TCONS_00026187 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00026187
Unique Name	TCONS_00026187
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	7556

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000564:103802..135183+

transcript sequence

>TCONS_00026187 ID=TCONS_00026187|Name=TCONS_00026187|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7556bp
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TGTGTGAATGCGTCCAAAATTGGCTTTCCAATGCTGAAAATGTTCAAAAG
CAGTTGGAGAATGCAACAGAAAGCCAGCCAGCACAATGCCATTCAGTGCT
TCACTTGCTTCATCACTGCATTGAAGTTTTTCCTGAATGCTATGTTCGTA
AGCATTCTGATAGTCTTAATGAGACTGAAGAGAAACAAGAATCCAGTAAA
GGTTTTACATGCTGGATAGTCTCCCAGATGATGCAGATTATTTCACACGG
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TcagtttgatgacgtcacttttgATGAACCTGTTTATTGTAATTATTTCA
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GTGACATTGGAAGCCTATAGCCAGTGTCAATACTTGATTAACAATTTGAG
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TGAGACCTATTCAATGCAATTGTTGAATAAGATCGTTCGTATGATTGAAA
TTACCACAGATGACGTTGTTATGAAGCATCTGTTGAATGTCTTGAATGAA
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ATTTAAAACCTTGCTGAAAAAGTCTTGTAGCATACTTAGGGTAGATCAgg
aaACTTGTGATATTATGAAATCGACAATTGGTCATTATTTTGTCAGTGAC
ACAGATACAACgaatgaTTTAATCAGAGAAGGCTTGCGTGAGGAAATGAT
GACCATTGTCAAAGGGCTTCTTGCAAATTCTGGTAGCAACAGGTTGAACC
AATTGAAATCGCTTTGCTTTATCATGGAGTTGATTCTCCAAAATGTGAAA
GATGACAGCTTAGCAGATTTGTTTGCTGAAATACAACTTGGAGAAGTGTA
TCAGATGATAATACAGCTTTGCAAGCATCCACGAAAAATCAGGAGTTTCA
AGGACTACTATCCACACATCATCACCTTATTGAAGAGTCTTTACATATCG
GCCACCGTCCTTGATACAGCAGCTGCGGAGGAGATTTTACAATCTTGTTT
AGAGCTTGCTTCTATTCCGTGGATCTCCACCATAGATCCGCCATGGTTTG
ACTTAAAAATCGTTACATTCACTCAAGATGAATTATACCAAATGTACCAG
TTGGTTCAAAGTGATACTGTATCGATTCAACAATGCTGTTTAGACTTACT
GTTAGTTCTCAGTATAAACGCCCAATGTCACACCTGGATATCGCATATTA
TAAGAAATACAATGGCCAACTCCAACAGTCCACCTACCATTCATCAACAG
TTGCTTAAGATGTTGCCAGAGTTTGTGTTGACTTTGAAAGAGAACGGACT
TCATGTTCTGGAAGATGATTTGTTAATGTTTGTAAGGTCAGCGTCACCTT
CTTTGGTGGAAAGAGTTGGAGAGGTCATCTCCAAAGTCATTTGTGTTTTG
AGCAAGAATTCAAAAATTGGTTTGAGGAATGGACGAGCTGTTATTACTTG
TACCTCATGTGAAAAAGGTGACAAAGAATCCGGACAGCTTGATTCACCGG
ACGTTTTCCGTGTCCTCAAGCCGTTCTTTCTGATGGTCAAACAATCATTG
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CCATGTTGATTCTATGGATGAGATACGGTCGTTATGGCAACCTGTGCTGG
ATTTATTGTTAGATCCAGACTATGAGACGAGATATTGTTTGAGTGAATCA
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GGATCAAATCTCAGGAGCATTCGTCAAAGCTAGTGCAGCCAATGATAGCA
GTGTCATGGAAACTCTTATACTTTCCATGGGAAATGTAGGAATAATGGCT
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TAGCACGGGCTAAGAAGATGTCTTATCACAGTCTATTCATGGCAAGCAAA
AGTCAGCTTTGTAACATGACtgtgaagaaagttttaaagtcaTTGGAAGA
AGGGAAGGACTACCAAACGGTAACGGATGAGTTTGTTTCAATCGCTAAGT
TATTCGAATTTCCAGATGTCAAAGCCTACCTaacgGAAACAGCTACGGAA
ATGTTACCAAAGATTGTCGAGAATGTTTCCACTCACTCATCCATCATTCT
TCGCCTGTTCGCCAAATATTCCTCACAGAATCGCCGTGAAATGCTCTTTA
