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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00023367 ID=TCONS_00023367|Name=TCONS_00023367|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=783bp
Actagccaacgggaagccgtaatggaggcgcaatcagtcctgattaccca
tgatccatttcgaccgtgaaatggcctatgcAAAAAGCCGCGAACTCTGA
AATGCCTCGAGCTCAAGAAAAAAATACGAGAGAAATCTCAAACTCAAAAG
ATGCTGTCAAATCATGGAAATCATTATCGTTCATGCAAACATGTTCATGA
TGCAAAATAGCAAGTCGAGAACACACCATTGGTAGAACACTTGACGAGAA
TAAGAAAGcTTGTCACCACATTAGCAACTACACGAGGAAATATGAATATT
GCAAATTGTCCCTCATAATTAAACACAAGAATGAATCAATAATGACACAA
GATAATGTACAACATTGGACACAAGTCCCTCTAGCAAAGAAGTTGCTCTG
CTGGTGCTCAATAATTATGCTCAATGTTTTTAACTGgtgAACCTCAAAAT
CAAACACGTGACAGGGAAGATCTACATATGGGCCGAGTGCGTGGAGATCA
TGTGCTATGTTCAAGTCCGAATTTAATGCCTTTGGTTTCTAGTCAGCTTG
AAACAGGAACAGCTTTCATGGAGAAAAAGGTCAATCGTAACGACAAGCAA
AATggaaaagtcaaaatttggtattgGTAATGGTTTTATTTATTAGTCGT
CATTTATTTTTAACCTTTTGGTTAGAATAAGGTTCACGTTGTACAATTTT
CCAAACATTTCCGATTAATCATCTCACTATACAAATGAGACCAAAACCAA
GGTATTTCCACACACGTAATTCTAGgaagaaac Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000452:210672..218120- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00023367 ID=TCONS_00023367|Name=TCONS_00023367|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7449bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000452:210672..218120- (Clytia hemisphaerica)
ACTAGCCAACGGGAAGCCGTAATGGAGGCGCAATCAGTCCTGATTACCCA
TGATCCATTTCGACCGTGAAATGGCCTATGCAAAAAGCCGCGAACTCTGA
AATGCCTCGAGCTCAAGAAAAAAATACGAGAGAAATCTCAAACTCAAAAG
ATGCTGTCAAATCATGGAAATCATTATCGTTCATGCAAACATGTTCATGA
TGCAAAATAGCAAGTCGAGAACACACCATTGGTAGAACACTTGACGAGAA
TAAGAAAGGTAACTACTTAATTTTCCTGTAATTTCTCTCCCGATAATTTA
TACTGTGGTGAGATTAGATTGATGGAAATGAATGGGCAGTTAAAAGGGGG
TGGTAATCTAAAAAGTTTTACTTTTTTTTGAATAAGCAACTCAAATTTTC
GGCTTAGGCCTGGGGTTTGTTTAGCATTCTAGCTCATTTTCTGAAAAAAT
TACCCTGAGCCCCCTGAATTTACACTATATTTATGCTTATTCGTCCAGAC
CCAACAATCGAACTTGGTGATAGTGAGGTCTTCTGTTAGCACATAAAAAC
GTAAAGAATACTTCAGATGGTGATAAAAGCATGAAATTTAGCACAGATGA
TCCTTAGAGAGTCTAAAACTTATTTAAACAGTAACACCAAATTTTGCCAC
CTGCCAGTGCCAGATGACGTCATCAGGTGACTGGGCAAAAAATAATTAGT
TTGAAAATATTCAAAATCTGATGGTTCCAGCGGAAAGAGCATAGAATGCT
