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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00023378 ID=TCONS_00023378|Name=TCONS_00023378|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5459bp
AGCCACTGAAGTAACTAACTGTAAATATGCATTTTAcaggaaaaaaaact
ttcagcttttttatataagatacaAAAGGTACCAATGGATATTTTCCGGT
ATATTCGGTAATTGGATATCTTAATTTTTGAGGTTCAGAAATATTAAAAT
TGCCTATCTTTGGTAAAATCAAGAACCATCTTTGCCATAAAATtcgatat
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TATTGTATGTGTTATCATCAGCAATAAATTATGgtaaaacaaataatttt
aatttaatatagAACTATGAGTCATAATGAGATCTTTCGTACTGCtctaa
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ATATTTCAATCCTTACAGAACTTAAGTGTTAATTAAGTGTTATCTAATTC
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AAAAGGTTTGACTCAAGTCAAAAACATACAGAATGTAAAATCAAAGAAGT
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ACATCATGCCAGCGCAAAACTAAGAAATAATCCAAATCAAGACCAAATCA
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ATCCCTGAGCTTCACACTTgtgattttaatttcaaaatattctatGAAAA
AAGTTGGCCAATATTACAAAGAATGAAAGTTTTGCACATTGATCACGATG
ATGCTATTAGAGCTTGACATTTAATGAAGATTCCATTtgaataaaaagca
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ATGAACAAGAATGACACAAGTGGAGCAAAGGAGCTTCTTGATAACGACGA
ATACACATTTATTTCACTGGACGTGGTATCACTCTTCACTAATGTACCGT
TAGTTAAAACTGTAAATTTAATCCTCGATCGAGTCTATGAAGACAAAGTT
ATTCAAAATGAGAAATGTAAAGGTTCTTCTTGATGCTGATTGTCATCACG
AGCGTTATGTTTTGAATCTGAAACTACACACAGTACTATAAAGACATTGT
AAAAGCTGGTCTAAGAGAACCCCTGATAGgaatcgtttttttttgtgctG
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TTAGACTCAAAGGAAGAGCAAAATAACGGAACAGAGTAGAACTAGAAGGC
TCGATGCATGTGCAGTCAGATGATCTAGCGCGACAGCACCAAATTCGTAA
TCTTATTATAGATCATGATATCTAAttggaaaatatacggaaaatacCAA
GAGCAACATCCTGTTTGGAAATTCTCAGAGTTAAAATATTAAATGAAAGA
AATATGGCTCAGGTTATTGGGCAAAGATATTAAAATAATCCTTGTTCTTC
CAAACGATGCATCAATCAAAGACAAATGCATCAATCAAAGACAAATATCG
GACAATGAAGACACAAAGAACAGTTTGAAGAAAGACAAACTATTTAAGAC
TTTCAAAAACCAAGTTGATGTCGGCTCTAAACGAGCCAAGTTAACACGAT
CACTGAGTAAAAGATCGCATCAAGTATCTTACCAAGAATATTCAGATATC
GAAAAAAGAATTGAGAAATATATCAGatcaatataaaaggggttgcgtCC
ACTCTGTTTGCATGGCAAAGAAATACATAGCCCTCGAAGTATCATACAAC
GATGCATGACAAACCTAAAGTAGTCAAGGCATCGAAATCGCCCCAATGAT
TACACGTTTTTGTTTTTTTTTAAGAAACTAGTTTTAccaagcagcctcaa
tgtttcttaagaaatcagccttttgagccttaaatgtttcttacatgttt
ctaaactttttgacataatcagcctatttttgatgttttgattggaaggt
tattcttaaaaaaacgaattaaaaatgtcattttttcattttcagcctca
gcatgtttcttagatgtttcttagtttttaggcattctgagcctcatgtt
tcttaaaagtgtgtttcttaaaaaaaaaaacgtgtactttagGATCGAAT
GTTTAATCAACCTAAAGTGGTCATGTTTTGTGTCAATTCTCCCATTTAAA
CCAATAACGGTTAAGAATAGGAAGGAAGGTAGTGGGTATTAGTTCGAAAA
GTTCCGATCCACTAGATTAACATCCGTCACTGTGTTGACTTGATGAGTAC
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TACCATCCCCTTCCACTCGACTTCCTTCGACTGAAGAACATGAAAAAAAT
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TTTGTATGCACAATCTTAGTCTGAGCAGTCTCCATACTTTCCATTAACTT
AATCCGATCTCTTAATTTCTAGTCttttagaatattttaagctaaaTTTT
