TCONS_00022159 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00022159
Unique Name	TCONS_00022159
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3101

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000406:186854..198407+

transcript sequence

>TCONS_00022159 ID=TCONS_00022159|Name=TCONS_00022159|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3101bp
TTTCAGAAAAGTAGAATTAAATAGAAAGAGTTTACAACAAAAAATGAGGC
ATTCTTGCCTCCTGTTACTTTTATTTGTTGTTTCAACAAATTGCCGATAC
TATTTGGATGACAGTAATAGAGACTATTTAGCAAATCTTATAAATCAAGA
AAGATTTCGTGATAGCAGACAGGATTCCTATGACTATGATTACCAACGAT
ACAACAATGACTACACACAAAAAAGAAACGACTTCAGTAGTACCAGAAAC
AAATTTATGAATATTTTGTCAGACATACTTGAAGCACGAAAAGAGGAAAA
TGGATTACACCATGCTGCATCAGTTGTTGAACAACAACACACACCGTCAG
CTCAAGAAAAATCCAATATAAAAAAGCCAGATGTAAAAAAACATAAACTG
CTGATGCCAGGGGTTTCTCCACAAAAGcCTGATACCTATTTATGTTATGC
GCAAAAGATGTCGGATGATGACCAGTACATCActAAATTTGAACCCTTAG
CAGATATGAAAGTTGCACATCATATGTTGCTGTTCAGTTGTGACGAACCA
TTTCAAAAAGACAAAGTTTGGGGATGTAGAGAAATGGCTCCAGTCTGTAA
GAGTGGAATGCAAATGATCAAGTATGCTTGGGGAAAGAATGCACCTTCTT
TGGAAATGCCCAAAGATGTTGCGTTTCATGTTGGTGGAAAATCTCCTGTG
AAATATTTGGTTTTACAAGTTCATTACCTCAATGTTGACAGCTTCAAAGA
TGGAAAGACTAAAGATCATTCTGGTTTGATTTACACCACAACTACACAGA
AGCCATCATATTTTGCTGGTATCTACCTGCTTGCTGCTGGATGGCCACCT
ATTCCACCGCATAAAGACAAATTTCATATGGATATGGAGTGTGGTTATAA
AAGTTCCAAACAGATGAAGATTTATCCTTTCAGGTTTCGTGTACATGCTC
ATAAGCTAGGTGCTGTTATCACTGCCTATCGCGTACGAAATGGCAAATAC
ACACTCATTGGGCGAGGAGATCCTCAAAGACCGCAGGCATTTTACAAAGT
GGACAATGATTTGGACATTAAAGATGGAGATGATGTGATTGGAAGATGTA
CTTTTAACTCGACGTCCAGGGATACTGTCACTAATATTGGTGCCACACAC
AAAGATGAAATGTGTAATTTCTACATTATGATGTTCTACAAGGCAGATTA
TGGTGATCAAAACCCAGGGTGCATGCAGACCACGGATTCATTCAGTTACC
CGGACGATTCTGACGTCACTCTCGCTGAAATGGAACGCAAAGGATCTATG
TATCTTCATGAACATTCATTCAAAGAGGTTGATGGTTGGCCTAAAGGTTT
GAAAGCTGGTCAAGTTGGTCAAATTGCCGGCGTCGAAGTAAACAAGGATC
ATGTGATCATTTTCCATCGTGGTGGACGAAAGTGGGATCAAAATTCTTTT
GATGCTCAAAACAAGTTGGCGTCAGCTCTTCAGGAACCAATTTCTGATGA
CACATTAGTGTGGTTGGATCGCCACACTGGTGAATTCGTCAAATCCATGG
GTGCTCATTTATTCTACATGCCACACGGCATCACGTTGGACCAATCGGGA
AACATCTGGTTAACTGATGTCGGAGCCCACCAGGTGTTCAAGTTATCACC
AGAAGGGAAAGTATTGTTGGTGGTCGGTGAACGGTTTGTACCAGGAGATG
ATGgcaaacatttttgtaaaccaacCGATGTCGTTGTTGTCCAAGAAACC
GGAGAATTCTTTGTCTCAGACGGGTATTGTAATCAACGAGTTGTGAAGTT
CGATAAAACTGGCTCCAAAATGCTGATGGAAATATCGCCCAAATCAATCA
GTCATTTGAATCCACCTTCCATGCGGATCGTACACAGTTTGGCTTTCGAT
GAAGAAAACAATCGCCTGTACGTCGCTGATCGAGAAAATAATCGAGTCCT
