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transcript sequence >TCONS_00018283 ID=TCONS_00018283|Name=TCONS_00018283|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3437bp ccCGAGTGTAAACAATAATGGTAGCCATTTACAAATGTTTTTCGTCGTGC GGTCGAGTGGCAATCTGAAAAGATGGAGATTTCTTGTTGAATGGAGTGAA TCAAAAAAGAGAAGAGAAGAGATTGTGAAAATTACACAGAAGTTAATTAA CTTAATTTAAAAGTCATTGTTTTGGTTGGACAGTTACAAGATCGTTGATG ATTTTCTTGTAGATTTCATCTTTGTggtattgtttcatttttgtcacttt ttatttttgtatatttaaaaaaagtttcaatcaaATGCTTAAAGGCTGTT TCTTTACGTTTGCAATTGGTTACATTAGTGTTTGATGATAGTATGGTGAG cccttcaaaaaagaaagaaattgctACCAACAGAAAAtCTGCCAAATCAA CTAAAGAAGAAAATGTTGCCTTGTCACTTATCGACCACATGAAATATTGT ATCAGATGTGGAAAAATGTGTCCTGGTTATGAAGGCTCAGAATGGAGGAA AATATGTCGTCACTGTCGGTGCAGTAGAGAAGATCACTGCTTACTACCGC CTACCATACAAGAGAAAACGTACAGTATAAGTAAATTTGCTGACCAACAT CCAAGCAGTATGGGTAATGATGGAGATAGTGGATGCTCGACTGAAGAATA TGCATGGGTGCCACCTGGCGTCTCTGGAGAACTGGTCAATGCTTACATGA ACAGTTTACATGAAGACAAAATCCCGTTTGTGAATAGTATTGGTGAAAAC TATCGAGCCAAACAATTATTATACCAACTACCTCCTCATGATAGCGATTC AAAACATTGTCATAATTTatctgaagaagaaaaacgTGAACTTCGCAGTT TTCACGGTCGACGACGTAAAGATTGTTTGGGTAGAGGAAACGTCCGCTTA TTTCCGAACGTTGCGGAAGGAAGTTCGGGTGTCTGCCAACAGTGTTCCAA ACGTATCGTGCCTGGCGAAGTAGTTGTTCACGCCTGGCGAGCAGGAAAAG AAGCATGCTGGCATCCGGCTTGTTTTCAATGTACCACGTGTCAAGAATTG TTGGTTGATCTGGTGTATTTCTACCAAGAGGGACGCGTCTATTGCGGACG TCATCATGCTGAATTGTTGAAACCTAGATGTTCAGCTTGTGACGAGATCA TTTTCTCGGATGAGTGTACAGAAGCAGAGGGTCGTTTCTGGCATTTGGGA CATTTCGCATGTTACGAGTGTGACAGTTCACTCGGTGGACAACGTTACGT CATGCGTGATAACCATCCAATTTGTTGCGTctgttttgagaaaatgttcG CTGAGTTTTGCGATTCGTGTGGAGAGCCGATCGGTATCGATGTCGGTCAA ATGGCACACGGCAGTCAACATTGGCACGCGAATGAGAAATGCTTCAGCTG TTTCAATTGCGGACAAACGTTACTCGGCCAACCATTTCTACCGAAAAACG GAGAAATCTTTTGCTCTTCCGGTTGTAGTCGGGGCATCCCACCACCGAAT CCGGTTAACCCGAAATATCCTCCTCGATCAGCGTCAAGAAACCGATCTTA CAGACCGTCGTCAGAAAGTTCAAACAATAATTCACGCGACGGGTATGTCA GTTCCAGTACAATGTCACCTGAACCGGTTCGCAAAATCGTCGAAATCAGA TCGAAGGCTAGTTATCGAAGTTCTTTGGATAAATACGGTCTAGCAGCAGC AGAGAAAATCGGTGATATAGTACGTAATATGCCGAACGGTGGCGTAATAA AGgaagaaagtgacgaaaaaGACGAGACGAGTTCCACTTGTTCTTCCGTC GCTTCCTCAAGAGCGAAGGAACTTCCATCCTTTCCTCCCAGTAATCGTCA CAGTAAGAAACCTATACTTCGTGTTCCCCCGAAACAAAGACCTAAACCTA CGGGACCGGAGATTTGGATCGATATGGTACCCCCTAAAGAAGCGACCACG CATCGTAAACAAGAAGAGGACTGGGAGAAACAATCTGTACGGAGCATGCG CAGTAACCGAAGCACGACGTCGACTAAAAAATATGGCGACGCTATGAGTC ATTTGAACGGTAATGATACTATAGAAAGACTTGTCCAAGGTGAACGACAA ATTAATCGTCGGCACCGACGTCGGAAAGTTGACGATTCATATTTCTCGGA CTACGAAGTTGAGAGACGAAAACGCACGCAAAGACGTAAACAAACTCCTC TCGTTTATCAAATGGACGACGAAAAACCTAACATCCCTCTTATGACTGTT AAATCGCGTTCAACAGAATCGTTAGACGCGGGAAAAGCGCGTGTAGCGGG TCGCCGTGACGAACGGGACGGTAAAAAGAAACGCACTAAATCGGAAACGA