GAGCCGTTGATATTTCAAATCAATCTTCCATAGCATCTGAAAAGTCCGAG
GAGGACATGAAGAGGTGTGACACTGCATTGAAAGAAACTACCATTGAAAC
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AGAACAAAACATTCTCATGGCGACATAATCTTTTCCATCGCAAATCAACA
CAAACATACGAGATTGACGGTAAAGCAATAACCAAAAAAGATCTTGGCTT
TCACGTAAATTGTACGTTTCTTTATTGCTTTATTATGTCATTAATTTCAA
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TCTTTTTGTACCAGTACTTAAAggtcttttgtttactttcatTTACTTTA
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aatcaatttttcttttgttttctttcattcAGATTCTTTGCCTCAGAATG
TGATCAGCCGTATGAATGAAACAGTAAAAGACCATTTTATCAAAATACAT
TTTACATATCAAATGGATGTGCTGGAGCCGTTGACGTACAAATTCCTCTC
AATGTTGCGATGTGGTCTTACGACACAGCAAGCTGAGTATTTCTATAGAA
ACATACGTATGTACACTTTTTCATTACAAGAAGATGTAGTGCTTTATTTG
ATGAGAACTGTTATTCGCATCTTGTGATGCAATCAAAGAGAATAGTCTAC
GCAGATGTCAAACACGTGAAAAAGGGTCTATGTGGCTAGATAAGCTTCTC
TAAATCATCGGGCTTATGACTAGAAAGAGACTTTCAAAAGTAGATATATT
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aaTATCCCgtgtttgagaaggatttaagcaataGATGACCTCATCGGATC
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ttagTTAGGTAAAAAATTTATTACCCTTCAGATGACGTCATTCAGGGCCG
AATTCACGTCACAAAGCAtgaaaaacgattttttgagttttgaacaGTTT
TAAGTAtgcgttttttcgttttttgacataaatcaaattttattaccctc
tccaccatccaaagggctttatCGTGCGTAAGCAACacctactcggcggg
tgcgacgccgggtaccggctagtttttGAACGAATAGAAGTAAGGATAAT
TTATACTGAGTTTGCTTCAAGGCTTCTCTTACGCTGTGAGGGTACATTAG
GAATATATGTATTTACGATGTGAGTAAGTGTTTTATATTTTCTACGCTGT
GAGGGTGCAGcaagtattttatattttttatgctGTGAGGGTGCAGCCAG
AGTTATATATTTTACGCTGTGAGGCTGCAGCAGGAATTTATGTATTTTTA
CGCTGTTAGGGTGCAGcagaaatttatttattttatgctGTGAGGGTGTA
GCAAGAATTTATGTATTTTTACGTTGTGAGGGTGCAGCAGGAATTTATTG
TATTTTAGGCTGTGAGGGTGCAGCAAGAATTTATGAATGGTGCTGTGAGG
GTGCAGCAAGAGATAACAATACGAAGGTGCATTGAGTATTATTTTCAGTA
GAAGGTTTCTATGTAAATAAAGACTAGCTCCTTTAAGGCACTTATCAAAA
CGAAAACCTAAGTCGAGTATAATGAACGGATTTTTCGAGGCCCTTACAGT
TTCCTCTACGACagctcagcaaaaattttgagacAGCCTGGGCACCCAAT
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CCGTTTGTTAAGTCAGTAATATATCGTCTTCTATAAAAAGCTAAAGTAGT
GAATTTGATATGAACTAAAAAGAAGTGCCTAagaggaaaaattattttaa
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CCACATGCATAATCAAAGGAAAGTGGCTGATATTGATCAAAAGGAAAGGT
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GCAAATTTCTATGGAAAGTAGAGTAATTGATTAAAGAAAAGTAggagaat
ttttaaaga Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000452:67152..72610 Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00023378 ID=TCONS_00023378|Name=TCONS_00023378|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5459bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000452:67152..72610 (Clytia hemisphaerica)
tctttaaaaattctccTACTTTTCTTTAATCAATTACTCTACTTTCCATA
GAAATTTGCCACAGAAATACCCTGCTTTCCAAAAACACTACTTTCCTTTA
AAAATTACCctacttttctttaaaaatttaccCTATTTTCCATAAAAATT
TTCCACAAAATAACCTACTTTCCAAAAACACtacttttcttgaaaaatta
ccCTACTTACAAAAATGTTGCTACTTTCCGTATAAAATTACactattttc
