TCONS_00023960 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00023960
Unique Name	TCONS_00023960
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3008

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000468:142284..153448+

transcript sequence

>TCONS_00023960 ID=TCONS_00023960|Name=TCONS_00023960|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3008bp
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ACCTTTAGACAGcatttgataaacaaaataaatagaaaatctgACATCCG
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CAACCAGCAATGCCACTACCATGGGAAGATTGAGAGCGAGCACAACTCCT
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CTGCAGGGACAACGCTCACCAATTTCAGGGCGTACACATTGAATGTGATC
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CAAAGTCTTCTGCTGCTGTAAACCAGGACCACTCTTCCAACCTTGCCATA
TCTGCAAACACTGTAGCTCATGAATTGGGACATAATTTAGGATTCTATCA
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ACGCGCCgagCACCCAGGTGAAAGGATTTACTGACTGTTCTGTCGACACT
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GTGAAGAATGCGACTGTGGAACGGAACAGGATTGCAGACTTACGGGAGCC
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TTTGCAGATCGATGCAACATGATGATTGTGATTTGGAAGAATATTGCACC
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TTACGTCGGTGGGAGATCCTTCGACTGCAGGGTTGTGAAGATGGATTACC
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GTGGAAAGGGCGGACAGGGCGGAAATTCAGGAGAAGAAACAGACGAATAC
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TTTCTTCAGGACAAACTCTTGTTACAAGTACCATTTTATTACAGAGCTTT
AAGTGACGGAAccattcttttataaaaaattttggacATTGTTTTAAGAA
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CAAATCAGATGTATTCATTTAAAAGATCAATGCGAccataacttgaaaat
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AGAATTTTCATAGATTTTATACCTTCGGtgtttgaatttcttttcaagag
ATATTTTAATCTtattgtaaattattttgaattataatcaagttataatt
tcaaaaatcttaacaAACTATTTTCTTCATTGAGCTGCTTTGGTGCCCTA
TGAACAGA

