TCONS_00024602 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00024602
Unique Name	TCONS_00024602
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2631

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000504:229373..237058+

transcript sequence

>TCONS_00024602 ID=TCONS_00024602|Name=TCONS_00024602|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2631bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000504:229373..237058+

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00024602 ID=TCONS_00024602|Name=TCONS_00024602|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7686bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000504:229373..237058+ (Clytia hemisphaerica)
CTTTGTGTCTCCTCAAAGACCATATCAATTTTTGTGAAGTTCGAAACCTT
ATGAGTGATATTTGCTAAGGATAAATTGCTATTTTCCTAAAATTTAGGGA
AAAGATATGTTGTATAGTAGAGGTTTGAAAAGATTGATAACCTCTCTGAA
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TTTCGCCTTTAAAGTAATCTTTTCGACCTCCTACCCACGTAGACAGGGAT
CTTGCGACTGTGATATCGTGACTGTGATATCGATGCTCTGGCAAGGCCGA
CCCTTGTCCATACCACGGAAAATTACAGTGCAATATTGCTTACTGTAGAG
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AAGTCTTCGGGTCGTTTCTGATTTTAGTTGCTAGACTTCATTAGTCCCTC
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GGCAAGAATGTTTGGGAACCTATCGCTAGTAAGAAAATTAAGTTAATTAA
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TTACCATTTGATTTGTGTGCCTTTTGTTTAAAGATACATATCTTTTGACT
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aatagctaaaatgaggaatttctcagggaaaaaaacctttgaaaattgat
taaaattcagggaaactcagggaattttattttcga

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_013815	XLOC_013815	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000504	supercontig	sc0000504:229373..237058 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
9.82964	10.7229	28.4692	26.6905	4.33138	3.16668	6.52346	6.42843	10.7709	9.47161	12.3703	12.0957	16.2357	15.2049	16.0385	20.7165	14.5915	14.4795	11.0177	12.2315	11.829	12.0834	11.4007	11.9248	10.3723	12.252	10.2588	7.96904	19.2169	15.995

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00024602 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: D2HDH (D-2-hydroxyglutarate dehydrogenase, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=D2HGDH PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 546.584 bits (1407), Expect = 0.000e+0
Identity = 269/507 (53.06%), Postives = 355/507 (70.02%), Query Frame = 2

Query:  119 RGLKRLITSLNKNKGYLSVGVRCSS-----VDYTYKNYNVPRRDNLKKVEESDINYFKSFLGDRVVTDVDELEVHNRDWLNLVRGMSPVMLKPKTTQEVSQIMKYCNENSLGVCPQGGNTGLVGGSVPVFDEVILSLNLLNKIHEIDATSGTVECGAGVILENLDKELEKHDLMVPLDLGAKGSCHIGGNVATNAGGIRYLRYGSLHGNVLGVEAVLPDGTILDCLSTLKKDNTGYDLKQLFIGSEGTLGIITGLSLMAPPRPLATNVAFLGVESYEAVKEAYVKAKGCLAEILSAFEFLDNHAMSTVKENLGYSNPISEHPFYVLVETSGSNDGHDAEKLDHFLEVVMETGIAVDGTVANEVGKMQDIWKMREHIAEALLHDGDGCFKYDISLPVDVMYDIVSLLREKYSHCTNRIVGYGHFGDGNLHLNVVAPTYDKELMYELEPIIFGFTSKHNGSISAEHGIGFKKTKHMHYSRSPEAIEVMKKLKNLFDPKGILNPYKMLPS 1624
            RG      S  +  G L+    CS+     V  T + Y V RR     V + D+  F+  +   VVTD + L+  N DWL  +RG S V+L+P+T++EVS I+++C+E +L V PQGGNTG+VGGSVPVFDE+ILS   +N++    + SG + C AG +LE L + +E+ D ++PLDLGAKGSCHIGGNVATNAGG+R+LRYGSLHG VLG+E VL DGT+LDCL++L+KDNTGYDLKQLFIGSEGTLGIIT +S++ PP+P A NVAFLG   +  V + +   KG L EILSAFEF+D   M  V  +L  ++P+ E PFYVL+ETSGSN GHDAEKL HFLE  + +G+  DGT+A +  K++ +W +RE I EAL  DG   +KYD+SLPV+ +YDIV+ LR +       +VGYGH GDGNLHLNV A  +   L+  LEP ++ +T+   GS+SAEHG+GF+K   + YS+ P A+++M++LK L DPKGILNPYK LPS
Sbjct:   15 RGAPGAAGSWGRPVGPLARRGCCSAPGTPEVPLTRERYPV-RRLPFSTVSKQDLAAFERIVPGGVVTDPEALQAPNVDWLRTLRGCSKVLLRPRTSEEVSHILRHCHERNLAVNPQGGNTGMVGGSVPVFDEIILSTARMNRVLSFHSVSGILVCQAGCVLEELSRYVEERDFIMPLDLGAKGSCHIGGNVATNAGGLRFLRYGSLHGTVLGLEVVLADGTVLDCLTSLRKDNTGYDLKQLFIGSEGTLGIITTVSILCPPKPRAVNVAFLGCPGFAEVLQTFSTCKGMLGEILSAFEFMDAVCMQLVGRHLHLASPVQESPFYVLIETSGSNAGHDAEKLGHFLEHALGSGLVTDGTMATDQRKVKMLWALRERITEALSRDGY-VYKYDLSLPVERLYDIVTDLRARLGPHAKHVVGYGHLGDGNLHLNVTAEAFSPSLLAALEPHVYEWTAGQQGSVSAEHGVGFRKRDVLGYSKPPGALQLMQQLKALLDPKGILNPYKTLPS 519

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00024602 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00024602 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
D2HDH	0.000e+0	53.06	D-2-hydroxyglutarate dehydrogenase, mitochondrial ...	[more]

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TCONS_00024602 (transcript) - C. hemisphaerica