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transcript sequence >TCONS_00027096 ID=TCONS_00027096|Name=TCONS_00027096|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1336bp ACGACACAAGCAGTATCCACAGTGTTAGTGGATAAAGACATTTTAAACAC TTGTCAATCAAACTAATACCAAACGACATATCAAAATGCCTCAATGGGGT GGTGGTAAAAAATGTGCTCGATGTGTTAAAAGTGTGTATTCCAACGAAGA AATCATAGCTGCTGGAGGTTCATGGCATAAAAGAGGATGTTTCACCTGTA AAGATTGTAACAAATCTTTAGATTCAAACACTGTTGCTGAACGAAAGAAT GAAAACCCTGGAGAACCTGGAGAGATATATTGCAAAGCATGTTATGGGAG GTTGTTTGGACCCAAAGGTTATGGCTATGGAGGTGGAGCCGGTGCACTTA CAAACACTAAATGATCGTCCCTTGTCATTCGATTTGACAAGATATTGAAA TGGCTGGCACACTTTCGCCAAACTATTATTATATACCGATATCTTTTATG ACCTCATTGGCCTTAGCAAAATTCTCGGAACAACCAGTTACCCTATTTGT GTGCGGCTGCTATTTCTATTATATTCTCTTTCGCTCAAGATgagatggtt tgaaattttataagCCATGAAGTTGATTAGCTCTCACTTTACATCTCATT TACCTTTAAAAACGTAAAGTAAATAGTTTTTTAATCCAAACTAAGAGTCA AGATAGACCTTTTcttaaattacgtcacgaacatcacttgccttgtgttc aaacaattaccatggtgattatgtctcttgagacattaaatgattttttt atgagtaGGAAGTAGtcttaataaaatccgctgagAATTaatcataattt caaaacgaggcaagtgatgttcgtaacgtaatttatgaaaaggtctattg aatttCGGCAGATGAgataaagtttttataagatacttaataattggtca tttgaagtaataaaaatgacgcgctctttagaaaaagtaacaaagttgtt ttattacttgttaacgaccaaccaaatcaaataagagcttgtaaaaactc catctcgccCCAATTTTGGAGGTATTTCTGTAAAGTTTCGTCCAACTTCC GGGACTTGAATCCATATTAACTTATTTTCAGTACCAATATAAATACCATA CTTTTTTTCTATACGCATGATTTGTTTAcgttctttattttatttgtata tttttgaatatttcatatcagggttTTTGCTATTGATAAGGATggggaaa attttgatattttttgtagTTGACttagataaaaataaattatttttagg GTAAAATTGAAACCATTGTTACGTTAGGTTTTTTTCCTTTGTTTATTGTT AAAGAGAAATCTGAACAGTATCCTTTTAAATTAACG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000606:73571..82855- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00027096 ID=TCONS_00027096|Name=TCONS_00027096|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9285bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000606:73571..82855- (Clytia hemisphaerica) ACGACACAAGCAGTATCCACAGTGTTAGTGGATAAAGACATTTTAAACAG
TAAGTATTGAAATCAACTGGTTTACATATTTTGATAGATTATTAACCAAA
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GCTAGGTCCGTGCCGTGCTGTAGGCGTACCACCTTCTTTGCCCACTTGTG
CGATATGGTTCGCTCGATCGCGCAAACAATGAAAATATGATGTAATGATA
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TGTTGCGAGAATATTGATATTGTTGCGAGAATATTGATATTGTTGCGAGA
ATATTGATATTGTTGCGAGAATATTGATATTGTTGCGAGAATATTGATAT
TGTTGCGAGAATATTGATATTGTTGTGAGAATATTGATATTGTTGTGAGA
ATATTGATATTGTTGCGAGAATATTGATATTGTTGCGAGAATATTGAGAT
TGTTGTGAGAATATTGAGATTGTTGTGAGAATATTGAGATTGTTGTGAGA
ATATTGATATTCTGTTGTAAGAAATTGGATATTGTTGTGATAATATTGAT
ATTGTTGTCGATAGTTTGAAATATTGTTGTGAGTGATTTATATTGTTGTG
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ATCGAGCACTCTCCATGACAATTTTCAATTGATTGAAAAATAATAAAGAA
