TCONS_00018832 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00018832
Unique Name	TCONS_00018832
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	9405

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000309:324322..349282+

transcript sequence

>TCONS_00018832 ID=TCONS_00018832|Name=TCONS_00018832|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9405bp
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ACGCGAAAGAAGAATGCAAGAAGTACGGGCTGGAGTTACCAATGTTGAAA
ACGCAATACGAACTGGACATGTGGAAAAAACTGGTCAGCGACCATTCCTT
ACAAACCTCTTATAACATGGGAACGCACAGAAAAGATTTTGTTGATCAAT
ATGTTTGGGATGACGGTACGCCCAATGACATGGCTCCCACTTCAGGAAGT
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CCACGCTTTATTCCAAGTCAACGTGGCTGGAAAGTACGGTCGCCTAACGC
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ATTGGACCGCTATGGAGACTTTCAAATACAACTTCAGTAGCGTTTGTTCA
GATCCCCAACAACTGACTGGTCCATGTAATGACATCTCTACCATCAACCT
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GGTGGTCTGGTCGAGGTGAAGACATCATTGTTGATCATGGTAAATCTTTA
TCCAAGGAAGAATGTCTTCAAACGTGTTATGATGTCACAAGTAATTACTC
ACAAGCATCCTCTAAAGTCAACGGGGTATCTTTTGGCGTAACACCTACCA
GACAAAGTACCTATGGGAAATGCTTGTGTATTTTTTCACACGGGGCGTTG
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ACCAGTTTATTATGGGTTGGTTACCAATGGTGGTACTGTATTACAAATTG
CTTTCACCCCGAACAGAGAGTGGATATATGCTATCGGTTTGAACTTCAAG
CTGCATTATCTGAATACGGTGACTTCCGTTTGGGAATCAAAACCCTATGA
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GATTCTTTCGTTGTGGACGACCAGTTTTTAGGGTGTCGTAAAACAAGCAA
AGAAGTATACATAAGAAGCAAGGTGTTCGAAAAATCAAACTGGACACTTT
TAACTGATGGAGCAACTCAGGTGCGAGTAGCAGTAGACGGTCGATGGTAC
ATTTACGATGATAGCACTAAGGACATTGCGGAAGTGAAGAGGGCGACGGG
TGAGAAACAGATCGTGGCCAACGCCCTTGCTGGAGGTTTCATAACCTTTT
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ATGGGTGTATTTCTTTACATTGGAAATAACGGATGGGTGGAAATTAATAA
TGATAAAGACACCTATTACGTCCGTGCTATTGATGATTATTATGCTTACG
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TGCGAGAGAAAGTTGCCAAGACCAGGGTGGTGACGTCATATCCAATTTCA
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TTCCCGTAGAGCTGGCTAATCCAGCTGAGCAATGCGTCATTTACAAGAAA
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AAGCCAATGTCAGGtgCCTGTAATTCCTTGGCTACGCACTGAACTTCCTG
TGGAAGTTTCTTTAGTGAAGACGCCCACTTCTTGTCAAACAGTTAACGAT
GGGATTGTCGAGATACCCAAGGTGGACGGTACCAATGGAAACTCCGCCAC
TTTCATTTTCTCCAGGACCAACATCACTCAAGATATGACCATCAAAAATG
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ATTTCGTATCTGATTGGTCTATTATACAGACCTTACGATTCGATCGATTG
TAATGACTTGGATGATATATCAAATCAAGAACTTATAATACCAATCCTGT
GGAATGTGTCTGCTGAATGGCGTACGACCAAACCAGTCGTTTCTCCAGAC
ATCTCCAAACTGATCAATTTTCTTGTTCGAAAGAAAACATGGAATAGTGA
ATCGACTTTCCAGATTCTTTTGACTCCTTTATCAACCAGTATCCAATCCA
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ATCCATCGATACTATCATCATTGGACCCTTCCACCCAAACATCCAAACTG
TCTCCTTTTGGATACACATGAAAGGTCCACATTGTGGGAATTTGTTTGTG
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TTGGAAACATTTGTGGATAGATGTGCGTGGCAATAATGGCGAGCCTACCG
