TCONS_00019869 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00019869
Unique Name	TCONS_00019869
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	5535

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000339:165989..176170+

transcript sequence

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transcript from alignment at sc0000339:165989..176170+

Legend: exon

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>TCONS_00019869 ID=TCONS_00019869|Name=TCONS_00019869|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=10182bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000339:165989..176170+ (Clytia hemisphaerica)
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TCATCAAGCATTCAGTGGATTCAAACttgtgttttttatttatttcgagA
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gtgatgatGTTCGtggcgtaatttatgaaaat

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_011186	XLOC_011186	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000339	supercontig	sc0000339:165989..176170 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.39079	2.15554	2.0085	1.04184	4.17463e-06	0.188398	2.17063	2.65634	2.60141	2.90893	3.38397	2.20422	4.30054	3.74898	7.67091	8.2426	4.36842	4.40414	7.54492	8.90846	4.4226	4.04872	2.44671	4.00222	3.08601	3.4865	3.53402	4.5456	15.5523	13.0456

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00019869 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: TPTE2 (Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase TPTE2 OS=Homo sapiens GN=TPTE2 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 231.106 bits (588), Expect = 3.684e-64
Identity = 122/274 (44.53%), Postives = 174/274 (63.50%), Query Frame = 3

Query: 1164 RNRLYXKIYNLCSERHYETHWFNDSVERVLIDDHNVPRLSQLVQFVHSADEWMKKDEQNMLVLHCKGGKGRTGTAVAAWLLFSGQFKSADKALNYFGIRRTDEAKGNKYQGVETPSQSRYVRYLEKVIYSMNGRLPQPKQLRIKSVKITGLKTVGNGDGSDLSVEIVQNGQIIHKVVFNEP--GTNFLKTKGDSLKVIFNEKDNLMVVGDTKVRFHSSNTSVPKDYDFCAFFFWFHTSFIENKRFYVERNDIGNCHKRKYWKTYTEKFSVTVKF 1979
            ++R + ++YNLCSER Y+   F++ V R++IDDHNVP L ++V F    +EWM +D +N++ +HCKGGKGRTGT V A L+ S  F +A+++L YFG RRT++   NK+QGVETPSQ+RYV Y  +V +  N  LP  + L IK   I  ++    GD  DL V++V       KVVF+    G   +    ++ K++ N  D   +  D KV+F SSN  +PK YD C FFFWF+TSFI+N R  + RN++ N HK+K WK Y  +F+V + F
Sbjct:  256 KHRNHYRVYNLCSERAYDPKHFHNRVSRIMIDDHNVPTLHEMVVFTKEVNEWMAQDLENIVAIHCKGGKGRTGTMVCALLIASEIFLTAEESLYYFGERRTNKTHSNKFQGVETPSQNRYVGYFAQVKHLYNWNLPPRRILFIKRFIIYSIR----GDVCDLKVQVVMEK----KVVFSSTSLGNCSILHDIETDKILINVYDGPPLYDDVKVQFFSSN--LPKYYDNCPFFFWFNTSFIQNNRLCLPRNELDNPHKQKAWKIYPPEFAVEILF 519

HSP 2 Score: 122.094 bits (305), Expect = 1.998e-28
Identity = 66/164 (40.24%), Postives = 109/164 (66.46%), Query Frame = 2

Query:  665 YSYATLAIVSYFMLELMLRIFAWG-EEFFHHRLEVIDMIIVVLSXXXXXXXXXXXXDQHL-----KFGKLIIVFRLLRILMLSRICVGRKHLERSTRNLISQNKRRYVKDGFDLDLTYITDRMIAMSFPSSGKTSMYRNPISEVARFFNTKYPGHYKIYNLCSK 1138
            Y   +LAI  +F+++++LR+F  G +++F     ++D  I+V+  +  +++     D  L     ++  L+ + RL+ ++ +  +   ++ LE+  R L+S+NKRRY +DGFDLDLTY+T+R+IAMSFPSSG+ S YRNPI EV RF + K+  HY++YNLCS+
Sbjct:  108 YRSISLAIGLFFLMDVLLRVFVEGRQQYFSDLFNILDTAIIVIPLLVDVIYIFF--DIKLLRNIPRWTHLVRLLRLIILIRIFHLLHQKRQLEKLMRRLVSENKRRYTRDGFDLDLTYVTERIIAMSFPSSGRQSFYRNPIEEVVRFLDKKHRNHYRVYNLCSE 269

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00019869 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00019869 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
TPTE2	3.684e-64	44.53	Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phospha...	[more]

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TCONS_00019869 (transcript) - C. hemisphaerica