TCONS_00021493 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00021493
Unique NameTCONS_00021493
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2808

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00021493 ID=TCONS_00021493|Name=TCONS_00021493|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2808bp
CAATGATTGACAtcatgatataacatagtttgtatattataaaacgtaat
atgttgcgcGGCGGAAAATAGAGTCTGAGACAACATCTACCCCCGAAAAA
Aactcccgtcttcacgtttgttcctcttagatgaaactcgtcttagacta
tagcatagtctagttTCAACCTTTTTGATTTAAACTACTTTTCTGGATTT
TTTACAGAACGGATTTCCACGTTGCGTTACAACGACCATGTATTGTAACG
AAGTTTGGCTTGATTGGTTTGATGGTTTTAATTTCTCTTATCGTAGGGGG
GGGTCCAAAATtacactttttgagtttaaccgtcttttttaaattaattt
ttcatgttgattCAGAATTATAACTCCTTTCAAATACAATGATTCCGTAC
CCATTGCACATTGAAAAGTTGATAATTGTTTTTAGGAAAGCCTTAATTAT
TTAAGGTtaagttaaaattaaaatcacTAGGCTATGTAGATAGCTAATTC
ATTTTTCTTGACGAATACAGGGTTCATTCATTCTCCTTGACGAATACAGG
GTTCAtccattttccttgaggaatacaagGTTAATCTTTTCTCCTACAGG
GTCCATCCATTTTCCTAGAGGTATACAgggttcattcattttccttgagg
taTACAGGGTTCAtccattttccttgaggaatacaagGTTAATCCTTTTT
CCTACAgggttcattcattttccttgaggaatacagggttcatccatttt
ccttgaggaatacaggttTCATCAATTTTCCTTGAGGTATACAgggttca
ttcattttccttgaggaatacagagTTCATTTTATTCCTTGACGAATACA
GGGTTCGtccattttccttgaggaataaagggttcattcattttccttga
ggaatacagggtacattcattttccttgaggaatacagggtacatccatt
ttccttgaggaataaagggttcattcattttccttgaggaatacagggta
cattcattttccttgaggaatacaagGCTCGTCTATtctccttgaggaat
acagggttcatggaatttttcatataattttaattcaaaattttaatcaa
cTTCTCAAAGAACCCTTGTTTGAACAGACAGTCATATTTGTAGAAGTCCT
TAATAATTAACACCAATAATATTGTAATTAAATCAACAGCTTAAAGgtct
aatttatttttaaaaagcattagTTCATCAAATCAAGCAAGTACTTAAGG
GATTGATAAAACAATAGCGCCTTTCGATTGGTTCGATAAACAACTATTTG
AATGTAGGATTTTCAGATTCTATCTATTCGGTAAAAGGTCTATACATCCT
TATGATTTTCATTGTAACTTATCCTTCTGAACGATGATATACGGCATGTT
AAAGCCAATATCACTTTTGAATGTCCAATGCGGATAATCATTGCATTTGG
AAGAAGTTTACTAGCTCAGgatatttttaacaatttgatttttgattttt
acaacTTTGATTATATTCTAAGCAGACAAATTAAATGCAGCTCAGTCCAT
GGGGTTGGATCAGTGGATAAAGTACTCAAAACTCTTTGTAATAAGGAATG
TATAACCAGATGTTTTGATAAATGGAATCCAAGTACAAGAATCtcctttc
aaaaatattgatttttgcaCATTTTTAGTAGGGTAGGATATACGCAAAAA
CCGATTTGAAATTCGGAATCAACATGAAAATCTGATCTAAAACAAGTTgt
tatcattaaatttttcattcaaagcTCATTCAAATTcgaacattttcaaa
ttatcaattttccttGGTTTCAAAGATTTTAGTATAAAAAAACAGCCTCC
CATACCAGGCCAAGGGTGAGAGCTATGACAAAACGAAtttcaaattcgga
atcagcatgaaaaactgatttaaaaaagatatcacGTCACTAGAAAGCta
ttcaaaatggaaaatttcaaaaacattgacTTTTGGCGGTCTTGGACGGT
TTTCTGAAAAAAGAGATCTCTGGTAGCCGCCCAGGGGTAAGAGATATGGA
AAAACGGATTTTGAATTCGGCATCAGcatgaaaaatcaatttaaagaaga
