TCONS_00027096 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00027096
Unique NameTCONS_00027096
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1336

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00027096 ID=TCONS_00027096|Name=TCONS_00027096|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1336bp
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AAAGAGAAATCTGAACAGTATCCTTTTAAATTAACG
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000606:73571..82855-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00027096 ID=TCONS_00027096|Name=TCONS_00027096|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9285bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000606:73571..82855- (Clytia hemisphaerica)
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TTCATACTGAGACTCAAATAATTTCTTTTATGAAGCCATTTAAAAGTATT ATTATATTGATGGTCTTTGCACGATCATCTGTGTACTGTATACTCTTTTA TAAATTCAAAGGCTTCGTGGTGTATACATAAAATGTATAATCGAAAGGAA ATAGCGTATGATTATCATTTAACTAAACTTAATGAGAGCAACCTTACGAA ATGAATCAGCGCTACTTTTGTGTGAATACGTGAACCTTGCCTTGGCCAGG CCCAATTGATTGTAGGAACCTCTCGGCGCTCCGGAAACTTCCGGAGTTTT CTGAAGCAGCTAAAAAACACTATTTTCCTCTCTGGAAAGTTCTTGAGCTC TTCCGGTGCTTCCGGAGCAAGTGATTTTTAACACGTACTAAATAAATGTT TAAACATGGTTAAATACAAAATAATTTGTCCCCAGAANAAGTGATTTTTA ACTCGCACTAAATAAATGTTTAAACATGGTTAAAAGATACAAAATAATTT GTCCCCAGAAGATGGACTTTGGTCAAATAAAATACCGTCAACTGCTCTAA CTTGGGACTATCTGACAAAACATGGGACGGCAATTCGGCCACCATTTCAC CAAACCTCCAAAGTCATCTGATTTGGAAGGAACGGCGTATTTAAAAATAC ACGATTTCTCTTTCGATTTTACAGTAAGGGGTCAGTCACAAATCGATTTT AGGTTAGAAGAACGTCAATTGACGTATATGGGTGGGTGGGTTAAAGGTTA TTGACGTTTTTCAGAAACATCGATTTTTCATTCCATACAAAATATTACTT CTCGCCATGTTTCTGTTTGATCGCTTCGTTTGTTTTGAAAACCAAAACAT AACAAACGGCCTGATGTTTATGTCTTTTCTTTGTTTGACGGCCCGAACGG CCCTTGAATTTTTTGCAGATGGCCGTTCTTTCTGTCGCTACATACTACGG AGATAATTAATGACGGGAATTTTGTGAACAAGTTTAGAAATTATCTCCGT TTCTTTTTTTTTCAAATATAAACTATGCGAGCCGTAGTGAAGATCAAGAT GGCTGACGAAACAGCGATGAAGGCAGAAGTTTTTATCGATTTTCGGGGAT ATCAAGGTGTTTGACGTTTTTGGGTGTGGGTGGGTGGGTCAGCTTTTAAA ACGTCAATTGACGTTCTTCTAACCTAAAATCGATTTGTGACTGACCCCTA AGTGAATTTAGGGGCCGTCGACAAACGATTTTCCTTTTTTTTTAACGGCT TCTGGCCGTAAGGGGTGGGAGGGGGTCACTGCAATGCCGATAAAAAAGTT TAAAAAAAAGGGAAAGTCTCACTTACAAATTTCATCAGTCCAAAAAGTAG AAACATGTGAAGAAAGGCTAAGACCAAAAAAAACCACACGACATTCACCT TATTCCCGATCACCAATTAATGCTTCGACGAGAAAAATGACTGGTCACAT GACTTGCCACGGGGCTTGAAGTTTCAAAATTTAAAGGTCACGGCTCAAAA