AAATAATGTTCGTGTCTATCAATAACCAGGGATCAAAAGGCCATTTTGCA
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TAGAAGAATTTGGGATCCCCATCCCGAAAGTGATGTACCCTTTTCAAAAG
GACGCTGGTGATCAGGACTTCGGTTTGTTCGGGTTGAATCTAGCTTGGCA
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CAACCGTGGGCGTATATTTATAATGAAGATATGACGCCTTTTACGAGTTT
GGTAGATACCTCATCTTCATTTACGTTTGTCACTCATTTGAAGTACGATG
ATTTGCAGTTGGGTTATGTACAAGATAAGATGCAATACGTCCGCGCCAAT
GGCACTATCTTCATGTTCCAAAATGAGAAAACTAAATTAACAGTTCGAGA
TTACCCAGAAGGCATAGCTGTGAGAGTACATAATTCGAGCGGTCATCCAG
TGGTTGAAAGGTTCATACCCATTCGCAAACACCACGTCTACTTTGCCATC
TCTTACCAAAACGGATATGGTTCTGTTTATCTTGATGATGAGTTACGTAC
CACGTTCCAAGTAGACCACGCTATATTGACGCCTTTCCCAAAGAAAttga
tcttcttctttgatCCGGACGATGAATTTGAACTACCGATTACTGCTACC
AAGGCAGACTCAGAAAAACAGCAACAAACGATTCGAAACGTCCGTTTTCG
TGGTTCTATCTCCTGTTTTCAAGCTTTCGATCAAGCTTTAACTTTGCAAC
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CGGAAGAGTTGTGAAGACGGtggagaaaaaattatttttaatgccAATTG
TGTTTGCCAAGACTATAATAACCGATACATTACCAGGACTTGTCGATCAG
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ATACCGAACAAAATTAAAGGTGTGAAAAATGTCATGGACCTTACAACCAC
TAACCCTCAAGTGCAATTCACTTCCGGTCCGGTCAATACTGGAATCTGCG
TCAACGGTGATGTGGCTGTCCAAATTGGCACGATGTCCAGCAGTTGTTTG
GAGACATTGACAGGGACTTGCGATTCTGGTTATGCAATTGCTGTATGGTT
GTTCGTTGGTGAACACTATTTTGATGAAACGATCGAAGTTTTTAGATTCA
ACGAGTTTTCTGTGGAAGTCGTTTTTGAATCAGACGAaagcaaaataaat
caaaccTTCAATTTCAAGATGGCAGGATGTGGTACATTATCAAAAGTCAT
CGGCATCCGGACCGTGCACCAATATACTGTCATCATCGCCTCTGCTAAAG
CAAACTACCAACTCTACATTGATGCTGAATATATTGGTGAAGAGAGTTGT
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CAGTCGAGTGTGCATTGATGATTTTGCGATCTCTACTTCAGCCACAATGA
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GATCCACAAGTGCTTGGGTTGAAGACACAGATCAGTATTCCAGAGATATT
GGTGACAGGACCGACGTCAGATGATTATTTAGAAATGTTTCAAGACACAT
CATCAGAATCATCACAAATCCTCATCGAAACTATCAACGAAATTATAATG
CAAAAAATCTCATATTTACTTCCGAACTTTTATTCCGTCCAAGTCAACAA
GCTGAGTTACGGGCGTGAAAATATGGTGAGGGCGGAAAATGTCTTGATCA
ACTTTCAAACGTTATCATTGGCTGAGCTACAAGTTTTCGAAGATTGTCCA
ATCAAACTTACTTACAACGGGAAGGACTTAGAGATTAATTGTGATGGAAT
GAAACCCGTCTACGGGCTGAGTCAAATCGAAGTTGAGGGCGTTGGCGTCA
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AGCTACCATCTTGGCTTTAAAATTCGTTTGGAAGCCATCACAGAGTACGG
CAATGGAACGGTTCAGGAGGAAACCCATTACACGGGTGTGGGAACGTTTC
CTTTTGATGTGGAGTTAGGGAAGCGATACAACGCAACAGTTTGGGCGATC
ACACACGAAGGCGTAGGCGTGGGGACGACACATGAATTCATATCACTGGG
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ATCGAAATCTGGTACCTATTGTATTACAAAGAGTTTGACAATGATCCGGA
AAAAGATAATAATATTACCGCATACACTGAAGTCCGTATTGATCGTGACC
CGAACAGAGAGATGAATCATACTTATGCGATTGAAGGATTGGCAATATTC
ACCAATTACTCCATCTTGGTGAGAGTTGCCAACGTTAATGGTGAAGGGCC
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AATTATACAGACGACATCCACATATGGAATGATTTCACACTTGAGAAATT
TGGAATCACTCTGACGTCTGTTTTCCCTCAGAACACGAAGATTGATGGCC
CTTTCACCTACTTTGTATCACCTGACACGTTCACGCAACTGTCAGATGAG
CTGGATTACTTTAGAGTATACAGAATCACGTTAACCACACACACCAAGAG
TGGCCCCGGTCCAACTGTTGATTTTTGTCAAGTTACTAATTCTTATTATC
