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transcript sequence >TCONS_00018280 ID=TCONS_00018280|Name=TCONS_00018280|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3195bp GCTGATTTGATTGTTAGTGAGAGAAGATCTGTTTTGATCATTTTCGGTGG ATATGGATATTCTTGTATAGTAGTTGCAATGATTCGATAATGAGAAGAac tttattataattttttaaaaacaaaaggttCAAGAGAGATATCCGAAGAT GTTTGTGGAAGGATTGAATTGTTTTTGTGGTGCTGAATTATACCCAAGAT CATTGTTGACATTAAAAGATGCTCTTCATTATCTGATGTACCGCCAAGAG AGTCGGAAAATATGTCGTCACTGTCGGTGCAGTAGAGAAGATCACTGCTT ACTACCGCCTACCATACAAGAGAAAACGTACAGTATAAGTAAATTTGCTG ACCAACATCCAAGCAGTATGGGTAATGATGGAGATAGTGGATGCTCGACT GAAGAATATGCATGGGTGCCACCTGGCGTCTCTGGAGAACTGGTCAATGC TTACATGAACAGTTTACATGAAGACAAAATCCCGTTTGTGAATAGTATTG GTGAAAACTATCGAGCCAAACAATTATTATACCAACTACCTCCTCATGAT AGCGATTCAAAACATTGTCATAATTTatctgaagaagaaaaacgTGAACT TCGCAGTTTTCACGGTCGACGACGTAAAGATTGTTTGGGTAGAGGAAACG TCCGCTTATTTCCGAACGTTGCGGAAGGAAGTTCGGGTGTCTGCCAACAG TGTTCCAAACGTATCGTGCCTGGCGAAGTAGTTGTTCACGCCTGGCGAGC AGGAAAAGAAGCATGCTGGCATCCGGCTTGTTTTCAATGTACCACGTGTC AAGAATTGTTGGTTGATCTGGTGTATTTCTACCAAGAGGGACGCGTCTAT TGCGGACGTCATCATGCTGAATTGTTGAAACCTAGATGTTCAGCTTGTGA CGAGATCATTTTCTCGGATGAGTGTACAGAAGCAGAGGGTCGTTTCTGGC ATTTGGGACATTTCGCATGTTACGAGTGTGACAGTTCACTCGGTGGACAA CGTTACGTCATGCGTGATAACCATCCAATTTGTTGCGTctgttttgagaa aatgttcGCTGAGTTTTGCGATTCGTGTGGAGAGCCGATCGGTATCGATG TCGGTCAAATGGCACACGGCAGTCAACATTGGCACGCGAATGAGAAATGC TTCAGCTGTTTCAATTGCGGACAAACGTTACTCGGCCAACCATTTCTACC GAAAAACGGAGAAATCTTTTGCTCTTCCGGTTGTAGTCGGGGCATCCCAC CACCGAATCCGGTTAACCCGAAATATCCTCCTCGATCAGCGTCAAGAAAC CGATCTTACAGACCGTCGTCAGAAAGTTCAAACAATAATTCACGCGACGG GTATGTCAGTTCCAGTACAATGTCACCTGAACCGGTTCGCAAAATCGTCG AAATCAGATCGAAGGCTAGTTATCGAAGTTCTTTGGATAAATACGGTCTA GCAGCAGCAGAGAAAATCGGTGATATAGTACGTAATATGCCGAACGGTGG CGTAATAAAGgaagaaagtgacgaaaaaGACGAGACGAGTTCCACTTGTT CTTCCGTCGCTTCCTCAAGAGCGAAGGAACTTCCATCCTTTCCTCCCAGT AATCGTCACAGTAAGAAACCTATACTTCGTGTTCCCCCGAAACAAAGACC TAAACCTACGGGACCGGAGATTTGGATCGATATGGTACCCCCTAAAGAAG CGACCACGCATCGTAAACAAGAAGAGGACTGGGAGAAACAATCTGTACGG AGCATGCGCAGTAACCGAAGCACGACGTCGACTAAAAAATATGGCGACGC TATGAGTCATTTGAACGGTAATGATACTATAGAAAGACTTGTCCAAGGTG AACGACAAATTAATCGTCGGCACCGACGTCGGAAAGTTGACGATTCATAT TTCTCGGACTACGAAGTTGAGAGACGAAAACGCACGCAAAGACGTAAACA AACTCCTCTCGTTTATCAAATGGACGACGAAAAACCTAACATCCCTCTTA TGACTGTTAAATCGCGTTCAACAGAATCGTTAGACGCGGGAAAAGCGCGT GTAGCGGGTCGCCGTGACGAACGGGACGGTAAAAAGAAACGCACTAAATC GGAAACGAATTTAACGAACTCTAAAAATTACAAATCGAAAAATGACGCAG