TCONS_00024873 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00024873
Unique NameTCONS_00024873
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2841

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00024873 ID=TCONS_00024873|Name=TCONS_00024873|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2841bp
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TCTAGAATTTCATCAATGTCTTCATCATTTTGAATAATGTCATCTGCTTG
ACTATTATCATCGGAAGGCTCCAATATGGAGGCAGAGTCCGTGATAGTAT
TATTGATAGTCTGTGAAGTATTTCCAACGAGAGAAGTGGTCGGAGGTATT
GAAGGAGTGTCTATAGAAGAAGATTGAGAGAAaatattgttttgttgttg
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GTGGCTGTGATTGCGGTATATTTCCCTGTACAGTTTGCTGTAAAGGCTGT
TGTAGTGTCTTGGGTGTCATTTGCGCTTGTTGTAGCGGTCCTGTTGGTGG
CTGTTGCGCAGATTGTTGTAGGAAGTTTTGATTACCTGAAAACTGTTGCT
GGTTGGATTGTTGCATATTATTTGTCAGTTTATTATTGGTATTGGTCGTT
GATTGTTGCTGCAACATTTGTTGCATATTGTTAATATTTGTGTTGTTATC
CGCCGAGTTCACCATCATTGGTTGAAAGTTCATATTTTTCTGTTGCTGCG
CTTGTTGCTGGCTCAACATTTGCTGTTGTTGCAAACGCTGTTGTTGCTGT
TGTATGAAACGATTTCGAAGAATTTGTTGTTGTTCTGGTGTCATTTGATT
AGCATTCGGTACGTTGGAGAAATTATTACTCATGCTTGAAAAGTCTTGGT
TTGAACTACTAAAATTATTGTACTGGTTATTTGGTGTATTCAAATTACTA
TTGGGCTGCATCATATTCCTCGATAGAGAAGGGGGGAATCGATTCATATT
GTTCATGCCCATTTGATTGTTCATACCTGACATTCCCATACTTGAATCCT
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ATGTTCAACATGGCCGCTTGGTTCATCATACTACTGTTCATTTGATTATT
ATAACGTGGTGGTGCTTTATTGTTCATATTAAACATTGGTTGTTGACCTT
GGTTCATATTTGGGGGCATGTTATACATGCCGTTTATACGTTGACTAGCC
ATCATATCCTGTAGAATCTTACTCTTTGCATTGTTATTAGGGTAGAAACT
GTTGGAATTACCTGCGAACATTGGATTATTGGAGCTTTCCATTTGGTAAG
GTGGTGGGTAGCTACCATATCCGTTTTGTTGACCAGGCATGCTATTCATT
TGCGGTGTATTCATACCCGTCATATTGTTATTGTACATATTATACTGGCT
CTGAGCACCTGTCGGTAATCCAGGGGGCATTTCGTTCGACATGGGATTTA
CTTTCATACGACGTCTAATTAAATCCTGAAGTTTATTGTGTGTATGTGAC
TGAACATGATTGGATGAACTCATTCCATAGGGCGGTTGCTGTTGGTTGTT
CATTTGCTGCTGAGGGGAGTTACCTTGGTTTGTGGTTTTACTCGCGATAG
CACGGTCTAGCAATTTACGAACATCTGGTACATTATTACCGATTCGTGGT
AAACTTGGTGGTTGAGCGTTCAAATGGGAATTATTGTTGACAGGAAGTCC
AGCACTCATTGTTTGGTTAGCATTATTCATCATAGTATTCCCACCGTTGT
TCATCATGTTTTGATTGAGGGAGGATAAATTCATGGTTGAAGAATTCAAA
TTATTCATGTTGTTTTGCTGCATTGGTGTTTGTTGTTGATTCTGATTAAT
CACTTGGCTATTGTTTATTAAGTTATTATTACCTGGTGTTATCCTTTGCA
TTGGAGAATTCATGTTCATTTGTTGAGAATTTGTTCGATTGATAAGGTTG
CGATTCATGTTCTGATTGGGGTTATTCATTTGGTTTTGCCAATTCTGTTG
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TGATTAGCCATGTGCGATTGGTTTGACATTTGGTTTTGAAGAAGAGGATT
TGGGTTGTTTTGTTGTGGTTGTTGCATTTGTAGTTGCTGCTGGATTTGGT
TCTGCATCATTTGAGGGTTTTGCTGGTTTGAAATTTGAGGTGGTAATTTA
TTTTGCATTGGTTGATTGGGTTGAGTCTGTTGTTGTAGCTGTTTTGGAAG
acctttttgttgttgttgttgttgcattGCATTGTTTGGCAATTGTTGGG
