TGTCTCCATAATTTTTTGAAACCTCTCAAGATGCAGGTTTGTCTCCCTAC
TTTTTTCGAACCTCTCAATATAGGTTTGTGTCCCTATTTTTTTCCAAAAC
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TCTCCAGGTTACAATGCAAGATTTTTTACCATACATTTCTTAACCCTTAT
CACTTAGGTGATTTTGAATAAAGGAATTTTTTTCAGGAAAGTAGAATTTT
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TTTTTGATTGACGGGTATAAATTCAGAAAAAAAGAATGATACCTCACATA
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AAGATCTATAATACAGCTTCGAACGTTTTATAATATGGTCGTTCTGATTT
AATTACAGCCTTAACCCTTTCCGCCCGAAATTTATCATTTTTTACAAGAT
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TTGGCTAATACTTCATATATTATTCAGAAAATGCTAAAAAAAAGCGACGG
GCAGTTAAAGGGTTAAATAATTTTCCAAGGATATTTCGATGTTTGAAGAA
ATTATTTGTCATTTTCCATTTTGGTTTTTTATCTTTCAAAATTTGTTCGG
TTTGATTCATTAACAAAAAGGAAATTGGTTTTCAGCCGATAGAAAATCTA
ATTACATTTTCTTGTCCGTATCTCTTCAGACAGTTTCGTAACTCCATCTT
CTTGTCATCGTTTGTCTTCTTAATTCCACACAATAATGTCTTGACAAGAA
TTTGGAAAATTTATAAAGAATTTTGTATAAGTCGTTAACTACCGCTCCTT
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GGATACTTTCATTTGTTTTGGAATTCCATGTATACTTTAGATTGTTATTA
GCAATATTTTTAGGTTTCAGAGATTCCGGAATAGGGCTAAAAATGACCCT
GTTCTGATATTCCTATAATTGACGGATCAACAAGCTTGTCAGTTTATAAC
CTAATATTCGACAATTACTACCCCTCAAAGGAGACCCCCTTATTTTGAAC
TACAGTCTTTCTACTCTCTCAGAATAATATGTAAACTAATAATATGGTGG
GTTCATCATTAGATTTAGATTCTAACGGTAGATAGCAAAACCAAAGCAAG
GCGATCTTAGGCAAGTCTTTCAAAATTAGATTTTACTGAAAACCCACTAC
ACGAGATTGACGTAGATTTGACGAATTTGTCTCCCCTATCGTGATATAAA
AGTCGCAAAGTGGAATAGACGTTAATTGCGTAAAAAAACGCGGGTGACGT
CTAGTATAGGCTATCCCCTATCGTGATATTTCAATGTAAGTGCCAATTAT
GCTATACAGTCTCCCATAAAAAACCTTTCATGCCTGCCAAGTTGAATTCA
GCTCGTCAACAACATGTGACGATTTTATCTCCTTAATATGTCTTTTTTGG
AATTACAAGCGTGCTACTATTTCCGTCGACGGGAAATCAAACTCATTAAA
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AACATAATTTTGTAAAATTTAGGAAAAACCGATATCTTTTGGTTTTTGAA
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ATTTGTACTAAAATTACGACTAGCTATTTGGTAAATTTACTTGCAATTCT
TCTTATGCCTAAAATAAAGTTTCGAAAATTGCTTGAAAATTATCGTCTAA
TCATTACGGTTAAATTGCCATATGAACAGACAGACATTATAAATACTGCA
ACCAAAACAAAGCTATTAGTAAAAAAACTCCAAGTTGACAGTTTAATAGG
GTGTTTGGTTGACACTTCGATCTTTTGCTGTTAATCATCTAAATGCAATT
TTAAGTACCGCAATTCTTCATTTTCGACATTATTTTCGTAACATTTTTTT
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CATTTAGTTTCTTATGTAACACTACCTAGCGTTTGAATTTTGAATTTTTT
GAAAGAGCGCGAGACGTTTTTGGTTCAAAAGATACCGCACAATTTACATT
TCATGATAATTAGTTTTTCTTTTAATTGAAACCTATTTCATATGCTAGCC
TTTGGGTTATTACTTTTATTCATATTCTAGACAAGATGCTCTGCTCCCTT
CACTCTTCTTTTTTTTTCAATAAAGATGGCTAACTTTTCTTCGAGGATAC
ACAAGAAAATATAATCACATTATAGCGTTTATCTTCATTACAAACCGTAA
TATGAGTTCAGTAATATCTAATGACAGATTTGAAACAAACTCCCGATTTT
TATCACAGCAAGGGGTCTTCAAACAGAACCCACATAATTGGGTCAAAAGG
TTTTTCAGTTGACCACCATCTTGAAATTTATACAACAATCTACCCTAAAG
AAGATTGACGGCTTATGGGGCTTTGTTGTTGTTGTATGATCTTTGTGTTT
TATAGATCACGCTGCGCTCTTAAACAAATCTCATTAATCAATTAAAATTC
TCAACCTCTTTTTAAAATGACCGCATAAAATATGAAATTCGTAATTTTTG
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TATATTTATTCATCAGATTCTAGTCACCAAATATCGACCCGACCTCCACC
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AGTTTTTTCTGGATTCTGATTTATAATCCTGGCTGATCTCCTATTATAAT
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TTTTGATTGACGTGTGGGATTATTTTTGAGCGTGATGTCTTGATAAAGTC