tggttaaacataaaaatgtcctttttcaatcatttttggaCCCCCCCCCT
ACATCGCTTTATTTAGCTATTCCATATATATTTGTACGCTTACAACCTAA
ATAAGATAACATTAAGGGTAAAGGCTTTACTGGCAAACTGTCGAAggtat
tgatttttttaatatactTAAAAGCACTTTCACTTGATATTCCCTTTTGT
GGGAAATATTCTTTACCCCCTGAATATCTACTACCCTCATAGGCGGTTTT
ATACCATATCGAACTTATCAGAATGAAGAGATTTGTTatcgtaatttcat
tgtctttttaaCGAGGGTTGCACttcttcgcatgtttccgacgtagttgc
tctattgtcttaaaatCCGTCAGTGGCCTGTTGGGTGaaagttttttgta
aaaaagacaGGGCTTTGAAGACACATTCTCACTGGCTATTAATATCTGGT
GGTGAAATCGACTCGTGCTGGCTAATTGCTCTGTTATTAATAAAAATGCC
CTCTTTTCTCCTAATAAGTTTGGTGGGGGGACCCACCATGAAATAATGAA
TACACAATAAATGAAATACACAAGAAGCACTTAATTTTTAGAAcgataaa
atgtaatttttgatAATCAAAATAATCTAGAATCCGCGTGTCTATGTAAA
TACAATTAttttaatttgtaaataattAACTAAATTTGGAGATTCTAATA
TGGTAATA
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000388:175259..178066+

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00021493 ID=TCONS_00021493|Name=TCONS_00021493|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2808bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000388:175259..178066+ (Clytia hemisphaerica)
CAATGATTGACAtcatgatataacatagtttgtatattataaaacgtaat atgttgcgcGGCGGAAAATAGAGTCTGAGACAACATCTACCCCCGAAAAA Aactcccgtcttcacgtttgttcctcttagatgaaactcgtcttagacta tagcatagtctagttTCAACCTTTTTGATTTAAACTACTTTTCTGGATTT TTTACAGAACGGATTTCCACGTTGCGTTACAACGACCATGTATTGTAACG AAGTTTGGCTTGATTGGTTTGATGGTTTTAATTTCTCTTATCGTAGGGGG GGGTCCAAAATtacactttttgagtttaaccgtcttttttaaattaattt ttcatgttgattCAGAATTATAACTCCTTTCAAATACAATGATTCCGTAC CCATTGCACATTGAAAAGTTGATAATTGTTTTTAGGAAAGCCTTAATTAT TTAAGGTtaagttaaaattaaaatcacTAGGCTATGTAGATAGCTAATTC ATTTTTCTTGACGAATACAGGGTTCATTCATTCTCCTTGACGAATACAGG GTTCAtccattttccttgaggaatacaagGTTAATCTTTTCTCCTACAGG GTCCATCCATTTTCCTAGAGGTATACAgggttcattcattttccttgagg taTACAGGGTTCAtccattttccttgaggaatacaagGTTAATCCTTTTT CCTACAgggttcattcattttccttgaggaatacagggttcatccatttt ccttgaggaatacaggttTCATCAATTTTCCTTGAGGTATACAgggttca ttcattttccttgaggaatacagagTTCATTTTATTCCTTGACGAATACA GGGTTCGtccattttccttgaggaataaagggttcattcattttccttga ggaatacagggtacattcattttccttgaggaatacagggtacatccatt ttccttgaggaataaagggttcattcattttccttgaggaatacagggta cattcattttccttgaggaatacaagGCTCGTCTATtctccttgaggaat acagggttcatggaatttttcatataattttaattcaaaattttaatcaa cTTCTCAAAGAACCCTTGTTTGAACAGACAGTCATATTTGTAGAAGTCCT TAATAATTAACACCAATAATATTGTAATTAAATCAACAGCTTAAAGgtct aatttatttttaaaaagcattagTTCATCAAATCAAGCAAGTACTTAAGG GATTGATAAAACAATAGCGCCTTTCGATTGGTTCGATAAACAACTATTTG AATGTAGGATTTTCAGATTCTATCTATTCGGTAAAAGGTCTATACATCCT TATGATTTTCATTGTAACTTATCCTTCTGAACGATGATATACGGCATGTT