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transcript sequence >TCONS_00023557 ID=TCONS_00023557|Name=TCONS_00023557|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1948bp
TGTCAACcgaacaatcaaactaatcatATTAATCAAGTAGAAAATTCtgA
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gttttaaacaaaaatattttgacctaAGTTACGTTTCTGTTGACTTCT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000456:153829..176688+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00023557 ID=TCONS_00023557|Name=TCONS_00023557|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=22860bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000456:153829..176688+ (Clytia hemisphaerica)
TGTCAACcgaacaatcaaactaatcatATTAATCAAGTAGAAAATTCtgg
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GTACTGTAGATGTTTTTGTGTCTCGACTGCCAagtatcactgtgaaaaaa
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CGAGtcgcttttttattttaaatttttttttcccacCGTCAATGCTTTTC
TCGGCTAAGTAACGCGCCTCAAACTTGGCCAAACTCATTGACTTTTAAAA
CTATATAAATAGATGTCACGAGCTGATAAAACCCTAGAGAGTCTTAGATC
GTTTTGTGGCATACCTTATACCATATTGAATTTAAACCCTCGTTATTATT
AAGTTTTCGTCTTTACTTTTATGACTCACTAAAGTTACACTCTTACTCTG
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GACCTGACTTTGCACTATATTGTGTTGTTGCAATATTTTCTTCCGTGAAT
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tgttttttctGTGTGGGATACCTAGTCTGTGACTAACCATGTATTTTCTT
ATTCCATTGCCTTTCCTTCTCCTTGGGATATACAAaggtttattttttta
actgttGTATATGGTGAATCTAGTTTTTCGGACATAATTGTTGAATGGTG
ATCTtaccattttttttaatttgtccaGCGCTATGATTTCCTAGGTTTTA
TCTTAGGCCAATTCCCCATGCAGGGGTGGTACATCTTTCTCTTTCATATC
AAGATATCCAgattaaaataaatcaaacagTGTTTTGGAGACTCTATATT
TTAAAGATGCAGTGGCCCGATATAAATCACAGCTTTGAGACCTTGAATTG
ACGATAAATATAACTGTCATCTTGCTTTTCTTGATCATGTTAGTGACAAG
AAAATCGTCAGGTGTTTTCGTAAACAAAGATGATGACAggatcaaaaata
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GTATTTTTGAATAGTTAGCCATGTGATTACTCTTCATGTGTgtgaaatat
ttccaaatttaCTACCAACTACGAATAATATGTTTACGTAAAGATAACAG
GCTGTTCATTTAGTTTGATCATTTCGTGAATGGAAAACAAAGGGAGAAGC
TATTTTGGGTCCGTTATGTGACACTTGTGAATGAATACGATTGAAGATTT
TGTAAATCATATTCGACTAGatctataaaaataaaaactatgtATGAAAA
CAGAAAACTATAAATAGAAATGAGAAAATAAGAATGGAAAACCAAGGGGA
AATGAGAAGATAAAACGGGTTCTGAATTTTCCCCCATCATGAATGGTGAC
TAATATTAAATCATCACAATCATGGCCTATAAATTATTcagcattttatt
tttttgctcatTATAAGAAACCGAAccaaaattttagcaaaatttataaa
aatattcttagcgTGCTATATTTAATGGTTTATATATAGACCTGATAAAT
TACTAGAGCTGGATTTTATTGGGGTAAATCATGGTGAATGAATCTTCTAG
GTGGAAGCATATAATGTAAAATTGATTTGAAGCTCTAAGTGTTTCCGAAG
TATGTATTATATTCTTATAACTCAATCTAAATGAAGAAGTAGTCatgaaa
aaggctttttttgtagtcacaaaagaaaaactcaacattctttatcgctg
ttttcttcttttaaaacttGCAACGTTGTTAGCTTCCCACGGGGTTAACA
GTGAGGTTGTCTTGGATACTTATGACTTTGAAATTATTTAGGCTGGCCCA
TCTCTCTTGGTGCTAGATGATGAaaggtttttctttaaattgCTGTCCAT
GTCTCTGAGGGTATTTATGAAGTGATTTAGCGTATTCAGTATTTTGATCA
ATTTACTTAATTTAACCTTCTGATTGTTTCATTAATTGAATTGCATTCAA
AGTTCATCTATGATTTTTGCGAAATCTTGTAGCAATTCAAACGATTTGCA
ATTTACTGATTTGGGCAACATTATTCTCTGTGTGTGGTNTATGATTTTGC
GAAATCTTGTAGCAATTCAAACGATTCGCAATTTACTGATTTGGGCAACA
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AAGTTGTGCGTgttcatattttgagttttattttGGTGACGATGGCATCA
AATTTTGATAGCAATGTGatgtttgattcaaaattcaatttgtgCTTTTc
atatatctgaaaaagctaattgaAATTCAGAAACAACGTATGTCaagcta
aaagtcaaaaacattcaaaccaaaAAAGGAGCTATGATATGCAAGGGCTT
ATCAAATAGAAAAATTCGGCCTCTGGCAAAACAGGCCGACTCTCCTTTGA
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TTCCTTTATTTGGCATTTGGTGGGCTTTTTTGGCTTTCCATCAAAGAGTG
GATTGATTAAATAAAGAGAGCTATTTTGATCAGGCGGCAATAAATAAACG
GAATCACTTTCGATCAGTTCCTGTAGAGTGAATAATGAATGCTAATTTTA
GTTTTGTTTGTATTGGTGGTAGTAGAGAAATTTCTACTTTTTTGGCAGCC
TTATTTTGGTTGGTGACGTATACGAATGCCTTGCTCGACCAATAAGGATG
AAAATAAATcgtttaattttttgttgattGTATGGCAATGATTACGAAGT