GGTTTTCAACTCCCAAGATGGTGACTACGTTTGGCAGATTGCATTTAAAG
AAGCAGTATACGCTGTAGCTGTCAATAAGAAAGATAATGTCCTGCACGCT
GTAACGACTAATTATGTAGACCCAAAGAAGACATCAGGATACACTTACCA
TTTGAAATCCAAATCATTTATCACAACTTGGAAGCCTCCTGctGGCTTCG
GACGTCCTCATGATTTGGCAGTCAGCAAGGATGATAATGAAATTTACGTT
TCAGAGATTGGACCTAACAGAGTGATTAAGTTTGCTTCCAAACAAGCCCA
GAAGACTAGACCATAATGGAATCCAGGAGTAGAGGGAGAGGCTGGAAGAG
ACAATGCAAGTTCGGTTTTCGATTGGAATATATTTATGGGTAGATTAATG
CATTTGGGATTCTCAACATTAGGCTTGTCGGCTGACGTAACAAATGACCA
TGGTTATTTGAAATTCGGCTGCCGGCAAAATTGCACTAAGTTTTCTATCT
GCAACTAATATTTTGGGTGTGTAACTTTGTAATGGGTATCTTATGTTTGT
GGGTGGGTCATTATTACCCCTTTTTATTGACTCTTatgtttgaaatcaat
tttcagatttttagttttttttcagcatttttgacctttttttgcaTTAC
TGGCAGATTTTTAGTATCCATTTATTTTAGTATTTATTTCTTAAGATAAA
ATCGATCGTTCATAATAGTTATGATTACGTCATCAAGAATTCCAAAAGAA
ATATTTGTGTAGAACAGCCATGGATCCTAAAAAGATTAAGTTCCTTTTGT
TCCTTTTCTGCTGTCGAATTCAATCAGATATAACCGaaggctagagagga
atctttaacctttcctaGACAAGTAAAATTGATGCTTTGGATGTGCGTCT
GACTTCTTTCCTTTGTTTTCCTTCATACTTTTGTTTCGAATTCTGATGAT
GAGTGTCACGCATATAAGATACGACCCTCGCCCTCGTCTATATCTTGATG
GTTGAACTGCACTAAAGGCATAACACTAACAGTTAAATCTCTTTAAAGCC
TTTCACCAGATAATATTATAACCAACCAGAATTTGTAAATATTAATTGGG
CATtattatttttagtaacagaaaTATATGGAGAAAATAACTTGACTTTT
C

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000406:186854..198407+

Legend: exon

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>TCONS_00022159 ID=TCONS_00022159|Name=TCONS_00022159|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=11554bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000406:186854..198407+ (Clytia hemisphaerica)
TTTCAGAAAAGTAGAATTAAATAGAAAGAGTTTACAACAAAAAATGAGGC
ATTCTTGCCTCCTGTTACTTTTATTTGTTGTTTCAACAAATTGCCGATAC
TATTTGGATGACAGTAATAGAGACTATTTAGCAAATCTTATAAATCAAGA
AAGATTTCGTGATAGCAGACAGGATTCCTATGACTATGATTACCAACGAT
ACAACAATGACTACACACAAAAAAGAAACGACTTCAGTAGTACCAGAAAC
AAATTTATGAATATTTTGTCAGACATACTTGAAGCACGAAAAGAGGAAAA
TGGATTACACCATGCTGCATCAGTTGTTGAACAACAACACACACCGTCAG
CTCAAGAAAAATCCAATATAAAAAAGCCAGATGTAAAAAAACATAAACTG
CTGATGCCAGGGGTTTCTCCACAAAAGGTAAGTAAACATATTTGTTGTCT
ATCTCTTCTCTTActaatttcaagaaaattcaaaatatttctatgTGTAA
TCATTTATTCTTCATACTGTCATTCTTGCTTAAACTTGTGTGATGTATTG
CCAAATTTGTTAATTATCGCattgctcaaaatttaaaattcagtAGCTAT
TTTATCGATGTATTTTgtgtattttgttgtttagcCTGATACCTATTTAT
GTTATGCGCAAAAGATGTCGGATGATGACCAGTACATCAGTAAGTTTATT
GGCATGTTATTACTATCaactttattcaattttttcaaacttatcaaaTT
ATAGCAAGGCTTTGTCTTTCAAAAGTGTTACAGGGATAcagttcttttta
ttttgactttctCCTCAGAATCTAGGCtgttttatgaaaaacaatTGATA