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000468:142284..153448+

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00023960 ID=TCONS_00023960|Name=TCONS_00023960|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=11165bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000468:142284..153448+ (Clytia hemisphaerica)
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GATTTAGCTTTTTGGGTCCCTTAGATTTCACCATACAGGATAAATATTAA
ACCTTTAGACAGcatttgataaacaaaataaatagaaaatctgACATCCG
AAAAAATGTCATTATGATTTGGCTGCTTATGTTGGCTTGTACCTTGAATG
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tcagatatttgattttcagacttcgaaaaaaccgttagtaaaggggagAT
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tcaaaaattttcgctgatctaaggggtgccctacgaagtgacacaattca
ctacctcggccgctggtaTAGGATGTTCTATTATCAATCTCGTTTGGTCT
GCGAAAAATATTACCACTCCTTTATAACTGTCAGCATAAAGTTTGCATTG
CGAATATAATAAAGGACAACACCCATCTAGATCCTTTATTGTTTTCGAGT
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GTGCGATGTATGACCAGTATTTCTCTAATTTACTTCTTTTCACCGATGAA
GGTTTGGAGTTGAATGATTTGGAAAACTATGAATTCATTCGTCCAATGCA
AATCAATGAAAACGTTCGCAACAAAAGGGATCTTTCAACTCTAAACCAGG
TTTGCTATTGTTAATCATCCATCCATGCTTAATATACTCATTAAAAACAA
CCTGAATGATCCTGAACCGTAATAGCTTACTTCTCCCTCAAGTCCCCCCC
CTCCATCTTCAAATTGATGAGAAAATGTAACCAAAACTTTAGGCTGGATT
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gaattgttttgttgtctCAAGCTGTTTTTAACCATTATAATTGGTCAATC
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TTTCCTCATCTTtcttatagcgtgattgctcaACCAGGAATTCGACTGAT
CAGTCAAAATGAAGATGGAAGTCATAAGATTGATAGGGTGAGGTTTTGAT
TAACAAACTTTACTATTCACTTCTGCCAAGCCATCCCGAGTTATAAAGAC
CTTATTCTGCCTCGAACTGGAGcgatttatttgtttttatcctAACTTAG
AAACACCCCTGCCTCTTTGTGGCTAACAGAGTACCACCCAACTACTGTGA
TGAAAATTCACTAGTGAGTAGTATTATTAGAGGtggtaaattttctttta
ttttcactggATTGTTATAATCTTGGATTAACTTCTTTTCGATTATGAGA
AAATCATCAACCCTCCTAAAATAGATACTTCATCACCCCTCATAATATGA
GTTTTCTGGTTTGTTTTAAAAAGCACTCAAAATAATGACCAAACTATCTT
CAATGTCACTTTGACCATAAAAGCTTAAGCATTTTACGCATGTTTGGGAG
AAGGCTTTAATGTAGCGCTTGTTGGAGAGAAAAAGTAACATAATCTATCA
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GAGTGGATTTCTCGGTCATGTGAGAAGGAATGATTTGTGAGACTTTTTAT
ATTAACCAAGCTCGCACGAAATGTTATTTCGATTAACATCGTTTGACCTT
TGATCTAGTATCTTTAAAGCAAAACTGCAATGGCCATAACTGTCAAAGAT
GTAGTCTTTGGTCTTTTTTCTACTTCTTAATTCTTGTTCAGGGGGTTGAT
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ATGGATACATCATGTACAGAATGGAGGATAtgaaaaataaaccaaaaaac
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tCATAAAAGACACGAACCGATAGATGACGTCGAATTCCAAACAATATTAG
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GGATTTTTATGAAGGCTACTGTTGATACTTGATGGATGCGGGTGCGTTCA