CACAAGGTCGTCCACAAACAGTCGACATTCTTGGAGTCGATCGAACCTCC
ATGAATTTTTCGATCGGTCAAGTTGACGTGACCGAAGAAGGAGGGGTTAT
TATGAATTACACCATAACCTACACATCTGTTGATTGGCCAGATACTCTAC
ACACAATCGTTACTGACAGCATCATCCACAGTGAAGCTAATTGGAACATT
TGGAACAGCTATTCATCCTTCCCACCCACAGGGTGCGCTGATCTCCCTCC
ATCGTCGGTTCTCATGGGTTACAACCTACAAGACCTCACTCCAAATACTA
ACTACTCGTTCAGTGTGATCGCTTGCAACCAATACGGTTGTGGACAAACA
GATAACGTCACCACTGTTGTTTACGGGCAAACATTACCTGATATTCCATC
TTGTTTCCCAAACATCACGCTAGTCGCCAACACTTCTTCGGAAAGCATCA
GAGTGGAATGGTCGCATTTGACTCATTTTTGTGGATATGGGAATCTGGTG
CAGTATCATATCGGGGTTTTGGATGATGACCTTTATCAAGAATGGATTCA
GAATAAATCTATGATCGACTTGGATTTAGCTCCAACAGTGACACAAACAA
CTGAAAACTTTACCGAATTTGATGGTTTGAAAAATTACTGGAAATATTCT
GTGTTTGTGATATATGAAAATGTAGTCGGGAAAGGACCAATATCGGATTT
GTTCTCGACTTTTACGGCGGAAGATGtaccCACATCTGCACCATTTCTGG
TCACCTCAGAAGCATTCAACTCCTCGGCTCTCTCCATTAACATAACTATT
CCAATCCGAGAAAACCGAAACGGAATCATTATCGGTTATCAAGTAACCCT
AGTCAACGAAATCgaggaaactttcaaaaagaattACTCGGTAGCTCATT
TGATTCAATGGAACAACACTGAACCATCTGGTGACGATATATTGACCAGT
GTTTTGTTTGGTGATTTGAAAGCGTATTTCAACCACACAGTGACTGTCCA
AGCCTTCACCAAAGTTGGATTGGGACCTTCTTCTGAACCGTTCATCTCGC
GAACTGGTCAAAGTgTACCAACCGCACCGCCTTCCAACATCAGTTACAGT
CACGTGACTCCGAACAGCTCAGTGATTGGTTGGATGCATATTCCGTATTT
GAACCGGCATGGTGTTCCTTCAAGTTTCATTCTCAATGCATCGGGTATCC
TTGCCAATGGAACTCTCGATTCCCTGGGTCCTTTCAATGTTTCTGCTCAT
CCTGATACTCCGGAGTTTGATTTCATGATTGAGAACCTGTTTCCAAAGAC
TATTTATAACGTTACGCTGATCGGTTGCACGCGTATTGGTTGCGGCCCGC
CAACTGGAATAACTTTTGAAACGCTTGAGATGGCGCCTTCTTCGTTCCCT
CTTCAAATCACCAATGTCAACAACACGGAAATGGAGAAACTTCTCGTCCA
ATGGTCCGATATTTTATCCATGGACAAACGTGGTATTATCACTCATTACT
ACATTCAATTTACCAAAATCAACCACACATGGGATACCGTGGACTCACTA
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AATTACACAGATTACAAGATAAGCATCGCCGGAAAAACATCTGCTGGTGT
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ACGGAGGGTACCATTTCACAACTAATTGTTCGCTGAGGATGTCATCGATC
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TCCACCCATCCCTGGTGAAGAGGATGAGATTGATGAGAACATCTACgaaa
tgattttgtttgatCTGTTACCAGGAGTCAACTACACTGTCtgtttgact
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AACCCTGTACCAGACAACGGAGGTGATTATTGTGTTGGTGATGGCAATGA
AACGAGATGGTGCAATGAAATCCCTTGTGACGGATATTATCTCGCCAACT
CTTATACAAACTGCAACCAAACATGCTCTAGTGTGTCAGAAGACTTTTTG
TGTATCCCTACTTTCACCCCATTTACACGAGATCTTCACAATTTCCCTCG
TGATCCGAACCATTACAACAGGACAATCGAGGTGACATGTGAACCGACCC
ATAACAATCACAGTCAATCGATCCACCCTTCCTTTGATATGACGGATAAA
TCATGCCAGGGTTTCGAGCATCCTCCAAAGATGATTGATTGTGCTTCAAA
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TCCCTTGCCCAAtcaatggTCAATGGGGAAACTGGACCGACTTTGGGGCG
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CAATCCGAAGCCAGCGTTAGGTGGTGAAGATTGTCCTTTTGGTGTGGTTG
TTGATTTCTTGGAAGGATGCAATGCTTACCCTTGTCCCATTCATGGCGGT
TGGGGTGCGTGGTATGAGATTGAAGAGTGTACACAACCATGTGGTTTGGG
AGGTGTCGAGAGACAGCGTCGTTATTGCAATTCTCCACTACCACAATATG
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CAACGAAACATGGGATTACCGGCTAGTGTATGACAACACCAATGAATTCC
GTGACTTCTCAACACGACTCACCGATAATATAAATCTGCTGCATTCTAAC
AATTC

