TCONS_00021109 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00021109
Unique NameTCONS_00021109
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length4268

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00021109 ID=TCONS_00021109|Name=TCONS_00021109|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4268bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00021109-protein

>TCONS_00021109-protein ID=TCONS_00021109-protein|Name=TCONS_00021109-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=1359bp
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NIMYIFFKS
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000378:20715..40373-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00021109 ID=TCONS_00021109|Name=TCONS_00021109|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=19659bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000378:20715..40373- (Clytia hemisphaerica)
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000378:20715..40373-

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GTATTGTTTGTCAATTTACTCGACCAGTAGCTGTTCCAAGTGGAAGTGAA
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AACTTATGCCAATAACAAATTGACTTATCATTTTGGTGACGCTTGGATTG
ACCAACAGGCTGTTGACTTAACTCCACAAGGGATGTTATAAACAACCAAA
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ATTCCGACACAAAAACCATTCATGTGACATTGGCAACTAATTCCAGTAAT
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AACGGACGAGTGTGGCAAATCACTGACGTAGGAGCGAAAGGAGTCGTTTG
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ACACACGTCCAACTTTTATTCCAATGGCAAAAGGATACACTTTACAAAGT
GCTCACAAAACAAGTAAAAACAGTATTGTTTGTCAATTTACTCGACCAGT
AGCTGTTCCAAGTGGAAGTGAAAATTTAATGTATGATGCAAGTGAACCTT
TATACATGCTTCATGCTCACGCAACTTATGCCAATAACAAATTGACTTAT
CATTTTGGTGACGCTTGGATTGACCAACAGGCTGTTGACTTAACTCCACA
AGGGGAAGTTTCAACGGACGAGTGTGGCAAATCACTGACATGTTATAAAC
AACCAAAATCTTGTACTTCAAGTCTTGATTGTCATGTTCTTGTTCAACAT
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TAGGAGCAAAAGGAGTCGTTTGTGTGTACAATGGTTCCTTAGTTCAATTG
CAAAGTTTCAAAACAGATTCTAACACACGTCCAACTTTTATTCCAATGGC
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TTTGTCAATTTACTCGACCAGTAGCTGTTCCAAGTGGAAGTGAAAATTTA
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TGCCAATAACAAATTGACTTATCATTTTGGTGACGCTTGGATTGACCAAC
AGGCTGTTGACTTAACTCCACAAGGGGAAGTTTCAACGGACGAGTGTGGC
AAATCACTGACATGTTATAAACAACCAAAATCTTGTACTTCAAGTCTTGA
TTGTCATGTTCTTGTTCAACATAAATTTGATTCCGACAAAAAAACCATCC
ATGTGACATTGGCAACTAATTCCAGTAATGGTTGGGTAGGATGGGCACAA
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GCCCAACCCTCAAACAACTCCCTAATGGATACATTTTGAACAGTACTTAT
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GCCAAGTGGAAGTGAGAATTTAATGTATGAGATTACAAATGGACTTCATC
AATTATACACTCATGGCATTGTGCAAGGTGGAATAATTCAATATCATAAA
TATGGTGATGCCAACCGTTTCATTAGTAAAACCAAAATTGATCTCACCCC
TACAGTACAAGAGATCGCGACAGACGAATGTGGTAAATCATTAACATGTT
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TGGAGCTTTCAACCTTGTACAAGTTTGGTCTTCTATTTGTACTGACGGCA
TCAATTTGTAACTTGGTTTCTGCAAATGAGGAGAGTGCAGGAACTCATGG
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GGTGGAAAAACAAGGATGGGCTGTATCCTTATGGTAATTGCGTGGATAAT
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CTGTTCCAAGTGGAAGTGAAAATTTAATGTATGATGCAAGTGAACCTTTA
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GGAGCGAAAGGAGTCGTTTGTGTGTACAATGGTTCCTTAGTTCAATTGCA
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TGTCAATTTACTCGACCAGTAGCTGTTCCAAGTGGAAGTGAAAATTTAAT
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CCAATAACAAATTGACTTATCATTTTGGTGACGCTTGGATTGACCAACAG
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ATCACTGACATGTTATAAACAACCAAAATCTTGTACTTCAAGTCTTGATT
GTCATGTTCTTGTTCAACATAAATTTGATTCTGACACAAAAACTATTCAT