ACAATTTCAAGTATATCTTCTCGTATCTTCTTCGAACCATCTCGGATGAA
AAACACTTGGAAAAATGCTTAGGATATTTACAGGAAGAAGCGCAAGTAGA
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TATTGTACATGAGTGTCAACCGTGATCAAGTCTATCACGGATTCAAAATC
TTGGTTGGTAGTGACGATTCTTACGAAGGGccaaaagactttcaaaatga
TGAGCACGTGGCCATGTTTTTACAGCCGAAACTTTTGGGTGTTTTGGCTT
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ATTTTCTCATCGTCCGAAACAGaGTGAATTTTCGTGACCATTTCAAGGAG
GTTTATTTCCTTCCTGAACACCCATCCTTGCGCAAAGCCAAACAACTCAT
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TGCAATCAGCAATCAAATCCATGAAAAGTGAAAACGAGGATGTCCAGAAA
TTCGCTCTGCAACGTATCTGTGACCTCCTTGAAACGAACACGACTTACCT
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TTCTACAAGCGCTTATGCAAGTGCCGAAAGAACGCGGCGAGCAGATTTAC
GCACTGGTTGGAAAATGTTTCGGATTAATTGGCGCAGTAGATGTTGGCAA
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TCTACGATGATGCTAAGTTTCCAGTTGAAATATTGAATGAACTTTGTCGC
TCGTTTGTGTCTGCTTCCAGCACGCGCGCTCAAGATTGTGCTGCTTTTGC
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CTGGCTACACTTTATGGTCACAATTCTCCGATTCGATGAAAGAAATCTTG
GCACCCCACTTAAGATCGAAATACCGTAGCACATCCAATTACAACTGGTC
AAAACTTCAACTACCGATCTATGGAAGTCCAAAAGGAAGCTCTTACAAAG
ATTGGACAAGCAATTATACAAGTTATTTGATTCATCACATCAAAAATGAA
CGATTCTCGAAATTGATGAAACCGTTCTTGTCTGGATTGAAATATGATTT
GCGGTTGTCACTTTTCCTCATGCCGCACGTTATACACCACACTTTGATGT
CAGGGAACATCGCTTTGGTGAACACCGAATTCAAATGTATCTTGGAACAA
ATGAATGATGCAACCACCGCGAAGAAGGACATTACACACCTTTGTTTACA
AACACTCTTCTCCGTTCTGGATTTCTTGTCATCGTGGTACAAAAATACTG
AAGATACAAACGAAGCCGAAATCATCACTGGGCGAGCtaacatcaaaaca
tttttgGATAACATTCCGAGAAACAAAATGGCGATCGCTTCACTGAATTG
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ATTCTGAACACATTGACAACCATttagaattccttcaaaagatTTACTAT
GCTTTGGATGAACCGGATGGCATCAGCGGTATAGCTGCAACACGGAACAG
AACACCAACACTGAacgagaaaattttccaacacaGAAGTGCAGGAAATT
TGCGAGGTGCGGTCGCTTGTTACGAACGAGCAATCTTCATCGATCCCGAA
GAAGTACAACATCATAAAGGTCTTTTAAATTGTCTCGTTAGCCTCGGTCA
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ATTGGAGCGACGATTTACAAACATATCAAGCGGAAGTCTCCTGGCGTTTG
GGACAGTGGGATAAATTGAAGAAAACTGTCCAACCTTTGAATACGGAGCT
CAAACAAGATTGGAGTATTTCACTTGGAAAGTTGTTATGTTCATTTAAAT
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CAGACACGAGTGTTGTTAAACGCGAATTTCGGGTCTGGAGGATACACACA
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GCTACCACAAGATTGCTTAAAGAATTTGATACCCGTCTAAACATCACAGA
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GATAATGTATGGTTGAAGATTGCTAAAACGGCAAGGAAAGACGGGTTGAT
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aaattATAGTTGAGAGAGCAAATTGGTATTCCTGTCAAAAGAAAGTTCAT
GAAGCTTTCTTATGTGCCAAAGGAGAAACCGAGTTTACTGCCAAAAACCT
CTCCGCAAAGaGAATCTTACAAAAAGCTACATTAATGGAAGAAACAGAGA
GCTCAGAACCAGGCACCATTCTCGCCGTTTACAAAGAGTTACCAGAGAAA
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TTGGTTAGACTTTGGACAAGTTGCACACCTAAATATCACAGGAGaaTCAA
GTAGTGCTAAACAGAGCGAAGTGAATTATTTCAAAGACTGGTTAAAAAAA
