TCONS_00024729 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00024729
Unique NameTCONS_00024729
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2951

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00024729 ID=TCONS_00024729|Name=TCONS_00024729|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2951bp
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TTGAACCTCGTCGATTGGTCAAAAGTTTCCATAACTCAATTCTGATTGGT
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CTTCTTTACGGtaaaaaacttgttttaaaagttattgaaaattaattaaT
A
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000509:138669..153994+

Legend: exon
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>TCONS_00024729 ID=TCONS_00024729|Name=TCONS_00024729|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=15326bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000509:138669..153994+ (Clytia hemisphaerica)
GGAAGCTCTGCtttattctgaattttttgccGATGGTGGATTTTGTTAAT
TTGAACCTCGTCGATTGGTCAAAAGTTTCCATAACTCAATTCTGATTGGT
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AACCGTCCCACAATCCTCTCCCAGCATCATGCAATACCAGGTCGTCCCTG
CTACCTCTTCTTCCGACGAGCAACTCTCTAGACTGGATCAAGTCAACACG
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GTTTCGATCTTTCGGAAAGCAACTCGCAACCGCTCGGCCTCTCACAGTCC
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TAATCTCAACTACAACACATCTCTCAGTAATTCTTCCCTTCACACAGACG
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CGTGCATCCAGTGAACCGGCTTCTCAATTGAAGAAAATGCATCCACTGAA
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tttattgaagAGTTCTTTCTTGTCTGGTTAACAGGAGATGTGTTCAAATT
AGTCACGCTTGAACGACTCGCGTTTTTTGTGATCAAAACCTTTTAGCCAC
TGACATGTTCGGTCAACACACCTGTAGGTGATCAAGCCCCCTAAAATGGA
CCGACTTTCGCTATGAGCTCACTACTAACTTTCCATGTATTAATTTTTCA
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CTCCTAATATGAATTTTCAGACAATAAAAGACAATAATACTGCGAATACC
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tgtataaattttttttaatttaatatttttttctcaagaaataGTCTTTT
GTTTAATTTTCGTAATNTCAGAGGACCATTACCTCAAAGATTACCATTCT
CTCCATCATAACTTATCTCcacaatattttgtttttagaattcCATCAAG
TCTGAGAATATGGATGACATCATGGACATTATTGGAGGTCagcttttttt
cttcatcactTTATTTTCTCCTGTTGTGTCAAAATTGTACACGTGAACCC
TGCGTGAACACCAAACTTAACAGCCTTCTGAGCCGAAACCACCTTTTTTT
CCATTCCACAAAATTTACATGAGTGAAGAATCAGTATGGTGATGACATTG
AGTGATTTCAATTtaaatgcttttgaaaattgTCCAATCACAAGACTAGA
AAGACCTGTCAATCACCCGATTCGTTAGTCGACAGGTTGCCATCAATTCT
AGCACCGCAAAGGGGTAGGGTTCAAGTTTTTCAGCGTTGGTTGTCTTCAA
ACGAGTTTATTCTCGTACATATGACGACATCCGACCATGTTAAATTTGGA
CTCAACCCCCTTGATCGCTTAGGGCTTGATGTGTGGATCGCATgacatca
attttcaatttgaagaGTTCTTTCTTGTCTGGTTAACAGGAGTTGTGTTT
GAATTAGTCAAGCTTAGATGACTCGCGTTTTTGTGATCAAAACCTTTTAG
CCACTGACATGTTCGGTCAACACACCTGTAGGTGATCAAGCCCCCTAAAA
TTGTACGACTTTCGCTATGAGCTCACTACTAACTTTCCATGTATTAATTT
TTCAGAACTCTCCTCGTCACCAGGCCTTATGAAAGAACCGCCACCTCCTT
ACAACTCGTGTTACTATGACAACAAGAAATTGCTGACAGAGCAAAAACCG
TTCAACACTTCGGACGCGCACGATTTGAACCTTTTATCAGGTTCGCCTTC
ACAGAACTTTTTGAACAATTCTTTTTATAACACGGCTGGTTTTAACACCT
CCTCCTCCACCGGAAGCATCCCGCAACAAACCTCACCTACGCCTTTCCGT
GGAACCTCTCCTTCGCATTTCATGAACACGGCGGCGCTTTCACCCACCAA
CGCCACCACGGATGACCCAATGGAGTTGGACCGCTTTCCCTCACCAAACA
TGATGGCGTCCAACAATTCTTTAAACTGGCTCGACCTGAATATGGAACCA
AATTCTCCTAATATGAATTTTCAGACAATAAAAGACAATAATACTGCGAA
TACCACAAATTCAATGAATATGGATCTTCAGAATGGGATGTTTAGCAACG
AGCTGAACAACCAACAACAAACTTTATATAATAATCAAAACAGACAATCG
CAGAATTCTCTGTTTTACGGTAGCAGTCCTCGACAGCAAGATGgttttat
ttcactttttgatctCGAGGGAGGCGAATACTAACTTAACAATTTTTCTT
CAcacgcaaaaaatcaaaaaattctgtTCTTTCTTTCTCATGTAATGAAA
ATGttgtataaattttttttaatttaatatttttttctcaagaaataGTC
TTTTGTTTAATTTTCGTAATTTTCACTTCTTTACGGtaaaaaacttgttt
taaaagttattgaaaattaattaaTA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_013888XLOC_013888Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000509supercontigsc0000509:138669..153994 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.62952	0	0	0.394522	0.000807394	2.8352	0.0076198	6.91882	0	0.392801	2.76751	1.3849	0.00237006	0.960676	0.120738	0.733239	0.146916	1.98967	3.44439	0.638128	3.58997e-09	0	0	0	0.478287	1.38977	0	0	0	3.63869e-10
Blast
[Close]
BLAST of TCONS_00024729 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: MKL1 (MKL/myocardin-like protein 1 OS=Homo sapiens GN=MKL1 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 96.2857 bits (238), Expect = 3.776e-20
Identity = 50/102 (49.02%), Postives = 74/102 (72.55%), Query Frame = 3 
Query:  198 TPAIFNKVAQ-LERKKTGDFLTKKIRARPSRQQLIQRHILSADSRVDPSLLEKVGKLERQRIADQLNERLLQRPGPIELIQDRILPVESPIQNAIDQGSVDY 500
            +PA F++  + LER +T D+L +KIR+RP R +L++ HIL  ++  +PSL  K  KL+R R+AD LNE++ QRPGP+EL++  ILPVES ++ AI  G V+Y
Sbjct:    6 SPAAFHEQRRSLERARTEDYLKRKIRSRPERSELVRMHILE-ETSAEPSLQAKQLKLKRARLADDLNEKIAQRPGPMELVEKNILPVESSLKEAIIVGQVNY 106
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00024729 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
MKL13.776e-2049.02MKL/myocardin-like protein 1 OS=Homo sapiens GN=MK... [more]
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