TCONS_00022318 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00022318
Unique NameTCONS_00022318
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1159

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00022318 ID=TCONS_00022318|Name=TCONS_00022318|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1159bp
ttttgaacGTGGTGCAAATAAGAAAGAGAAAGGAGGGGCTGGTAAGAACA
AGAAGAACATTTATGGAGGGAAAAAGAAGAAGGGGCGAGATGAAGATGAC
TTCAAACAAGATtctgatgaagaagaagaagcagaCATGCTCGAATCCAA
AGAAGTCGATTACATGTCCGAAAGCTCTTCCGAGGACGAGTTGAAGGAGA
TGGACGATGAACCGGACCCTGAGAAAGCGTCCACCAAGCAGAAAGCGAAA
GACGACTTGAACTTATTCTCCGATACTTCTTCTGAAGACGAAGACgatga
agaagaagataaaCAACTCAACCAAGCTGGAAAACAACTCAAAGCAATGC
TTAAGAGTGAATCAGGTGAACGAAGCTCTGATGAAGAAGACGATGACGAG
GATATCGATGATCAATATTCAAAGAACGCCATGCTTATCCAAGGGAAGGA
TggtaaaaagaagaagaaaaacggCAGTAACAACGGATCGAAGCCAACAA
GTCGCTCCTCCACACCTGTTCAACATCAGAAAGATCAAGACTCCTCCACA
TCGGATACTCTTTCGCAAGCTGCCAAATCGCTCAAAGATGCTGGTTCAAA
ACGAGGTCACGACAGCTCATCAGTCCCTTCACCCGGATCGAAGAAACAAA
AGTTCAATTCATCCGTTTCATCGGGAGGGCGTTCCAACAGTCCGCTCACT
GTGCCCTCGTCCGCCGGAAACGATCGAAGCGCGTCACCGGCCGTCCGCTC
GTCTACACCTTCAGATGGACACAATATAACTGAAAGCGCTATAAGACGTT
ATCTCACGCACAAACCAATGACTACTGCGGATTTAATGCGAAAATTTAAA
CCGAAAAAGACTGGATTAAGTAAAGAGCAGACCGTTAGTGCAattgccgc
catcttgaaaaaaatacaacCCCACCAGGAGAAAATTGAAGGAAAATTGT
ATCTAtcgataaagaataaaaaatgaaacaaatcaTATTGTCCTTATTTA
ATTTTCGGGTCGAAAAGAATTTCAGAGCTTCAGAAATACAGCTTATGAAA
CTTATCATTGGGACATTTGTGTGTTTTAAAACGTTTTGTAGTTGTAGTAC
TTaagtttttatcttatttataattttttttttgaaaaataaggatTATT
CTAAAACAT
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000411:44119..53904-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00022318 ID=TCONS_00022318|Name=TCONS_00022318|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9786bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000411:44119..53904- (Clytia hemisphaerica)
TTTTGAACGTGGTGCAAATAAGAAAGGTTTGTCACTGTGTTATTGCTTTG
AACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGAAAAGTTTGTCACTG
TGTTATTGCTTTGAACGTGGTGCAAATAAGAAAGGTTTGTAACTGTGTTA
TTGTTTTGAACGTGGTGCAAATAAGAAAGGTTTGTAACTGTGTTATTGTT
TTGAACGTGGTGTAAATAAAAAAGGGTTTGTCACTGTGTTATTGCTTTGA
ACGTGGTGCAAATAAGAAAGGTTTGTAACTGTGTTATTGTTTTGAACGTG
GTGCAAATAAGAAAGGTTTGTAACTGTGTTATTGTTTTGAACGTGGTGTA
AATAAAAAAGGGTTTGTCACTGTGTTATTGCTTTGAACGTGGTGCAAATA
AGAAAGGTTTGTAACTGTGTTATTGTTTTGAACGTGGTGTAAATAAGAAA
GGTTTGTCACTGTGTTATTGTTTTGAACGTGGTGCAAATAAGAAAGGTTT
GTAACTGTGTTATTGTTTTGAACGTGGTGCAAATAAGAAAAGTTTGTCAC
TGTGTTATTGTTTTGAACGTGGTGTAAATAAGAAAGGTTTGTTACTGTGT
TATTGCTCTGAACGTGGTGCAAATAAGAAAGGTTTGTCACTGTGTTATTG
TTTTGAACGTGGTGCAAATAAGAAAAGTTTGTCACTGTGTTATTGTTTTG
AACGTGGTGTAAATAAAAAAGGTTTGTCACTGTGTTATTGATTTGAACGT
GGTGCAAATAAAAAAGGTTTGTCACTGTGTTATTGCTTTGAACGTGGTGT
AAATAAGAAAGGTTTGTCACTGTGTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTTGAACGTGGTG
CAAATAAGAAAAGTTTGTCACTGTGTTATTGTTTTGAACGTGGTGTAAAN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTGAACGTGGTGTA
AATAAGAAAGGTTTGTCATTGTGTTATTGTTTTGAACGTGGTGCAAATAA
GAAAAGTTTGTCACTGTGTTATTGCTTTGAACGTGGTGCAACTAAAAAAG
GTTTGTCACTGTGTTATTGTTTTGAACGTGTTGTAAATAAAAAAGGTTTG
TCACTGTGTTATTGCTTTGAACGTGGTGTAAATAAGAAAGGTTTGTCATT
GTGTTAATGTTTTGAACGTGGTGCAAATAAGAAAAGTTTGTCACTGTGTT
ATTGCTTTGAACGTGGTGCAACTAAAAAAGGTTTGTCACTGTGTTATTGT
TTTGAACGTGTTGTAAATAAGAAAAGTTTGTCACTGTGTTATTGCTTTGA
ACGTGGTGCAACTAAAAAAGGTTTGTCACTGTGTTATTGTTTTGAACGTG