transcript from alignment at sc0000309:324322..349282+

Legend: exon

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>TCONS_00018832 ID=TCONS_00018832|Name=TCONS_00018832|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=24961bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000309:324322..349282+ (Clytia hemisphaerica)
GTTCGAacagcgattttacaaattgcCGGCTCAAAATCTCAAATACAAAG
ACGCGAAAGAAGAATGCAAGAAGTACGGGCTGGAGTTACCAATGTTGAAA
ACGCAATACGAACTGGACATGTGGAAAAAACTGGTCAGCGACCATTCCTT
ACAAACCTCTTATAACATGGGAACGCACAGAAAAGATTTTGTTGATCAAT
ATGTTTGGGATGACGGTACGCCCAATGACATGGCTCCCACTTCAGGAAGT
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TGGAAGCGCTGAAACAAACATCATCTGCCAAGGTTTGCCGTTACTGATGA
ATCTAGTGATTTCTTTGCTCACTCTATAAGATTTAAATTGAAATAGAACC
AAAATTCgatcaaaatctttcaatcacTTTTTTGGTTTTAGCAGCTAggt
tttagaaattttataaaattaatATAAAACAATATACACAGTGTTCTATT
AAAGTAGAATCTAAACAGCAATTATTCTTTGTGCTTCCTTGCAGTACCTG
GACGTCGCTTCATGAACTATAGTGACATCATTTCATCAAACTTTCACCGC
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tttaatagTTTTGActcttcattgaaaatgaatatgtaaaataaagaaga
aactaCGTTTGATTCTAGAAACCTTCATTTTTGATGAGAGGTGCACTAAA
GTTTCTTGATTTCAACTAACTATTTTTCTAAGAGAATTCTTGCAATGACT
TTGGtctttttctttgtctttctttttcttttgtcttttgtcttttgtct
tttgtctttGGTCATCGACTTGCATTTCTTTGCTGTTTTACCTTTTCGAC
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AAATAGCTTCAAAGTATCCCTATACCACAAGTCAGTAGCaccaaaggtta
aaaaatcacttttatatAATTAATTTTCCAtctttaatttcgaaaaaaaa
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cgccatgaaattgaaattgaaattgaggGGGTCAATGAATATATAGTCTA
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CGAAACACGTTGATTTCAAAAGGTAAATTAATTGGCGCAAAAAATCGTGA
CCACATATATATTATGCACTATAGAAATTCTGGGTATAAAATGGTTTTta
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CCAACAACTGACTGGTCCATGTAATGACATCTCTACCATCAACCTTCAAC
GTGATTTACGTAAGTCCTTTGAACAAGTTTCAGAAAAGTATTtcttaaac
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tgttttaaaattttgtgtaGATGCATCCGCAATTGGAGTTGTTCCACGAT
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TTTTTCCTTAACTTGACCTGGCAAATTTATCAAATTCAAATACTAAATTC
TTCTCTTGTCTAGTTTATTATGGGTTGGTTACCAATGGTGGTACTGTATT
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CCGATTGTGATTCTTTCGTTGTGGACGACCAGTTTTTAGGGTGTCGTAAA
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GCTTTTTTAAGGGCCCTCACACGGATTttgaatttaactttttttaagga
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GTGTTCCGATCTCTAAACCCGTACAAATTTTGAGAATACTTATTCaggta
aaattttaaacaaatgttttcacaatttttttgccaaaaaaggcATAAAC
AAGCATCAGGTCCACAGTAAAccagagtctacttctggctggaGTTCATC
AAGTCTAAAAAACTGTGGCGTCCAGACTTGGTTCACAGTAACCTGATCAA
TAACTAGTTTAAATGTGCTTTTTTTCTGCGAATGAGAcgttaggatccta
attgacTAAGGTAGACGGttaatcagcacttttaccgtcctcgattttgt
gggTCAGAACTATGAGTTGTTCCGAATCGTTTCAGTCACGCCACTATCCT
CAAAAGGGTATACGTAAACTTTTAAGGAGCGATAACCGAGTGGTCAAATG
TTCGTATCCCCGCTNTATCCGAATAATATCGACTGCGTCAATATCGAATC
GAGCCCAATTGTATTTTGGTGCTTAACGACTTTCCCATATCGAAACACGT
TGATTTCAAAAGGTAAATTAATTGGCGCAAAAAATCGTGACCACATATAT
ATTATGCACTATAGAAATTCTGGGTATAAAATGGTTTTtaaacttcattt
ttcttttacagTTACGTACGACTTTTCGGAACTTCATTGGACCGCTATGG
