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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00019989 ID=TCONS_00019989|Name=TCONS_00019989|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2867bp
tgATAAATAGAGAAGAATAACAAGAAGCTTAGTTTAGAACAGTCACGATA
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TGTAAGCTTTTATGGACAACAATCTATCGGAAAAAATGTTAATGAAACAA
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ATTGCGAAGTTGGAAAGTCTgCATTGACAATGCAATATGTCAGCAATGTA
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aacaCTTATCAGGGTATAGttaaaataacaacaacaacagccgTTAGCCA
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AGTTATTATCTTTTAATGATCAATCATTATCTAATTAACATCAAAACAAT
AGCATAACAAAAACAACAGGAAAAGTACATTTTTCGCTGGCTACTtactt
caaaataaataaaaacgatTTGACCTTTACATGCATACAATAATTTATAA
GAGCACAATCTATAAGAACATTAAAAAGCTGATGAAAACGTTTTTAAGGT
GTTAAAGTGAAAACTtaaggttaagaacatccaatttttttgacgttctt
ataaattaaaagtgttaagaaaaattattattttcccagtttatttaaaa
aacactttcgatttcctCTGAGTTGTTCCTTTAAGGAAATTATAACTTTC
TTAACTATGCTAAAGTTTTGACCTTGGAAATTTTTCTGTTAAGCAAGTCT
ATTGTGCATTTTTGGTATTATCGAGGCAAACTGTcacttaaaaatttttt
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GTACCGTTTATGATATTTACTTATTGTTATTTTGACAGTTTtgcaaaaat
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GTAGCAAAAataatttagacaaaatttaaTATTGATAAAGgaatttattg
taaataaacaAATGTCTTCTTTGTATATAACAGAAGTTTTAGAGAATTTT
ATATAAGGAATTTTATTGAGCTAATTAATAAAGTTATGAaatatttgaat
gaaaaatgaataaaagt Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000345:49399..57763- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00019989 ID=TCONS_00019989|Name=TCONS_00019989|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8365bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000345:49399..57763- (Clytia hemisphaerica)
TGATAAATAGAGAAGAATAACAAGAAGCTTAGTTTAGAACAGTCACGATA
TCCGATGAAAACAGATCAACTTCACACACGCGCACACTAAAGTCATTGCT
TGAAGGAACAGGAGTGGTATTTAGCAAATTATAAAGGGTTTCTTATTATC
GAGCATTTTTAAATTATCCTTGGTTGTGGTTCGAAGGCAAAGTTTGGATG
TGTAAGCTTTTATGGTATGTTATTTTCTGTACGAGTTCAGAACCGGCGGA
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AAACACAACGTCATCCTTTGTCATCCAATACGAAAAATTGCATAAATTAG
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ACATGCACTTATAAAGCTTTTAATGCTTCAAAGATTTATAAAGCTTTTAA
TGCTTTAAAGATTGAAACATGAAAAATAATCAGGAATAATTAATTGATTT
GATTATTGATTTATTTATTGATTGATTGATTGATTGATTAATTGATTCTC
TATTGCTACTTTGCCTAATAAACAATAGTCAAGAGGATACTGTGGATAAA
ATTCATCAAAAAGTTCTGCGCCATCTTAAATAGGGCGAAATAGAAACCAA
TCCTAGCTAAGGCCCGGACTCCACTCACCTACGCTGTGATTGCACTTCTC