ATTTAACGAACTCTAAAAATTACAAATCGAAAAATGACGCAGTTGCAAAC TTAAGACTGAACATTGATGTCAATTCGCCGaagaaacaatcttacaataa aATGGAGTTGAGTAAGAAAGCAACCAATAAAAAAACAGAATCTAACGACT CCCGTAAACCAGCCCGTTCTTTCGGTATGTTTTCGGCTGAAGATCAACAA ATGACTCGAATTAATTACGTCACACAAGACGATATGGCTATGGACCATCG AAGAAATAGTAAAAgtcccaaaaaatcaaaaaggaaaAGTAAAAACCAAG GGCAATGTGTTATCTCATAACCATTTCATagttaatattttattttttat tccaCTGATCTAGCTCTCTCcttacatttgaaaattatgcatttttaact ttttttggttttatatttttagttttactAAAATCTATTTTACATCATTC CTCTAGTGTATTATGGCAATGATTTGGAGAACTGAGTTTTTCACTCAGTT TAATGTTAAATCTGCACACATAATATGtaataataattttgaaattggtt CGTCTTAGATCCCAAGGTAATTAAAAGATTCAGAAATGTTGAATCCAAAA AGTGGTTCAAGTCTCAAGGCTCTGGGTACGATATTAGATCATAAATCAAA TGATCGTGAAATGTATTTTTTCATTGTGAAATATATTAGAATATGTTAGG TTTAGTGCTCCGTGTGCAGGCTGTGAAAAATTCACCGCCGGGTGTCAATT AAATTATGTATTTTCTTAAGTGTTGTTATATAtacaaaaggaaaataaaa aatgtaaataatgaAATAACAAAATGTTAATAAAACAAAGTAAAATCTAT GTTTGCTAATCTGAGTAAGAATTTCTTACAAGGACGGTCTACCCAGGGAG CTGGAACAGTCTTTTCGGTCTGTAATAGCGAACAACTCTGTCGACCCTGG GTTTTTCTTTTAAGGGAAATTTGAGTGAATTCAAAAACTTCTctattagt agggggaaatttgtaaaatcgctcgacttttttagtcaaagcacttgtta tacatttttggtaagctaaggggtaggggaatcaaaa Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000295:75106..122330- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00018283 ID=TCONS_00018283|Name=TCONS_00018283|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=47225bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000295:75106..122330- (Clytia hemisphaerica) CCCGAGTGTAAACAATAATGGTAGCCATTTACAAATGTTTTTCGTCGTGC
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CGTCGGGGTAGTTCACAAATTAAAGTTCAAAACAATTTTCATATTTTTCT
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ATTTGTGATCATTTTTCAAACAGACCTCTCTTCTTTAGAGGTTGCCTCTT
ATAATCTTTAATTTTAAATTTTCATATTTCCTGCCATTTCTATAAATAGT
TAGTTTTTGACTTTTCGAGTCCACCCTATTAATGACCANTCTGTCATTTC
TATAAATAGTTAGTTTTTGACTTTTCGAGTCCACCCCATTAATAACCAGT
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GTACTGTCTCATTGAATGTTTTGGTGTGTATATAAAGTGCAGTTTCACGG
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GGTAAAGACTCGTGTTAGAGGCGTGTTGTTTTTAATAGTATAATTATTGT
ATAATCACATGGTACAAAGCTTTTGGGTTGTTTTCTGGGTTCTGACGATA
TTGTTCATTGACCTGGATTTCATAAGTTATATGCTAGAGAAAATCTTCGA
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ACTAAACTTCGTCTCACTTTTATGTGACTTTTACTTTTAATGTTAAATGA
GATATAATGTAAGGACTCAATGACTTGGAAAGGACATTAAGGAGTATTTT
TCTTAACCATATATCTAATTTGAGGCTGGGATTGTTCTTAATTTGTATAA
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CTACATCTACGTCATATAAGCATCATAAACAAGCAAGTCCATTCATCATA
CCTTCTTTATTATCACATGGAAAAGGGAGTAAAGGTCAAAAATACATAAG
AACACAGCAGTGGACTAAAACGTCATAATAAAAGGTATTATACCCCGGTA
TTAATTTTCATTATTAATTACGTGTTTAAGGGATCGTACTCAATGGAGTG
