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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00021202 ID=TCONS_00021202|Name=TCONS_00021202|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4949bp
TGTCATCTGTCAAGTCGAGTTTAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCaataaaaa
agacttttgtCGTCAGTCAAGTCAAGTTTAGTCAGAGTAATGGACTTTTT
TCATCAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAGGTCAGGTCAGGTCAGAAGT
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AGTCGAGTTTAGTCAATGTAAAAGAATATTCTCGTCAGTCAAGTCGAGTT
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TCAAGCTTTCACTTAACGTAATAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCT
TAGTCAGATTAAGGGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAAGT
CAGTCTCATTTAATGTAAAGGTTTTTTCTTGTCAACCAATTCATTGTTAG
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GTCAAGTCGAGTTTAGTCAAAGTAAAAGAATATTGTCGTCAGTCAAGTCG
AGTTCAGTCAATTCGAGTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTGTCGTCAGT
CAAGTCAAGCTCTCACTTAATGTAATAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCA
AGCTTAGTCAGAGTAAGGGATTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTCAGTCTC
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GTCGTAATAAAGTTTAAGTTCATGTAAAATAGTTTTGTCGTCTGTCAAGA
TGTTTATTTGATGTAAGATTTGAATATCAAGTTTCAGTCAGTGGCAGACT
CTTTACTGGCAGTCAAATCAAGTTTCAGTCATAGTCAATTTCAAATAGTT
TTGTCATCGGTCAAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCATAGTCAAGTTTCAGTC
ATAGTCAATTTCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAT
AGTCAATTTCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGCTTAGGATTTTG
TCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCGGT
CAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACGATATTTTCGTCAGACAAGTCAAGT
TTAAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCA
ATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGACAAGTCAAGTTTAAGTCAATGTCAAA
TAGTTTTGTCAAGTTTCAGTCAACGTCAAATAGTTTTGTCGTAAGTCAAG
TTTCAGTTAATGTAAAAGAGCTTTGTCGTCAGTCAAATCAAGTTTCAATC
Aatataaaagttttttgttgtcagtcaagtcaagtcaagtttcagttaaa
atccgggtcataatatttgagaaaaaaaggaaaattcccaTGAAATCTTA
TAGTCACAAACAATTTCGAAGCGCtctggaagggtagagttttaacatta
gacttaagaccttaggtaggatctgaggatccaaaagtacaagaatggtc
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aaatattcgattaaatttaacaaatagcccaaaagcgactttctcgcccg
aactttaaatttaGTAAACAAGGTAATAccgaaattctcaatatattttg
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TTAATCATCAGTCAAGCCAAGTTTAGTCAATTTCaaatagttttttcaaa
attcagtcaAGTCAAGTTTTCAGTTAATGTAAAAGAGTCTATTCGTCAGT
CAAGTCAAGCTTTCAGTTAAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAATTCA
AGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTCTCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGT
CAATGTAAACTACTTTTTTCGTCAGACAAGTAAAGTTTCAGTTATTGTAA
AAGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAG
TTAATGTAAAAGAGTCTTGTCGTCAGTCAAGCCAAGTTAAGTTTCAGTCA
GAGTGGGAGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTTTCAATCAATATAAAT
GAGTCTATTCGTCAGTCGAGTCAAGTTTTCAGTTAAAGTAAAAGAGTTTT
GTCGTCAGTCAAGTCCAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTATCGTCAG
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AAGTTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCGGTCAAGTCAAGCTTA
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AAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTT
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TTTGTCGTCAGTCAAATCAAGTTTCAATCAATATAAAAGGTTTTTGTTGT
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aaaaaaaggaaaattcccaTGAAATCTTATAGTCACAAACAATTTCGAAG
CGCtctggaagggtagagttttaacattagacttaagaccttaggtagga
tctgaggatccaaaagtacaagaatggtccaatagcgCTTAGAATATatc
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aaatagcccaaaagcgactttctcgcccgaactttaaatttaGTAAGCAA
GGTAATACCGaaattcccaatatattttgaccgagagtGTAGAGTAAAAG
AGTTTTGTCGTCTTTAAGTTTGAAATTGTTTAATCATCAGTCAAGCCAAG