TTCTTTATAttcttttcgttatttttttcagctAAATTTGAACCCTTAGC
AGATATGAAAGTTGCACATCATATGTTGCTGTTCAGTTGTGACGAACCAT
TTCAAAAAGACAAAGTTTGGTAAGAGAGAACTGACATGATTGTGTTTTCT
GTAAAAGTTGATAATTTAATAATTACTAAGATAAAGGAAAGGGTCCTTAG
GCTGGGTATCGTAATATatgatcaaaattaaaaattacaataaagaaaat
tatgatCTATGATTTTTCCTCAAAAACTTTTTGGACCTCCCCGCTGTCca
tttgtccgtccgtccgttcgttaccaacttttctccagattggctcgtta
gttttttctgattttttgcacaaagatgcataactataaaccctcgaatg
tgacggagcccgattttcgggaaaaaaattttttgggcaaatttgggcca
aaaacaggttttttgaactttgcaaaaaattggatcattaattttttctg
tttttggacctacctccgggtaccccggtggaggtcctataaattaacct
gtgtccgtccgtccgttcgttcgtccgtctgttacccacttttctcgaga
ttggctctttagttttttctgatttttggcacaaagatgcaaaatggcaa
tgcccaaaatgtgacggagccccattttcgaaaaaatatatatttgggca
aatttgggccaaaaactgcctaaaaatagggtttttctgattttttgtac
aaagatggagggcaagattctctaaagaatgactgaagtggtttttccca
gaaaattcttattcaccttaaaagacggattttcgtattttggggaaatt
ccctttaaccaaataagaaaatttagcttttctcaatgttgactcgtgat
tttgttctgattttttgcacaatgatgcaaaatggcaatgcccaaaatgt
gacggagccagatttttaaggaaaatttttttgggcaaatttgggccaaa
aactgcttaaaaatagggttttttgggcctgaatggtttaagtgatttcg
tatttggggaaattcctttttaccattttacattactCAACACAAGCgct
atttttccattctgaatttttgtacaattaccgtcacttttttcttattt
tcatctgatgttaatcattaggtaggtccattcagcatgttgcttgtttt
gcatgaaagtagggtaccatcataggtaaaagatggcttaagcagatttt
agcaaaaagattttgttggctcaaaaaacgcatgtttatctataagaatc
actattactaagcatacatcaatgttcttagtcaaattactcaatttttt
tatgagatagatgttttttttgttcgcgagggcttacttttaaagaatat
gtgtgtttagacatgaaattttgttgcttggcgtgtttttatagaaaaac
tggccaaattcgatatttttttataagcacattatcaattacttaggtat
aaGCTCTTTTCGAGATTGGctgtttcattctttatgattttttgcacaaa
gatgcataactataaaccttcaaatgtgacggagctcaatttttggaaaa
acggctaaaaaaaggttttttggatttgtgaaatattgaatcattgattt
tttgcatgaaagtaggtaaaagatggctcaagcagatttttgtaaaaaaa
gaatttttcagctcaaaaaacgcatctttatttataagaatcactattaa
taagcatacatcaatgttcttagccaaattactgaatttttgttgagata
tgttttttttgctcacgaagtcttgaatatacaagaatattttaagagca
tgaaattttggtttctaaatgtttttttataagaaataaatgactaattt
taatagatcgtcactatttgtgttctgaatgattgtttaatggtcacgct
cacgtagatatcaattatatatgtgttaaatgcataaccaggtaggtcca
taaaagtatcacttgttctgaATGAAAATCAGCCTTCCTTTTTGGACTTA
TCTTAGCTCATCCGTctgtttgtttaatttttacaatTGATTACCGAAAT
ATCAGAtcataatattttttatttttgtttaatagGGGATGTAGAGAAAT
GGCTCCAGTCTGTAAGAGTGGAATGCAAATGATCAAGTATGCTTGGGGAA
AGAATGCACCTTCTTTGGAAATGCCCAAAGGTAAGAAAGTggaattacat
gtttttctgGATGATTTGATTTGTTCGTCCATCCTGAGTGCtcttttatc
