TCONS_00024728 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00024728
Unique NameTCONS_00024728
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2954

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00024728 ID=TCONS_00024728|Name=TCONS_00024728|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2954bp
TTCGGAAGCTCTGCtttattctgaattttttgccGATGGTGGATTTTGTT
AATTTGAACCTCGTCGATTGGTCAAAAGTTTCCATAACTCAATTCTGATT
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TCACTTCTTTACGGtaaaaaacttgttttaaaagttattgaaaattaatt
aaTA
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000509:138666..153994+

Legend: exon
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>TCONS_00024728 ID=TCONS_00024728|Name=TCONS_00024728|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=15329bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000509:138666..153994+ (Clytia hemisphaerica)
TTCGGAAGCTCTGCtttattctgaattttttgccGATGGTGGATTTTGTT
AATTTGAACCTCGTCGATTGGTCAAAAGTTTCCATAACTCAATTCTGATT
GGTTCAACATTTCCGATCCTTTGCTGTGATTGGTGGATATTTTAAGATGA
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TGTTTCTAGGGAGGGAGAATTTCTTGGCACAGATTTTCTACACACAAGAA
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TCCTTTTGTGTTTTGTGCATTCCTTTTGTCATTTATTCTCTGTTCTGTTA
AATGCACATCGGGGTTTTTTTGAAGTACAGATGGTCATGGTTAGTCTatt
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TTCATTTATGCAAGTTTTTTTTCGATCGTTTTATTTCTTCGTGCTTCTTT
TTCAGATTCGCGTGTCGATCCGTCCCTTCTGGAAAAGGTTGGCAAACTCG
AACGTCAACGCATCGCTGATCAACTTAACGAGCGTCTTCTTCAACGTCCT
GGTCCCATCGAGCTTATACAAGATCGAATCCTTCCTGTCGAATCACCCAT
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CCGCTTCCTCACACGCGGATTCGCCTTCCGTCTCCGAATTAGAGACAGGA
ATTCACACTTTGAATTGTACTTCACCTTCACCGCCCCCTCCGCCACATTC
AACGCCACAAGTTCCGCCCTTACCGAACAATTTCTCTGATGTATCCTTCA
AAAATCAACTTAAAACCGTTTCCGAATCGGGGAAAACTTCAAACCCGTTA
TTCGTTTCGGATTCGTTTAAATCTGCACACTCTATATCACTCTCACAACG
TGAAAACGAACGTCTCGTCAAATCGGTCAATAAAAAAACACGTCAACAGA
AAccgaaagtaaaaaaattgaaattccacGAATGTCTACCGGGGTCCGGT
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GAGACTTTTGGAGCAACAGACTTTATATTTACGCTTACAGGTGATGCAAC
AGAATGCTGTTATGAACGCTCTGCAGGGCAACCCAGAATCCATGGATCAA
GTGAACGAAGAAATTGAACACATGatgcaaaaagaaaataataaaacgaA
CGATACCAATATTAAATCAATAGACGGTAAAAAATTGGACGATTTACGAG
TTGTCGATTTAAGAGCGCAACTCAAACATCGTGGACTCTTAGTATCGGGG
GCAAAAGCCAAATTGATTGAAAGACTTCTAGCGTTTGAAGAAGGGAAGTC
AACTCCCGCCGATTTCGCTTATTCGGGAAGTAATTTATCTCACGATGCCA
GTATTGTGGCTAGTAAGACCACGTCCACTATGGTCCCTTCAACCACAGTG
ATGCAAGTAGCAACTTACGCTACAAACAGTGGTCAAACATACCAAGTGGT
ACAAACCGTCCCACAATCCTCTCCCAGCATCATGCAATACCAGGTCGTCC
CTGCTACCTCTTCTTCCGACGAGCAACTCTCTAGACTGGATCAAGTCAAC
ACGGTTCCTGTGATGGCCCTCACACAGCCTAGTGTAATGTCAGTTCAAGA
GAGAGTAAGCGACAAGCCACTTCGCGCCCAAGCAACGCCCTCACCATCGC
ACATCCAATTCCATATCACTCCCCCGCCTCAACCACAAACGCCCACCATC
