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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00019019 ID=TCONS_00019019|Name=TCONS_00019019|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2731bp
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gaaattatgcaacttttctgtttttgttcca Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00019019-protein >TCONS_00019019-protein ID=TCONS_00019019-protein|Name=TCONS_00019019-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=587bp
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QKALDEVHRVEEGFENFTGKHDENPPNMNMYNGLTAL Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000317:282403..292641+ Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00019019 ID=TCONS_00019019|Name=TCONS_00019019|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=10239bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000317:282403..292641+ (Clytia hemisphaerica)
ATTGAGAAATTTTGTGCTGGTGAAGGAGGAATCTGTAAATTATTGAATAA
CTGAAAAGCATTTTAAACAGTTGGAGATAGTTAGCAAAGATAAACAAGAG
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ATGATATTGAAGGAACATTTGAGAAACTGGCTCTCTATATGGTGACTGTC
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GAGAATTAATGCTCCCTCTTAGAGCTCTTTTAAAAATACTACAAAGCCAA
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gacttcacgaaattatgcaacttttctgtttttgttcca Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000317:282403..292641+ >TCONS_00019019 ID=TCONS_00019019|Name=TCONS_00019019|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=10584bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000317:282403..292641+ (Clytia hemisphaerica)
ATGGGAAAATCAGAAGACAAAGGATTGTTGAATCGTGGCGGAGGAGAGAC
GATCAATTTGAGAGAAACAAGTCCTGAAGGAAGTTTGTGTAAAGATGGCG
GCGAAAGTTCGACCTCCTCACTCAATGATAATGCTCCTTGGTATATACGA
TTCTGGAGACGCGAGAAGCTGATGATTTTCATCATCATTGGTGTTTGTTT
GGGATTTCTCGTTGGTATCTCTTGTAATAAACCCATTCAAAACCTCGATC
AACCAATCCGAAAAAATGTTCTCCTCATCTTAGGATTCCCAGGTGAACTT
TTGATGCGaatgttgaaaatgttgatccTCCCTTTAATTGTCTCCAGCTT
GATTGTCGGATTGGCGGAGCTTGACCAAAGGGCGTCTGGACGTTTGGGAA
AAAGAGCGGTTTTGTATTACATGGGAACGACAATGTGTGCTGTCATCTTG
GGTATCATTCTGGTAGTAGCTATATATCCTGGTGGAAATAAACAAGAGGC
TGAAGGTGAGAAAGAAGATAAACGAGTTCGTCCGTTAGATTCGTTCCTCG
ATCTAATTCGCAACATGTTTCCGGACAATCTTGTTAAAGCTTGTATAGCA
CAACTGGTGACAGGAGTCAAGTTTGAGAAACATGATGAAAGGACGACTGT
TTGGAGTAGTAATGAGACATTGGCTGACCAAATGAATTGGAATCATTGGG
AAGTCAACCAAACAGCTTTACAAAATCAAACGAATTCAGAATGGAAATAT
TTGACTTACCAGAGTGTACTAAATGGAACAAACGTAACAATGGTTAAAGA
ATGGCGTGAAGTCAAGATGCCTGATAAACCATCAGACAAAGGAAGCACCA
ATGTTCTCGGTCTCGTAGTTTTCTCCATCGTCGTTGGTCTAATGTTAGGG
AAGATGGGAAAGAAAGGACGCGTCTTCGTTGATTGGATGATTGTGTTAAA
TGATATCGTTATGGAGTTGGTTGGTTGGGTCATGTGGTATTCACCTATTG
GTATATGGAGTTTGATTTCAGCTAAATTTGCATCCATGAATGATATTGAA
GGAACATTTGAGAAACTGGCTCTCTATATGGTGACTGTCATTGTTGGTTT
GATTATCCATTCATTCTTGGTGTTGCCTGCTATATTCGCTGTTGTCACAA
GAAAGAATCCGTTCAGATTCGCTACTGGTCTGATCAAAGCATTACTAACG
GCCTTCGGTACAAGCTCCAGTTCGGCAACTCTGCCAGTCACGTTTTCCTG
CCTCGAAGATAATCTCCGCGTGGATAAGCGTGTCACACGGTTCGTGCTCC
CTATCGGTGCCACTATCAACATGGATGGAACCGCCTTGTATGAAGCGGTC
GGAGCAATCTTCATTGCTCAAAACTCAGGTCTTGATTTAGATTTTGGTCA
ATATGTTGCCGTTAGTTTAACAGCAACTCTAGCCTCAATTGGAGCTGCCG
GAATACCACAGGCTGGCTTGGTGACCATGTTGATTGTATTGCAGACGATT
GGTCTCCCAGAAGATGCAGTGACCCTCATCTTGGCAGTGGATTGGTTCTT
GGATCGAGTACGAACGACTGTTAATGTTTTAGGTGATGCTTATGGAGCTG
GTATCGTTCACCACTTGTCACAACGAGAACTCCAACAAATGGATGAAGAT
CAAAAAGCTTTGGATGAAGTGCACCGTGTTGAAGaaggatttgaaaattt
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GGCGGAGGAGAGACGATCAATTTGAGAGAAACAAGTCCTGAAGGAAGTTT
GTGTAAAGATGGCGGCGAAAGTTCGACCTCCTCACTCAATGATAATGCTC
CTTGGTATATACGATTCTGGAGACGCGAGAAGCTGATGATTTTCATCATC