TGTTCTTAATGTTCTTGAGTCAGTTTCCTTTTGTTTCTATATTTGTGCTT
GTTTCAAAAACCTATTAGTGACGggtgaatgaataaaaaagctTTTGTCG
TTATATAATATAAATTGTTTCCCCTTTTAATGATGTATCTTATTGTTCTA
TGCTTAATTTCTCTATTGTTTTTTACGAGAAGAAGTCATACTCATTTTTA
CATAGTTTCTACAAAACATTATAATATGCTTAGACTCTTTTTATTTCACA
TATTACACGACAAAGAGCCTAGTCACGACATCTTTGAATTTTAAGTCACA
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TTTGAACTGAACTATTAGTTATATTGTAGTGCAGGCTATGTTAAACCAAC
ATTTATTCGAATGTTTCATTAGAGAGCTGGAACTAACTAGACTAGAAGTA
ATATAACCTTGCTTAATTCTTGCCTTTACAATGACTTTTGTCTTATAGTA
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AGAGAGAGATTGGttgtttacacgtttttttttttataagaacaaactat
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tactaaggctttggagacttaNCGACAAAGAGGCTAGTCACGACATCTTT
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GGGTATGTTAAACCAAGCATTTATTCGAATGTTTCATTAGAGGGTTGGAA
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GACTTTTGTCTTATAGTAAACTCTAGTAAAGCTACTTATATATTTTGATA
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CTATGGCTTTTGTTGTTATCTGTCCTCATCAAATGTGCATTAGGCGTTTT
CAGATTATATTTATACTTCAAATGTTCTTTTCAAACACGCAATCTATTGT
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TAGACTACAGTACCAACTAAAGTCTTCTTATCTTGGGTGTTAGTTTCTGG
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CATATGTACTTCAAACTCATATAATCTGAttctcatcttcattttcattt
tcattttcttccaaCAGACAAAGTGAAAGAGAGCGACGACCACATCCTTA
TCCACTGTGTTGGAGGTGTTTCACGATCAGCTACCATCGCTATCGCTTAC
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TTaatcatttttccaaaagtttgTCAACTGATATGATATTGTGTTGCCTG
TCCCTCTTCGACGTTTGTAaattttcaacaacaacaaaatgtttGGGTGA
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TCGCTTGTTTCTAAATTcttgaattttcttctttctagatacgtcaaaaa
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AATACGAACAACAATTATTGCAAGAAACAAGTTTGATAAACGCACCTCTC
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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| TCONS_00023557-exon-sc0000456-1491911889:158121..158487 | TCONS_00023557-exon-sc0000456-1491911889:158121..158487 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023557-exon-sc0000456-1510915933:158121..158487 | TCONS_00023557-exon-sc0000456-1510915933:158121..158487 | Clytia hemisphaerica | exon |
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Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000456 | supercontig | sc0000456:153829..176688 + |
Blast
BLAST of TCONS_00023557 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: DUS8 (Dual specificity protein phosphatase 8 OS=Homo sapiens GN=DUSP8 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 232.646 bits (592), Expect = 1.132e-66 Identity = 116/290 (40.00%), Postives = 181/290 (62.41%), Query Frame = 2
Query: 59 KTISCDELANQICSLAYHVMCIDTRSMLQYNDNHVRDAINICCSKIIRRKLQYNRISVVDLIKNNNESQEDDLWNRLHQVVLYDEASWWGDGHRFNSQHALYILVEKLKQFVPSVALLDGGFSEFAYKFPKLCDSKIKSNCPLLSISTPCASAGSINCPPTKILPFLYLGCEEDALSEDILKTCHVKYVLNASHSAVDSPYCTTGRYLRIPIKDNSSENIVAWFQTAFDFIDKVKESDDHILIHCVGGVSRSATIAIAYVMKHFSLSLDNAYRYVKNKRPTISPNLNFMG 928
K + +LA+ + + ID+RS ++YN HV ++NICCSK+++R+LQ ++++ +LI+ SQ + VV+YD+++ D + L IL+ KL SVA+L GGF+ F+ FP LC+ K + P+ S+S PC S+ T+ILP LYLG ++D L++D++ + YVLNAS+S + R++R+PI DN E ++ W + +FIDK K S +++HC+ G+SRSATIAIAY+MK +S D+AYR+VK++RP+ISPN NF+G
Sbjct: 9 KVMDAKKLASLLRGGPGGPLVIDSRSFVEYNSWHVLSSVNICCSKLVKRRLQQGKVTIAELIQPAARSQVEA--TEPQDVVVYDQSTR--DASVLAADSFLSILLSKLDGCFDSVAILTGGFATFSSCFPGLCEGKPAALLPM-SLSQPCLPVPSVGL--TRILPHLYLGSQKDVLNKDLMTQNGISYVLNASNSCPKPDFICESRFMRVPINDNYCEKLLPWLDKSIEFIDKAKLSSCQVIVHCLAGISRSATIAIAYIMKTMGMSSDDAYRFVKDRRPSISPNFNFLG 291
The following BLAST results are available for this feature:
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