cttgaaaataacACCCCTTTCCTCAAAAATTTACACGACTTTTCTTTGAC
AAAAATACACatcttttctttgaaaagaatcGCACTATATTCGTTTTCAT
AAAATGCAAACCTTTCCTTTTGATCAATATCAGCCACTTTCCTTTGATTA
TGCATGTGGGATCTGTCAAGATCGAATAAATATATACTTCTTTACAACAA
TAACCgatattaaaataatttttcctctTAGGCACTTCTTTTTAGTTCAT
ATCAAATTCACTACTTTAGCTTTTTATAGAAGACGATATATTACTGACTT
AACAAACGGATTGAAGTCCCCCCCCTCCGGACAAAAACCTCCCGACCCCG
GTGGTAAAAATTGGGTGCCCAGGCTgtctcaaaatttttgctgagctGTC
GTAGAGGAAACTGTAAGGGCCTCGAAAAATCCGTTCATTATACTCGACTT
AGGTTTTCGTTTTGATAAGTGCCTTAAAGGAGCTAGTCTTTATTTACATA
GAAACCTTCTACTGAAAATAATACTCAATGCACCTTCGTATTGTTATCTC
TTGCTGCACCCTCACAGCACCATTCATAAATTCTTGCTGCACCCTCACAG
CCTAAAATACAATAAATTCCTGCTGCACCCTCACAACGTAAAAATACATA
AATTCTTGCTACACCCTCACagcataaaataaataaatttctgCTGCACC
CTAACAGCGTAAAAATACATAAATTCCTGCTGCAGCCTCACAGCGTAAAA
TATATAACTCTGGCTGCACCCTCACagcataaaaaatataaaatacttgC
TGCACCCTCACAGCGTAGAAAATATAAAACACTTACTCACATCGTAAATA
CATATATTCCTAATGTACCCTCACAGCGTAAGAGAAGCCTTGAAGCAAAC
TCAGTATAAATTATCCTTACTTCTATTCGTTCaaaaactagccggtaccc
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gcaTACTTAAAACtgttcaaaactcaaaaaatcgtttttcaTGCTTTGTG
ACGTGAATTCGGCCCTGAATGACGTCATCTGAAGGGTAATAAATTTTTTA
CCTAActaaaattcttcttttatttatCCAAAATATTCTCTTGGTGATTT
CCGATTTCTGATCCGATGAGGTCATCtattgcttaaatccttctcaaaca
cGGGATAttgtaattttcaggttttggtgacgtcatcggacccaaaacGC
CTCAGTTCGAATATATCTACTTTTGAAAGTCTCTTTCTAGTCATAAGCCC
GATGATTTAGAGAAGCTTATCTAGCCACATAGACCCTTTTTCACGTGTTT
GACATCTGCGTAGACTATTCTCTTTGATTGCATCACAAGATGCGAATAAC
AGTTCTCATCAAATAAAGCACTACATCTTCTTGTAATGAAAAAGTGTACA
TACGTATGTTTCTATAGAAATACTCAGCTTGCTGTGTCGTAAGACCACAT
CGCAACATTGAGAGGAATTTGTACGTCAACGGCTCCAGCACATCCATTTG
ATATGTAAAATGTATTTTGATAAAATGGTCTTTTACTGTTTCATTCATAC
GGCTGATCACATTCTGAGGCAAAGAATCTgaatgaaagaaaacaaaagaa
aaattgatttcCAAATCTTAGATCTGCTGTAATTTGATAATTTAAAAACA
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GAACTTTGTTTGAAATTAATGACATAATAAAGCAATAAAGAAACGTACAA
TTTACGTGAAAGCCAAGATCTTTTTTGGTTATTGCTTTACCGTCAATCTC
GTATGTTTGTGTTGATTTGCGATGGAAAAGATTATGTCGCCATGAGAATG
TTTTGTTCTCTATTATTTTGACCAACGCTCATTTTATCTGGGGCCAGTGT
TGATCAAAGGTTTCAATGGTAGTTTCTTTCAATGCAGTGTCACACCTCTT
CATGTCCTCCTCGGACTTTTCAGATGCTATGGAAGATTGATTTGAAATAT
CAACGGCTCAAAAtttagcttaaaatattctaaaaGACTAGAAATTAAGA
GATCGGATTAAGTTAATGGAAAGTATGGAGACTGCTCAGACTAAGATTGT
GCATACAAAGGGGTTTTAATAACGCTAATGAAAATTTGTTGACAGAATCA
ATTTTAAAGTAACATCACTTACCCTCGAACTGATCAGAAAGGCCTCGTGA
CGGTACATCATTTTTTTCATGTTCTTCAGTCGAAGGAAGTCGAGTGGAAG
GGGATGGTAACGTCGTGTCCTCTGcaagtaaaagaaaatttttatttaaa
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GATCGGAACTTTTCGAACTAATACCCACTACCTTCCTTCCTATTCTTAAC
CGTTATTGGTTTAAATGGGAGAATTGACACAAAACATGACCACTTTAGGT
TGATTAAACATTCGATCctaaagtacacgtttttttttttaagaaacaca
cttttaagaaacatgaggctcagaatgcctaaaaactaagaaacatctaa
gaaacatgctgaggctgaaaatgaaaaaatgacatttttaattcgttttt
ttaagaataaccttccaatcaaaacatcaaaaataggctgattatgtcaa