TATTTAATTGCGGTTGTTTAACCAAATCATTGTTCGTAGTGTCTCTTTCA
GTTTTAATTTCAGCCTTAGTGATGATTTCTCCGAAGTATTTAGTTTTGCC
ATCAAATAAGTCACCGTTCGTAGTTTGTGAATTATTCGAGTTCTGCAACG
GTTCAACTTTTACATGGTTTTGAGCTTTATCGTTTTGTTCTTCAATCATT
TTGACAACGTCCTTTAGAACTTGAGGTGTGTTGATAGTCGAAGATTTGGA
AGCCAACCCTAAGTTCATACTGGAGACAGGTAGACTAAGCTTCGGTTTCT
CTTTAGGTACGTTCGTTTGGAAAGGATTGATGTTCGGTTGAAGATTTGAG
TTAACATCATACGAATTGGTACTATTGCTTCGATTATTCAAAAATGCTTG
CTTGTTCTGATCGCCAACACGAGATACTTTGGCCATTGATTCATCATTTG
TTTGGTTGCCATTGAATTGATCGTATGTCCTCTTCTGATTattctgaaga
aaaaagttgtaTAGAGTATTATACTATAGTAAATGTCTAAA
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000512:233340..236258+

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00024873 ID=TCONS_00024873|Name=TCONS_00024873|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2919bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000512:233340..236258+ (Clytia hemisphaerica)
NTAGAATAAGCTTATAAAAAATTAGTAAATGTTATACTATATAACTACTA
TTTTGCGCTAACAGAGCATTTTAATTAAATCAAATTGTTCATTAGGGTTT
TCTAGAATTTCATCAATGTCTTCATCATTTTGAATAATGTCATCTGCTTG
ACTATTATCATCGGAAGGCTCCAATATGGATGCAGAGTCCGTGATAGTAT
TATTGATAGTCTGAGAAGTATTTCCAACGAGAGAAGNGTCGGAAGGCTCC
AATATGGAGGCAGAGTCCGTGATAGTATTATTGATAGTCTGTGAAGTATT
TCCAACGAGAGAAGTGGTCGGAGGTATTGAAGGAGTGTCTATAGAAGAAG
ATTGAGAGAAaatattgttttgttgttgcgATGGTTGAGATGTGAGTGGT
GGTTGAGTTTGTTGTATGGAAGTTTGTTGTGGCTGTGATTGCGGTATATT
TCCCTGTACAGTTTGCTGTAAAGGCTGTTGTAGTGTCTTGGGTGTCATTT
GCGCTTGTTGTAGCGGTCCTGTTGGTGGCTGTTGCGCAGATTGTTGTAGG
AAGTTTTGATTACCTGAAAACTGTTGCTGGTTGGATTGTTGCATATTATT
TGTCAGTTTATTATTGGTATTGGTCGTTGATTGTTGCTGCAACATTTGTT
GCATATTGTTAATATTTGTGTTGTTATCCGCCGAGTTCACCATCATTGGT
TGAAAGTTCATATTTTTCTGTTGCTGCGCTTGTTGCTGGCTCAACATTTG
CTGTTGTTGCAAACGCTGTTGTTGCTGTTGTATGAAACGATTTCGAAGAA
TTTGTTGTTGTTCTGGTGTCATTTGATTAGCATTCGGTACGTTGGAGAAA
TTATTACTCATGCTTGAAAAGTCTTGGTTTGAACTACTAAAATTATTGTA
CTGGTTATTTGGTGTATTCAAATTACTATTGGGCTGCATCATATTCCTCG
ATAGAGAAGGGGGGAATCGATTCATATTGTTCATGCCCATTTGATTGTTC
ATACCTGACATTCCCATACTTGAATCCTGCTGGAAATGACGCAACCGAGC
CGCAGATGAATTCATACCACCTGGATTCATGTTCAACATGGCCGCTTGGT
TCATCATACTACTGTTCATTTGATTATTATAACGTGGTGGTGCTTTATTG
TTCATATTAAACATTGGTTGTTGACCTTGGTTCATATTTGGGGGCATGTT
ATACATGCCGTTTATACGTTGACTAGCCATCATATCCTGTAGAATCTTAC
TCTTTGCATTGTTATTAGGGTAGAAACTGTTGGAATTACCTGCGAACATT
GGATTATTGGAGCTTTCCATTTGGTAAGGTGGTGGGTAGCTACCATATCC
GTTTTGTTGACCAGGCATGCTATTCATTTGCGGTGTATTCATACCCGTCA
TATTGTTATTGTACATATTATACTGGCTCTGAGCACCTGTCGGTAATCCA
GGGGGCATTTCGTTCGACATGGGATTTACTTTCATACGACGTCTAATTAA
ATCCTGAAGTTTATTGTGTGTATGTGACTGAACATGATTGGATGAACTCA
TTCCATAGGGCGGTTGCTGTTGGTTGTTCATTTGCTGCTGAGGGGAGTTA
CCTTGGTTTGTGGTTTTACTCGCGATAGCACGGTCTAGCAATTTACGAAC
ATCTGGTACATTATTACCGATTCGTGGTAAACTTGGTGGTTGAGCGTTCA