tttatttcaCTTATACAACTAACCAAGTATTTATGCAGAAAAAATGATTC
CAACCAATTATTAACGCCTAATTGAAAAGGCTCGGTTTTCGAAAATTACA
AtggctaaaattttgtttagcAGTTATAATGGGCTTTTCAAGAAGaaaaa
ttttacccccactgtttaggatattgatttttcgaagtatcgaaccccct
ggatatcctactttattagtaaagaccccctggatatccactcttaaaaa
tatgctcaaccccctggatatcctactttattagtaaagaccccctggat
atccactcttaaaaatatgctcaaccccctggatatcctctctcataaag
atgcttacccactggatatcatattttttacttgaaaagacactttactg
gatatccgatatcctcaacaggggggggcacgaactatttctggaaaagc
ccaattagTGTGAGGTAACCAATCtgtatttaaaaattgaaaaaatattg
agtAGTTATATAAGTGTAACTGTGCTTTGTAGTTTGAGGTGATTTACTGA
TAGAAATTTTTAGCAGGGAAATTCGAACAGAATTTACTTTTGCAATTTGA
TATTTTGAACCAAATATTATTCTCTTTTTAACCTTCTTGTATTTTATCTG
TTTATCAGATGTTGCGTTTCATGTTGGTGGAAAATCTCCTGTGAAATATT
TGGTTTTACAAGTTCATTACCTCAATGTTGACAGCTTCAAAGGTATTTAT
TCTTCATATATGACCTGAATGGCAAGGCTCAAAATCTATTACAGAGAGAG
TTTTCTTTAGCCATACTTCTTATAAGGAAAAAACACgctgttataatttt
ttttgcatgtgATTACATAATTTTTCAGGTAGCAGTGGTACATGCTAAAT
AAACTTCGATTTGTTTACCTTCACATTAATTTATAGTGCTTTCAAAAGCA
GATTTTTCAATTACATGTCAGGGAAAATGAAATCTGAAGGGAAGCTTCTT
GGTATTAACTAATAGTGTTTTATGATTTTAGATGGAAAGACTAAAGATCA
TTCTGGTTTGATTTACACCACAACTACACAGAAGTATGTATTACCGCCAT
TACTCAGTGCTTTATTTTGCGTGAACAGTCCTTGATAATTCCtgcacaaa
ataattttttattgttatttcgAATGAAGTCATGTGCCAACTTTTAAGTA
ACAAAATCTAAATTGCTGGCTGTGATTGATGACAATTTTTAGATATCTTA
GGATCTTTGCAGAGGTGAGACATATATTATCATACAGCTTAAATTGTTCA
GTTTGTAAATTCTTTCGATGGCTTTGAAACTCTTTTCTTTTATGTTCATT
TTTCAGGCCATCATATTTTGCTGGTATCTACCTGCTTGCTGCTGGATGGC
CACCTATTCCACCGCATAAAGACAGTGAGTGATTTTCATTTGCATGAATT
tcttttcgaaaactttttgtgaGCCATAACTAATTTCCAAACAAGAGGTC
TATGAATCAATGGTAATTTTTGTCTAGAATCAATTTGCATCTCAGATCTT
TAATGGATCTAAAAAAAGAGTTTTCAATAACAATAGATACATTTTCCTGG
AATGCATGATCAAGccgttgaatttctttttataatttcaGAATTTCATA
TGGATATGGAGTGTGGTTATAAAAGTTCCAAACAGATGAAGATTTATCCT
TTCAGGTTTCGTGTACATGCTCATAAGCTAGGTGAGTTCTTATGCGATGT
GAATTTAATCAATTAAATAACTTTTAATGATGACTAAAGTTCATTCACAT
TAAGTGTGCACTAATCTTTGTATGGTTTGCCGTTTTCCAACCAATGCTCC
CTAAcatataccgttgaaaagaaaaagaaaatgaaaatgaacaatggaaa
agaaaaaatgaactttctaTTCTTTGCAGATATTTAATTTTTGGAACATC
CTGATCTCAGCTATACAGTTATCTTTCCCAAGAAGTTGCATCAAAGATCG
AAAAACCTCGTTTCTTGCTGTTTAAGTCCAAACGGGAGATGAATTCCTTA
AATTGGTTGAAATAGAACTATTGCTGCAATTGCAAAACAAAGTTATGAAT
TTAATTAACTTCTTTTCCATTTCAATCATTGAGAATGATAGTACATTTTT
TCTACTTTAGGTGCTGTTATCACTGCCTATCGCGTACGAAATGGCAAATA
CACACTCATTGGGCGAGGAGATCCTCAAAGACCGCAGGTGATGCTTTGTT
ACTTCAACAACAAATCGTTTTAAACATATCAGTAATGTTTCGTTTATATC
TTCATTTACATTATGTAACCTATTACCTTACCAGCGAAGAATTTGCTCGG