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TAACCACATTGCATTGTCACTttgatttcatttcatttcattaaaaGTCA
CAAGCTCCGTTATCTTAAAGTTAGGGTAGGAGCAGCTTTTACCCAGTGTA
AACGTGCCCTAAGAAATCTGTTTAAACTATTATCATATTCCAATATCCAT
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GATTGACAAACGAAAGGTGAGGCCCTTAGAGATTCTTAACTTTTGATATC
TTCTTAAATCCATCAATATGACTGACATGTTGTGTATAAGTAATACCCCT
GCAAGCGCTCATATTacatcaattattttttttgtggCAATTTTTATGCT
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ATTAATCGACGTCATCGTTTGGAACCAGAAAGACATGATCAACGTTAGCG
AATCTGCAGGGACAACGCTCACCAATTTCAGGGCGTACACATTGAATGTG
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TCAAAGTCTTCTGCTGCTGTAAACCAGgtgcaaaattttaaacttgGGCA
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GACAAATGTTAGGAATAATCATGAGTGACGACTTCTGTAACATGTTCCCA
ATGCTTTAATTTGAGTGTCCGAGAAATTTTTACATTGTTAATTTCATTGT
CCGAGGAATACTTACATTGTTAATTTCAGTGTCCGAGAAATGTATACATT
GTTAATTTCAGTGTCCGAGAAATGCTTACATTGTTAATTTCAGTGTCCGA
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ATTTCAGTGTCCGAGAAATTTATACATTGTTAATTTCAGTGTCCGAGAAA
TGTATACATTGTTAATTTCAGTGTCCGAGAAATGTATATATTATTAATTT
CAGTGTCCGAGAAATTTATACATTGTTAATTTCAGTGTCCGAGAAATGTA
TACATTATTAATTTCAGTGTCCGAGAAATTTATACATTGTTAATTTCAGT
GTCCGAGAAATGTATACATTGAAGACGGAAAACCTTGCAACAATGAAACA
GTAAGTAGTCTGCCAACATAcgtagatagatagatagaatgGGTATTCGA
TATTTAACGTGGATTGCCTAGTAACTAGGACTTTCAGACATTCTTTCGAT
TGTACTCACGGGGTCCACAGCCAGCCGGTTTGGCTATCATTGgattgaac
ggaacattggaagaaGCGGGAAATCCTTGGTTTGAAACGCTAACGCCTTT
GAcaacttggccatcgctccttaACTCattagatgttttttttaatcata
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TTAAGGGAGTCACTCAAGGACTTTGTTATTCAGGATTTTGCAAGATACAA
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CGTATTTGTTTTTTGAGCGACGTTTGACCCATTTAATACTGTTTTGAGGA
ATTTTTTCGAACTGTTCTAACCCTTTTCTTTCTTCTGTTTTTTCTGCAGA
AACAAGCTTTGTGGAAAGATTCAATGTGACAGCAAACCAGGAACTAGTCT
ACCGAGGTTTCCGAAGATCGGAAGTAACCGTGCGGTGAAGATCACAACGT
ATTACGTCGGTGGGAGATCCTTCGACTGCAGGTAAAGAATTCATATCTAC
TTCAACTGCTTACTTTTAAGTTACTAAACATACGTTTACAACAACATAAA
TTCATGGAacatttcttttgatattttaaggTTTATGTTAGGTCTacgtt
ttagattttttttgacNTTACTTTTAAGTTACTAAACATACGTTTACAAC
AACATAAATTCATGGAacatttcttttgatatttttttggacaTTTTAGG
GTTGTGAAGATGGATTACCCGAAGAATTTAGATGATCCAACGATGACTTT
CGATGGAACAAAATGTGGTGACAATTCTGTAAGATTTTTCATATCATGGA
ACGTtcagttttttgatttttgaatccaACAATAGCTCAAATACTAAAAC
TTTGTTCTGATTTCAaatgttttagataaaaaatttacTTAGCCGattgg
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ACATATGAAACCTTGCTCCCTTGGAACGAAAATAGACCTcatcaacaggg
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CTGTAATTCATTTAATTGAATGATCTTCCACCATCCTTGGATATTTTGAA
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ATTTCATAATGCCCGTTATACTGGATTTATCCTTCGGTCCAATTGATTTC