GTCAATGACAATATTCATCAATTAGTGCAGATCTTACCACCGTACAAGTT
TCTCACCGCCCTATCACAGCTCGTATCGCGCATATGTCATCCTTCAAAAC
AAGTGTGGGAATTGTTGAAAGCTATTTTATGCAAGATTTTCAAATCGTAC
CACCAACAAGCAATATGGTATACAGTCGCCGTTTACAAATCTACGGTACC
GATGAGAAGCTCTCGTTGCAAAGAGGTCTTCCAAGATGTTATCTCGTCGA
ATTCCAACTTGAAATCGTTCATCCAACAATCGTTGGAATTGACTGAAATG
CTTTTAACAATTTCCAACCAGAAATGCAGTGGTAGTAAACTGAGCATGCG
CAAAGATTTCCCAACTCTTGTTCGAATGTTGAAAAATCCaaatttgagcC
CGATCATGGTGCCTCTTCAAAGAACACTTACCGTCAAAGTCAGTAACAAA
GCTGAAAGTAAATTCGATCCGTTCCCAGACGCACTACCTTACATATCTGG
TGTTGATGACATGGTGGATGTGTTAAGTTCTTTACAGAAACCAAAAAAGA
TCAAAGTGCGAGCTTCAGACGGATTACTATACCCGTTGATGTGTAAACCG
AAAGATGATTTGAGAAAAGATTGCAGACTGATGGAATTTAACTCCCTCGT
TAACAAGtttcTGCTTCAAGATTCCGAATGCAGACGACGCCAACTTCACA
TCCGGACGTATGCGGTCATCCCTTTGAATGAAGAATGCGGACTGTTAGAG
TGGGTGCCGAACACCAAGGGACTTCGTATCATCCTGCAAGATATTTACAG
AGAAAAAGGGATCAGTTATCGTGTACACGACTTGAAGCAAATATATGATC
ACATGACCCGAGAACCACAGAAAGCTAGGAAGTGTGAAATCTTTGTCAAA
AGGGTGCTGCCAAAATACCCGCCAATCTTTCACGAATGGTTTCTCAGTAC
GTTCTTCAGTCCCACAAAATGGTACATGGCGCGGTTAGCTTATTGCCGAA
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TGACTTTAATTGTCTCTTTAATAAGGGAGAAAAATTTGATTGTCCTGAAC
GGGTTCCGTTCAGAATGACCCATAATATGGTTAAAGCGATGGGTGCTTTG
GGGTATGAAGGTGTTTTCCGTAAATCGTGCGAGCATACCATGAAAGTGAT
GCGCAGGGAAAAGGAATCACTTCTCAGTGTCTTGAATACGTTTCTGTACG
ATCCTTTGGTTGAATGGAAGAAAGATTCTCGAAGGGCTGCAATGAGCGCT
CCCAGTGAAAAATCATCCACTGAGGCCATGGGTATACTTCGAAACATTGA
TAAGCGTTTGAGAGGCATTACCAAACACAGTATGATCCGGAACACCGTGT
TATCCATTGAAGGACAAGTCGACCACCTCATTCAGGACGCCACAGATATT
AGCAACCTTTGTCAAATGTACATTGGGTGGGCTGCTTATCTATGAAGACG
TTGGTTCAAAACCAAAACAATCTTGATCTCTTCATGATTCAAATAGCTAT
GGTGCAACATCTCTACCTCTCCTGTACATTTATAGAAAATATAAAACCAA
ACGATA

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000564:103802..135183+

Legend: exon

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>TCONS_00026187 ID=TCONS_00026187|Name=TCONS_00026187|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=31382bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000564:103802..135183+ (Clytia hemisphaerica)
GCAAAACACCCAAGATTGCGAGAGAAATGCCAATGACACAGCAAAAATTA
TGTGTGAATGCGTCCAAAATTGGCTTTCCAATGCTGAAAATGGTAATATc
ttttaatattatttttaaagacaaaagtaccagatttttcattatttgat
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CGTATTTCCATCTCAGTGAAGTATACAGCTTTTCTGTCCCAAAGTTCTAT
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CTGTTTGGATGATTCAGCTAGGTGATGCGAGTTAAGTTTTTAGACGATTT
TTTAAACAATCCATTTTAAGAAATATGTTTGGTAATAAACTATTCACCTA
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TTAAATTTTGGATTCATTACCAAAAAGTTAGACCACCACTCATTTTAGTA
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TTTAGTACACAGTACTAACTGTTTCTTGACCAAATAAGTTTGGacatgac
cttttgttatagtTCACTGCTCTAGCAGCCTGCTTGTCACAGGACGTCCT
ATTTTCCTTGCCTATCAATATATTCTGGAAGAAATGGgcttttacttttg
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CTACAATCAAACCTTTGGTATCACTTtatttagtacactgtactaactca