CCACATGTTTATTCCGTGCGAAAAGAAGAACTTTGAGGATTACGAATCGA AAGAACATGGCGGCCATGGACCAGTGAAAGTGTTTACTTTTGAAGAATTC TTTTGGCCGCTAAGACGTAGGGGAGGAGGGGGTCTGAACCTCAACGGCCT CAGGCCGTTAAAAAAAGAAAGTCGTTTGTCAATGGCCCCTTACACTAGAA GAACTAGAAGGAAAGAGCATTGCACAGGGCAGTGGGTGTTGTGTCGCCGT GGTTTGTGTGGTGTATTTGGGGCATTAAGGTTTATGACTCTGTCTCTTTA TGGTTTTTCAGAGTGCCTCTTATTTTGCTAGCAACTTGCGAATGGAGGTG GAGTAGTCTGGATCGCTTCGCAACCCTTATACAACACAGCTAGTTTAGTG TATCTCTCTTGAATAAAAAGTTACTGTCATCCAGAGTAGGCTAAAAATTA AAAAAAAACAGTCATAAGCGACCATTAATATTTAATATGAATTAATATTA TTAATATTAATATTAAACATTATATAAAACCCGTATTTTTAAAGGAAAAT CCTATTTTATCTGTATTTTGTAAGGAAAGGAGGAAAATTACGGAAGCCCT GAGCGGCCACAACAACAACAATTTCTCACAACAATATAAACCATTCACAA CAATATTACAAACTTTCACAACGATATTACAAACTCTCACAACAATATAT CAATATTCTCACAACAATATATTAATATTCTCACAACAATATATCAATAT TCTCACAACAATATATTAATATTCTCACAACAATATATCAATATTCTCAC AACAATATATTAATATTCTCACAACAATATATCAATATTCTCACAACAAT ATCCAAATTCTCACAACAATATTCAAATTCTCACAACAATATCAAAATTT TGACAACAATATGAAAACTCAGAAAAAACCTAAAGTGCTCTCTCTTGCAG TGATTTTTTTTACGTCTCGTTGACGATGAAAAATCTTCCATGTGAACAGG GCCTTAAATTTCTACACATATACAGACTACGAGATGTCTGCGTGCTGAAT ATTTCACGTAGTGATTGAACGGGTCTCATAATTACAATAAAATTACAGAG AGTCTGATAGTCGTCACCTTATAAATGATAGGAAAAAAAGTTAACCATTG TATAGGGTTGGTAAGCATCTGGTGTACAGCTGCAAAAGTTTCCAATTTCA AGAGAAACCATAAGTACTATATACTTTATGGACGGTATGGACCAGCTTCT AAGATTGAATAGAGAATACTTGCAAATAAGGTGACCATGGTGCAGTCTCC TCCCCATGCAGTAGTTGCCATCGCGGATTTCTCCACGGCACTCCATGAGT 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TGTTGTGAGAATATTGAGATTGTTGTGAGAATATTGAGATTGTTGTGAGA ATATTGATATTCTGTTGTAAGAAATTGGATATTGTTGTGATAATATTGAT ATTGTTGTCGATAGTTTGAAATATTGTTGTGAGTGATTTATATTGTTGTG GGAAATTGTTGTCGTTGTGGCCACTCAGGGCTTCCTCATCTTGTTCTGTA TTTTCAAAGCAAAATTCTGTGTTGTTGATATTCTGAATAGAAAATCTCTT GTCACTCACTCCTTTTGTACACTCTTTTTATCAGAACAACGATGGGAAAA ATTTGATACCTGATAAATCGTTCCAAAACAAAATTTAAAAAAATAGATTT TTACTTGGTTGTGTAAAAAAGCAGAATATATCGTTCTGTCCAAAATTATT CTTTTGCAAATAAATCTCAGATTCCACCAAGTGCATTTATAAGTTTCTAA TCTACCTACAATTTTTATCGGTCTCCTGCTATCATTGTTGTGAAGACATT TAAGAGTAGAATAATTAAGGATATTAAAAAACTTAAAACTTTAAAAATAA AGATGAATTTTTGAAAAAAATAAAGTTTTGATATTTGGCTCTGCAAACGT ATCGAGCACTCTCCATGACAATTTTCAATTGATTGAAAAATAATAAAGAA GAAGTTTTTCTTTCTGGGTCAAATAGAACTTTTTTGTAATTTTCCTTACA TCAACTCTATCGTTGGAAGTGAATCTGAACCTGAAATAAATCGGTCAAAA AATTACATTTTCCATAATTTCTTTAAGTGAAGATTAGATTACTCAGAATT TAGCTGCTCGCTTGGATTACTTCTTGCAAAAGTTTAAAAGTTATCACTGG