GATGAAAATTGAGGTCTGAAACATGCCTTTAAAATCTTTCTATCAAAAGT
TATGAAGGTTGAAAGTTAAGTCTTTTCAGGCAAAACTTAAAAACCTTGAA
TTTTAAAACAAATTTACCAAATTTGATGTTAAAGTTCAAATAGTGGAGAA
CAAGCTCTGACCATGTATTTTAAGTTGAATCGTTTAAATAATATCTTCTG
CATCATACCCTTCAATGAGGATTATCATATTTAAAAAGTTTTTTTTTGCT
CGGGTGCGTGAAATACATGGCTACTCTACAACCTAGTTCAATTAGCTACC
TCAATTGGCTACCTTACTTTTTAAACCAACCCATTTGAGAGCCCCCCCCC
AGCGGAACCTGGATTCACGCAATCATAGAATTTTTTTCAAAATTCACAGA
ATTTTTTTCAAAATTCACACATTCACGCAAATCTTCCTCCAGTTTCTCGC
AATAGCCTGATTTTTTTTAAAAATCGGAAAAATTTCTGGAAAAAATTGGG
AAAAAATTGAACAAGCAGGAAAACTGCACATAATTGGTAGAAAAATATGA
AAGTTCACATATTCACGCACAAAATAGCCAAGATTCATGCATTCACACAA
TCAAAAAGTGGATTTTCATGTTCACGCAAATTTTTGAATTTTCATGCAAT
CACACAACCATATTCACGTATTCACATAAACCGCTGAGGGAGGCATCTGA
GTAGACTAAATATTTTTTTATTAGGTAAAATATTTTATATACACGCAGAT
TATCGCAAAATGCTTTTTTTTGGCTCAGAACTTTTATCTACAAGAATCAC
TATTTATAAGCATATATATGAATGCTCTTTTAACTAAATTATTCCTATTA
TGTTATTGCTGTTTTCGGATTTTAAGATTAAATTTTAGAGAGGATTTATA
TTTAGCTTTTATTTTGGGTGGCTAGAAGTGTTTTAGATTTTCTTGGCTCT
TATTGTTAATTTTCTTTGGTATTTGACCAGGGGGGGATACAGAGGCAGGA
TATTAACCAATAGGGTACTAACTTGATTTTTTACTAAAGTTTTGTTTAGT
ACCACCCACCCATATTTAGTACCGGGTATTACTTCATTTGTAAAGTGACT
TTTATCAAAATATATTTCAAAAACAAAAATAAAAAGTACAAAATTTAATT
TATAAATCATGAAACAAAAAAATTGTTGCACCTTGGAAATAGTGTTTATT
TATTATATACTTACTGTAACTTATCTCATTTGTGTGCCATTAGGCTAGGC
TAGCTAGACTAGGCTATATTTATTCATTCATTTTATTTTAGTACGTTAGG
CACACATGGTTTCCAAGGCCTCATTTTCAGTATCATGTCACAGTGTGAAC
TCAGTCTATTTAAGGCCTCACTTCAGTCACACCTCAGAGCTACTATTTTG
TGTCATGTCATGCTGACTGACCATAATGGCATCATAATTCATAAGGCTCT
AACTTTAAAGTAATTCAATGTGTCAATGTCAACTTCAACTCAAGTCAATC
AATAGTCAATATTCATTCACATAATTCTTATATTGGCTACCTGGTAGGTT
TTATTTCTTGTTCTTGTTCTTTGGCAGCCATTTTGTTTTGTTATTTCAGT
TCACACTGATACATTAGGGCCTTGCCTTGACATGATTCATAGGTTCAGTA
TTTCATTCAAGCCTTTATTTTCATTTAAGAACTTAACTTTTTCAATCAGA
CTTATACTTTTTCATTGAATTCAGACATTTTCATTTTTGAACTTAGACTT
ATTTTTTATAAACACAATACTCCTAGACCTTTGTTATTTATTTCTAAAGT
TTGAACACATCAACAAAATATCAATCAAAGATAGTTACAAACAGCGTCAT
TTCCTGTAACGCCACATCATTTTTGCTGTAAAAAATAGGGACACCACCCC
TAAAATCTTAAATTTTACAGATTAAGACCAAGAGATGGGTACTATGTTTT
CGTACTGAAAATTGACAGATAATTCAAGGAAACTATCAATGATGGAGTTA
GAAGCTTTTGTCCTTTGATTTTCATCACACACCTCTTAACCATTTTGGAA
GTTTTGTCTTCAAAAAAATCAAAAAATTTCTCAAAAGAGTAAAAAAAATT