ATGTTTGTTTTTATAGAGAGAGGGTAATAATGACGAAAGAATAAGTGAGT
TGAATTTTTTTGTTTGTGGACCATTTTAAGTTTAAGTTTACGGAAGTCTG
TTAGACTCCTGACCTTGAAATATCTTGTAGGTCAAGCTTTTAACAGTTAT
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TAATCTGCCGGAAGTACTACAGGATAAGGACTTGAGAAAGGCTAGCTATA
GAATTTTTTGGAAATCTAGAATATCGCTGGGAAGTTATGATTGGAAAAAG
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TAGTTCGTTAGTCTCTGGTATGCAACATTTTTAAACAAAAGAATTACTGT
CTTTCATTCCTTTTGTTTGCCAAACCCAGATCCTTTTGGTTTGATGAGTA
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GCTAAAATTGAGCCTCTTGCTCATAAGAGACTATTCTTATAAAAAAGCGT
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TAATCTATTGTTCTAATCTCCACTAATGATGGTATTTGAATTTTGATTTG
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TTTTATATCGCGGTGTCGTGATTATACAAACGTATGCGTTTGTACTAAAA
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ATATAATGCTGAATTTATAATACAGTAATATGGATTTATAACTTCGATTT
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ATGTGCTTTATACTTTTTTCGAAGTTTGTTAGACAAAGAAAAATGTTTTA
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GTGTGCTGGTGACCTTACCAGCAACAGTCCTCAAACAGACATTTGACATT
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TCATCGTGTCATATGCAAGGGGTTCTGACAGGTTCTGACCATGTTTTGCA
TGGCGATATTGGCCTGTGACCCATTTTGAAAATTGGATATATCTTGCTTT
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GCTCGATTATGGTGCAGTGCTAAGTAAAAGGTTACAGGTTTATTACACCT
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AAATCATTAGCTACTATTCTGGAATGTTATTTTCTATATGGTGTAATATA
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ATGGGTTAGGTAATATTGAAAAAATGGAAGTAGCATTTGATGTAGGCATG
TTTTCTGTGGGATTATATTGGTTGATGAGAAAGATCAAAGAGAGCAGATA
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CTTTCATAATTTTATTGCCGATATATTTGTATTTTGAATGATTTGTTAGA
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TTTTATCACAGAAATGAGATCATGGTGAATTTGTAATATCATTTTTGAAA
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TTTGAGAACAAGCCTCTTCATGTTTCAATTACTTGTGGTTTATGATGAAC
AAGCCAACAATCGGTTGTCAAAATCTTGTGCTATTTTGTGAATCAGTTGG
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TTCTGCCACCTGCTGATTTATATCAAATTCTTTTTCAATCGGCGGTGCAA
TTTCATCCAAGAAAACTTATTGAATTATGCTGAGTTTTTATGTTTGTTAA
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TCTCTACCGTTAAAACTTGTGGATTTATATCTTTTTGTTAGTGAAATGTT
TTGGGATGTCATTATCTGAAAAGGTTGAATTAAATGAATGTTGGGTTAAC
TTTAAGGGGTTTAAAAACAAAGGAAATCTTTTCTTGGTGCGTTATTGTTC
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AAGCCATTTTTCTTGTAAGAACATTAATTTGTCAAATGCTCACAAGATAT
TCTTATACATAAAGAAGATATCAAAAATGCTATGTTCTTTTTCACTATTG
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ATTAATGTCACAAGGTATACATTATACAAACATGATGTTAAAAAAAAGAG