TTGTAAATAAGAAAAGTTTGTCACTGTGTTATTGCTTTGAATGTGGTGTA
AATAAGAAAGGTTTGTCACTGTGTTATTGCTTTGAATGTGGTGTAAATAA
GAAATGTTTGTCACTGTGTTATTGCTTTGAACGTGGTGCAAATAAGAAAA
GTTTGTCACTGTATTATTGTTTTGAACGTGGTGCAAATAAGAAAAGTTTG
TCACTGTGTTATTGTTTTCGGAATCAGATGAGACTAAATATCCTTTATCA
TTCTGTGGATAATCCACACTGTTTTAGATTGAATATCCATAAGTTTCATG
ATGAATTGTTTATTTTAGAGAAAGGAGGGGCTGGTAAGAACAAGAAGAAC
ATTTATGGAGGGAAAAAGAAGAAGGGGCGAGATGAAGATGACTTCAAACA
AGATTCTGATGAAGAAGAAGAAGCAGACATGCTCGAATCCAAAGAAGTCG
ATTACATGTCCGAAAGCTCTTCCGGTATCTCTCTTTCACTTTTGCTTACA
TGGCCTGTTCGTTAGCGTCCTGGTTGTATGTGCAGGTACACTTGGCCATA
TTGAAATCTTATTGATATCTTTAAAAACAAAAAAAGATACACACATTCTT
CAATTCATACTTTCGTATATTGCTCATTTTATTTTCTTCAACGTTTGAGT
TACGTACATCTACTTGAGGTTTTTTAAAATCAATTTGACGTCGATTTAGC
CTGAAATAAATCCTATGTTCCAAGTGGTTTCTTTAGACATTATTCTGTTT
GTTTTTGTGCAGAGGACGAGTTGAAGGAGATGGACGATGAACCGGACCCT
GAGAAAGCGTCCACCAAGCAGAAAGCGAAAGACGACTTGAACTTATTCTC
CGATACTTCTTCTGAAGACGAAGACGATGAAGAAGAAGATAAACAACTCA
ACCAAGCTGGAAAACAACTCAAAGCAATGCTTAAGGTGATCCTTCTTACT
ACTCCCCCTGTCTGCCCCTGTTGGAAAAGAAATCTGAAATTGACTTCACA
TATTCAACTATGGTATTTGTTTTCGTACGTCAGTTCTTTATAAAATCGCT
TAAAATGTATATCAAATTTTGTTTCCTCGTCGTACAATAAAGTGTTTATT
TTTTTGTGAGGACTTCTTTATGACAACACATCAATCATTGGTTTCATTTT
TTCCACTTCTCACATANAAATGTCTGAAAATGTACGTCAAATTTTGTTTC
CTCATTTTTTTTGTGAGGACTTCTGTAATGACTTCTGAAATGTACAACAC
ATCAATTATTGGTTTCATTTTTTCCACTTCGCACATGCGCAGAGTGAATC
AGGTGAACGAAGCTCTGATGAAGAAGACGATGACGAGGATATCGATGATC
AATATTCAAAGAACGCCATGCTTATCCAAGGTGAGTACTGCGCTTCATAT
TCAAAGTTGATATCTGGTAGCAAATTATTGATACCTTCTCAATGCCATTG
ATCACGTCTTCGTTCTGATTTCAATCATTTTATGTCAATTTTCTCGGCCA
AATCAATACAAAGTGCTGTATAAAATACCTTTAATGATACTACACGTTTT
ATCTTATTTGAAATGGTTAGCGGCCAAGAGTGTGATCAATTGATTTTCTT
CTCTTTCAGGGAAGGATGGTAAAAAGAAGAAGAAAAACGGCAGTAACAAC
GGATCGAAGCCAACAAGTCGCTCCTCCACACCTGTTCAACATCAGAAAGA
TCAAGACTCCTCCACATCGGATACTCTTTCGCAAGCTGCCAAATCGCTCA
AAGATGGTATTTCATCTATTTTTATTTTTTCTGTTCGTTTCATATTAGCT
TTAAATTAATTGTTCTTCAATGTGAAATCTTTTTTATCCGTCTTCAATTC
ACCTTCACACTTTTCAGCTGGTTCAAAACGAGGTCACGACAGCTCATCAG
TCCCTTCACCCGGATCGAAGAAACAAAAGTTCAATTCATCCGTTTCATCG
GGAGGGCGTTCCAACAGTCCGCTCACTGTGCCCTCGTCCGCCGGAAACGA
TCGAAGCGCGTCACCGGCCGTCCGCTCGTCTACACCTTCAGATGGACACA
ATATAACTGAAAGCGCTATAAGACGTTATCTCACGCACAAACCAATGACT
ACTGCGGATTTAATGCGAAAATTTAAACCGAAAAAGACTGGATTAAGTAA
AGAGCAGACCGTTAGTGCAATTGCCGCCATCTTGAAAAAAATACAACCCC
ACCAGGAGAAAATTGAAGGAAAATTGTATCTATCGATAAAGAATAAAAAA
TGAAACAAATCATATTGTCCTTATTTAATTTTCGGGTCGAAAAGAATTTC
AGAGCTTCAGAAATACAGCTTATGAAACTTATCATTGGGACATTTGTGTG
TTTTAAAACGTTTTGTAGTTGTAGTACTTAAGTTTTTATCTTATTTATAA
TTTTTTTTTTGAAAAATAAGGATTATTCTAAAACAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_012517XLOC_012517Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00022318-exon-sc0000411-1575043694:53879..53904TCONS_00022318-exon-sc0000411-1575043694:53879..53904Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022318-exon-sc0000411-1575043694:46081..46236TCONS_00022318-exon-sc0000411-1575043694:46081..46236Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022318-exon-sc0000411-1575043694:45620..45792TCONS_00022318-exon-sc0000411-1575043694:45620..45792Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022318-exon-sc0000411-1575043694:45175..45262TCONS_00022318-exon-sc0000411-1575043694:45175..45262Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022318-exon-sc0000411-1575043694:44799..44945TCONS_00