TGATAAAATTAGTATTAACGAAATTATTGCCAATGAGGTTGTAAAGCCCA
TTATTTGTAAAGTCATATATCGCCTCTTGAGTGCTCTATGGTCCTTGTTC
CTACTTAACATATTCAATCCAAAACTAGTGAGGTGTGACTGCCAAACGCG
TCCAATAATTCTTAGttgcattgaaaaaaacatgaaataaggtaaaaaag
ttcttaaatgCTTGAGGTACATTCTATGGCGAAAAAGCACCTGTGTTAAC
TTACAATTACAATCTGACATTAAAAAGCTGttatttattattataattTC
AGGCATTTTACAAAGTGGACAATGATTTGGACATTAAAGATGGAGATGAT
GTGGTATGGAGGAATTTCTTTTCATAGAATCTTGCAGAaaacttgcctcg
ttttgaaactattgccatggtgattaactcccagcggattttattgaaac
tactttctattaataaaaattatttaatgtctcaagggacataatcacca
ttgtaattgtttgaatacgaggcaagtgatgttcgtgacgtaatttataa
aaaggtctattaattaagaaattaatttttttaacttgtttCAGATCTTT
TTCTATAAGATTCTATTTGAACTGTGATTTATGATTCTTCCTTCTGACTA
TGTTCCCcaagaaaatagatttttgaaaatgccacTAATGAGTTTTGTAT
CCaatgttttatattttgtatttcAGATTGATCGACGTCAAGGGATACTG
TCACTAATGAGTTTGTTGTATCCTATGTTTTGTATTTCAGATTGGAAGAT
GTACTTTTAACTCGACGTCCAGGGATACTGTCACTAATATTGGGTAACAc
tcatttgtaaaatttttccCCCATAGTTTCAGAAGGATATCAATCTACAT
TGcattattatattatttgaaTCAGCTTATTGTTATTAATGCcatatttt
tctcattttcttctCCACTTTAGTGCCACACACAAAGATGAAATGTGTAA
TTTCTACATTATGATGTTCTACAAGGCAGATTATGGTGATCAAAACCCAG
GGTGCATGCAGACCACGGATTCATTCAGTTACCCGGACGATTCTGACGTC
ACTCTCGCTGAAATGGAACGCAAAGGATCTATGTATCTTCATGGTATGTT
CTAtggaaagttttttctttacaatgATTTTCTGGCGGATTTCTGATTTT
AACTGACGTATTTGTTACTAAGATCAATCAGCTGAAACctaccaaatcaa
ataagagcttgtaaaaactccatctcgtcccagaTCAATCCATAGATAGG
TGAAATCAAAATTGAGAGACAACTTGCATTAGGCTCTTGTCATAAGTTTT
ACTGCTAATGTTAAACATTTTGATGATTATTTTTAAGATGATAAACCTAT
ATAATAACATACTCCTTCCATTCTACAAAATGCAACCAGGGTTAAGAGCT
TCTACCGTGGGACTGAAATATTTAGCTTCtgtatattttgttttgaattt
tcatttcataCCATTTGGAATATTCATTTCAGAAAAACGGTTTAAACAGA
AGATGGCGCAACTTCAAGCTAAAAGGAAATTAAAACCCAAAGGTGTCATA
AAACATAATAATTACATAAATTGATAATTTAGTTGATTTTAAGTCAGTAG
TGTAATTAATAATTATAATTTATAAATGCATAAACTCTTAACCAATTATT
TAAACTGTAAAATAATAACCTATTTAAAAATTTAAGCCTTTGTTTGTTCG
TGTTTTCTTGGTATCTTTATTGTGTGCACTTATTTTTGATAGAATGCACT
TCCTAATCAAACTTACTTATGATATttaaagggctacttagactacacaa
tatattggtgagCAATATTCGACAATGAAGTTctgttataaaaataaatt
ttctttttgtaaacaatcccactatattgcaaatcgagctgacaatatat
tgcggacaccttttcaatatattgctgGTATGCAGCAATGTactatcaat
atattgccggatAATATATTGTGTAATAAAAATGTAGCCCTTAACTTTTT
ATGGTCATTTCCAGTCCCATATATTTACAATTCCTTTGCAAATGTTCGTC
ATTTATTTACAGAAGATACAGTTAACTACAGTTAACTATTGATATCCTTG
AGAACTTCTTCCATTTCAGAACATTCATTCAAAGAGGTTGATGGTTGGCC
TAAAGGTTTGAAAGCTGGTCAAGTTGGTCAAATTGCCGGCGTCGAAGTAA
ACAAGGATCATGTGATCATTTTCCATCGTGGTGGACGAAAGTGGGATCAA