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TGGATTCCGGACAAGGATGTTTTAAAAACGAGACAGACGGAGGTGAAGGT
GGAGGTACACAAATTTGAATTTAGACGGAAATGTTCATTTTGATTGAAGC
CAGTGCAACTTTCTAATTGCTTAAAAGGCATTATTTTGAGCTGAATACAC
TTTCTCAATCCCAGTAACCACGAAAATGATTCTTATAGGGAGGGGTAACT
AAACTCTTGCACACTGTCTTCATACAAAAgtttccattgtttttttctat
GGCAGGAGAAGGTGGCGGGGAAGGCNGCTGGAAATGCTGTACCCCCCTGG
AACTCCAGGTAAATTCAggcttaaacccctctggaattatGAATTTtcgt
aggatttaaaaagctacccatggaattccagttatttttgacagattttt
gtatctccttatggaattccaccaCATATGAAACCTTGCTCCCTTGGAAC
GAAAATAGACCTcatcaacagggggtatacggttttcttctggaaaagcc
caacgAGAACTCCCATAATCACACTGTAATTCATTTAATTGAATGATCTT
CCACCATCCTTGGATATTTTGAAGTACGCAGAggttattttgatgtttta
ggTCTGCATCAGCAACAAATGTGTAAACATTAATTCATTACCTCATCGGA
AGACGTGCGAACCAGGTCGATGTAAAAATGGAGGGGTAAGTAAAAAACAG
GTCGTATTTTTCACAAGCTATTAAATGAACGCAACAGAGACTTTTCCTTT
CATTCTTCTACAAGACCTGGTTGATTTCATAATGCCAGTTATACTGGATT
TATCCTTCGGTCCAATTGATTTCCTTATCGAGGTTAATAATCAAAACtag
aattattttcaatttttaattcagGTTTGTAACAGTAACGGAAATTGTCA
CTGCCCGAATGGATGGGCGTGCCCGTATTGTAATGTGACCGGTATCGGAG
GGAGTTTGGATTCCGGACAAGGATGTTTTAAAAACGAGACAGACGGAGGT
GAAGGTGGAGGTACACAAATTTGAATTTAGACGGAAATGTTCATTTTGAT
TGAAGCCAGTGCAACTTTCTAATTGCTTAAAAGGCATTATTTTGAGCTGA
ATACACTTTCTCAATCCCAGTAACCACGAAAATGATTCTTATAGGGAGGG
GTAACTAAACTCTTGCACACTGTCTTCATACAAAAgtttccattgttttt
ttctatGGCAGGAGAAGGTGGCGGGGAAGGCGGTGGAAAGGGCGGACAGG
GCGGAAATTCAGGAGAAGAAACAGACGAATACCTAGTTTACTTGTGGCTC
CTCCTGATCCCCGTCGTCATCTTGGTCGTGGTCCTTCTTATCCTCAAGAA
AGATGTCATCTGCAAAAAGACCAATCCTAAGCGGCAATGGAGGTTTGTCT
TTCTCTGAAGGCTTCTTTTTAATCTTTCACATACACAGTCAATACTGCGA
ATGTTAATTTGGTTTTATTTCAGACTTggttttaatatatttttttcatt
acaTACATCAAACTCAGCAATAAAACTTCCCTTACTAATTTTCATATGca
acattttttctttgtagAGTTTCGGCAAGTGATGGTGGGGCATACGGCTC
CAATCAAACTGGCCAAAAAATAAACACCGTCAAAGTTCAAGAAAATGATC
ATTCAGAGCATTTCGTCAAAAATCCGTACGCTTAAGACTTGCAGATGGAA
AAGATGTTTTCTTCAGGACAAACTCTTGTTACAAGTACCATTTTATTACA
GAGCTTTAAGTGACGGAAccattcttttataaaaaattttggacATTGTT
TTAAGAAATTTAAGTGATTTCAAAATCACGATTAGGGATTACACGAGAAA
TCCCGCTCAAATCAGATGTATTCATTTAAAAGATCAATGCGAccataact
tgaaaattttctgCGATTTAGTTTAGTTTAGCTATCAGTTTGTAAATATC
TAGTTTTAGAATTTTCATAGATTTTATACCTTCGGtgtttgaatttcttt
tcaagagATATTTTAATCTtattgtaaattattttgaattataatcaagt
tataatttcaaaaatcttaacaAACTATTTTCTTCATTGAGCTGCTTTGG
TGCCCTATGAACAGA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_013464	XLOC_013464	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000468	supercontig	sc0000468:142284..153448 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0	0	0	0	0	0.21912	0.488193	0.287465	0	0.285181	0	1.02094	0.471226	2.03391	1.24726	0.512179	1.70612	1.26921	2.846	1.64912	1.4479	0.479767	0.00930991	2.01442	3.75546	3.04044	2.99525	0	0