AATGGGAATTATTGTTGACAGGAAGTCCAGCACTCATTGTTTGGTTAGCA
TTATTCATCATAGTATTCCCACCGTTGTTCATCATGTTTTGATTGAGGGA
GGATAAATTCATGGTTGAAGAATTCAAATTATTCATGTTGTTTTGCTGCA
TTGGTGTTTGTTGTTGATTCTGATTAATCACTTGGCTATTGTTTATTAAG
TTATTATTACCTGGTGTTATCCTTTGCATTGGAGAATTCATGTTCATTTG
TTGAGAATTTGTTCGATTGATAAGGTTGCGATTCATGTTCTGATTGGGGT
TATTCATTTGGTTTTGCCAATTCTGTTGTGGATTTTGTAATGGTTGTTGC
GCGGCCAGAGGTTGCTGTTGGGTTTGAAGCTGTTGTGGCTGTTTTGGGAT
TTGGTTCTGGTTGTTTGGCATTGGTTGCTGATTAGCCATGTGCGATTGGT
TTGACATTTGGTTTTGAAGAAGAGGATTTGGGTTGTTTTGTTGTGGTTGT
TGCATTTGTAGTTGCTGCTGGATTTGGTTCTGCATCATTTGAGGGTTTTG
CTGGTTTGAAATTTGAGGTGGTAATTTATTTTGCATTGGTTGATTGGGTT
GAGTCTGTTGTTGTAGCTGTTTTGGAAGacctttttgttgttgttgttgt
tgcattGCATTGTTTGGCAATTGTTGGGTATTTAATTGCGGTTGTTTAAC
CAAATCATTGTTCGTAGTGTCTCTTTCAGTTTTAATTTCAGCCTTAGTGA
TGATTTCTCCGAAGTATTTAGTTTTGCCATCAAATAAGTCACCGTTCGTA
GTTTGTGAATTATTCGAGTTCTGCAACGGTTCAACTTTTACATGGTTTTG
AGCTTTATCGTTTTGTTCTTCAATCATTTTGACAACGTCCTTTAGAACTT
GAGGTGTGTTGATAGTCGAAGATTTGGAAGCCAACCCTAAGTTCATACTG
GAGACAGGTAGACTAAGCTTCGGTTTCTCTTTAGGTACGTTCGTTTGGAA
AGGATTGATGTTCGGTTGAAGATTTGAGTTAACATCATACGAATTGGTAC
TATTGCTTCGATTATTCAAAAATGCTTGCTTGTTCTGATCGCCAACACGA
GATACTTTGGCCATTGATTCATCATTTGTTTGGTTGCCATTGAATTGATC
GTATGTCCTCTTCTGATTattctgaagaaaaaagttgtaTAGAGTATTAT
ACTATAGTAAATGTCTAAA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_013983XLOC_013983Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00024873-exon-sc0000512-1491911889:233340..233506TCONS_00024873-exon-sc0000512-1491911889:233340..233506Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00024873-exon-sc0000512-1510915933:233340..233506TCONS_00024873-exon-sc0000512-1510915933:233340..233506Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00024873-exon-sc0000512-1575043694:233340..233506TCONS_00024873-exon-sc0000512-1575043694:233340..233506Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00024873-exon-sc0000512-1491911889:233585..236258TCONS_00024873-exon-sc0000512-1491911889:233585..236258Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00024873-exon-sc0000512-1510915933:233585..236258TCONS_00024873-exon-sc0000512-1510915933:233585..236258Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00024873-exon-sc0000512-1575043694:233585..236258TCONS_00024873-exon-sc0000512-1575043694:233585..236258Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000512supercontigsc0000512:233340..236258 +
Expression

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Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00024873 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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