TCONS_00018280 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00018280
Unique NameTCONS_00018280
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3195

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00018280 ID=TCONS_00018280|Name=TCONS_00018280|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3195bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000295:75106..105267-

Legend: exon
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>TCONS_00018280 ID=TCONS_00018280|Name=TCONS_00018280|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=30162bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000295:75106..105267- (Clytia hemisphaerica)
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000295supercontigsc0000295:75106..105267 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0 0 0 0 2.57859e-09 0 0 0 0 0 0 0.168912 2.05 0.51785 1.2586 0.816598 0.476413 0.741665 1.14441 0.239708 1.02616 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Blast
BLAST of TCONS_00018280 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PRIC3 (Prickle-like protein 3 OS=Homo sapiens GN=PRICKLE3 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 397.512 bits (1020), Expect = 1.526e-124
Identity = 193/330 (58.48%), Postives = 246/330 (74.55%), Query Frame = 2
Query:  254 RKICRHCRCSREDHCLLPPTIQEKTYSISKFADQHPSSMGNDGDSGCSTEEYAWVPPGVSGELVNAYMNSLHEDKIPFVNSIGENYRAKQLLYQLPPHDSDSKHCHNLSEEEKRELRSFHGRRRKDCLGRGNVRLFPNVAEGSSGVCQQCSKRIVPGEVVVHAWRAGKEACWHPACFQCTTCQELLVDLVYFYQEGRVYCGRHHAELLKPRCSACDEIIFSDECTEAEGRFWHLGHFACYECDSSLGGQRYVMRDNHPICCVCFEKMFAEFCDSCGEPIGIDVGQMAHGSQHWHANEKCFSCFNCGQTLLGQPFLPKNGEIFCSSGCSRG 1243
            RKIC+HC+C RE+H +    +  +       +D    S+ +D DSGC++EEYAWVPPG+  E V  + + L EDK+P+VNS GE YR KQLL+QLPPHDS++++C  L EEEK+ELR+F  +R+++ LGRG VR+FP    G+  +C++C K+I  G++ V A RAG  ACWHP CF CTTCQELLVDL+YFY  G+VYCGRHHAE L+PRC ACDEIIFS ECTEAEGR WH+ HF C+EC++SLGGQRYVMR + P CC C+E   AE+CD CGE IG+D GQMA+  QHWHA+++CF C  CG+ LLG+PFLP+ G IFCS  CS G
Sbjct:   43 RKICQHCKCPREEHAVHAVPVDLERIMCRLISDFQRHSISDD-DSGCASEEYAWVPPGLKPEQVYQFFSCLPEDKVPYVNSPGEKYRIKQLLHQLPPHDSEAQYCTALEEEEKKELRAFSQQRKRENLGRGIVRIFPVTITGA--ICEECGKQIGGGDIAVFASRAGLGACWHPQCFVCTTCQELLVDLIYFYHVGKVYCGRHHAECLRPRCQACDEIIFSPECTEAEGRHWHMDHFCCFECEASLGGQRYVMRQSRPHCCACYEARHAEYCDGCGEHIGLDQGQMAYEGQHWHASDRCFCCSRCGRALLGRPFLPRRGLIFCSRACSLG 369          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00018280 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
PRIC31.526e-12458.48Prickle-like protein 3 OS=Homo sapiens GN=PRICKLE3... [more]
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