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CTCATCATTTGTCATTCATGTTAATCTTGTCAGACCTCCTTTCCTCAATT
GAATGATCATCTACTTTAAAAGTTCATTTTTAGTACAAATCCCTCTTACT
TTAAACGTATTTCAAATTTCAATACCCCATGATCAGATTTATTACCAATT
CTGAGGATCATCTTCTCTTGAATGTCATTTTTGATGCATGGATTTGCAAA
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AAAGAATTGAGAAACTTTGATTCAGAAGACTTGTAAATGTCATTGTTTAT
ACAAAAGCCAAAAAGTCGAAAGCCCCATACTGCTGCTTGGGTAATATTGA
AATTCCACAGTTTTATTACGTAACATTTGAACAGTTATAATAAAAAATCC
GGTTTTTTTTATGGCGGGGGGTAAACCTGGGACCCTTCGCGTTATGACCC
AGCGTTCTACATAGTGATCTTACCATTCGATATCTCGTACTGACATAATT
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ATTGATTATTGCATTTTTTATCTCGTCAGAGAGAACTTTCTACATCATTA
GAACAAGATCTCATTAAGCCTCAATCTTTTTTAGGTCAATGCTTACATGA
ACAGTTTACATGAAGACAAAATCCCGTTTGTGAATAGTATTGGTGAAAAC
TATCGAGCCAAACAATTATTATACCAACTACCTCCTCATGATAGCGATTC
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TTTCCGAACGTTGCGGAAGGAAGTTCGGGTGTCTGCCAACAGGTAACGAG
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TGAAGCTTTTTTTTGCAAATGTTCAAACATTTACTTTGTTTCATATCAGT
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GGAAAAGAAGCATGCTGGCATCCGGCTTGTTTTCAATGTACCACGTGTCA
AGAATTGTTGGTTGATCTGGTGTATTTCTACCAAGAGGGACGCGTCTATT
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GAGGTTAGTNGGGACGCGTCTATTGCGGACGTCATCATGCTGAATTGTTG
AAACCAAGATGTTCAGCTTGTGACGAGGTTAGTGTTTAATAAAAGCTTTC
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ATTCATAAGTTAAAGTTTTAATTTGTGGACTTTTTTTTTGGACTATGAAG
TTCACTTACTTAACCTTTTTTTGCCTTTCATTTTTCAGATCATTTTCTCG
GATGAGTGTACAGAAGCAGAGGGTCGTTTCTGGCATTTGGGACATTTCGC
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AAGAGCGAAGGAACTTCCATCCTTTCCTCCCAGTAATCGTCACAGTAAGA
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000295 | supercontig | sc0000295:75106..97484 - |
Blast
BLAST of TCONS_00018277 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PRIC2 (Prickle-like protein 2 OS=Homo sapiens GN=PRICKLE2 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 404.445 bits (1038), Expect = 4.811e-125 Identity = 183/312 (58.65%), Postives = 234/312 (75.00%), Query Frame = 2
Query: 110 PTIQEKTYSISKFADQHPSSMGNDGDSGCSTEEYAWVPPGVSGELVNAYMNSLHEDKIPFVNSIGENYRAKQLLYQLPPHDSDSKHCHNLSEEEKRELRSFHGRRRKDCLGRGNVRLFPNVAEGSSGVCQQCSKRIVPGEVVVHAWRAGKEACWHPACFQCTTCQELLVDLVYFYQEGRVYCGRHHAELLKPRCSACDEIIFSDECTEAEGRFWHLGHFACYECDSSLGGQRYVMRDNHPICCVCFEKMFAEFCDSCGEPIGIDVGQMAHGSQHWHANEKCFSCFNCGQTLLGQPFLPKNGEIFCSSGCSRG 1045
P EKT S F Q S+ +D DSGC+ EEYAWVPPG+ E V+ Y + L E+K+P+VNS GE R KQLL+QLPPHD++ ++C++L EEEKREL+ F +R+++ LGRGNVR FP G+ +C+QC +I G++ V A RAG CWHP CF CT C ELLVDL+YFYQ+G++YCGRHHAE LKPRC+ACDEIIF+DECTEAEGR WH+ HF C+EC++ LGGQRY+M++ P CC CFE ++AE+CD+C + IGID GQM + QHWHA E CF C +C ++LLG+PFLPK G+IFCS CS G
Sbjct: 6 PLEMEKTISKLMFDFQRNST--SDDDSGCALEEYAWVPPGLKPEQVHQYYSCLPEEKVPYVNSPGEKLRIKQLLHQLPPHDNEVRYCNSLDEEEKRELKLFSSQRKRENLGRGNVRPFPVTMTGA--ICEQCGGQINGGDIAVFASRAGHGVCWHPPCFVCTVCNELLVDLIYFYQDGKIYCGRHHAECLKPRCAACDEIIFADECTEAEGRHWHMKHFCCFECETVLGGQRYIMKEGRPYCCHCFESLYAEYCDTCAQHIGIDQGQMTYDGQHWHATETCFCCAHCKKSLLGRPFLPKQGQIFCSRACSAG 313
The following BLAST results are available for this feature:
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