TCONS_00021067 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00021067
Unique NameTCONS_00021067
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2270

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00021067 ID=TCONS_00021067|Name=TCONS_00021067|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2270bp
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aaaaagtcagaaaaatatAC
Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00021067-protein

>TCONS_00021067-protein ID=TCONS_00021067-protein|Name=TCONS_00021067-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=264bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000377:176603..189351-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00021067 ID=TCONS_00021067|Name=TCONS_00021067|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=12749bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000377:176603..189351- (Clytia hemisphaerica)
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ATTTTTGTTACAATTTTTTATCTTAATAATAGAAGAACACACACAATATA CTCATTTTCGTATTCTTGAAATTTGCGTCATCAGCCAATTTATCAATCTG GTGTATTGAATGTGCTGGGAGCTTGCTGGGAAAATGTGGAATTTTTGCTT TATCGTTTAAGCTGGTACAGAATTTCTATCACAACATCTCCCTAATGTTC TTTGGATTTACGAGTCTAAATTGAACATTGTGAGAGACGTTTCGAAGCAA ATGGTTTCGAGCCTTTGTAAGACTAATATTCTTACCACATGGTCATCAAC AAGTTCTCTGAATGTTTACCTAATTTCACCTGTTTGTGGCTGTACATGTT GCAATTTCATATGTCTAACTCTTTCAAAGCTATCGTATCTTTGTGGATCC CGCCACATACGAGTAAGAGATCTCGAAGTTCTCATTTCCTTATATAGAAG TTAGTTGCACTCCTTCGTGCGAGCAATTTTCCTACTGTGTGTACTATAAG GTCTTTTATGAATCAATCACTGTCGGTTAATAACAACCTACCATTCTGCA CAGCATTTTGTCTCATTTGATAGCTTGGCACGACTAGTAAGGTATTGCAT AATTCATAAAATGGTGCAAAAAGATTTGATCTTGTTTATGGATTTAGGAA ACTTGTGAAAGTCTTTTGGGTTTTGGACTTTCCTAGCTTTCCTAGGTTCG TTGCCTTTTGGGTTAGGGAGAATTTAGCGATTGATAACCGTATAGTCTAA TCTCGTATTGATGAGATGTACGAACCTTTTTAATGATCACTACTGGACAC AGTTGTCAGACTATAAAGGATGCTTGCTGACTCAAAGTGCCGGTAAAGTC TTTATTGCGAGTAACATTGACTGGTTACCCCAAACTTAAGAGGTCTGGGA AAATTCATTTGCATACTGTGTTTGACACACTTTGCATACAGGGGATCACG CTGGTCTAAAGGATATGATACACGGTCAAATTCATAATAAAACTTTCTTT CCTTTTTATGTTATCATGTGATTTAAGTCTGACCGCAAATTTTTACTCAT TTTTACTACTTTCGCTAAATTTGCCCTGCTGTGTTCTATTTTGTACAGAC ACTTGACTTCTTATGAATGAATTCTTATGTTGAATTCTATTATTGGAACT TTAACGTTAGATAACTATTTACGATTGNTGAATGAATTCTTATGTTGAAT TCTATTATTGGAACTTTAACGTTAGATGACTATTTACGATTTAAGTCTTA TTTAGTGAGTCTTTTGATGCCATAATAACTGCATTGTAAGATTTCTTGTA CAAAAAATAACTTTAAACTATACTATATTCCAATAAAAAACTATCAAATC CACTAAAGGATCTTGCTTAGATTCGAGGCAAGATATATCCATAGACTGTG CAAAGGCTAGCTGTGTTTTATTCTAATATCGAGTACAACCAAGTAACTTC AGGACACCAGGGTGTGAAATAACCCTCCTCCCTGCTGAGTCATTGTTAAT