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taagaaacattgaggctgcttggTAAAACTAGTTTCTTAAAAAAAAACAA
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TCATGCATCGTTGTATGATACTTCGAGGGCTATGTATTTCTTTGCCATGC
AAACAGAGTGGacgcaaccccttttatattgatCTGATATATTTCTCAAT
TCTTTTTTCGATATCTGAATATTCTTGGTAAGATACTTGATGCGATCTTT
TACTCAGTGATCGTGTTAACTTGGCTCGTTTAGAGCCGACATCAACTTGG
TTTTTGAAAGTCTTAAATAGTTTGTCTTTCTTCAAACTGTTCTTTGTGTC
TTCATTGTCCGATATTTGTCTTTGATTGATGCATTTGTCTTTGATTGATG
CATCGTTTGGAAGAACAAGGATTATTTTAATATCTTTGCCCAATAACCTG
AGCCATATTTCTTTCATTTAATATTTTAACTCTGAGAATTTCCAAACAGG
ATGTTGCTCTTGgtattttccgtatattttccaaTTAGATATCATGATCT
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ATGCATCGAGCCTTCTAGTTCTACTCTGTTCCGTTATTTTGCTCTTCCTT
TGAGTCTAAACTTTCCTGACTTTTCTTCTCGTCTATTGGTTTTCGAAATG
TCGTTTGAGCagcacaaaaaaaaacgattcCTATCAGGGGTTCTCTTAGA
CCAGCTTTTACAATGTCTTTATAGTACTGTGTGTAGTTTCAGATTCAAAA
CATAACGCTCGTGATGACAATCAGCATCAAGAAGAACCTTTACATTTCTC
ATTTTGAATAACTTTGTCTTCATAGACTCGATCGAGGATTAAATTTACAG
TTTTAACTAACGGTACATTAGTGAAGAGTGATACCACGTCCAGTGAAATA
AATGTGTATTCGTCGTTATCAAGAAGCTCCTTTGCTCCACTTGTGTCATT
CTTGTTCATGCTTTGAATTTTGTAGTTTTACAAGATGCATATTTATGGAg
ttacttttttgctttttattcaAATGGAATCTTCATTAAATGTCAAGCTC
TAATAGCATCATCGTGATCAATGTGCAAAACTTTCATTCTTTGTAATATT
GGCCAACTTTTTTCatagaatattttgaaattaaaatcacAAGTGTGAAG
CTCAGGGATTGGTCGGTGAGCGTGATTTATAAGGAAATGAAATGGCAGTT
CCTTAAACCTCATACAATTCCAAATCCTTGGTGATAATAACATTTGGTTG
GGCTTTCTGTATTCCATTGTGAAAAGTAAAgtattcaatttctttttaat
caGATCCTCTGATTTGGTCTTGATTTGGATTATTTCTTAGTTTTGCGCTG
GCATGATGTTATCGCATGCTATGTTATCGCATGCTTTAATGTCTTTTTGG
AGCTTGTGGACTTCTTTGATTTTACATTCTGTATGTTTTTGACTTGAGTC
AAACCTTTTTAGCATGTCTGGTGATATTTTTACACAGTTTCGACATTGAA
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TCAGAGCAAGCAAAGTCGATGGCATGTCCTACATTCTAGCGTGTCTTTTT
CTGAAGATTCTGGGCTTGTAACGCAATTTTCATGCTGCATGTTCCATTAT
TCAGTGTTGATTTGTCctttttttgctttgattttgtcgccattttcatt
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GAATTTTGAATCTTAAAATACGGAAATGCTTTTATTCggtttttgctttg
ttttattttatatcgaATTTTATGGCAAAGATGGTTCTTGATTTTACCAA
AGATAGGCAATTTTAATATTTCTGAACCTCAAAAATTAAGATATCCAATT
ACCGAATATACCGGAAAATATCCATTGGTACCTTTtgtatcttatataaa
aaagctgaaagttttttttcctgTAAAATGCATATTTACAGTTAGTTACT
TCAGTGGCT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00023378-exon-sc0000452-1491911889:67152..72610 | TCONS_00023378-exon-sc0000452-1491911889:67152..72610 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023378-exon-sc0000452-1510915933:67152..72610 | TCONS_00023378-exon-sc0000452-1510915933:67152..72610 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023378-exon-sc0000452-1575043694:67152..72610 | TCONS_00023378-exon-sc0000452-1575043694:67152..72610 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000452 | supercontig | sc0000452:67152..72610 . |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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