AGACTTTCAAATACAACTTCAGTAGCGTTTGTTCAGATCCCCAACAACTG
ACTGGTCCATGTAATGACATCTCTACCATCAACCTTCAACGTGATTTACG
TAAGTCCTTTGAACAAGTTTCAGAAAAGTATTtcttaaacattttttaat
tgatGAAGTGATTAGTTTTATCGCAATTCCCTAATATgactgttttaaaa
ttttgtgtaGATGCATCCACAATTGGAGTTGTTCCACGATGTGAGTGGTG
GTCTGGTCGAGGTGAAGACATCATTGTTGATCATGGTAAATCTTTATCCA
AGGAAGAATGTCTTCAAACGTGTTATGATGTCACAAGTAATTACTCACAA
GCATCCTCTAAAGTCAACGGGGTATCTTTTGGCGTAACACCTACCAGACA
AAGTACCTATGGGAAATGCTTGTGTATTTTTTCACACGGGGCGTTGGTAA
ATACGACGAATGATGACGCGTCTTACAAAACATGTGTATTTCCTCTACCA
GGTAATTTTATTGATTACGTATAAAATTCTCTTTTCTCGAACCAATGTAT
ACTAAAAGTACTATTTGTAAGATTGAAATATATAGtagaatttgaaataa
aaaaaagttcacaAATTTGTCATTCTAAAAAGAGATCTTTTTTTTCCTTA
ACTTGACCTGGCAAATTTATCGAATTCAAATACTAAATTCTTCTCTTGTC
TAGTTTATTATGGGTTGGTTACCAATGGTGGTACTGTATTACAAATTGCT
TTCACCCCGAACAGAGAGTGGATATATGCTATCGGTTTGAACTTCAAGCT
GCATTATCTGAATACGGTGACTTCCGTTTGGGAATCAAAACCCTATGATT
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aaagtcaatccatactagaaaaaaaatgacaaatattatcaaaatattca
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TCATCAATGTAGAGCTTTGCTGAGCAAATGCTCTTTTAGGtatatcagaa
aaaaacatatttGTGAAGAAGAAGAACAACAGGTTTTCAAGTGTTCCGAT
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caaatgttttcacaatttttttgccaaaaaaggcATAAACAAGCATCAGG
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AACTGTGGCGTCCAGACTTGGTTCACAGTAACCTGATCAATAACTAGTTT
AAATGTGCTTTTTTTCTGCGAATGAGAcgttaggatcctaattgacTAAG
GTAGACGGttaatcagcacttttaccgtcctcgattttgtgggTCAGAAC
TATGAGTTGTTCCGAATCGTTTCAGTCACGCCACTATCCTCAAAAGGGTA
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tatccacgtaaaatatcgactctacaCTAACTGGCTAATagtaataaata
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GGGTGTATTTCTTTACATTGGAAATAACGGATGGGTGGAAATTAATAATG
ATAAAGACACCTATTACGTCCGTGCTATTGATGATTATTATGCTTACGTC
TTGGAAGATGGCGTTCCACGCCCAAAGCAAATACCCCTCGGAAGAAGTAA
GATACTCCGTTCAATTCTTTGATTGATCATATCATAAGCCAAGGACTTTt
taagcacttttttatgtgTCCGTATACCagccaaaatactcaatccaaga
tagagtttttaaaagtcaatccatactagaaaaaaatgacaaatattatc
gaaatattcaaaaaatattcggGAACACCCGCTATGGCTTGGATTTGGAC
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ATATCAGAAACTCAATCTTGAAGTTATAAAATGGCCTCAgctcaaagtgc
ttagaaaaatccctgcaTAAGCTCAATATCAGCTCAACGAAAAAACGTCA
TAGCTTATCGCCACAATACCGCGATCTTTTATTTACCGGTTAGTTTATAC
AGGGTATCTAGAAAAAGGTTCTGCgtcagaaaatgataaaaatacaatGC
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AACTATAAAATCAATGAACGTactgaaaaatcataccctaaCGTAAATAC
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cgggacaccttGTAGAGAACTTTTGAATGAATACATATTTGAAAATGGAT
TAAATAGAAATCTTTACTTTATACGAATTTTATATGCTTTCTacaatttt
aataatttatttctcattttcagtACAACTACCTGGCTACAGTTTGATCC
CGCAGATTGAAGCGAATTACGAACTTGCGAGAGAAAGTTGCCAAGACCAG
GGTGGTGACGTCATATCCAATTTCAACACCACACAAGATTTTGCTGCCGC
TTACCACATGGTTGACAAAGCTGGCCAAGCATTTTTTTGGTTCGGTGCCA
AAGATCCAAACACAGATTCGGATCGGAAATTTTACCAACTAAATGGTAAC
ATGCTTATACACGCTCCTTGGGGCGTTCCCGTAGAGCTGGCTAATCCAGC
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GAACGACttctgaaatttttcaaaacctaaGAACGAATCTAAGAAAAATT
TTGCCTCCATGCACCGATTTCAGAAATTCCTTAAAATTTAGAGAAAtttg
atgatgaaaaaaattttcttatttttttcttgcaGATAAATCTGCTGCAT
TCTAACAATTC