GTGACATTGGCAACTAATTCTAGTAATGGTTGGGTCGGATGGGCGCAAAA
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CAAGTGGAAGTGAAAATTTAATGTATGATGCAAGTGAACCTTTATACATG
CTTCATGCTCACGCAACTTATGCCAATAACAAATTGACTTATCATTTTGG
TGACGCTTGGATTGACCAACAGGCTGTTGACTTAACTCCACAAGGGGAAG
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TTCCGACAAAAAAACCATCCATGTGACATTGGCAACTAATTCCAGTAATG
GTTGGGTAGGATGGGCACAAAATAACAAATTTGACAAAATGGAGAATGCT
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TCATACCACCTCAAATTCAGGCCCAACCCTCAAACAACTCCCTAATGGAT
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TTCACTCGAACTGCAACAGTGCCAAGTGGAAGTGAGAATTTAATGTATGA
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GAATAATTCAATATCATAAATATGGTGATGCCAACCGTTTCATTAGTAAA
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ATTGAAGTGACATTGGCGTCTACAAGTGGCTACATCGGATGGGCGCAAAA
TCCAGAATTTAACAAAATGATGGAGCTTTCAACCTTGTACAAGTTTGGTC
TTCTATTTGTACTGACGGCATCAATTTGTAACTTGGTTTCTGCAAATGAG
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AGTCTTAACTTCATCAAGGTTTGATGATGTCATGTGTTGTTGTTTTCTTC
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ATGGTAATTGCGTGGATAATTTGTTCAACTATCGGCATTTTCATGGCTCG
TTACATGAAGCAAGCTACAAAAGAAAAGAAAATCACCGGTAAACCGGCTT
GGTTCCCTGCAATAGAATAAGTCGACATGGACTTGGTGATTATGCAACAA
CTGCTGCTTTTGACTTGCTGAAAGCTTCTGGTGAAATTATCACCACTACT
GGACGAATGCTGCAAGACAAAGAAGTAGCTCACGCTATGAGCGAACGATC
AAACCATCGCAAGGAAATGTATATTTACACGATTTGAGTAATCCCTTGAT
GATGGTTGTGGCTTTCGGAAAATCTGGATCAGGTGGTGGATGTGACGTTG
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CATGTGTTGTTGTTTTCTTCATCGCTTTCATCGTCATCTTGGTGGAAAAA
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GGTAGTTTGGATGGAAGCAAACTGAATGGAAACGGTGCACCTGAGTTTTC
TAGTGGTGCTTCTCGTATCGCTATTCCGTCTGATTGCAAAGACGATTCAA
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TGGTGACGCTTGGATTGATCAACAGGCTGTTGACTTAACTCCGACAAAAG
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ACTTGGTTTCTGCAAATGAGGAGAGTGCAGGAACTCATGGTATTCTGGGA
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TTTTGGTGACGCTTGGATTGACCAACAGGCTGTTGACTTAACTCCACAAG
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TCTTGTTCAACATAAATTTGATTCCGACACAAAAACCATTCATGTGACAT
TGGCAACTAATTCCAGTAATGGTTGGGTCGGATGGGCACAAAATAACAAA
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GGAGCGAAAGGAGTCGTTTGTGTGTACAATGGTTCCTTAGTTCAATTGCA
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TGTCAATTTACTCGACCAGTAGCTGTTCCAAGTGGAAGTGAAAATTTAAT
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GCTGTTGACTTAACTCCACAAGGGGAAGTTTCAACGGACGAGTGTGGCAA
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TCTTGTACTTCAAGTCTTGATTGTCATGTTCTTGTTCAACATAAATTTGA
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ACATTTTGAACAGTACTTATATAAATAACCAAAACAGTATTATTTGTAAA
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ACACGCTTGGGTTGCCAGTGCTCAAAGACCTCAAGCTGGAGGTGCTAAAA
TGGTAGGAGCGAAAGGAGTCGTTTGTGTGTACAATGGTTCCTTAGTTCAA
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AACAGGCTGTTGACTTAACTCCGACAAAAGCAAGTCAGGAAGTTTCAACG
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This transcript is a part of the following gene feature(s):
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
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Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
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Values :
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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR005018DOMON_domain
IPR006593Cyt_b561/ferric_Rdtase_TM
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00021109 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
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