AAAGCCAATATCACTTTTGAATGTCCAATGCGGATAATCATTGCATTTGG AAGAAGTTTACTAGCTCAGgatatttttaacaatttgatttttgattttt acaacTTTGATTATATTCTAAGCAGACAAATTAAATGCAGCTCAGTCCAT GGGGTTGGATCAGTGGATAAAGTACTCAAAACTCTTTGTAATAAGGAATG TATAACCAGATGTTTTGATAAATGGAATCCAAGTACAAGAATCtcctttc aaaaatattgatttttgcaCATTTTTAGTAGGGTAGGATATACGCAAAAA CCGATTTGAAATTCGGAATCAACATGAAAATCTGATCTAAAACAAGTTgt tatcattaaatttttcattcaaagcTCATTCAAATTcgaacattttcaaa ttatcaattttccttGGTTTCAAAGATTTTAGTATAAAAAAACAGCCTCC CATACCAGGCCAAGGGTGAGAGCTATGACAAAACGAAtttcaaattcgga atcagcatgaaaaactgatttaaaaaagatatcacGTCACTAGAAAGCta ttcaaaatggaaaatttcaaaaacattgacTTTTGGCGGTCTTGGACGGT TTTCTGAAAAAAGAGATCTCTGGTAGCCGCCCAGGGGTAAGAGATATGGA AAAACGGATTTTGAATTCGGCATCAGcatgaaaaatcaatttaaagaaga tggttaaacataaaaatgtcctttttcaatcatttttggaCCCCCCCCCT ACATCGCTTTATTTAGCTATTCCATATATATTTGTACGCTTACAACCTAA ATAAGATAACATTAAGGGTAAAGGCTTTACTGGCAAACTGTCGAAggtat tgatttttttaatatactTAAAAGCACTTTCACTTGATATTCCCTTTTGT GGGAAATATTCTTTACCCCCTGAATATCTACTACCCTCATAGGCGGTTTT ATACCATATCGAACTTATCAGAATGAAGAGATTTGTTatcgtaatttcat tgtctttttaaCGAGGGTTGCACttcttcgcatgtttccgacgtagttgc tctattgtcttaaaatCCGTCAGTGGCCTGTTGGGTGaaagttttttgta aaaaagacaGGGCTTTGAAGACACATTCTCACTGGCTATTAATATCTGGT GGTGAAATCGACTCGTGCTGGCTAATTGCTCTGTTATTAATAAAAATGCC CTCTTTTCTCCTAATAAGTTTGGTGGGGGGACCCACCATGAAATAATGAA TACACAATAAATGAAATACACAAGAAGCACTTAATTTTTAGAAcgataaa atgtaatttttgatAATCAAAATAATCTAGAATCCGCGTGTCTATGTAAA TACAATTAttttaatttgtaaataattAACTAAATTTGGAGATTCTAATA TGGTAATA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_012053XLOC_012053Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00021493-exon-sc0000388-1491911889:175259..178066TCONS_00021493-exon-sc0000388-1491911889:175259..178066Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00021493-exon-sc0000388-1510915933:175259..178066TCONS_00021493-exon-sc0000388-1510915933:175259..178066Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00021493-exon-sc0000388-1575043694:175259..178066TCONS_00021493-exon-sc0000388-1575043694:175259..178066Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000388supercontigsc0000388:175259..178066 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.482475 0.360446 0.412808 0.406716 4.64936 3.83021 2.83357 3.43655 1.65797 1.50015 1.21732 1.5996 0.46297 0.356064 0.45811 0.277965 0.577648 0.332412 1.05002 0.898007 1.52017 1.48479 0.404747 0.617835 0.613553 0.795206 1.63025 1.39464 0.578032 0.655306
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00021493 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
back to top