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_010546	XLOC_010546	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000309	supercontig	sc0000309:324322..349282 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0	0	0	0.175754	0.0997489	0.0522073	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4.78621e-07	0	0.016527	0	0	0

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00018832 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: HMCN1 (Hemicentin-1 OS=Homo sapiens GN=HMCN1 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 124.02 bits (310), Expect = 1.447e-27
Identity = 76/203 (37.44%), Postives = 101/203 (49.75%), Query Frame = 2

Query: 8648 KSCQGFEHPPKMIDCASKPDSPTDRRLCYCGDEDVMNFLEWGLWSPCTKSCAIGTRKRSREC---AVDDEARFCPEEKMSDTQDCNAFPCPINGQWGNWTDFGACTVACGFGRRYRQRECNNPKPALGGEDCPFGVVVDFLEGCNAYPCPIHGGWGAWYEIEECTQPCGLGGVERQRRYCNSPLPQYDGRPCNGPSERFYKCN 9247
            K CQG +   +M +C +KP  P D            ++ EW LW  CT+SC  G + R+R C   +V    R C E    +   CN  PCP++G W  W  +G C+ +CG G + R R CNNP PA GG  C        ++ CN   CPIHG W  W     C+  CG GG  ++ R C+ P+PQY GR C G   +   CN
Sbjct: 4566 KPCQGSDL--EMRNCQNKP-CPVDG-----------SWSEWSLWEECTRSCGRGNQTRTRTCNNPSVQHGGRPC-EGNAVEIIMCNIRPCPVHGAWSAWQPWGTCSESCGKGTQTRARLCNNPPPAFGGSYCDGAET--QMQVCNERNCPIHGKWATWASWSACSVSCG-GGARQRTRGCSDPVPQYGGRKCEGSDVQSDFCN 4750