AAGTGAgaactttaaatgaaaaattcttttacaTGTAACTTTTAACGTTT
AACGTAACTTAATTTGAATTATCCAAAAACaaccaacaacaaaaacaact
ttttctcCTAAACTTCAAAGTATGTTATTACGTTAAGCCCTACCGGGTCT
TCGAACCGGATTCGAGCCTTTCCCTCGAGCCTCCATCGAGCCTTAACTTA
CAAACTTTTCTAATGATTCTCCTATTTTACATTAGTTCTTTTGATGCTCA
AAACAAGTTGGCGTCAGCTCTTCAGGAACCAATTTCTGATGACACATTAG
TGTGGTTGGATCGCCACACTGGTGAATTCGTCAAATCCATGGGTGCTCAT
TTGTAAGtctatgaaacatttttaaaagcgGAATGAGAATACCTTCTAAT
AAATAAGGGTTGGACGACTTCGAATCTACCTGTTGGAagcttgtctgtac
acaaacccaatatctacggcttatttcaaaattcattgccgtagaggcgA
TAAACGTGGGATACACTCTCGTACATAGTAGTTGAAAGCATATGCCAATG
TTAAATTTCTTTTATAGTACTTTANGGTACATAGTAGTTGAAAGCATGCC
AATGTTAAATTTCTTTTATAGTACTTTATcgaccctttttacgccggtgC
CTTTATTTACGTTGATTTTTCGTCATTATTTTTTAGGCCGGGCGTAAGGG
ATCGGAATTAAATGAGGGCTGGGTTAAAAATGGAAGAGATTGAGCTTTTG
CGTACTAaggaccggcgtaaaaaggaccATCGCTAAATacgggccggcgt
aaaaagggctggTAACGTATAACGCCCTTCGACCCTGGTTAACTGGAACC
AAATCACAAATATTTATGTTAGGAAATCACGAAGATTTCCAGTGAAATAA
TCGGAAATCATCTGAAAGATATTTTGATTGCGTGCTTAATTCTACGGTGA
TAATTCTCTTATCGACaaagtattttattttcaatcataGATTCTACATG
CCACACGGCATCACGTTGGACCAATCGGGAAACATCTGGTTAACTGATGT
CGGAGCCCACCAGGTACAATTCATTTTTGCGAACTTATCATCATAAACAA
AAACTACGTCAAGACTggcatttttttcttatttggggcaTGAACGCGCA
TTTGAAATCAaagaatatttgaaagtttgaagCTACGAAGTAATGACATT
TAATAcaattcataatatgcaccactggagagtcttctgagaacttttaa
aattttccacccaatacgtcacttgaaaaaaagaaaaagtgatgtattgg
gtggaacaaaaacagaaaagttgcataatttcgtgaagtcgttgcagtgg
ATGCACCAtgaattcaaaattatttccattgttttattTCGCAGGTGTTC
AAGTTATCACCAGAAGGGAAAGTATTGTTGGTGGTCGGTGAACGGTTTGT
ACCAGGAGATGATGgcaaacatttttgtaaaccaacCGATGTCGTTGTTG
TCCAAGAAACCGGAGAATTCTTTGTCTCAGACGGGTAAACTATTTGTTAC
CTTCATTCTATTATTGACCTTCTATTCTCAATTGAACTTGAGGAAAGCAA
GGTATTTCGACAACATTTCATATCAGAATCAATGCCAGCTGGATGGATAC
CATCTTTTTGATGATCTTCTAAATCCAACATCTTTATCTGGATGCTtcat
tggaaaatattttcgttgCTAATTTTGAAGTATCGTAAATCCTTTATATA
GACAACCCTTCATTGTTCTTGGTTTCGAACATGATGTTTTAGTCAATTTG
TTAAGTCAATTCTGTTCTCTCAATTCTCAGCATTGTAAATCTGTTTGCAC
CAATTTGTTTCTCTTTCCAGGTATTGTAATCAACGAGTTGTGAAGTTCGA
TAAAACTGGCTCCAAAATGCTGATGGAAATATCGCCCAAATCAATCAGTG
AGTTTTTCTTCTTTGCATCCTGGTTAGAGAGTATAGATACTAATATATGT
CATTTTAATCATTCGTTAGGTAACTAAGTTAACATACACAAAGCAAACCT
TCTATTAAGGCGGGGTAATATAGTGAGGCTCAATTTTGACTTTCATCCAG
GAGGTCGAGATCCCAATTCGACAGGTATTTGACATCTTCCTGTGACATCG
TACCCAAATCGTTGTGGCGTAGCTTCAGTCATAAATCTACTGATAGCGAA
TCAAGTTTTTCAATGCTTACTCTTTAGGTCATTTGAATCCACCTTCCATG
CGGATCGTACACAGTTTGGCTTTCGATGAAGAAAACAATCGCCTGTACGT
CGCTGATCGAGAAAATAATCGAGTCCTGGTTTTCAACTCCCAAGATGGTG
