TCONS_00018283 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00018283
Unique NameTCONS_00018283
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3437

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00018283 ID=TCONS_00018283|Name=TCONS_00018283|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3437bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000295:75106..122330-

Legend: exon
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>TCONS_00018283 ID=TCONS_00018283|Name=TCONS_00018283|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=47225bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000295:75106..122330- (Clytia hemisphaerica)
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000295supercontigsc0000295:75106..122330 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.710087 0.202151 4.08942e-10 0 1.92879 0.745562 2.16453 1.48317 1.65155 1.16282 0.686148 0.545563 0.152853 0.647654 0.622823 0.419499 0.810716 0.803034 0.378429 1.66247 2.5591 3.71898 4.5725 3.27104 2.16335 3.0025 1.20724 0.336626 3.24604 4.61966
Blast
BLAST of TCONS_00018283 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PRIC3 (Prickle-like protein 3 OS=Homo sapiens GN=PRICKLE3 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 412.149 bits (1058), Expect = 2.414e-129
Identity = 200/351 (56.98%), Postives = 256/351 (72.93%), Query Frame = 1
Query:  433 DHMKYCIRCGKMCPGYEGSEWRKICRHCRCSREDHCLLPPTIQEKTYSISKFADQHPSSMGNDGDSGCSTEEYAWVPPGVSGELVNAYMNSLHEDKIPFVNSIGENYRAKQLLYQLPPHDSDSKHCHNLSEEEKRELRSFHGRRRKDCLGRGNVRLFPNVAEGSSGVCQQCSKRIVPGEVVVHAWRAGKEACWHPACFQCTTCQELLVDLVYFYQEGRVYCGRHHAELLKPRCSACDEIIFSDECTEAEGRFWHLGHFACYECDSSLGGQRYVMRDNHPICCVCFEKMFAEFCDSCGEPIGIDVGQMAHGSQHWHANEKCFSCFNCGQTLLGQPFLPKNGEIFCSSGCSRG 1485
            D  + C  C + CPG+    WRKIC+HC+C RE+H +    +  +       +D    S+ +D DSGC++EEYAWVPPG+  E V  + + L EDK+P+VNS GE YR KQLL+QLPPHDS++++C  L EEEK+ELR+F  +R+++ LGRG VR+FP    G+  +C++C K+I  G++ V A RAG  ACWHP CF CTTCQELLVDL+YFY  G+VYCGRHHAE L+PRC ACDEIIFS ECTEAEGR WH+ HF C+EC++SLGGQRYVMR + P CC C+E   AE+CD CGE IG+D GQMA+  QHWHA+++CF C  CG+ LLG+PFLP+ G IFCS  CS G
Sbjct:   22 DRGQPCNSCREQCPGFLLHGWRKICQHCKCPREEHAVHAVPVDLERIMCRLISDFQRHSISDD-DSGCASEEYAWVPPGLKPEQVYQFFSCLPEDKVPYVNSPGEKYRIKQLLHQLPPHDSEAQYCTALEEEEKKELRAFSQQRKRENLGRGIVRIFPVTITGA--ICEECGKQIGGGDIAVFASRAGLGACWHPQCFVCTTCQELLVDLIYFYHVGKVYCGRHHAECLRPRCQACDEIIFSPECTEAEGRHWHMDHFCCFECEASLGGQRYVMRQSRPHCCACYEARHAEYCDGCGEHIGLDQGQMAYEGQHWHASDRCFCCSRCGRALLGRPFLPRRGLIFCSRACSLG 369          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00018283 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
PRIC32.414e-12956.98Prickle-like protein 3 OS=Homo sapiens GN=PRICKLE3... [more]
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