GTTCTCCACTCGGGGCCGCCTCTGCAACAAGCTTCCCTCTACCAACGACA
GCGACAACAAAAggtcaaagttcaaaaattacCTGTCATCAGTCAAGGCC
AGTGTTTCGATCTTTCGGAAAGCAACTCGCAACCGCTCGGCCTCTCACAG
TCCGTACCACCCATGCAACTGAACAATAATTACTTGATGGAAGCGAACCA
ATGTAATCTCAACTACAACACATCTCTCAGTAATTCTTCCCTTCACACAG
ACGTCAATGCAGACAACGACCTCTTTAACAACCCCTCAACGCAATTTCGT
GGTCGTGCATCCAGTGAACCGGCTTCTCAATTGAAGAAAATGCATCCACT
GAAATCAGATAGTACTAAATCAGTGTTTAGCCACCAACAACAAGACCTTT
CACTTCAATTCCCTAAAATGTCACCCTCTCCGTCACTGAGCCTCAAAGAT
CATCACCAACTACCCGTAAGTTCAACATTCCCGCATCTacaatatattga
gaatttcagttttttaacgtttttcaagatttaaagtcccggcgagaaag
tcgattttgggctatctctttaatctaattgaatatttcaatttgggagg
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CTGCTACAATGTTCAACGAGAAGTTGGGTGGGTTTGTTCAACGAGTGAAA
TCGTTTATCTGTCTGGTCTGAAGTGAATTTACGACTAACAGTTAGAGTGT
AGCttttaaaatatgtaaaaagatgACTGTACCACATCTTGCAGATGTTG
TATAACTCTGCTGATAACAGAAGACCATTATCTCAAATATTGCCATTCTC
TCCATCATAACTTATCTCCACAATATTTTGCTTTTTAGAATTCCATCAAG
TCTGAGAATATGGATGACATTATGGACATTATTGGAGGTcagcttttttt
tttcatcgctCTATTTTCTCCTGTTGTGTCAAATTTGTACACGTGAACAC
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TTATTCTCCAGACATATGACGACATCCGACCATGTTAAATTTGGACTCAA
CCCCCTTGATGGCTTAGGGCTTGATGTGTGGATCGCATgacatcaatttt
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ATTAGTCACGCTTGAACGACTCGCGTTTTTTGTGATCAAAACCTTTTAGC
CACTGACATGTTCGGTCAACACACCTGTAGGTGATCAAGCCCCCTAAAAT
GGACCGACTTTCGCTATGAGCTCACTACTAACTTTCCATGTATTAATTTT
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CAACTCGTGTTACTATGACAACAAGAAATTACTGACGGAGCAAAAACCGT
TCAACACTCCGGACGCGCACGATTTGAACCTTTTATCAGGTTCGCCTTCA
CAGAACTTTTTGAACAATTCTTTTTATAACACGGCTGGTTTTAACACCTC
TTCCTCCACCGGAAGCATCCCGCAACAAACCTCACCTACGCCTTTCCGTG
GAACCTCTCCCTCACATTTCATGAACACGGCGGCGCTTTCACCCACCAAC
GCCACCACGGATGACCCAATGGAGTTGGACCGCTTTCCCTCACCAAACAT
GATGGCGTCCAACAATTCTTTAAACTGGCTCGACCTGAATATGGAACCAA
ATTCTCCTAATATGAATTTTCAGACAATAAAAGACAATAATACTGCGAAT
ACCACAAATTCAATGAATATGGATCTTCAGAATGGGATGTTTAGCAACGA
GCTGAACAACCAACAACAAACTTTATATAATAATCAAAACAGACAATCGC
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tcactttttgatctCGAGGGAGGCGAATACTAACTTAACAATTTTTCTTC
AcacgcaaaaaatcaaaaaattctgtTCTTTCTTTCTCATGTAATGAAAA
TGttgtataaattttttttaatttaatatttttttctcaagaaataGTCT
TTTGTTTAATTTTCGTAATNTCAGAGGACCATTACCTCAAAGATTACCAT
TCTCTCCATCATAACTTATCTCcacaatattttgtttttagaattcCATC
AAGTCTGAGAATATGGATGACATCATGGACATTATTGGAGGTCagctttt
tttcttcatcactTTATTTTCTCCTGTTGTGTCAAAATTGTACACGTGAA
CCCTGCGTGAACACCAAACTTAACAGCCTTCTGAGCCGAAACCACCTTTT
TTTCCATTCCACAAAATTTACATGAGTGAAGAATCAGTATGGTGATGACA
TTGAGTGATTTCAATTtaaatgcttttgaaaattgTCCAATCACAAGACT
AGAAAGACCTGTCAATCACCCGATTCGTTAGTCGACAGGTTGCCATCAAT
TCTAGCACCGCAAAGGGGTAGGGTTCAAGTTTTTCAGCGTTGGTTGTCTT
CAAACGAGTTTATTCTCGTACATATGACGACATCCGACCATGTTAAATTT
GGACTCAACCCCCTTGATCGCTTAGGGCTTGATGTGTGGATCGCATgaca
tcaattttcaatttgaagaGTTCTTTCTTGTCTGGTTAACAGGAGTTGTG