TGATTTTGCTCTGTCAGCACTTTTTTATTTATTTTCACATAGAGATTCTC AAGCAGATTTGGGTAGCCCACAGCATGTGTCTGTATAGTTGCGTGTTTCT TGTATTATCAAGCTCTGGGTTTGAATGGTAGCTGGTTGATCAGATACTAG AAAAGAAATCGGGCAAATCGGGCAAATTTGTCGATTTTGTATTCACGTTT TTATTACCTTTTTTTTTGTCTTGTTAAAATCGAGTTCTGATCTTCGATTG ACGAAAGAGATTGAAATAATTTTTTTCAACTCACTTAAAGTCCATCTTGA CTTAGCAAAGTTGATATATGACTAGCAGTGTTTCGACTCATCTCACGTCA TCTGGACGTTAGAAAGACGTTGTTTTGATACCAGCTTGACAAGCCTACCA 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TGGAAATGGTTGATAATTTGAATATTTCCTTTACACAATCTTAGTTAAGC ATTATTACGAGTGTAATTAAAATGACCTACTTATGTTTTGTACAGAGTCT TCTAGTTTAGGAGAGTATGTAAAGTTCTACAGGTTTTTCCGAACATTCAT ATAACATTAAATGGACGCTTTGAATGTATCTTTCCAAAAAACTAGATTAT ACAAGAACGAATTGTACGTGATTGAGGTTAGCAATACTACAAGTTATTTC AAGCATATTTGCACAAAATAATCTTAAATCCATTGAACAGAAACGGCCCG CTTTCTCAGCTCTGCAGGGCCGTTGCGTAAGAAGGATCTAATGGGTGGAC AAATTTAGATTTTTTGGCAGATCTGTAGGTTGAATGTGGTAATCAGTGCG GTTAAGATTTGATATCAAGAGCACGTTATAAAATCGCGGAGGTGGGATGA ACTAATTTTATGACCAGCAATTAAAAGCCTTATGATTGATTGATCCCCTA TATTATTTTTTTTATAAGAGCTGATTGAATTTGAAGTATTTTGAGCCAGA AGTTCGACCTGAAACCTATTTAAGCAATGAAATCCTGAGTCTCGGATTTT TAGGAATCAAAAAGATCTTTACAAAAAACTTATTGTACCAAGAATATACC TATGACATGAAAGATTTCAAAAATTGAGACAAACCGAGGCTAGCACAAAA TTCACTGGTTCTTATAAAAAAGGTTTATTTTTCCATGATAGTGCTNAATA ACTGCATTGTAAGATTTCTTGTACAAAAAATAACTTTAAACTATACTATA TTCCAATAAAAAACTATCAAATCCAGTAGAGGATCTTGCTTAAATTCGAG GCAAGATATATCCATAGACTGTGCAAAGGCTAGCTGTGTTTTATTCTAAT ATCGAGTACAACCAAGTAACTTCAGGACACCAGGGTGTGAAATAACCCTC 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GAGGCTAAAACTACTCGGGGCTGATGAAATGTTAAATAGATATTATCCGG GTTTGGTTCTCTGTGGACAATCAAGCTCATTTTAGTTGAGACTTTGTNAC TGGTTCTTATAAAAAAGGTTTATTTTTCCATGATAGTGCTTGATAGAGTA TAATCTCCTCTTTTATTTGGTTTCTTTGGAATGATATAATTTTGATGCTT TAAATACTTGCATCATTAATATGCATTTTTATAATGGTGATGTTAATTCA ATTTGCTTGGTTGTGTGTGTAAGTTTCAAGGAAAGATAACAAAGTTGAAT GTTAAGAAAGACACTCATTCTGCTGGTCGCGTCGTGGGTTTTTTTCTTGA TTCCTTGTTTTTTGAATATTGATAACAACCTCCATTCCAGTGTATTGAGG GTCACATACTCTTGCTGGTATCCATTAAATATATCGAAAGGAATGACGTT GTATAGAAAATTTCTTGGAAACTTTGATATTGTAGGTCGGTCTGTTCTTG TGAACTTTTCTTGTAGTACCTGTTGTGGTTAAATATCGAGCATCATTAAT TTTCTAGCGTTTTTGATGATCTAGCGTCTTCAAATGTTTCGTAAAGCTTG GAATACACGGTGATGAGGTTTCACATACTCAGATAAGGATGAAAATCCAA AATCTTTCAGATAAATTGAGTGTTGTCCTGTTTTCATATTCATTAGCTCT TATGCTGGTTGTAGCTGCTCAAATAACTTTTGCCTTTCTATCTTTCCAGC GATCGTTTTTGAACGCTAAAAATGGACGAAAATAAGCATAAAAACGATAT ATCAAATTAATTTCAAACTTTTTATTCGACTTAAACGTTTAGAGCTGACT TTAGAAGTTATTAGTAAACCACGTTAAATATAAACAATATGTGCATCCCA TTTAAATTTCGATTTAAGAGAGTAAAATATTTCTCAGCATAATCCTTACT