022318-exon-sc0000411-1575043694:44799..44945Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022318-exon-sc0000411-1575043694:44119..44687TCONS_00022318-exon-sc0000411-1575043694:44119..44687Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022318-exon-sc0000411-1510915933:53879..53904TCONS_00022318-exon-sc0000411-1510915933:53879..53904Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022318-exon-sc0000411-1510915933:46081..46236TCONS_00022318-exon-sc0000411-1510915933:46081..46236Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022318-exon-sc0000411-1510915933:45620..45792TCONS_00022318-exon-sc0000411-1510915933:45620..45792Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022318-exon-sc0000411-1510915933:45175..45262TCONS_00022318-exon-sc0000411-1510915933:45175..45262Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022318-exon-sc0000411-1510915933:44799..44945TCONS_00022318-exon-sc0000411-1510915933:44799..44945Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022318-exon-sc0000411-1510915933:44119..44687TCONS_00022318-exon-sc0000411-1510915933:44119..44687Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022318-exon-sc0000411-1491911889:53879..53904TCONS_00022318-exon-sc0000411-1491911889:53879..53904Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022318-exon-sc0000411-1491911889:46081..46236TCONS_00022318-exon-sc0000411-1491911889:46081..46236Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022318-exon-sc0000411-1491911889:45620..45792TCONS_00022318-exon-sc0000411-1491911889:45620..45792Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022318-exon-sc0000411-1491911889:45175..45262TCONS_00022318-exon-sc0000411-1491911889:45175..45262Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022318-exon-sc0000411-1491911889:44799..44945TCONS_00022318-exon-sc0000411-1491911889:44799..44945Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022318-exon-sc0000411-1491911889:44119..44687TCONS_00022318-exon-sc0000411-1491911889:44119..44687Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000411supercontigsc0000411:44119..53904 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
2.24206	0.819416	0.278353	0.571974	0.151636	0.0992444	0.151671	0.132878	0.388356	0.327502	0.266456	0.108542	0.158226	0.121027	0.293646	0.159553	0.197038	0.309745	0.152026	0.0710984	0.133478	0.175193	0.909365	0.191895	0.0648376	0	0.827341	0.194278	0.673924	0.311094
Blast
[Close]
BLAST of TCONS_00022318 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: T2FA (General transcription factor IIF subunit 1 OS=Homo sapiens GN=GTF2F1 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 86.2705 bits (212), Expect = 2.542e-18
Identity = 43/90 (47.78%), Postives = 60/90 (66.67%), Query Frame = 2 
Query:  698 TVPSSAGNDRSASPAVRSSTPSDGH-NITESAIRRYLTHKPMTTADLMRKFKPKKTGLSKEQTVSAIAAILKKIQPHQEKIEGKLYLSIK 964
            T P S     +  P    +TP+ G   +TE A+RRYLT KPMTT DL++KF+ KKTGLS EQTV+ +A ILK++ P ++ I  K++ S+K
Sbjct:  427 TGPQSLSGKSTPQPPSGKTTPNSGDVQVTEDAVRRYLTRKPMTTKDLLKKFQTKKTGLSSEQTVNVLAQILKRLNPERKMINDKMHFSLK 516
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00022318 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
T2FA2.542e-1847.78General transcription factor IIF subunit 1 OS=Homo... [more]
back to top