AATATTTGAAAAAAGTCAAAATATTACAGCAAACTACTTTTTTATTGGAA
AACAGCAAAACTCTGCGAAAAAGTACCCAAATAGTATCCTGTACTTGCTT
GAAGAGTGAAAAATACACACTCCCACCCCCAAAGTAGTACCGGGTACTAA
CTTTTTTGAAATGCAAAAATAGACACCACCACCTGGCTATGGGTCAGTAC
CCTGTGTCTGTACCCTCCTCTGATTTGACTTAAACATGTGGAGTTACAAA
CATTTGAGTATGACCTGGCCTAATTTTCACATTAATATTTATAAGAAAGG
TTTTTTATAGGCAGAGATAGAATAATTAATAACTTGTTTGTTAATGTCAC
ACACAATAATGATTTTTGACCAAAAAGTGAGCTCACAAAAACTGAAGTGT
TTGTTCTATTTAGAAGTTCCTTCTAGAATGTTGTTATGAGAATTAGGCCT
AAAACACATGCTTTTTATAAGCCCATCGATCTAGAAAACGGCTTAATATC
AATTTTTCCATATATTTCCCATAAATGAAATGATACAAGGAGACATCCTT
GTTGTTTTTTATTATAACCCTTAGCCCAGGAGGGATGCGTATTATGCATC
CGTCCCTTTGTAAACATGAGGTTTTTTTGCCTTGAAATATTTCTATGGTT
TTGCTTAAAATTTGAACTTGTGTCACAATGCTTATTTTGTGTGCGTACAT
ATTTAAGTTATTTGACTTTTGCAGCAGCTAAAAGACTTTTCAAATACCAC
CTTTTAATTGACCTTAAACTACTTGATATCAATGATATTTTCTCAAATGT
GCTAATAAACGTCCAAAATGATTAGAGTGCTAACAAATAGATAAATCAAA
AAACATGATTTTTCCAGTTGTTTCACCCCTTTTTTGGAAAAAATAATAAG
AGTGAAAATCAACAGAAACTTTTGAAAGAATTCATGTCTTTTGATTTATT
GATTTTTTGCGCAGGTCGTAACTTGCTTGAGGAAGGAATAACGACCTTTT
AGTTAACAATGTTCATGTCAATAATTAAAGTTGTTAAAAATCTTAAAATT
AAAGGTGATCATTATTTATAAGTGACACAATTCGGCCCTCTTTGACTCAC
TTTTAGCTTTGTTACTGTCTGTTAAAATGAATTTTCAATATTTTTATTTA
AGCTTGTCACCACATTAGCAACTACACGAGGAAATATGAATATTGCAAAT
TGTCCCTCATAATTAAACACAAGAATGAATCAATAATGACACAAGATAAT
GTACAACATTGGACACAAGTCCCTCTAGCAAAGAAGTTGCTCTGCTGGTG
CTCAATAATTATGCTCAATGTTTTTAACTGGCAAGTTACATTTTTCTTGT
TTGGAAATTACAAGAATTACTAATTTAATTTTTCTTACCATGTAAGAAAA
TCTTATCCCTGTATTTTGATACATCTATATATTATTAGTCTGTATGTCTG
TTTTCTGATTTCTGTTTGTGTGTCACTTTCGATTTCGCAAGCAAAGTTTT
GTTTTCGATAAGTTTGTTTTGATTGACAGATGGGATAGAGCCCAGGCTCT
TATTTCAGCCTCAGACTTTATTCAGCCTTTGTTTTGAAATTTAAGGCCTA
TATAAATTTAGTAATTTTAATTTCTTCCTAGCTTTGCCCGATCTCGTTTT
CTCTTTTCTTTTGTTTGAAATGTTTTGGAACGTATTTAATGATCGCATTT
ATTAATGACATTCAAATTCTTTTAAAAACAAAACAAGTTTCATTTATAGA
AAAGAACATTTAAAATTTAAATCAAAACATAAAAATTAAAACGTTTGTCG
AATAAGAGAATACTGTAACAGCATTCAAATGGCGATAAAAAGCAAGAGAC
GAAATTAGTCCATCTTTCTTCATTTAAAAACATTCAAGTGGTTGGTACTG
TTAAAAACTGTGTACGTCATTTTACATGTTTAAATTTGAAAGGTTATGAC
AAGGGTTTAAAAAAAGCATTTTAGAATTGACTTTATTTATCTTTTTAAAT
CTGATAAAAACAAAGTTGCACTATTCTTTGTGGCTTTCCCGTTTATTTTC