AACAACTTGACTCGGCATCACTTTTGTATATACTGCATCAGAGAATTTCA AAACTTTTTAACGAATTTTTGTGTCACTTATCTTAGAGCCCTTGCTGCAT TCTGGAATTTAAAGGGAGAACGACGGAGTAATACTGACACAGAACGCTTA AATGACGTTCATTTAACGTTCATATCGTCAATGTAACTTTAGATCTTAAG CATAGGGTTCATTTGAGCTGAGGCTGGGCATATGCTTCAATTTCTATTGT TCTATAACAATAGAAATTGAAGCATGCCCAAATCTCAGGGTTACATACTT TTAAAAAACGTTTTTCGTTCTCAAACGTAAAAAATATTGCCCCTTGTTGC TGCTCAATCTTAATAATGATTTGCAATTTTCAAACCTTCTCTTATTTTTC TTTCTAGATCAAACTCAGATTCTGCGGAACACTAAAAAATTACGAAATTG AAAAGAAACACGAAGAAAAGTTGAGAAGAATAATTGGGAAAAAATGCTGT CGTCTTTGGTACTTTTGATTGGATGCGCATGTTCATGTCTGGCTGCTCCA GCTATCGACTATATGACAAGTAAGTAAAGCTGGTTTCATGTCTACCAAGG GTCAAATTCTATGATCCATGAATCCCGACAGGCATTTGAGCGTCGAGGAC GTTGATTTAACTTGTTTTGACCGATGGGTCAAGAGTTACCAAGTTGAGAT TTCAAAATAAGGCGATTCTACTTTGTGTTTTGTTGGGCCTTTAGAGGTCT TCACTGCAAAGTTATTTTTTAACATAAATCGTGCTTCGGAAAAAAGGCAG TTTAGAAAGTATAAAACTCTGCGAATCAAACTAACTATGAGGTCTCATTT TTTGTCTAATGTGAGGTTCAATTTACCATTTTCACCTAATCACTAAATAA AATTCTTTCATTTCTAGAATGCGAGCGTACACTGCATACTGAATGTGTTT TACAAATCGGAAGTTCCAAACAATTCGAAGAAAAATGTCAGCCGGATGAA CTACTGAAGTGTTTACGCAATACAATGTTGAGTAACGTTTGTACCGTAGA AGATTCAGATACATTACCGACCATCAAACAACTAATAAGTTACGTGGAGA GAAAATTCAAAAAGGATCCAAAATTTTGTCAAGAAAGAAGAAAACTAAAA TCTTTTGTCGAAAGATTGCAATACACATTTAAAGGTATGTGAAGCATTTT TAACATTGATATTTTTCTTTGATATTTTTTTTCCTGAACCACTCTTGACT GGAAATTGAATTTTCGAATTCTTGTTATCAGTTGATCTGTAATATTTCCT GACGCGCGGCTTCTTCTTTGAAAAGTGCTCGACTTCCTGTTCCCGAATCT GATTTTGATCATTTAATTAACACTACCAAAGATAAGATTGCTAGTAATTT ACTACATATTAATGAAGTGGTAGTAAGAGATATACTTTAGTATCGTCCCA TCCATTTTTGTCTAGGTAAGGTTTTTACAAGCATTTTATTTTCATTGCTT TTGATATTGGTAAGAAACGGTTCTTACTTGAATATTTACAACGGTTATCC GGTGAACGAAACTGGACGAACTGCACTTTTTTATGATTTCAAGATTTTTA ACAAGAGGAGATATGGTATATTCACTAGAATAAATGTACGCTAAATATAG AAATCCTGTTCCGATTTCGTGTGTCTCTCATTTTAAAATCTCACTATGCA AGGATTGTAGAGCGGAATTTTCTACTTAATACTTATTTCCGTGTATTTAT TACAAAGTTCTCGTCCTTTCTCTTCACAGTTCAAGGAGAAGGCATTGAAT TTACTGACCCCCGGAACATTCAAGAATTCGGATCCGGATCGGCTGAAAAT GGTCAAGTTCCGGATGATACGGAAACTGATGGAGAAGATGACGATGACGA TGATGATAACAAAGATGACATCATCAAGAATGATATCATTAAAAAGAATG ATGGTAGCAAAGAAGCGACGACTATAACAAAAACGAAAGTGGAAAAAAGC ATTGAAACAAACTCTGTTAAAAAAGATAGTAAATTTTGGAAAAAAACATC AAAGTTGATCAACAGAGGCAAAAATGAACGAGGGAAAGTACAAAATATTG TCTACTTTGATGACCAGAAAGCGAGTAAGAAAAGGAAACAAAAGGAGGAT GAGAAAAGACTTCAAAAAGCATGGCAAGCTTTGAAAATGCGATATCAAAA ATGGTATGAAAATTCAAAATACTATCGGTGATAATTTGTTTTACAAAGGA TAAACGATCCGTCGTGTTTAATAAAATGTTACTTAGAAAATAAGATTAGC GGTAAAAAGTTACTCTTCAGGCGATAGAAAAGAGTACAATATAGCCAAAT ACTACAGGGAAGCTACTCAACAATGGTTGTAAAATAAGAATTGCTTGGCA TTGGACGGCGAAAAAGCCATGCCACATTTCTGGAATGGTTGAATATTTTA