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CCATCAATAAACAATAACTAACCCTGGCAAAGATGACCTATCACAAGTCT
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TGTTGCAGAATTCATTTAAAACCTTGCTGAAAAAGTCTTGTAGCATACTT
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AGGGGTGGTTTCTAAACTTATCTGATCTAAAAAACAGCTAGTACAGTGTA
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tgtactaaaagggtggtgttaAAGCCtggtacagtgtactaaaagggtga
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TAATACGCAAGGAGCGATGTTGACCCAACCTTTGAAACCCCGACGTGGGA
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TGGTTATTTCAAGCTTTCAAGGGCAACAAATTTAGAAACTCGTAtgcctt
aaaggaagaaatgtTAAAGTGAAATCAATAAAAGTAAGTTGCCGCCTAAA
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TAACTCTTTCCGTGCCAATGTCTAGTATGTTTGTCATTGCGGAATCTTTT
GAGTGACCCATGGCATGTatatttgacattttctttccCAAAACAATTGG
ATTGCCTCGAAagattttgtccattttttaccttttttcctggtAGCACG
GAAAGGTGTCGGATGCTCTTGATATGtgtatatcattgtttttcgaaaaa
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ttttgtttgtgaTCATGATGATTAAGTAAGACTAGGCACCCTTCTGATCG
TGTGATCTTCTTTAGGGTGCTTTGGGGTATGAAGGTGTTTTCCGTAAATC
GTGCGAGCATACCATGAAAGTGATGCGCAGGGAAAAGGAATCACTTCTCA
GGTAAGTTGTCTTATTAAGTAATCAAGTAAAAGATGGCAAGCAAAATAAA
TGTTACTTGACACTTAAAGGGAACAGTGGGCTTTAGGTCGTTGAAGGATG
TCCCGAGCGGAAATAATTTAGGCTCCCACCAATAACGggattttttattt
actttacgCCAGGGAAATTTATCCTTGTGCGAGATATCAAAAAAAATCCT
TCATCAAAGGGCATCATCTTACGTCCTATACCAtttgcttaaaaattaaa
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CTTAAACGACTCAACCCCTTCTTGGCATCGTTTTTCAGTGGATCATCATC
CTCATTAGGAAAGGGACTCGAACTGTGCCTTTCAAAGGTTTTGCAGTAAT
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TTATGTTAAATTTGATGCATAAGTACATCTTGACCATTAAAGTCTGATTT
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TATACTTCGAAACATTGATAAGCGTTTGAGAGGCATTACCAAACACAGTA
TGATCCGGAACACCGTGTTATCCATTGAAGGACAAGTCGACCACCTCATT
CAGGTAGGGACAAATATTTTTGCCTCTCAATTTTGTGTCCTTTCGAATTA
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TTCAGATGATTAAAATTGAGAGAACAGAGTCAAAAAAGGGTTTCCTTTCC
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GTGAGTTAAATTTATTTGTGTTGGGGgtcgtccacatagtacgtacacaa
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CCCACTCCCctcttcactgcgtacgtaacATATGGGGGCCATCCATATGT
TCGTTGTATGACCTCTTTGTTTGTTGTATGACAATCAATTCAGACTTGTA
ACCTTGATTAGAATGTTCAGTACTGCCATATTAAATACAATCGTTTCAAT
TGTTCTAATCAATAGCCAATCGATGATCCATTGATGAATCGCATCAAATG
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GATCTCTTCATGATTCAAATAGCTATGGTGCAACATCTCTACCTCTCCTG
TACATTTATAGAAAATATAAAACCAAACGATA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_014723	XLOC_014723	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000564	supercontig	sc0000564:103802..135183 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00026187 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ATR (Serine/threonine-protein kinase ATR OS=Homo sapiens GN=ATR PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 1318.91 bits (3412), Expect = 0.000e+0