GAAGTTTTTCTTTCTGGGTCAAATAGAACTTTTTTGTAATTTTCCTTACA
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TTCTTTAATTGCTTTTGCAAGTCAATTACACGTATTGACAATACAAAAGT
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TTTCGGTCAAATGTTAAAAGTAATAATGATGACGTTTGCATAGCGGTGTG
CTATTCAATCATCTTGGGAATTGAGTATCTATTGATTAAACGGAGAAATT
TAATCTTATTTCAATTGTTTTAAGCCCAGTTTAGATAATGAGTTTTAAGG
ATTTTACTTCACATAAATATTTGTCCGCTTTTTTGAGACCCACTGTAGTG
AAGTTTCTTTTTGAAACCCACCTGCTTAATCTTTTTATTACCTTTTTTAG
AAAACCCTGGAGAACCTGGAGAGATATATTGCAAAGCATGTTATGGGAGG
TTGTTTGGACCCAAAGGTTATGGCTATGGAGGTGGAGCCGGTGCACTTAC
AAACACTAAATGATCGTCCCTTGTCATTCGATTTGACAAGATATTGAAAT
GGCTGGCACACTTTCGCCAAACTATTATTATATACCGATATCTTTTATGA
CCTCATTGGCCTTAGCAAAATTCTCGGAACAACCAGTTACCCTATTTGTG
TGCGGCTGCTATTTCTATTATATTCTCTTTCGCTCAAGATGAGATGGTTT
GAAATTTTATAAGCCATGAAGTTGATTAGCTCTCACTTTACATCTCATTT
ACCTTTAAAAACGTAAAGTAAATAGTTTTTTAATCCAAACTAAGAGTCAA
GATAGACCTTTTCTTAAATTACGTCACGAACATCACTTGCCTTGTGTTCA
AACAATTACCATGGTGATTATGTCTCTTGAGACATTAAATGATTTTTTTA
TGAGTAGGAAGTAGTCTTAATAAAATCCGCTGAGAATTAATCATAATTTC
AAAACGAGGCAAGTGATGTTCGTAACGTAATTTATGAAAAGGTCTATTGA
ATTTCGGCAGATGAGATAAAGTTTTTATAAGATACTTAATAATTGGTCAT
TTGAAGTAATAAAAATGACGCGCTCTTTAGAAAAAGTAACAAAGTTGTTT
TATTACTTGTTAACGACCAACCAAATCAAATAAGAGCTTGTAAAAACTCC
ATCTCGCCCCAATTTTGGAGGTATTTCTGTAAAGTTTCGTCCAACTTCCG
GGACTTGAATCCATATTAACTTATTTTCAGTACCAATATAAATACCATAC
TTTTTTTCTATACGCATGATTTGTTTACGTTCTTTATTTTATTTGTATAT
TTTTGAATATTTCATATCAGGGTTTTTGCTATTGATAAGGATGGGGAAAA
TTTTGATATTTTTTGTAGTTGACTTAGATAAAAATAAATTATTTTTAGGG
TAAAATTGAAACCATTGTTACGTTAGGTTTTTTTCCTTTGTTTATTGTTA
AAGAGAAATCTGAACAGTATCCTTTTAAATTAACG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00027096-exon-sc0000606-1575043694:82807..82855 | TCONS_00027096-exon-sc0000606-1575043694:82807..82855 | Clytia hemisphaerica | exon |
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Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000606 | supercontig | sc0000606:73571..82855 - |
Blast
BLAST of TCONS_00027096 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: CSRP1 (Cysteine and glycine-rich protein 1 OS=Homo sapiens GN=CSRP1 PE=1 SV=3) HSP 1 Score: 81.6481 bits (200), Expect = 1.100e-17 Identity = 56/102 (54.90%), Postives = 67/102 (65.69%), Query Frame = 2
Query: 86 MPQWGGGKKCARCVKSVYSNEEIIAAGGSWHKRGCFTCKDCNKSLDSNTVAERKNENPGEPGEIYCKACYGRLFGPKXXXXXXXXXXLTNTK*SSLVIRFDK 391
MP WGGGKKC C K+VY EE+ G S+HK CF C C K+LDS TVA GE EIYCK+CYG+ +GPKGYGYG GAG L+ K SL I+ ++
Sbjct: 1 MPNWGGGKKCGVCQKTVYFAEEVQCEGNSFHKS-CFLCMVCKKNLDSTTVAVH-----GE--EIYCKSCYGKKYGPKGYGYGQGAGTLSTDKGESLGIKHEE 94
The following BLAST results are available for this feature:
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