ATTGGTGTTTGTTTGGGATTTCTCGTTGGTATCTCTTGTAATAAACCCAT
TCAAAACCTCGATCAACCAATCCGAAAAAATGTTCTCCTCATCTTAGGAT
TCCCAGGTGAACTTTTGATGCGaatgttgaaaatgttgatccTCCCTTTA
ATTGTCTCCAGCTTGATTGTCGGATTGGCGGAGCTTGACCAAAGGGCGTC
TGGACGTTTGGGAAAAAGAGCGGTTTTGTATTACATGGGAACGACAATGT
GTGCTGTCATCTTGGGTATCATTCTGGTAGTAGCTATATATCCTGGTGGA
AATAAACAAGAGGCTGAAGGTGAGAAAGAAGATAAACGAGTTCGTCCGTT
AGATTCGTTCCTCGATCTAATTCGCAACATGTTTCCGGACAATCTTGTTA
AAGCTTGTATAGCACAACTGGTGACAGGAGTCAAGTTTGAGAAACATGAT
GAAAGGACGACTGTTTGGAGTAGTAATGAGACATTGGCTGACCAAATGAA
TTGGAATCATTGGGAAGTCAACCAAACAGCTTTACAAAATCAAACGAATT
CAGAATGGAAATATTTGACTTACCAGAGTGTACTAAATGGAACAAACGTA
ACAATGGTTAAAGAATGGCGTGAAGTCAAGATGCCTGATAAACCATCAGA
CAAAGGAAGCACCAATGTTCTCGGTCTCGTAGTTTTCTCCATCGTCGTTG
GTCTAATGTTAGGGAAGATGGGAAAGAAAGGACGCGTCTTCGTTGATTGG
ATGATTGTGTTAAATGATATCGTTATGGAGTTGGTTGGTTGGGTCATGTG
GTATTCACCTATTGGTATATGGAGTTTGATTTCAGCTAAATTTGCATCCA
TGAATGATATTGAAGGAACATTTGAGAAACTGGCTCTCTATATGGTGACT
GTCATTGTTGGTTTGATTATCCATTCATTCTTGGTGTTGCCTGCTATATT
CGCTGTTGTCACAAGAAAGAATCCGTTCAGATTCGCTACTGGTCTGATCA
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
| Term | Definition |
|---|
| IPR001991 | Na-dicarboxylate_symporter |
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Vocabulary: Molecular Function
| Term | Definition |
|---|
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Vocabulary: Cellular Component
| Term | Definition |
|---|
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GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
| Category |
Term Accession |
Term Name |
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GO:0016021 |
integral component of membrane |
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GO:0015293 |
symporter activity |
Blast
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Match: EAA1 (Excitatory amino acid transporter 1 OS=Homo sapiens GN=SLC1A3 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 407.912 bits (1047), Expect = 6.601e-131 Identity = 249/489 (50.92%), Postives = 332/489 (67.89%), Query Frame = 1
Query: 361 IIIGVCLGFLVGISCNKPIQNLDQPIRKNVLLILGFPGELLMRMLKMXXXXXXXXXXXXXXAELDQRASGRLGKRAVLYYMGTTMCXXXXXXXXXXXXYPG-GNKQEAEGEKEDKRVRPLDSFLDLIRNMFPDNLVKACIAQLVTGVKFEKHDERTTVWSSNETLADQMNWNHWEVNQTALQNQTNSEWKYLTYQSVLNGTNVTMVKEWREVKMPDKPSDKGSTNVLGLVVFSIVVXXXXXXXXXXXRVFVDWMIVLNDIVMELVGWVMWYSPIGIWSLISAKFASMNDIEGTFEKLALYMVTVIVGLIIHSFLVLPAIFAVVTRKNPFRFATGLIKALLTAFGTSSSSATLPVTFSCLEDNLRVDKRVTRFVLPIGATINMDGTALYEAVGAIFIAQNSGLDLDFGQYVAVSLTATLASIGAAGIPQAGLVTMLIVLQTIGLPEDAVTLILAVDWFLDRVRTTVNVLGDAYGAGIVHHLSQRELQQMD 1824
+I+G LGF + +P + + ++ FPGELLMRML+ML+LPLI+SSL+ G+A LD +ASG++G RAV+YYM TT+ AV++GII+V+ I+PG G K+ E + RV D+FLDLIRNMFP NLV+AC Q T +EK + + +NETL + N E +T +T + E ++ P N LGLVVFS+ G ++G M ++G+ ++ LN+ +M LV +MWY+P+GI LI+ K M D+ +LA+Y VTVIVGL+IH+ +VLP ++ +VTRKNP+ F GL++AL+TA GTSSSSATLP+TF CLE+N VDKRVTRFVLP+GATINMDGTALYEA+ AIFIAQ + +L+FGQ + +S+TAT ASIGAAGIPQAGLVTM+IVL ++GLP D +TLI+AVDWFLDR+RTT NVLGD+ GAGIV HLS+ EL+ D
Sbjct: 58 VIVGTILGFTL-----RPYRMSYREVK-----YFSFPGELLMRMLQMLVLPLIISSLVTGMAALDSKASGKMGMRAVVYYMTTTIIAVVIGIIIVIIIHPGKGTKENMHREGKIVRVTAADAFLDLIRNMFPPNLVEACFKQFKT--NYEKRSFKVPI-QANETLVGAVINNVSEAMET-----------------------LTRITE----ELVPVPGSVNGVNALGLVVFSMCFGFVIGNMKEQGQALREFFDSLNEAIMRLVAVIMWYAPVGILFLIAGKIVEMEDMGVIGGQLAMYTVTVIVGLLIHAVIVLPLLYFLVTRKNPWVFIGGLLQALITALGTSSSSATLPITFKCLEENNGVDKRVTRFVLPVGATINMDGTALYEALAAIFIAQVNNFELNFGQIITISITATAASIGAAGIPQAGLVTMVIVLTSVGLPTDDITLIIAVDWFLDRLRTTTNVLGDSLGAGIVEHLSRHELKNRD 506
The following BLAST results are available for this feature:
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