ATGTGACTGTTTATTGCCCCAATTATAATATGGTTTGTTTTTGCTTAGTC TTCTATGATGTGTACATTGAGGTCAAGCTATTTACCATATCGCAGCATAT TAAAAATTTAGAAAGGCATTATGGATTTGGAATTAAATTATTATTTTTAA TTTATTTGCTTTCTTATTGGTTTTCGTGTTCTGTATAATGTGGTGGTACT TGCGCCAGAAATATTTTGGTATTGCCCATAGAGTTTCTTGGGAGTAAAAA AGTTATCAAGATTTTAATCCCTTTATAGAGTAATTTGTCACAAAAGTGTA CAAGCCTTATAAAAACCCCTACCCCAAAATGCTGCCAAAGCGGTGCAGCA CTTTTATCACTACCTCCACCCCCGGTAATGAAGTATTCATATTCATTAAT GTTTGGCTTAGTAAGTTTCCAACGTGTAACCTTTTTTGTAAATAAATAGA GTAGAAAACATTGTTTTTTTGCTTTGAAGAAAATTTATTAGATTATAAAT ATTTATAGATAATATATTACTATATATTGGATAAAATTATTTCTTTTTTT GAAAACTGACATATCTTTGGTCATGAATATGAATGAGACTGAAAAGCCGT CTCAAAGTTAATATACGGGACAAAAATGACGGCTAAGAATCTGAATGTAG TAATTTTTGGTGACAAAAAATATCTACCTTTTTTCAAAATATATGTCGTA GGACAAAAAAAGGCATTTTAATGTATTATATAAAGAGAAATTAGTAAAAA ATTGCGTTTATTATTTAAAATCTATTGTTAAAAAGTCAGAAAAATATAC

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000377:176603..189351-

>TCONS_00021067 ID=TCONS_00021067|Name=TCONS_00021067|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=2385bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000377:176603..189351- (Clytia hemisphaerica)
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GGATCCGGATCGGCTGAAAATGGTCAAGTTCCGGATGATACGGAAACTGA
TGGAGAAGATGACGATGACGATGATGATAACAAAGATGACATCATCAAGA
ATGATATCATTAAAAAGAATGATGGTAGCAAAGAAGCGACGACTATAACA
AAAACGAAAGTGGAAAAAAGCATTGAAACAAACTCTGTTAAAAAAGATAG
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GAGGGAAAGTACAAAATATTGTCTACTTTGATGACCAGAAAGCGAGTAAG
AAAAGGAAACAAAAGGAGGATGAGAAAAGACTTCAAAAAGCATGGCAAGC
TTTGAAAATGCGATATCAAAAATGGTATGAAAATTCAAAATACTATCGGT
GAAATGCGAGCGTACACTGCATACTGAATGTGTTTTACAAATCGGAAGTT
CCAAACAATTCGAAGAAAAATGTCAGCCGGATGAACTACTGAAGTGTTTA
CGCAATACAATGTTGAGTAACGTTTGTACCGTAGAAGATTCAGATACATT
ACCGACCATCAAACAACTAATAAGTTACGTGGAGAGAAAATTCAAAAAGG
ATCCAAAATTTTGTCAAGAAAGAAGAAAACTAAAATCTTTTGTCGAAAGA
TTGCAATACACATTTAAAGATGCTGTCGTCTTTGGTACTTTTGATTGGAT
GCGCATGTTCATGTCTGGCTGCTCCAGCTATCGACTATATGACAATTCAA
GGAGAAGGCATTGAATTTACTGACCCCCGGAACATTCAAGAATTCGGATC
CGGATCGGCTGAAAATGGTCAAGTTCCGGATGATACGGAAACTGATGGAG
AAGATGACGATGACGATGATGATAACAAAGATGACATCATCAAGAATGAT
ATCATTAAAAAGAATGATGGTAGCAAAGAAGCGACGACTATAACAAAAAC
GAAAGTGGAAAAAAGCATTGAAACAAACTCTGTTAAAAAAGATAGTAAAT
TTTGGAAAAAAACATCAAAGTTGATCAACAGAGGCAAAAATGAACGAGGG
AAAGTACAAAATATTGTCTACTTTGATGACCAGAAAGCGAGTAAGAAAAG
GAAACAAAAGGAGGATGAGAAAAGACTTCAAAAAGCATGGCAAGCTTTGA
AAATGCGATATCAAAAATGGTATGAAAATTCAAAATACTATCGGTGAAAT
GCGAGCGTACACTGCATACTGAATGTGTTTTACAAATCGGAAGTTCCAAA
CAATTCGAAGAAAAATGTCAGCCGGATGAACTACTGAAGTGTTTACGCAA
