TCONS_00026281 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00026281
Unique Name	TCONS_00026281
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	780

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000566:150930..158554+

transcript sequence

>TCONS_00026281 ID=TCONS_00026281|Name=TCONS_00026281|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=780bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000566:150930..158554+

Legend: exon

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>TCONS_00026281 ID=TCONS_00026281|Name=TCONS_00026281|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7625bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000566:150930..158554+ (Clytia hemisphaerica)
AATATGGCGGAGAAGAGATCAGAGGCCGGGATTtgatttgtaaacaaaaa
atattttttgtgatttgtAGTGTGGAAGAACAAAAATTTAAGTTGGTATG
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ttcaagtgcaatttttcattctattatcctataatttttttattctacta
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CCAATATTTCACATAGTTAAACAGTGCGAAGGCACTAAAAAGGCATGACC
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CCCTTTTTTCACTAAAACAAATCTTTCAGgtaaataattcagaatatcaC
CATTACCGGATGTCTAGGCATTGATTATTATTGAATTAGATTacaacttt
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GTTTTCTGCTGCTGTTATCTTAGCCAGGGGTTCACttgaagcttttttat
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ATGGTAGTATAGTACATGGTAGTTCTCGATTTTGAGCTTTTGCTTATGCA
GCAGATtgtagttgtttttggaaggtgaaaatttttaatataaatTGATT
GCATATTTTAACTGCTGTTATTTTGGACTGACTACTAATTTTATGTACAT
TTATTATTTTCTTCTGCATTTCTTTTATTCTAGTATCGATTGGTACAAAA
GACATCATTGAAGTTGCTTTTGGTTTTTGTGGAATATACAGAGAACAATG
CATATTTAGTATGGCAAGCAGCACT

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_014766	XLOC_014766	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000566	supercontig	sc0000566:150930..158554 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0.0223008	0.0475449	0.0100767	0.00925191	1.25039	1.50504e-09	0	0	0.000646882	0	1.07655	0.225753	0.00883305	0.956849	0.000839345	0.00723061	0	0	0	1.8967e-06	0.0376849	0	0.00830828	0.001181	0.226329	0.0627152	0.0345587	0.0806824	0.278777

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00026281 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: FHOD3 (FH1/FH2 domain-containing protein 3 OS=Homo sapiens GN=FHOD3 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 345.51 bits (885), Expect = 5.142e-109
Identity = 165/226 (73.01%), Postives = 192/226 (84.96%), Query Frame = 2

Query:  110 CKVQYLDDTDPFNSTSFPEPSRPPAYSFRDGVPVCTQLPAVHRLLSAPHNLDDCALQLSHNLNYLDLELSIDEQDDLLEGFKDN----RKNTIILRTQLSVRVHNIIAKLLTASGRDLRRALFSLKQIFQDDKDLVHEFVTNDGLSCLITVGTDADQNYQNYILRAIGQIMLYVDGMNGVIEHNETIQWLYSLLSSKYRLVQKTSLKLLLVFVEYTENNAYLVWQA 775
            C+VQ+LDDTDPFNST+FPEPSRPP ++FR+ + + TQL  VHRLL APH LDDC LQLSHN  YLDLE ++ EQ D LEGF+D+    +K++IILRTQLSVRVH  I KL  +SGRDLRRALFSLKQIFQDDKDLVHEFV  +GL+CLI VG +ADQNYQNYILRA+GQIMLYVDGMNGVI  NETIQWLY+L+ SK+RLV KT+LKLLLVFVEY+E+NA L+ QA
Sbjct:    6 CRVQFLDDTDPFNSTNFPEPSRPPLFTFREDLALGTQLAGVHRLLQAPHKLDDCTLQLSHNGAYLDLEATLAEQRDELEGFQDDAGRGKKHSIILRTQLSVRVHACIEKLYNSSGRDLRRALFSLKQIFQDDKDLVHEFVVAEGLTCLIKVGAEADQNYQNYILRALGQIMLYVDGMNGVINRNETIQWLYTLIGSKFRLVVKTALKLLLVFVEYSESNAPLLIQA 231

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00026281 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00026281 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
FHOD3	5.142e-109	73.01	FH1/FH2 domain-containing protein 3 OS=Homo sapien...	[more]

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TCONS_00026281 (transcript) - C. hemisphaerica