TTTGAATTAGTCAAGCTTAGATGACTCGCGTTTTTGTGATCAAAACCTTT
TAGCCACTGACATGTTCGGTCAACACACCTGTAGGTGATCAAGCCCCCTA
AAATTGTACGACTTTCGCTATGAGCTCACTACTAACTTTCCATGTATTAA
TTTTTCAGAACTCTCCTCGTCACCAGGCCTTATGAAAGAACCGCCACCTC
CTTACAACTCGTGTTACTATGACAACAAGAAATTGCTGACAGAGCAAAAA
CCGTTCAACACTTCGGACGCGCACGATTTGAACCTTTTATCAGGTTCGCC
TTCACAGAACTTTTTGAACAATTCTTTTTATAACACGGCTGGTTTTAACA
CCTCCTCCTCCACCGGAAGCATCCCGCAACAAACCTCACCTACGCCTTTC
CGTGGAACCTCTCCTTCGCATTTCATGAACACGGCGGCGCTTTCACCCAC
CAACGCCACCACGGATGACCCAATGGAGTTGGACCGCTTTCCCTCACCAA
ACATGATGGCGTCCAACAATTCTTTAAACTGGCTCGACCTGAATATGGAA
CCAAATTCTCCTAATATGAATTTTCAGACAATAAAAGACAATAATACTGC
GAATACCACAAATTCAATGAATATGGATCTTCAGAATGGGATGTTTAGCA
ACGAGCTGAACAACCAACAACAAACTTTATATAATAATCAAAACAGACAA
TCGCAGAATTCTCTGTTTTACGGTAGCAGTCCTCGACAGCAAGATGgttt
tatttcactttttgatctCGAGGGAGGCGAATACTAACTTAACAATTTTT
CTTCAcacgcaaaaaatcaaaaaattctgtTCTTTCTTTCTCATGTAATG
AAAATGttgtataaattttttttaatttaatatttttttctcaagaaata
GTCTTTTGTTTAATTTTCGTAATTTTCACTTCTTTACGGtaaaaaacttg
ttttaaaagttattgaaaattaattaaTA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_013888XLOC_013888Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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TCONS_00024728-exon-sc0000509-1491911889:148571..150330TCONS_00024728-exon-sc0000509-1491911889:148571..150330Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00024728-exon-sc0000509-1491911889:150954..150983TCONS_00024728-exon-sc0000509-1491911889:150954..150983Clytia hemisphaericaexon
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000509supercontigsc0000509:138666..153994 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.150277	0	0	0.101117	0.000217612	0.706297	0.0020854	1.60886	0	0.108447	0.759904	0.348797	0.00052638	0.167741	0.0253332	0.154353	4.68606	2.20438	0.895442	0.147255	7.87784e-10	0	0	0	5.16544	0.333582	0	0	0	0
Blast
[Close]
BLAST of TCONS_00024728 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: MKL1 (MKL/myocardin-like protein 1 OS=Homo sapiens GN=MKL1 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 96.2857 bits (238), Expect = 3.783e-20
Identity = 50/102 (49.02%), Postives = 74/102 (72.55%), Query Frame = 3 
Query:  201 TPAIFNKVAQ-LERKKTGDFLTKKIRARPSRQQLIQRHILSADSRVDPSLLEKVGKLERQRIADQLNERLLQRPGPIELIQDRILPVESPIQNAIDQGSVDY 503
            +PA F++  + LER +T D+L +KIR+RP R +L++ HIL  ++  +PSL  K  KL+R R+AD LNE++ QRPGP+EL++  ILPVES ++ AI  G V+Y
Sbjct:    6 SPAAFHEQRRSLERARTEDYLKRKIRSRPERSELVRMHILE-ETSAEPSLQAKQLKLKRARLADDLNEKIAQRPGPMELVEKNILPVESSLKEAIIVGQVNY 106
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00024728 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
MKL13.783e-2049.02MKL/myocardin-like protein 1 OS=Homo sapiens GN=MK... [more]
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