CTGAAGAATTGTCATTTCTACATTTCACTCCTCTTTACCATGACATTTTC
TCAAATTGTCGAAAACTGGACGCCACAACGTATTTAATGCGAGCGAAGCG
AGAAAAAGATCTCTGGGGAGGATTTGAGTCAAACTTTAAAGATATCTTTT
TATTTATTTGATCGTTTTTCAAGGCAGCTTCAATGTCCAACAGCTTAACC
GGCATGCGACGCCTGGTACTGGCTAGCTATATATTAATAGCGGTACTGTG
TGTGTCATTTTGTCTGTGTGTCACTTTCGCTTTCACAAGCAATGTTTTAG
TTCTTTTAAAAGATGACTTTGAGTTATTCGATAATTTTGTTTTGATTGAT
ATATTATAATTTTTGCCCTGACCTGCCCGGGCCACCTATTATGTTTTTCT
TTTTTTCTCTCTTTTTTATTTTGTTTCATGTTTTCGAATGTAATAATTAA
CGACCTTATTTGATTTGAGACATTTAAATCCTTTTCAAAACAAAATATTT
TAAACAAGATCTGTTATAGCAAAGAACATAATAAAATAAAATATAAGAAT
CACAAGACAAGCTTGTTAGAATAACAGGAGTTTCTAAACAGCGACCAGAA
ATGGCAACCACGGCTAGTGACCACGACCGGCGACCAGATAAATTTGGGTT
ATTGAGTTTATCTGCTCTTTCCACTGTAGAGAATGTTTAAATCAAGTCCT
CAGAATAATAAAAGTGACCTTTGAAGTAACCAGTCATTTTCTTGACAAAG
TGACACTATTTGACAAAAGTATTGACATAGTCTTTAAGTATGATGTTTGT
AAACTTTGTTAAACCAAATATTTCAATTATGCTGAATGAGATGTCTTTAG
TATGAATAGATAGAACTTGTCAGTAGGAAAAAATTGGGAAGGCCAGTTTT
AGAGATATGAATCTAATCAATTATTCTATTGTCTTTATGCTGACAAAATA
ATTAATTTCGACAGAAATAACAATCTGATGATGAAATACAAAGCTTCTCA
AACCATTTTCAAAAAACTTTGTGCCACTAATTATTGTGATGCTGATAATT
CAAAAGGATAGAAATTGACACCATAATCAAGCTCCAAGAGCGTCGAAATA
GTTGTTTTAAATATTTGGCACGTGGCTTTAATTAAATGAGACAGTGGTGA
GCTTACTCTTCAATACAATAAAACAATAAATAATATGTTCAACAACAGCT
AAATCAACGTGTAACGCCGGGTATCGTCTAGTTTACTCTTTAATAAAAAA
AGTGATTAAAAGTAATACCTTCTTAATCGAAAGATAATTTTGAGTAGATG
AATCTTTAAAACTAATAAGGGTCTTTAAGGTCGTTCAAATCTTTTATACA
TCTATTGAAACCGGCTTTCCTTTGATGTACTATCATTGGAAGGAGACAAC
TCAATTAATAACTTGATAAGAACTGTTTAAGGCTGTACTATTGATTTAGT
TGAGATATTTTTGACTGATGTGTGGTTAAAATGACGGAGTAATTTTATAA
GGATACATTTGAGTTGACACATTATGAATATTGAGAGTTTCATCACATTT
TCTTTGAAAGATTTTTTTCTCTAAAATCTTCACGTTTTTAAATGGGCAAT
GGTTTTAAAATTCTGACAAAATTATCCATACAAGGTTCCCAATCGTAACA
TTATGTAACTGTTTTTTAAATCTAATTGATGGTTTTATGAGAAGTGACCC
CTAAAATTTTATGTCTCAAATCAAATAAGGTCATCTTTTGAATCTTTTTC
AGAATTTTTGTTATTTCTCAAAAAAGATTAAAATTTTTGCACTTATAGAA
AAAATTATTTTTGCATTCATTCAAATGTCTTTAATGTTTGCTTAATTCAT
AAAGAAGCATTGTTTAAAAATATCAACTTTTTCAAAAAAATGAATATTAT
GTTGCAAAAATCAGCAATTTTGGGAAGAATGGTCCCGAGAAAACTAAATT
TATCCTTGGAAAGACCAAAATTAGGTGGTCTCTGTGTCTAATTGCGTATA
AAAATCTTAGTACATGGGTACTAAAATATTTTAGTACAGACCCCCTGAAT
ATATTATACTGTGCAGTCCGAGATTACTCGGTTACAATAAAGGCTATTTT