AAGCAAAATCTTTTATGTTGTTGGTCAAAAGAAAATACCGTAAGTTGGTC
TAATGTCGACACCCGTCTTCTAATTTTGACATCCTTCTTTAGAGATAGGA
AAATTAGCAAGGTCGGAATCGCTGATTGAAACTAATTTTCTTTGTGAAGC
AATCAGAGAGGAAATAAACATTTCTCCATCAAAGTTCCCACCTTCCCATC
ATTCCTATCTTCAAAGTAGGGTGTCGAAATTAGAAGACAGGATGTCGACA
TTAGACCAACTTACGGTAATAAAGGAATGCCATTGTGGTCCATTCAGACG
TACAGTCGAGAAAAGTTGAAATGCGCCAAAGTTCATAGTACTTAATTTCA
CGATGCAATCTTTTCTCCAAGCTGAAAGGATTGAATCCATTAAGATGATC
GCAGCGCAGACAATGAAGATACGTGCCTTCAGGAAGCTAGACTTTTTGAA
TTTATAGTTATATACTTTCACTTCATGGTGTTTCTGTATGACTGTCTGTG
TGCCTAGTCTAACCACCGTTAAATGCCTTCGGGAAGGTCCCTCCTAACTT
GGAAAGCCAGAATTGGAGCTATTTCACCAAACTACTGGAGCGCAAGTTAT
TACGTAGGCTATCACAACTGAAAAAGTTGAATGTGCGCCTATACAAACTT
TTTTCAGGTTTTTCAATTAGATTTACCACACTGAACAAACAGTGAAAACA
CTCTAAGTTAGTGAGGTAAATCTAATTTTGAAGACCAAAAAAATAACAGA
CGACAAAGATAAATTCAGAAATTACAGTTTGAACAAAAATATCAACAAAT
GTACATTTGAAAACTTGAGCAAACTTCTTTAAAGATTCCAGAAAAAGAAT
TGAAACCATTGCTGAAATGAACTTCTGACTAAATTACAGTATTTATTCAG
TTTTAAAGACAAGAAACAAAATTAGCCATACAAAACACTTTTTCCAGTCA
AAGACGAAAGAATCAGCTCATAACCAGTCTGCCATTTTGTTTGTTTTGAT
TTGCAAAAGTAATATTGTAACTCGTGTTATGGTGTAATTATATACTTTTT
CTATAATTTGCATTTATAACACTCGCTTCAGCTTTTCAGTGCTAAAATCA
AAACTAATGAAATGTAATATATAATAATGGTAATAGCATATAATGTAATA
TGAAAATGTGTATAACATTTACCGCTGTATAATTTACCGCCATATTTTTG
CGGAACACTTAATTGGCCGGAAATCAAANTTTTTCTCGGACAGGACAACA
ATCTATCGGAAAAAATGTTAATGAAACAATTATCACCAAGATCTTTGAAA
CGATTGAAGGAGAATGGGGCGAGCAATAAACAAAATCAACAAAAAGAACA
AAAGACTTATAAAGTGGTCGTTATTGGAGATTGCGAAGTTGGAAAGTCTG
GTAAGTTTAAAAAAATATTTTTTTTGGGGGAGGGCTAAATTTTTGAAAAT
TATACCGGAGCCAAAACGTTTAATAATAAATCTGAATTTGGAATCATTTG
CATTCGATTTAAAAAGATTGGGATCAGATTTCTTCAGATATATTGATACT
TGGATAGACGCTTAGAGAACTTTTCAATATTAATTTTACATTACATAGCG
CCTGCCTTTATCTGCAAAAACAAAACCTAAGCTTTCTGAGAATTTCTTTA
CATTTTATGAATTCTAATACTGCGAGACTATTTTCACATGAATTCTGCTA
AAACCTGAATAAAGGTTTGTTTTGATACGTTTCAAAGTATTGATGTGATT
GATATCTTATTTTGATTTTATTGATATTTTATTTTGCATTTTGCTACAAA
AATAACTAAAACTATTTTTCAATAATTGATGTTTCTGTGTCTACATATGG
TGTCTCGGTGGGGAAGAAAATTTTGCCAAGGGAAACTCAGAAAAACCTTG
TTGTTTATGTCTACTTTATACAGTTGAGAAAAAAAATCAAAATTTAATAC
ATGCTGCGTAAAGATTTTGAAAAATAACAATCTTACAATATTTATGAATT
AGAATTTCTTATTTTGACGAAAATAAAATGAGCAACTTACTTTATGACGT
GTGCTAGACAAATGGAAAAGTAGGGGGTCAACTATTTTTAAGTCATCAAT
ATTCCCTAAAATTCAAAAAATATCGTACCTACTGTAGATCGCCTAGGCAA
CCCGAATCGAGGCATTTCTTTAATGAATGAGGAATCGTGTTTTTGCTAAG
TTTTTGTTATGGCATAATAACCGCCCAATATTTTGTCTGAGATTAAATAA
GAGACGTTATGAACATGTAAGAAAATCTCCTAAATACAGTATAAAACTGA
TGATGCATATCAAATATAATATTCCTCAAAATGGATGCAAATGTCTGGAT
ATGTAATACTGTACATCCAAAAGATTTGACCTACCAAGCTACAGATTATA
ATCTACTGTACTCTCTTTCTAGCGATACAAAGAAAATTCGTGTTCTTAAA