TTGCAAACTTAAGACTGAACATTGATGTCAATTCGCCGaagaaacaatct tacaataaaATGGAGTTGAGTAAGAAAGCAACCAATAAAAAAACAGAATC TAACGACTCCCGTAAACCAGCCCGTTCTTTCGGTATGTTTTCGGCTGAAG ATCAACAAATGACTCGAATTAATTACGTCACACAAGACGATATGGCTATG GACCATCGAAGAAATAGTAAAAgtcccaaaaaatcaaaaaggaaaAGTAA AAACCAAGGGCAATGTGTTATCTCATAACCATTTCATagttaatatttta ttttttattccaCTGATCTAGCTCTCTCcttacatttgaaaattatgcat ttttaactttttttggttttatatttttagttttactAAAATCTATTTTA CATCATTCCTCTAGTGTATTATGGCAATGATTTGGAGAACTGAGTTTTTC ACTCAGTTTAATGTTAAATCTGCACACATAATATGtaataataattttga aattggttCGTCTTAGATCCCAAGGTAATTAAAAGATTCAGAAATGTTGA ATCCAAAAAGTGGTTCAAGTCTCAAGGCTCTGGGTACGATATTAGATCAT AAATCAAATGATCGTGAAATGTATTTTTTCATTGTGAAATATATTAGAAT ATGTTAGGTTTAGTGCTCCGTGTGCAGGCTGTGAAAAATTCACCGCCGGG TGTCAATTAAATTATGTATTTTCTTAAGTGTTGTTATATAtacaaaagga aaataaaaaatgtaaataatgaAATAACAAAATGTTAATAAAACAAAGTA AAATCTATGTTTGCTAATCTGAGTAAGAATTTCTTACAAGGACGGTCTAC CCAGGGAGCTGGAACAGTCTTTTCGGTCTGTAATAGCGAACAACTCTGTC GACCCTGGGTTTTTCTTTTAAGGGAAATTTGAGTGAATTCAAAAACTTCT ctattagtagggggaaatttgtaaaatcgctcgacttttttagtcaaagc acttgttatacatttttggtaagctaaggggtaggggaatcaaaa Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000295:75106..105267- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00018280 ID=TCONS_00018280|Name=TCONS_00018280|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=30162bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000295:75106..105267- (Clytia hemisphaerica) GCTGATTTGATTGTTAGTGAGAGAAGATCTGTTTTGATCATTTTCGGTGG
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CAATGTTAAAAATTAACGTCTAACGCCGCTACATCATCAAAAGGATTTGA
GGAAAAGTAGACCTAGCGCTCTCGATGCATTTACACCGCTATCGAGTAGT
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TGGCTGGGATTGAGAAGCTTTGTCCAGGGTTATATAAAGGTCAGTGGTGT
GAAACCCCAAGATATGCCATTAATGTCCAAACGGACGGCGACTGTGGTTT
TAAGGTAGTTGGCGATGCAGAAAATTTCAACTTTTTAGGACTTTGCGTTA
GTCACCGACTAAGGATGATGATTTGAGCCTCCCTTGCTTGTTACTAAAAG
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TAAATCGAAAATTTCGACGTGAATAATCTCTCATAGCTTTCATTAATTCA
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CTTATTTTAGATAAAACTCTGACTCTGATTTTGATTAAAGTGGTGTTTTT
AACTTATATTTAATTGGTCGTAAAATTCAGTGGTTGTCTGGATAGCTAAA
AGTGATCGATAAATTACCAAGAATTTGAAAACTTTGGAGAATCAGTCAGC
TGGTAGTTTTAATATATTTTCTCCTTTCCTGGTTAGATAAATTTCTTTTG
CGGTTTAGAATTTATTTATCTTCTTGGCATGTCGTGTGACTAGTTTTTTT
TGGTTTGCTATGTTTTTGGGGTCAACAAGGGTTAGGCCGTCGGGGTAGTT
CACAAATTAAAGTTCAAAACAATTTTCATATTTTTCTCATGTGTATTAAT