ATTCGCCTTATCCTTTTTTTTCTCTCTTTTATCAACAAAATAAAGCAAAG
CTATTAACTTAATTAGTTGTCCATTCTAATGAGATTATACGTTGTGAGCA
ATTTATAATATACAGAAAATTGTTTGAGGCTTTTGAGAGAAATGACAATA
CAATAAAAAAATGCAATCCTTTGTTTTTGTTTTATGAGTGGTAGTAGAGT
AATTATCAATGAAACTTTGATCGTTGTAGCCTGGGTCGGATGTTTGGTTA
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TAAGGGTTTCAAAGAAACCAAAAGAGATTGCTTTTTTACAATTGATGTGG
TCAGAAGTCAATTTTTCTATGTCGGATTGAAATATGATTTTTGTTAATAT
GTGTGTATGTTTGTGCTGAAGTATGCCTCAAAACACGCTTATCTTCTCGG
TTTGACTGTATTGGTTTTTTCTTTTGTCGTTCAAAGAGATTTGATTTATC
ATCTTTTTTCATAGAGAGAGGTTGTCAATTAAAGCAATCTATTTGAACCA
CTCAATATTTTGTGTGTAGTATTTGATAGATGGCTTGGTTTTGACGTCTG
ATCTTTCTTACGGTGTCTGTGTAGTGAGAGAAGGGTGTTGCCTTTTGCTG
CTAGCGACAATTTATTTTGGATTTTTCAAGTCCAATGGATTCCAATGCCT
CTGGGTAATTCTTTCCTTATCATCGGCGTTGTAATTGAGTTGGTTCAAAT
GTTAATTTTTTCACATTTTTTTATGCTTAGGATCACGTGGATTTAATATT
TTTTGTGAGAGGTTTTAATGTTGTTGATTGTTTTTCATTGATAAAATTTT
TAAAAAGTGTATAAAATTTCATGTACACAAGTTTCTATAATAATTGTGTA
CTGTTAAAATCTTCTTACGAAAGTTTGNTTCTATAATAATTGTGTACTGC
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TTGCTCAAAATGCAGGTTTGTCTCCCTACCTTTTTCGAACCTCTCAAAAT
GCAGGCTTGTCTCCTTACTTTTTTAAAACCTCTCAAAATGCAGGTTTGTC
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AACCAATCAACATATTGGTTTATCTCCCTGTTTTTACAAACCTTTCCAGA
TACAGGTTTCCCTCCCTTTTTTATCTACCAACAGGCTTAAGAAAATTCTC
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TGATTGACGGGTATAAATTCAGAAAAAAAGAATGATACCTCACATAGTGA
GGGAATTTTTAATGAACGAATTATCGATTTTTTTTCGTACCAGTAAAAGA
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GTATTAGGTGGTTTGAAATAAAAAAAATGAATAGTTACAAACTTTTCTAT
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TTAAAGGGTTAAATAATTTTCCAAGGATATTTCGATGTTTGAAGAAATTA
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GAAAATTTATAAAGAATTTTGTATAAGTCGTTAACTACCGCTCCTTAGAT
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TATTCGACAATTACTACCCCTCAAAGGAGACCCCCTTATTTTGAACTACA
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CTTGAAACCTATGACGTCGAATGATTAACTGTCAAAAATATTGAGGGAAT
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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TCONS_00018283-exon-sc0000295-1510915933:118335..118444 | TCONS_00018283-exon-sc0000295-1510915933:118335..118444 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00018283-exon-sc0000295-1510915933:78093..78350 | TCONS_00018283-exon-sc0000295-1510915933:78093..78350 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00018283-exon-sc0000295-1510915933:77682..77885 | TCONS_00018283-exon-sc0000295-1510915933:77682..77885 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00018283-exon-sc0000295-1510915933:75106..77396 | TCONS_00018283-exon-sc0000295-1510915933:75106..77396 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00018283-exon-sc0000295-1491911889:121944..122330 | TCONS_00018283-exon-sc0000295-1491911889:121944..122330 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00018283-exon-sc0000295-1491911889:118335..118444 | TCONS_00018283-exon-sc0000295-1491911889:118335..118444 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00018283-exon-sc0000295-1491911889:79260..79446 | TCONS_00018283-exon-sc0000295-1491911889:79260..79446 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00018283-exon-sc0000295-1491911889:78093..78350 | TCONS_00018283-exon-sc0000295-1491911889:78093..78350 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00018283-exon-sc0000295-1491911889:77682..77885 | TCONS_00018283-exon-sc0000295-1491911889:77682..77885 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00018283-exon-sc0000295-1491911889:75106..77396 | TCONS_00018283-exon-sc0000295-1491911889:75106..77396 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000295 | supercontig | sc0000295:75106..122330 - |
Blast
BLAST of TCONS_00018283 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PRIC3 (Prickle-like protein 3 OS=Homo sapiens GN=PRICKLE3 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 412.149 bits (1058), Expect = 2.414e-129 Identity = 200/351 (56.98%), Postives = 256/351 (72.93%), Query Frame = 1
Query: 433 DHMKYCIRCGKMCPGYEGSEWRKICRHCRCSREDHCLLPPTIQEKTYSISKFADQHPSSMGNDGDSGCSTEEYAWVPPGVSGELVNAYMNSLHEDKIPFVNSIGENYRAKQLLYQLPPHDSDSKHCHNLSEEEKRELRSFHGRRRKDCLGRGNVRLFPNVAEGSSGVCQQCSKRIVPGEVVVHAWRAGKEACWHPACFQCTTCQELLVDLVYFYQEGRVYCGRHHAELLKPRCSACDEIIFSDECTEAEGRFWHLGHFACYECDSSLGGQRYVMRDNHPICCVCFEKMFAEFCDSCGEPIGIDVGQMAHGSQHWHANEKCFSCFNCGQTLLGQPFLPKNGEIFCSSGCSRG 1485
D + C C + CPG+ WRKIC+HC+C RE+H + + + +D S+ +D DSGC++EEYAWVPPG+ E V + + L EDK+P+VNS GE YR KQLL+QLPPHDS++++C L EEEK+ELR+F +R+++ LGRG VR+FP G+ +C++C K+I G++ V A RAG ACWHP CF CTTCQELLVDL+YFY G+VYCGRHHAE L+PRC ACDEIIFS ECTEAEGR WH+ HF C+EC++SLGGQRYVMR + P CC C+E AE+CD CGE IG+D GQMA+ QHWHA+++CF C CG+ LLG+PFLP+ G IFCS CS G
Sbjct: 22 DRGQPCNSCREQCPGFLLHGWRKICQHCKCPREEHAVHAVPVDLERIMCRLISDFQRHSISDD-DSGCASEEYAWVPPGLKPEQVYQFFSCLPEDKVPYVNSPGEKYRIKQLLHQLPPHDSEAQYCTALEEEEKKELRAFSQQRKRENLGRGIVRIFPVTITGA--ICEECGKQIGGGDIAVFASRAGLGACWHPQCFVCTTCQELLVDLIYFYHVGKVYCGRHHAECLRPRCQACDEIIFSPECTEAEGRHWHMDHFCCFECEASLGGQRYVMRQSRPHCCACYEARHAEYCDGCGEHIGLDQGQMAYEGQHWHASDRCFCCSRCGRALLGRPFLPRRGLIFCSRACSLG 369
The following BLAST results are available for this feature:
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