AATAAACATGCTTATAAGTTAATAAACAATTTATAATCCTAAGGATAAGT
TTCATTTATAAGACTTGAAACTCAAAGACTGTTTTAAAAACCACAAAGCA
CAAACAATCTGACGTGGTCCTCATGAGATTTTTAAATGACGTATATGGTT
GTTTACGAGAAATTATGAACGTTAGTGTTACGGGCCAAAAAGAATTAGAG
TATGATTAATTTTCAATTTTGAACTCTACAAAAACAAAAAACAATTTTGT
TGATTGAAAAAAGGTTTCTGCGAATACTGTCGTAGGCGTTCTTCCGCGGG
TAAATTAAGTTGTTGTTTTCGGATATCGTGATTTCTCTTTAGTAAACCCT
CTCTCTCTCTCCTTTGAGTAACAAATATCAAAACGTTTTTCTTTTATGAG
AACAAATTTATAATAACAGAAAACCCAAGAATAGTAAGAACAAGTGAGAA
CATTTTTATAGACTCTAAAGCACCCAATTTCTTACGAAATTATACAGAAT
TACCCACGAAATGGTACAAGAAACATTGGACGTTCTTGTAAAAAAACGTG
TATAACAAAAAAAACCACGAAAAATAGAGTGCGAAATTATCAGCAGCTGG
AAGTTCTTATATCTAAAAACAGGAGACGAATACACGCTTTTTTTTATAAG
AATGGTGTAAATCCGAAATGGATTTTCTTAACCTTTTTGGGAAAATCATT
CTAAAATATTCTTACAGCACATTCTTAGGTTAGAATCCTAATTCATACTA
TATTTAACATTTAGTACGTACGTCTCAAGCATAAAATGGCATTTTTGTGA
AAGGAGTGAGCCTAACTTGGGAATAATTGATAATTGATAATTGAAAATGG
CATTCTTAGCTTTAGTAGCAAAATTCCATGATGGTGATATATTCTTAACA
TATTCTTAGTTTTTTGGCCATTTTCATATTCTTATAAAAAAGAGCGTGTA
CTGAGAGAGTCGAAGCCCAGTCATCGATAGTCGATATAATAGAAATTTTC
GTTAACCCGATTATTATAACTTTTTGAAAAGTCAAAACTGAAGATAATTC
ATAGAAGGCTTCTTAAAACTTTAGTTCCTCTATGTACACTATGTATGTAT
ACTTCCGACAATAACAAAATAGAACTGCCTCTCTATCTGTGTATTTGATA
AGAAAAACCGACAACAACAAAAACAAAAACAACATTTTGACCGAGTCATC
AGCATTAAAAGAAAATGATAAAAACAACAAACAAGGAACTTTCACTTTTT
TATCAAAATAAACAACTTATTTGAAGTCCTATATTTGTGATGACTCATTT
TCAGTCAAAATTGAAAACAAGATGGTTGTTGTGACGTAATGTTATGAACC
CCAAAAACATGGCTGGTAAAGATATTAAAAGCAAGTCACCGCTAATAAAG
GGAAAAGAGAAATTTGCCCATAAGGGGTTTCTATTAGAAACAAAAACCCA
TGGTTACAAGATGTTTAGTGAAATGTCCTACCCTGCAAGAGATAGTTAAA
AAAGACCGTCCCGCAAAAAGTCAAGATCCGGTCAAGATATTGTTTGGACC
TTGAAAAACACTTTAAAAATGACCACTCATCCAAAATGACCATTTTATGG
ATGTTAAGAGAACAAAGTTTCCCAGCTGAGTAGTAGTTTATTTAAAGTGT
CCGTGTTTTTAGAAAGAAATCGTCAAATAGTCAAATCTCTATTTCTTTTC
TTTGCAGCATTGACAATGCAATATGTCAGCAATGTATTCCTGGATTTCCA
CGATCCAACCATCGAAGATTTCTTCCAAACACAGACTGTCGTTGATGGAG
AATCAGGGATTGTTGATATTTTGGATACAGCAGGCCAAGTAAGTCAATTA
ATATATCTCTCAAAGGGAAAAATAATTGGTCCTCCAACAGATTCGTGCAA
CTTCTATAAACTACATTCGATTATGTATGAGATTCACACTAAGGAAAATG
TGTTCGCATTCTTTGAAGTAATCTATATTTGTACGAAATGACGATGAAAC
AAGGCGTTCCAAAGTGTCCTTCTAAGATCTTCATTTTATAGATAGCCGAA
TGGACTGGTCACTCAGAGTCTGCGTAACAAAGAAATCTAACGAATTCTAA
ATAAATAATCTTTGCTTTAACTAATCGATACATTTTTTACCCATTTTCAG
GATGGAAGTCAAACAACAATGAACGAGCAATATTTACGCCAGGGCGGCCA
AGCTTATATTGGCGTTTATTCAATCACCAGCCTCCCTAGTTATAACCGTC
TGCGTAAGCAGATCCAAACGTTGAAACGTTTACGTGCTAACGAACGTATC
CCGTTAATTATCGTTGCTAACAAATTAGACTTATTTAATGATCGCGTTGT
ATCAACGATGGACGGTATCGCACTAGCCCGTGAATTTGATTGTCCCTTTT