ACTACGTTTGGCAGATTGCATTTAAAGAAGCAGTATACGCTGTAGCTGTC
AATAAGAAAGGTGCAAATATAAATCTTCAGTTATTCAAAACTACCATAAG
AACTCTCTACTTACATTcaccgttcgttcgttcgttcgttcgttcgttcg
ttcgtttacTCAAAAGAGATACGCTGAAACTTAAAGTAACCTGTAAAACT
TAGAGATCCTTATCACAGCTGAATGAAGAATCTTTTCGTGTTTTTAGATA
ATGTCCTGCACGCTGTAACGACTAATTATGTAGACCCAAAGAAGACATCA
GGATACACTTACCATTTGAAATCCAAATCATTTATCACAACTTGGAAGCC
TCCTGctgtaagattttttcaaattagttATGAAAAGAGATTTGATCGTA
TCTTATAGTTTTAtctttaatttaatgtttctatCTTCCCTTTCAGGGCT
TCGGACGTCCTCATGATTTGGCAGTCAGCAAGGATGATAATGAAATTTAC
GTTTCAGAGATTGGACCTAACAGAGTGATTAAGTTTGCTTCCAAACAAGC
CCAGAAGACTAGACCATAATGGAATCCAGGAGTAGAGGGAGAGGCTGGAA
GAGACAATGCAAGTTCGGTTTTCGATTGGAATATATTTATGGGTAGATTA
ATGCATTTGGGATTCTCAACATTAGGCTTGTCGGCTGACGTAACAAATGA
CCATGGTTATTTGAAATTCGGCTGCCGGCAAAATTGCACTAAGTTTTCTA
TCTGCAACTAATATTTTGGGTGTGTAACTTTGTAATGGGTATCTTATGTT
TGTGGGTGGGTCATTATTACCCCTTTTTATTGACTCTTatgtttgaaatc
aattttcagatttttagttttttttcagcatttttgacctttttttgcaT
TACTGGCAGATTTTTAGTATCCATTTATTTTAGTATTTATTTCTTAAGAT
AAAATCGATCGTTCATAATAGTTATGATTACGTCATCAAGAATTCCAAAA
GAAATATTTGTGTAGAACAGCCATGGATCCTAAAAAGATTAAGTTCCTTT
TGTTCCTTTTCTGCTGTCGAATTCAATCAGATATAACCGaaggctagaga
ggaatctttaacctttcctaGACAAGTAAAATTGATGCTTTGGATGTGCG
TCTGACTTCTTTCCTTTGTTTTCCTTCATACTTTTGTTTCGAATTCTGAT
GATGAGTGTCACGCATATAAGATACGACCCTCGCCCTCGTCTATATCTTG
ATGGTTGAACTGCACTAAAGGCATAACACTAACAGTTAAATCTCTTTAAA
GCCTTTCACCAGATAATATTATAACCAACCAGAATTTGTAAATATTAATT
GGGCATtattatttttagtaacagaaaTATATGGAGAAAATAACTTGACT
TTTC

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_012427	XLOC_012427	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000406	supercontig	sc0000406:186854..198407 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
54.0887	51.9185	53.9485	50.5536	57.7458	45.3472	65.5972	76.5569	102.122	95.3455	102.534	101.623	55.1248	60.8372	38.3601	37.0821	39.1649	43.6989	94.1374	122.357	68.273	74.885	52.9618	60.9419	61.1482	65.9275	44.9773	45.0059	52.6194	58.0135

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00022159 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: AMD (Peptidyl-glycine alpha-amidating monooxygenase OS=Homo sapiens GN=PAM PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 226.868 bits (577), Expect = 2.367e-61
Identity = 120/310 (38.71%), Postives = 174/310 (56.13%), Query Frame = 2