ACAAATCTGATCACGATCCTAAGTCACAGAGCCTTAATGAATCTGAAGAT
CTTATTCAAAGAGCAGATTTGCCTCATATAATCTTCTATCTTTTTTCAAA
AGGTGAACCTCAAAATCAAACACGTGACAGGGAAGATCTACATATGGGCC
GAGTGCGTGGAGATCATGTGCTATGTTCAAGTCCGAATTTAATGCCTTTG
GTTTCTAGTCAGCTTGAAACAGGAACAGCTTTCATGGAGAAAAAGGTCAA
TCGTAACGACAAGCAAAATGGAAAAGTCAAAATTTGGTATTGGTAATGGT
TTTATTTATTAGTCGTCATTTATTTTTAACCTTTTGGTTAGAATAAGGTT
CACGTTGTACAATTTTCCAAACATTTCCGATTAATCATCTCACTATACAA
ATGAGACCAAAACCAAGGTATTTCCACACACGTAATTCTAGGAAGAAAC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00023367-exon-sc0000452-1575043694:217863..218120 | TCONS_00023367-exon-sc0000452-1575043694:217863..218120 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023367-exon-sc0000452-1575043694:213941..214118 | TCONS_00023367-exon-sc0000452-1575043694:213941..214118 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023367-exon-sc0000452-1575043694:210672..211018 | TCONS_00023367-exon-sc0000452-1575043694:210672..211018 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023367-exon-sc0000452-1510915933:217863..218120 | TCONS_00023367-exon-sc0000452-1510915933:217863..218120 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023367-exon-sc0000452-1510915933:213941..214118 | TCONS_00023367-exon-sc0000452-1510915933:213941..214118 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023367-exon-sc0000452-1510915933:210672..211018 | TCONS_00023367-exon-sc0000452-1510915933:210672..211018 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023367-exon-sc0000452-1491911889:217863..218120 | TCONS_00023367-exon-sc0000452-1491911889:217863..218120 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023367-exon-sc0000452-1491911889:213941..214118 | TCONS_00023367-exon-sc0000452-1491911889:213941..214118 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023367-exon-sc0000452-1491911889:210672..211018 | TCONS_00023367-exon-sc0000452-1491911889:210672..211018 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000452 | supercontig | sc0000452:210672..218120 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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