ACGAGGCCTCAGCGGCTAATAGAATCAATGTTGAAGATGCTTTTAATGGA
CTGATTCGCCAAGTACGAAAAATGGAGAACGACATTATGTTTGAATGTGA
GAATCTGAAGAAACCGAAGCTGAAACGATTCCGTAAATACGTATGTAAGA
AGATTCAAAGTCATATTGTGATTTGAAATGGTCAACAAATTGGAATCTTA
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GACACACATCAGCAGTGACTCATCTTTGTGCTTGGTGAAATTGCCACAAT
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CAATTAGAAGACCAAGTGACTGGTACAAGACATCTCAATGGTAACATGTA
TTGCTATAGAGAGATTCAAAGGGTAATAGACTTAATGCTGGAGTTGACTT
TTGGAGCGCGAGTAGCCACCAAGAAAAGACCTTTGCCGGTGAATTAATCA
ACAGAGTGGGTAATTTTTCACAATGAAAACATTTTTTGTTGTTGTGTGTT
TTTGTTTTGTCTAGCCTCTAGGTGATCAGGCAAACAACCTCGATAATTTC
CAGACTATTTTCAAAGAAGGGGGATTTATTTGAGTCCACCGAATAAAGAA
AGCTTATCAATACTTGAATGAGAGGAAGCTGGTGAATATGTTGTATTTTT
AGAAAACTTCCACAAAAACAGGATTTGATTTGACAATCAATATCTCCTTT
AACAACACCATGCGAAAACGATCTAGAGAAAAGGTGGAAGACAAAATGTC
CTTCTATTTTTCGCTCGATATCACATGCGTGCGCGATGTTCGTTTAAAAG
TAAGGCGACCGGAAAAAATAGCTTTCCACTGCTGTCTTATGATAATTATG
TTTTTGTGCAGCATCAGCATATTGTTTGTTGTTGTTTTTGGAGAATTAAA
NAATGATAATTATGTTTTTGTGCAGCGTCAGCATATTGTTTGTTGTTGTT
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CGACGGATGACGGATGGTAAATAACCGTCTGGTTTACAATAATAAAAAGA
AAGGGAAAAACAAGCTTTTTGATGAGGTTTTCTACTTAACTTTTCGTGGG
ATTTTGTTATTCGACATTTGACTATAATGCATTATTTTTGGGATGTTTTT
CAAGGAAAACAACAATCTAACTAATCAATCAAAAAACTATATTTTGAAAA
CACTTATCAGGGTATAGTTAAAATAACAACAACAACAGCCGTTAGCCAAT
AATATTAAACCACCACATATGTCTGTAATTGGTTTAATGATCAAAACAAG
TTATTATCTTTTAATGATCAATCATTATCTAATTAACATCAAAACAATAG
CATAACAAAAACAACAGGAAAAGTACATTTTTCGCTGGCTACTTACTTCA
AAATAAATAAAAACGATTTGACCTTTACATGCATACAATAATTTATAAGA
GCACAATCTATAAGAACATTAAAAAGCTGATGAAAACGTTTTTAAGGTGT
TAAAGTGAAAACTTAAGGTTAAGAACATCCAATTTTTTTGACGTTCTTAT
AAATTAAAAGTGTTAAGAAAAATTATTATTTTCCCAGTTTATTTAAAAAA
CACTTTCGATTTCCTCTGAGTTGTTCCTTTAAGGAAATTATAACTTTCTT
AACTATGCTAAAGTTTTGACCTTGGAAATTTTTCTGTTAAGCAAGTCTAT
TGTGCATTTTTGGTATTATCGAGGCAAACTGTCACTTAAAAATTTTTTTT
TTTTAATTCCACTAGAATTATTTATTTGTTTAACTAGTACTTTAGCGTGT
ACCGTTTATGATATTTACTTATTGTTATTTTGACAGTTTTGCAAAAATAA
TATAATTTTGTGACAATTATATATTAAAATTGGACCGAAAATTTGAAAGT
AGCAAAAATAATTTAGACAAAATTTAATATTGATAAAGGAATTTATTGTA
AATAAACAAATGTCTTCTTTGTATATAACAGAAGTTTTAGAGAATTTTAT
ATAAGGAATTTTATTGAGCTAATTAATAAAGTTATGAAATATTTGAATGA