HSP 2 Score: 117.087 bits (292), Expect = 1.835e-25
Identity = 72/230 (31.30%), Postives = 115/230 (50.00%), Query Frame = 2

Query: 8768 WGLWSPCTKSCAIGTRKRSRECAVDDEARFCPEE-KMSDTQD--CNAFPCPINGQWGNWTDFGACTVACGFGRRYRQRECNNPKPALGGEDCPFGVVVDFLEGCNAYPCPIHGGWGAWYEIEECTQPCGLGGVERQRRYCNSPLPQYDGRPCNGPSERFYKCNEHI-----------VCENELAITYKLRFINETW------DYRLVYDN-TNEFRDFSTRLTDNINLLH 9394
            W  WS C+ SC  G R+R+R C+ D   ++   + + SD Q   CN+ PCP +G W  W+ +G C+  C  G+  R R C+NP P+ GG  C  G     ++ CN   CP+ G WG+W+   +C+  CG GG + ++R C+ P+P   GRPC G + +  +CN              V  N   + + + F+N T       D R++    TN  R   + +   +++L+
Sbjct: 4706 WASWSACSVSCGGGARQRTRGCS-DPVPQYGGRKCEGSDVQSDFCNSDPCPTHGNWSPWSGWGTCSRTCNGGQMRRYRTCDNPPPSNGGRAC--GGPDSQIQRCNTDMCPVDGSWGSWHSWSQCSASCG-GGEKTRKRLCDHPVPVKGGRPCPGDTTQVTRCNVQACPGGPQRARGSVIGNINDVEFGIAFLNATITDSPNSDTRIIRAKITNVPRSLGSAMRKIVSILN 4931

HSP 3 Score: 114.775 bits (286), Expect = 7.688e-25
Identity = 61/167 (36.53%), Postives = 84/167 (50.30%), Query Frame = 2

Query: 8759 FLEWGLWSPCTKSCAIGTRKRSRECAVDDEARFCPEEKMSDTQ--DCNAFPCPINGQWGNWTDFGACTVACGFGRRYRQRECNNPKPALGGEDCPFGVVVDFLEGCNAYPCPIHGGWGAWYEIEECTQPCGLGGVERQRRYCNSPLPQYDGRPCNGPSERFYKCNEH 9253
            F +W  W  C+ +C  G +KRSR C     A      + SD +  +C   PCP++G W  W+ +  CT +CG G + R R CNNP    GG  C    V   +  CN  PCP+HG W AW     C++ CG  G + + R CN+P P + G  C+G   +   CNE 
Sbjct: 4532 FSQWSAWRACSVTCGKGIQKRSRLCNQPLPANGGKPCQGSDLEMRNCQNKPCPVDGSWSEWSLWEECTRSCGRGNQTRTRTCNNPSVQHGGRPCEGNAVEIIM--CNIRPCPVHGAWSAWQPWGTCSESCG-KGTQTRARLCNNPPPAFGGSYCDGAETQMQVCNER 4695

HSP 4 Score: 86.6557 bits (213), Expect = 2.549e-16
Identity = 45/112 (40.18%), Postives = 60/112 (53.57%), Query Frame = 2

Query: 8912 INGQWGNWTDFGACTVACGFGRRYRQRECNNPKPALGGEDCPFGVVVDFLEGCNAYPCPIHGGWGAWYEIEECTQPCGLGGVERQRRYCNSPLPQYDGRPCNGPSERFYKCN 9247
            ++G +  W+ + AC+V CG G + R R CN P PA GG+ C    +   +  C   PCP+ G W  W   EECT+ CG G   R R  CN+P  Q+ GRPC G +     CN
Sbjct: 4528 VHGGFSQWSAWRACSVTCGKGIQKRSRLCNQPLPANGGKPCQGSDL--EMRNCQNKPCPVDGSWSEWSLWEECTRSCGRGNQTRTRT-CNNPSVQHGGRPCEGNAVEIIMCN 4636

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00018832 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00018832 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
HMCN1	1.447e-27	37.44	Hemicentin-1 OS=Homo sapiens GN=HMCN1 PE=1 SV=2	[more]

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TCONS_00018832 (transcript) - C. hemisphaerica