TACAATGTTGAGTAACGTTTGTACCGTAGAAGATTCAGATACATTACCGA
CCATCAAACAACTAATAAGTTACGTGGAGAGAAAATTCAAAAAGGATCCA
AAATTTTGTCAAGAAAGAAGAAAACTAAAATCTTTTGTCGAAAGATTGCA
ATACACATTTAAAGATGCTGTCGTCTTTGGTACTTTTGATTGGATGCGCA
TGTTCATGTCTGGCTGCTCCAGCTATCGACTATATGACAATTCAAGGAGA
AGGCATTGAATTTACTGACCCCCGGAACATTCAAGAATTCGGATCCGGAT
CGGCTGAAAATGGTCAAGTTCCGGATGATACGGAAACTGATGGAGAAGAT
GACGATGACGATGATGATAACAAAGATGACATCATCAAGAATGATATCAT
TAAAAAGAATGATGGTAGCAAAGAAGCGACGACTATAACAAAAACGAAAG
TGGAAAAAAGCATTGAAACAAACTCTGTTAAAAAAGATAGTAAATTTTGG
AAAAAAACATCAAAGTTGATCAACAGAGGCAAAAATGAACGAGGGAAAGT
ACAAAATATTGTCTACTTTGATGACCAGAAAGCGAGTAAGAAAAGGAAAC
AAAAGGAGGATGAGAAAAGACTTCAAAAAGCATGGCAAGCTTTGAAAATG
CGATATCAAAAATGGTATGAAAATTCAAAATACTATCGGTGAAATGCGAG
CGTACACTGCATACTGAATGTGTTTTACAAATCGGAAGTTCCAAACAATT
CGAAGAAAAATGTCAGCCGGATGAACTACTGAAGTGTTTACGCAATACAA
TGTTGAGTAACGTTTGTACCGTAGAAGATTCAGATACATTACCGACCATC
AAACAACTAATAAGTTACGTGGAGAGAAAATTCAAAAAGGATCCAAAATT
TTGTCAAGAAAGAAGAAAACTAAAATCTTTTGTCGAAAGATTGCAATACA
CATTTAAAGATGCTGTCGTCTTTGGTACTTTTGATTGGATGCGCATGTTC
ATGTCTGGCTGCTCCAGCTATCGACTATATGACAA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_011811XLOC_011811Clytia hemisphaericagene
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00021067-proteinTCONS_00021067-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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TCONS_00021067-exon-sc0000377-1575043694:178668..178934TCONS_00021067-exon-sc0000377-1575043694:178668..178934Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00021067-exon-sc0000377-1575043694:176603..178072TCONS_00021067-exon-sc0000377-1575043694:176603..178072Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00021067-exon-sc0000377-1491911889:188981..189351TCONS_00021067-exon-sc0000377-1491911889:188981..189351Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00021067-exon-sc0000377-1491911889:176603..178072TCONS_00021067-exon-sc0000377-1491911889:176603..178072Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000377supercontigsc0000377:176603..189351 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.800444 1.20861 0.292356 0.200217 0.0928554 0.0458597 2.01393 1.64715 2.40071 2.16511 2.02303 2.04638 2.32975 2.06873 0.342111 0.304199 1.52484 1.1192 4.23615 6.07958 2.23853 2.15534 1.68752 1.64186 0.674584 0.824726 0.0236036 0.0251904 0.028659 0.0681311
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00021067 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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