AAAATGAATAAAAGT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00019989-exon-sc0000345-1575043694:57550..57763 | TCONS_00019989-exon-sc0000345-1575043694:57550..57763 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019989-exon-sc0000345-1575043694:54964..55120 | TCONS_00019989-exon-sc0000345-1575043694:54964..55120 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00019989-exon-sc0000345-1575043694:49399..51763 | TCONS_00019989-exon-sc0000345-1575043694:49399..51763 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019989-exon-sc0000345-1510915933:57550..57763 | TCONS_00019989-exon-sc0000345-1510915933:57550..57763 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019989-exon-sc0000345-1510915933:54964..55120 | TCONS_00019989-exon-sc0000345-1510915933:54964..55120 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019989-exon-sc0000345-1510915933:52076..52206 | TCONS_00019989-exon-sc0000345-1510915933:52076..52206 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019989-exon-sc0000345-1510915933:49399..51763 | TCONS_00019989-exon-sc0000345-1510915933:49399..51763 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019989-exon-sc0000345-1491911889:57550..57763 | TCONS_00019989-exon-sc0000345-1491911889:57550..57763 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019989-exon-sc0000345-1491911889:54964..55120 | TCONS_00019989-exon-sc0000345-1491911889:54964..55120 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019989-exon-sc0000345-1491911889:52076..52206 | TCONS_00019989-exon-sc0000345-1491911889:52076..52206 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019989-exon-sc0000345-1491911889:49399..51763 | TCONS_00019989-exon-sc0000345-1491911889:49399..51763 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000345 | supercontig | sc0000345:49399..57763 - |
Blast
BLAST of TCONS_00019989 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: RIT2 (GTP-binding protein Rit2 OS=Homo sapiens GN=RIT2 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 168.703 bits (426), Expect = 9.591e-47 Identity = 87/186 (46.77%), Postives = 127/186 (68.28%), Query Frame = 2
Query: 323 KTYKVVVIGDCEVGKSALTMQYVSNVFLDFHDPTIEDFFQTQTVVDGESGIVDILDTAGQDGSQTTMNEQYLRQGGQAYIGVYSITSLPSYNRLRKQIQTLKRLRANERIPLIIVANKLDLFNDRVVSTMDGIALAREFDCPFYEASAANRINVEDAFNGLIRQVRKMENDIMFECENLKKPKLKR 880
+ YKVV++G VGKSA+TMQ++S+ F D+HDPTIED ++TQ +D E +DILDTAGQ T M EQY+R GG+ +I YS+T S+ K + + ++R IPL++V NK+DL R VST +G++LA+E++C F+E SAA R ++DAF+GL+R++RK E+ +L + KLKR
Sbjct: 19 REYKVVMLGAGGVGKSAMTMQFISHQFPDYHDPTIEDAYKTQVRIDNEPAYLDILDTAGQ-AEFTAMREQYMR-GGEGFIICYSVTDRQSFQEAAKFKELIFQVRHTYEIPLVLVGNKIDLEQFRQVSTEEGLSLAQEYNCGFFETSAALRFCIDDAFHGLVREIRKKES-----MPSLMEKKLKR 197
The following BLAST results are available for this feature:
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