Identity = 758/2120 (35.75%), Postives = 1213/2120 (57.22%), Query Frame = 3

Query: 1410 LDTAAAEEILQSCLELASIPWISTIDPPWFDLKIVTFTQDELYQMYQLVQSDTVSIQQCCLDLL------LVLSINAQCHTWI---SH-IIRNTMANSNSPPTIHQQLLKMLPEFVLTLKENGLHVLEDDLLMFVRSASPSLVERVGEVISKVICVL-------SKNSKIGLRNGRAVITCTSCEKGDKE---SGQLDSPDVFRVLKPFFLMVKQSLNKKYKLYLTQALSRLVRHVDSMDE---IRSLWQPVLDLLLDPDYETRYCLSESLKDLVK------GGGETLYRQAMDQISGAFVKASAANDSSVMETLILSMGNVGIMASNQFTSIVVISLFNCFVTQDKFLASLAADQIQSIARAKKMSYHSLFMASKSQLCNMTVKKV-----------------LKSLEEGKDYQTVTDEFVSIAKLFEFPDVKAYLTETATEMLPKIVENVSTHSSIILRLFAKYSSQNRREMLFNNFKYIFSYLLRTISDEKHLEKCLGYLQEEAQVELQTMLVSEYQNVLNQLILYMSVNRDQVYHGFKILVG---SDDSYEGPKDFQNDEHVAMFLQPKLLGVLAFFNFVLINSPLN--EKKTALKSIICLLNVLGKKYLTPVRLKVMAILKLSLKHMKDFSEICCEAWLTFTHNVEKEYLGVLISQIIPTVLPLLQYCEEPVLEIINFLIVRNRVNFRDHFKEVYFLPEHPSLRKAKQLIEEQRCRITSLKEFKLELQSAIKSMKSENEDVQKFALQRICDLLETNTTYLQETLIQNENIDVSIKELLQALMQVPKERGEQIYALVGKCFGLIGAVDVGNMDNLFDTSS----DLSNPTSVYDDAKFPVEILNELCRSFVS-ASSTRAQDCAAFAMQETMQFYKCSS-ERNQPGYTLWSQFSDSMKEILAPHLRSKYRSTS-NYNWSKLQLPIYGSPKGSSYKDWTSNYTSYLIHHIKNERFSKLMKPFLSGLKYDLRLSLFLMPHVIHHTLMSGNIA---LVNTEFKCILEQMNDATTAKKDIT----HLCLQTLFSVLDFLSSWYKNTEDTNEAEIIT-GRAN------------------IKTFLDNIPRNKMAIASLNCKSLARSLLYYEEYMNTNSEHIDNHLEFLQKIYYALDEPDGISGIAATRNRTPTLNEKIFQHRSAGNLRGAVACYERAIFIDPEEVQHHKGLLNCLVSLGQLNNASMNVAGIIESRPDWSDDLQTYQAEVSWRLGQWDKLKKTVQPLNTELKQDWSISLGKLLCSFKSKETDKFTDLLSSVRCEQTRVLLNANFGSGGYTQAYQSMLRLHMLRDMEQCSTILFNKDHITSTHNEATTRLLKEFDTRLNITEASYKTRESVLYLHQVFLQLLPDSVRENQFQALSDNVWLKIAKTARKDGLMQTAYSALLNIQNEEKEEIIVERANWYSCQKKVHEAF--------LC-AKGETEFTAKNL--SAKRILQKATLMEETESSEPGTILAVYKELPEKHPTWEKGHFFLAQYYEKLMSKVEDGSKEKYNIKQSHDFLKHIIKSYGFALQYGNKYIYQSMPRLLTHWLDFGQVAHLNITGESSSAKQSEVNYFKDWLKKVNDNIHQLVQILPPYKFLTALSQLVSRICHPSKQVWELLKAILCKIFKSYHQQAIWYTVAVYKSTVPMRSSRCKEVFQDVISSNSNLKSFIQQSLELTEMLLTISNQKCSGSK--LSMRKDFPTLVRMLKNPNLSPIMVPLQRTL-----TVKVSNKAESKFDPFPDALPYISGVDDMVDVLSSLQKPKKIKVRASDGLLYPLMCKPKDDLRKDCRLMEFNSLVNKFLLQDSECRRRQLHIRTYAVIPLNEECGLLEWVPNTKGLRIILQDIYREKGISYRVHDLKQIYDHMTREPQKARKCEIFVKRVLPKYPPIFHEWFLSTFFSPTKWYMARLAYCRTSAVISMVGYILGLGDRHGENILFDATCGDCVHVDFNCLFNKGEKFDCPERVPFRMTHNMVKAMGALGYEGVFRKSCEHTMKVMRREKESLLSVLNTFLYDPLVEWKKDSR---RAAMSAPSEKSSTEAMGILRNIDKRLRGITKHSMIRNTV----LSIEGQVDHLIQDATDISNLCQMYIGWAAYL 7442
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The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00026187 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00026187 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
ATR	0.000e+0	35.75	Serine/threonine-protein kinase ATR OS=Homo sapien...	[more]

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TCONS_00026187 (transcript) - C. hemisphaerica