TGTTATGGGTGTTATCAGTTTTGATATAGACCGACTTTTAATAAGTTACA
TCTCAAGCCAAAGTAACATTAAAACCCAATTTCATATTCCTTATTATTAT
TGAAACAAGATATTAGAGGGTATCTCGAATTTGAAACAAGCTTCTTTCTA
TCATTCCGACATTCAGTCTGCCAACCCTCTGTTAATTATTTGTGATCATT
TTTCAAACAGACCTCTCTTCTTTAGAGGTTGCCTCTTATAATCTTTAATT
TTAAATTTTCATATTTCCTGCCATTTCTATAAATAGTTAGTTTTTGACTT
TTCGAGTCCACCCTATTAATGACCANTCTGTCATTTCTATAAATAGTTAG
TTTTTGACTTTTCGAGTCCACCCCATTAATAACCAGTACCTATTTTCTTG
TAATTAAGGCTTCCTGTGAAATAGCTTTGTGATTGAAATTACTACAGGCA
TGCTTGATAGGATGAATTAATTGAATAATATTCTTTGAAGATTCTTATCA
ATGGTAGGAAAATACCAGCAATTCCTGTATGTCTATTTCAAAATTCTTTG
CCTGCTTTTACTTTCAGTACAATTTTTCAACTACACTGTACTGTCTCATT
GAATGTTTTGGTGTGTATATAAAGTGCAGTTTCACGGAGGTCAAGACCTC
TTAGGATCTTACATAACTGTTTGTGTTCCTCCTCGTGGGTAAAGACTCGT
GTTAGAGGCGTGTTGTTTTTAATAGTATAATTATTGTATAATCACATGGT
ACAAAGCTTTTGGGTTGTTTTCTGGGTTCTGACGATATTGTTCATTGACC
TGGATTTCATAAGTTATATGCTAGAGAAAATCTTCGATGTACATTCTACT
TGTATAAGTACGAACAGAAGTAGAACAATCAAGAAGCACTAAACTTCGTC
TCACTTTTATGTGACTTTTACTTTTAATGTTAAATGAGATATAATGTAAG
GACTCAATGACTTGGAAAGGACATTAAGGAGTATTTTTCTTAACCATATA
TCTAATTTGAGGCTGGGATTGTTCTTAATTTGTATAAAACAAGTTAATGG
TGGTTTCGTTGGAAAGGTATTACGATGTGACATTCAGGAGCATCAGAGAC
CTTTTTTGCAAACGCTACCATTTTGGTCAAGGGCTTACTACATCTACGTC
ATATAAGCATCATAAACAAGCAAGTCCATTCATCATACCTTCTTTATTAT
CACATGGAAAAGGGAGTAAAGGTCAAAAATACATAAGAACACAGCAGTGG
ACTAAAACGTCATAATAAAAGGTATTATACCCCGGTATTAATTTTCATTA
TTAATTACGTGTTTAAGGGATCGTACTCAATGGAGTGATGTTTGTTTTTA
TAGAGAGAGGGTAATAATGACGAAAGAATAAGTGAGTTGAATTTTTTTGT
TTGTGGACCATTTTAAGTTTAAGTTTACGGAAGTCTGTTAGACTCCTGAC
CTTGAAATATCTTGTAGGTCAAGCTTTTAACAGTTATAAAATACAAACAA
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TCTTTTAATTGAAACCTATTTCATATGCTAGCCTTTGGGTTATTACTTTT
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TATGTTTTCGGCTGAAGATCAACAAATGACTCGAATTAATTACGTCACAC
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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TCONS_00018280-exon-sc0000295-1510915933:79260..79446 | TCONS_00018280-exon-sc0000295-1510915933:79260..79446 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00018280-exon-sc0000295-1510915933:78093..78350 | TCONS_00018280-exon-sc0000295-1510915933:78093..78350 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00018280-exon-sc0000295-1510915933:77682..77885 | TCONS_00018280-exon-sc0000295-1510915933:77682..77885 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00018280-exon-sc0000295-1510915933:75106..77396 | TCONS_00018280-exon-sc0000295-1510915933:75106..77396 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00018280-exon-sc0000295-1491911889:105013..105267 | TCONS_00018280-exon-sc0000295-1491911889:105013..105267 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00018280-exon-sc0000295-1491911889:79260..79446 | TCONS_00018280-exon-sc0000295-1491911889:79260..79446 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00018280-exon-sc0000295-1491911889:78093..78350 | TCONS_00018280-exon-sc0000295-1491911889:78093..78350 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00018280-exon-sc0000295-1491911889:77682..77885 | TCONS_00018280-exon-sc0000295-1491911889:77682..77885 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00018280-exon-sc0000295-1491911889:75106..77396 | TCONS_00018280-exon-sc0000295-1491911889:75106..77396 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000295 | supercontig | sc0000295:75106..105267 - |
Blast
BLAST of TCONS_00018280 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PRIC3 (Prickle-like protein 3 OS=Homo sapiens GN=PRICKLE3 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 397.512 bits (1020), Expect = 1.526e-124 Identity = 193/330 (58.48%), Postives = 246/330 (74.55%), Query Frame = 2
Query: 254 RKICRHCRCSREDHCLLPPTIQEKTYSISKFADQHPSSMGNDGDSGCSTEEYAWVPPGVSGELVNAYMNSLHEDKIPFVNSIGENYRAKQLLYQLPPHDSDSKHCHNLSEEEKRELRSFHGRRRKDCLGRGNVRLFPNVAEGSSGVCQQCSKRIVPGEVVVHAWRAGKEACWHPACFQCTTCQELLVDLVYFYQEGRVYCGRHHAELLKPRCSACDEIIFSDECTEAEGRFWHLGHFACYECDSSLGGQRYVMRDNHPICCVCFEKMFAEFCDSCGEPIGIDVGQMAHGSQHWHANEKCFSCFNCGQTLLGQPFLPKNGEIFCSSGCSRG 1243
RKIC+HC+C RE+H + + + +D S+ +D DSGC++EEYAWVPPG+ E V + + L EDK+P+VNS GE YR KQLL+QLPPHDS++++C L EEEK+ELR+F +R+++ LGRG VR+FP G+ +C++C K+I G++ V A RAG ACWHP CF CTTCQELLVDL+YFY G+VYCGRHHAE L+PRC ACDEIIFS ECTEAEGR WH+ HF C+EC++SLGGQRYVMR + P CC C+E AE+CD CGE IG+D GQMA+ QHWHA+++CF C CG+ LLG+PFLP+ G IFCS CS G
Sbjct: 43 RKICQHCKCPREEHAVHAVPVDLERIMCRLISDFQRHSISDD-DSGCASEEYAWVPPGLKPEQVYQFFSCLPEDKVPYVNSPGEKYRIKQLLHQLPPHDSEAQYCTALEEEEKKELRAFSQQRKRENLGRGIVRIFPVTITGA--ICEECGKQIGGGDIAVFASRAGLGACWHPQCFVCTTCQELLVDLIYFYHVGKVYCGRHHAECLRPRCQACDEIIFSPECTEAEGRHWHMDHFCCFECEASLGGQRYVMRQSRPHCCACYEARHAEYCDGCGEHIGLDQGQMAYEGQHWHASDRCFCCSRCGRALLGRPFLPRRGLIFCSRACSLG 369
The following BLAST results are available for this feature:
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