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TAGTTTTCTCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACTACTTTTTT
CGTCAGACAAGTAAAGTTTCAGCTATTGTAAAATAGTTTTGTCATCAGTC
AAGTCGAGTTTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTA
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GTCTTGTCGTCAGTCAAGCCAAGTTAAGTTTCAGTCAGAGTGGGAGAGTT
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TCAAGTTTTTAGTCAATGTAAAATAGTTTTTTCGTCAGTCAAGTCAAGTT
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TGTAAACGACTTTTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTCAGTTATTGTAAAAG
AGTTTTGTCATCAGTCAAGTCGAATTTCAGTTAATGTAAAAGAGTTTTGT
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TGTCGTCAGTCAAGTCAAACTTCAGTcaaagtaaaataattttgtcgTCA
GTCAAGTCAGGTTTCAGTCAAAGTAAAGCAGTTTTGTTGTCAGTCAAGTC
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GTTTTTTCGTCAGTCAAGTCAATTTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTGT
CGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACGACTTTTTTCGTCAGACA
AGTCAAGTTTCAGTTAAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCCAGT
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AATGTAAAATGGTTTTTTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTCAATGTCA
AATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACGACTTTT
TTCGTCAGACAAGTCAAGTTTCAGTTAAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAG
TCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTC
AAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTT
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AGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAA
GAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000379:259598..265002- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00021202 ID=TCONS_00021202|Name=TCONS_00021202|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5405bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000379:259598..265002- (Clytia hemisphaerica)
TGTCATCTGTCAAGTCGAGTTTAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCAATAAAAA
AGACTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTAGTCAGAGTAATGGACTTTTT
TCATCAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAGGTCAGGTCAGAGGTCTCAT
TTAATGTAAGAGTTTTTTATTGTCAACCAATTCATTGTTATAAATTTTGT
CGTACTAAAGTTTAAGTTCATGTAAAATAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCG
AGTTTAGTCAAGTCGAGTTTCAGTCAATGAAAAAGACTTTTGTCGTCAGT
CAAGTCAAGTTTAGTCAGAGTAATGGACTTTTTTCATCAGTCAAGTTAAG
TCAAGTCAAGTCAGGTCAGGTCAGAGGTCTCATTTAATGTAAGAGTTTTT
TATTGTCAACCAATTCATTATTATAAATTTTGTCGTACTAAAGTTTAAGT
TCATGTAAAATAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCGAGTTTAGTCAAGTCGAG
TTTCAGTCAATGAAAAAGACTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTAGTCA
GAGTAATGGACTTTTTTCATCAGTCAAGTCAAGTCAAGTCAGGTCAGGTC
AGAAGTCTCATTTAATGTAAGAGTTTTTTATTGTCAACCAATTCATTGTT
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CGAGTTCAGTCAATTCGAGTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTGTCGTCA
GTCAAGTCAAGCTTTCACTTAACGTAATAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGT
CAAGCTTAGTCAGATTAAGGGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTCAAG
TCAAGTCAGTCTCATTTAATGTAAAGGTTTTTTCTTGTCAACCAATTCAT
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AAGTCGAGTTCAGTCAATTCGAGTTTCAGTCAATGTAAAATAGTTTTGTC
GTCAGTCAAGTCAAGCTCTCACTTAATGTAATAGAGTTTTGTCGTCAGTC
AAGTCAAGCTTAGTCAGAGTAAGGGATTTTGTCATCAGTCAAGTCAAGTC
AGTCTCATTTAATGTAAAGGTTTTTTCTTGTCAACCAATTCATTGTTAGA
AATTTTGTCGTAATAAAGTTTAAGTTCATGTAAAATAGTTTTGTCGTCTG
TCAAGATGTTTATTTGATGTAAGATTTGAATATCAAGTTTCAGTCAGTGG
CAGACTCTTTACTGGCAGTCAAATCAAGTTTCAGTCATAGTCAATTTCAA
ATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCATAGTCAAGTT
TCAGTCATAGTCAATTTCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGTTTC
AGTCATAGTCAATTTCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGCTTAGG
ATTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTC
GTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACGATATTTTCGTCAGACAAG
TCAAGTTTAAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGTTT
CAGTCAATGTCAAATAGTTTTGTCGTCAGACAAGTCAAGTTTAAGTCAAT
GTCAAATAGTTTTGTCAAGTTTCAGTCAACGTCAAATAGTTTTGTCGTAA
GTCAAGTTTCAGTTAATGTAAAAGAGCTTTGTCGTCAGTCAAATCAAGTT
TCAATCAATATAAAAGTTTTTTGTTGTCAGTCAAGTCAAGTCAAGTTTCA
GTTAAAATCCGGGTCATAATATTTGAGAAAAAAAGGAAAATTCCCATGAA
ATCTTATAGTCACAAACAATTTCGAAGCGCTCTGGAAGGGTAGAGTTTTA
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CGCCCGAACTTTAAATTTAGTAAACAAGGTAATACCGAAATTCTCAATAT
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GTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTAAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTC
AATTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTCTCGTCGGTCAAGTCAAG
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TGTTGTCAGTCAAGTCAAGTCAAGTTTCAGTTAAAATCCGGGTCATAATA
TTTGAGAAAAAAAGGAAAATTCCCATGAAATCTTATAGTCACAAACAATT
TCGAAGCGCTCTGGAAGGGTAGAGTTTTAACATTAGACTTAAGACCTTAG
GTAGGATCTGAGGATCCAAAAGTACAAGAATGGTCCAATAGCGCTTAGAA
TATATCCTGGAAGTCTATAAACTCCTCCCGAATTGAAATATTCGATTAAA
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AAGTTTTCAGTTAATGTAAAAGAGTCTATTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTT
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GTCAAATAGTTTTCTCGTCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACTAC
TTTTTTCGTCAGACAAGTAAAGTTTCAGCTATTGTAAAATAGTTTTGTCA
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GTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTTAAAGTAAAATAGTTTTGTCGTCA
GTCAAGTCAAGTTTTTAGTCAATGTAAAATAGTTTTTTCGTCAGTCAAGT
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TAAAAGAGTTTTGTCATCAGTCAAGTCGAATTTCAGTTAATGTAAAAGAG
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TTCAGTCAAAGTAAAGCAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAACTTCAGTCA
AAGTAAAATAATTTTGTCGTCAGTCAAGTCAGGTTTCAGTCAAAGTAAAG
CAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAACTTCAGTCAAAGTAAAATAATTTTG
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CAAGTCAAGTTTCAGTCAATGTCAAATAGTTTTTTCGTCAATCAAGTCAA
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AAAATAGTTTTTTCGTCAGTCAAGTCAATTTTTCAGTCAATGTAAAATAG
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TCAGTCAATGTAAAATGGTTTTTTCGTCAGTCAAGTCAAGTTTTCAGTCA
ATGTCAAATAGTTTTGTCATCGGTCAAGTCAAGCTTAGTCAATGTAAACG
ACTTTTTTCGTCAGACAAGTCAAGTTTCAGTTAAAGTAAAAGAGTTTTGT
CGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGT
CAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCA
AGCTTTCAGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTC
AGTTTAAGTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAA
GTAAAAGAGTTTTGTCGTCAGTCAAGTCAAGCTTTCAGTTTAAGTAAAAG
AGTTT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00021202-exon-sc0000379-1575043694:264867..265002 | TCONS_00021202-exon-sc0000379-1575043694:264867..265002 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021202-exon-sc0000379-1575043694:259598..264410 | TCONS_00021202-exon-sc0000379-1575043694:259598..264410 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021202-exon-sc0000379-1510915933:264867..265002 | TCONS_00021202-exon-sc0000379-1510915933:264867..265002 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021202-exon-sc0000379-1510915933:259598..264410 | TCONS_00021202-exon-sc0000379-1510915933:259598..264410 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021202-exon-sc0000379-1491911889:264867..265002 | TCONS_00021202-exon-sc0000379-1491911889:264867..265002 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00021202-exon-sc0000379-1491911889:259598..264410 | TCONS_00021202-exon-sc0000379-1491911889:259598..264410 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000379 | supercontig | sc0000379:259598..265002 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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