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00023960 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ADAM9 (Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 9 OS=Homo sapiens GN=ADAM9 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 377.096 bits (967), Expect = 4.535e-115
Identity = 234/682 (34.31%), Postives = 351/682 (51.47%), Query Frame = 2

Query:  212 ELNDLENYEFIRPMQINENVRNKRDLSTLNQGVHFEETVFHFHGYGKLFKIRLIKNNVIAQPGIRLISQNEDGSHKIDRFNQQ--CHYHGKIESEHNSSVVISTCHGLRGLIQTEGGKDYFIEPYNAEVVDGYIMYRMEDMKNKPKNFGHKRHEPIDDVEFQTILEHDSNEKRHRRARRSTSIWKYVETVVVIDKRKHDLWGGDLEASQTKAVELMNYVDAVYKTMNVRIALIDVIVWNQKDMINVSESAGTTLTNFRAYTLNVISGEMDIYHDNAQLITGIDFTGSVVGLASIGDVCSKSSA-AVNQDHSSNLAISANTVAHELGHNLGFYHDTG-GCVCSNSPCVMSAYAPSTQVKGFTDCSVDTFNQRANNSRYPCIYDLPA--KLFEEQQCGNGYLEEGEECDCGTEQDCRLTGADKCCNSTTCLLNEGAKCAIGSCCDDCQFKTKGSLCRSMQHDDCDLEEYCTGQSENCPRNVYIEDGKPCNNETGVTQGLCYSGFCKIQTTQCETLWGETGAKAENPCF-NANVDGDGFGNCGTKENGDHIPCSETNKLCGKIQCDSKPGTSLPRFPKIGSNRAVKITTYYVGGRSFDCRVVKMDYPKNLDDPTMTFDGTKCGDNSVCISNKCVNINSLPHRKTCEPGRCKNGGVCNSNGNCHCPNGWACPYCNVTGIGGSLDSG 2236
            + + L +YE I P ++    R +R+        + ++  +     GK   I L +N  +      + + N++G+   D  N Q  CHY G +E  HNSS+ +S C GLRGL+  E    Y IEP        +I+YRM+D+  +P   G    +   +       E  S  +  RR R      +YVE  +V+DK ++D+ G +  A + + + L NY+D++Y  +N+RI L+ + +W   ++IN+   AG  L NF  +    +       HD+AQL+    F G+  G+A +G VCS+S A  +N      +   A+ VAHELGHNLG  HD G  C C    C+M++ A  +  + F+ CS + F +   N    C+ ++P   + +    CGN  ++ GEECDCGT ++C L   D CC  +TC L   A+CA G CC DC+F   G+LCR  +  +CD+ EYC G S+ C  +V+I++G PC N     +  CY+G C+    QC+ ++G     A   CF   N  GD FGNCG   N ++  C+  N LCGK+QC+     ++   P  G   A+  T      R   C  V      ++ DP M  +GTKCG   +C + +CV+ + L +    +  +C   GVCNSN NCHC NGWA P C   G GGS+DSG
Sbjct:   36 QTSHLSSYEIITPWRL---TRERREAPR----PYSKQVSYVIQAEGKEHIIHLERNKDLLPEDFVVYTYNKEGTLITDHPNIQNHCHYRGYVEGVHNSSIALSDCFGLRGLLHLENA-SYGIEPLQNSSHFEHIIYRMDDVYKEPLKCGVSNKDIEKETAKDEEEEPPSMTQLLRRRRAVLPQTRYVELFIVVDKERYDMMGRNQTAVREEMILLANYLDSMYIMLNIRIVLVGLEIWTNGNLINIVGGAGDVLGNFVQWREKFLITRRR--HDSAQLVLKKGFGGT-AGMAFVGTVCSRSHAGGINVFGQITVETFASIVAHELGHNLGMNHDDGRDCSCGAKSCIMNSGASGS--RNFSSCSAEDFEKLTLNKGGNCLLNIPKPDEAYSAPSCGNKLVDAGEECDCGTPKECEL---DPCCEGSTCKLKSFAECAYGDCCKDCRFLPGGTLCRG-KTSECDVPEYCNGSSQFCQPDVFIQNGYPCQN----NKAYCYNGMCQYYDAQCQVIFGSKAKAAPKDCFIEVNSKGDRFGNCGFSGN-EYKKCATGNALCGKLQCE-----NVQEIPVFGIVPAIIQTP----SRGTKCWGVDFQLGSDVPDPGMVNEGTKCGAGKICRNFQCVDASVLNYDCDVQK-KCHGHGVCNSNKNCHCENGWAPPNCETKGYGGSVDSG 685

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00023960 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00023960 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
ADAM9	4.535e-115	34.31	Disintegrin and metalloproteinase domain-containin...	[more]

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TCONS_00023960 (transcript) - C. hemisphaerica