Query:  398 LLMPGVSPQKPDTYLCYAQKMS-DDDQYITKFEPLADMKVAHHMLLFSCDEPFQKDKVWGCREMAPVCKSGMQMIKYAWGKNAPSLEMPKDVAFHVGGKSPVKYLVLQVHYLNVDSFKDGKTKDHSGLIYTTTTQKPSYFAGIYLLAAGWPPIPPHKDKFHMDMECGYKSSKQMKIYPFRFRVHAHKLGAVITAYRVRNGKYTLIGRGDPQRPQAFYKVDNDLDIKDGDDVIGRCTFNSTSRDTVTNIGATHKDEMCNFYIMMFYKADYGDQNPGCMQTT--DSF-SYPDDSDVTLAEMERKGSMYLHEH 1315
            + MPGV+P++ DTY C + ++  D++ ++  F+P A M   HHMLLF C+ P      W C E     K+    I YAW +NAP   +PK V F VGG++  KY VLQVHY ++ +F+D   KD SG+    T       AG+YL+ +    IP  +   + D+ C YK+     ++ F +RVH H LG V++ YRVRNG++TLIGR  PQ PQAFY V + +D+  GD +  RC F    R   T+IG T  DEMCN YIM + +A +      C Q    D F + P ++++ +    +   + +HEH
Sbjct:   61 IRMPGVTPKQSDTYFCMSMRIPVDEEAFVIDFKPRASMDTVHHMLLFGCNMPSSTGSYWFCDEGTCTDKAN---ILYAWARNAPPTRLPKGVGFRVGGETGSKYFVLQVHYGDISAFRD-NNKDCSGVSLHLTRLPQPLIAGMYLMMSVDTVIPAGEKVVNSDISCHYKN---YPMHVFAYRVHTHHLGKVVSGYRVRNGQWTLIGRQSPQLPQAFYPVGHPVDVSFGDLLAARCVFTGEGRTEATHIGGTSSDEMCNLYIMYYMEAKHAVSFMTCTQNVAPDMFRTIPPEANIPIP--VKSDMVMMHEH 361

HSP 2 Score: 194.126 bits (492), Expect = 1.404e-50
Identity = 113/315 (35.87%), Postives = 174/315 (55.24%), Query Frame = 2

Query: 1367 GQIAGVEVN-KDHVIIFHRGGRKWDQNSFDAQNKLASALQEPISDDTLVWLDRHTGEFVKSMGAHLFYMPHGITLDQSGNIWLTDVGAHQVFKLSPEGK--VLLVVGERFVPGDDGKHFCKPTDVVVVQETGEFFVSDGYCNQRVVKFDKTGSKMLMEISPKSISHLNPPSMRIVHSLAFDEENNRLYVADRENNRVLVFNSQDGDYVWQI---AFKEAVYAVAVNKKDNVLHAVT--TNYVDPKKTSGYTYHLKSKSFITTWKPPAG-FGRPHDLAVSKDDNEIYVSEIGPNRVIKFASKQAQKTRP*WNPGVE 2284
            GQ++GV ++ K++++IFHRG   WD NSFD++         PI +DT++ +D +    ++S G +LFY+PHG+++D+ GN W+TDV  HQVFKL P  K   +L++G    PG D  HFC+PTDV V   TG  +VSDGYCN R+V+F  +G  +       S S   P    + HSLA      +L VADREN R+  F +   ++V +I   +F   V+A++      +L AV    ++ D +   G+  +  +   I  +KP    F  PHD+ V+ +D  +Y+ +   N V KF   +  + R     G+E
Sbjct:  512 GQVSGVALDPKNNLVIFHRGDHVWDGNSFDSKFVYQQIGLGPIEEDTILVIDPNNAAVLQSSGKNLFYLPHGLSIDKDGNYWVTDVALHQVFKLDPNNKEGPVLILGRSMQPGSDQNHFCQPTDVAVDPGTGAIYVSDGYCNSRIVQFSPSGKFITQWGEESSGSSPLPGQFTVPHSLALVPLLGQLCVADRENGRIQCFKTDTKEFVREIKHSSFGRNVFAISY--IPGLLFAVNGKPHFGDQEPVQGFVMNFSNGEIIDIFKPVRKHFDMPHDI-VASEDGTVYIGDAHTNTVWKFTLTEKLEHRSVKKAGIE 823

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00022159 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00022159 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
AMD	2.367e-61	38.71	Peptidyl-glycine alpha-amidating monooxygenase OS=...	[more]

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TCONS_00022159 (transcript) - C. hemisphaerica