ACAAAAATCAAAAATTTTCAGGATTTATGCTATTGCTTTAATTAGTTCTT GTCAAAAAACTACTATCTTTTAGGTACCTTATGGCAAATTTTTTTCATCA TTTCACGGCAAGTTTATTTCTTATTTTTATTTTTAGGTAGCAACTGAAAT TGACTGAAAGGCCAGCTGCAATATGCCTGTGAGTATTTATTCAATGTAAC AACTATGAGTTTCAATTAAACTATCGTCTCCTCTCTTTAAAGATATATCC TACCTTATTGGAACTAATTTTCACGGTCGAAAAAAATATCCGAAAAATAG CATTTGGCGGGTTTTAATTTTCGCGGTTTTTTTCATTCTGGAATTTTCCC GGGTTTTAATTTTCGTGGTTTTGCCCTTTTTTGGATAAATTTCTTTCATT TTCTTAGGGATTTTTCAAATTTTTTGATAAAATTGGAAAAAATTGTATTT CGCGGGAATTAATTTTTGCAGTTTTTAACTGTCAAATTTTTCGCGGGTCC AAATTTTTGCGATTTCGACGAAAAACCACGAAAAACGCTAAAATTAACTC CCGCGAAAATTAGTTCCAATAAGGTAACTTATTTTAAAGCATTTCAGATT TTTTCCACAAATTTGTAGTATGTTTGATTCATTTATTTTTAATTTATTTT TCTAGCAAATTNTTTCCACAAATTTGTAGTATGTTTGATTCATTTATTTT TAATTTATCTTTCTAGCAATGGGGTGGTGGTAAAAAATGTGCTCGATGTG TTAAAAGTGTGTATTCCAACGAAGAAATCATAGCTGCTGGAGGTTCATGG CATAAAAGAGGATGTTTCACCTGTAAAGATTGTAACAAATCTTTAGATTC AAACACTGTTGCTGAACGAAAGAATGGTAATAATCCTTTTATAGTTATGA TAAACAAGTAATATCATTTTGAGTCGAGTTTTATACTTTTATGAAAAAAA TCATGGTCATATTTTAATAAATATTAGCAAAACTTTGATCGGTAGACATC ATTTTGACTTATTTAGCTACCCTACTTTGTGGGCTCATTCCTCCCTCAGT TAAACAATTTCACTCATCTTCCCTTGTACTTTATTTTTGTAGAATTTATG AGAAATTCACTATTTAATTTTTGTAGAATTTATGAGAAATTCACTGTTTA ATGCTGTAAAACTACAGTGTGTCCCCAAAAACACATTTTTATTTAAAGTA AAATTTTCTTGATTTATACGAAATTTTATGACTTGACAAACCTATAGCAT ACCGTGGTGATTTTAAAAATGTTTGTCCGAGTTTTAATCTCGTCCTCCTT TTCTTTAATTGCTTTTGCAAGTCAATTACACGTATTGACAATACAAAAGT AATAACTTGCACGCCTTACGAATCAAGATGAAAAGGATTGTGGGATTGAA TTTCGGTCAAATGTTAAAAGTAATAATGATGACGTTTGCATAGCGGTGTG CTATTCAATCATCTTGGGAATTGAGTATCTATTGATTAAACGGAGAAATT TAATCTTATTTCAATTGTTTTAAGCCCAGTTTAGATAATGAGTTTTAAGG ATTTTACTTCACATAAATATTTGTCCGCTTTTTTGAGACCCACTGTAGTG AAGTTTCTTTTTGAAACCCACCTGCTTAATCTTTTTATTACCTTTTTTAG AAAACCCTGGAGAACCTGGAGAGATATATTGCAAAGCATGTTATGGGAGG TTGTTTGGACCCAAAGGTTATGGCTATGGAGGTGGAGCCGGTGCACTTAC AAACACTAAATGATCGTCCCTTGTCATTCGATTTGACAAGATATTGAAAT GGCTGGCACACTTTCGCCAAACTATTATTATATACCGATATCTTTTATGA CCTCATTGGCCTTAGCAAAATTCTCGGAACAACCAGTTACCCTATTTGTG TGCGGCTGCTATTTCTATTATATTCTCTTTCGCTCAAGATGAGATGGTTT GAAATTTTATAAGCCATGAAGTTGATTAGCTCTCACTTTACATCTCATTT ACCTTTAAAAACGTAAAGTAAATAGTTTTTTAATCCAAACTAAGAGTCAA GATAGACCTTTTCTTAAATTACGTCACGAACATCACTTGCCTTGTGTTCA AACAATTACCATGGTGATTATGTCTCTTGAGACATTAAATGATTTTTTTA TGAGTAGGAAGTAGTCTTAATAAAATCCGCTGAGAATTAATCATAATTTC AAAACGAGGCAAGTGATGTTCGTAACGTAATTTATGAAAAGGTCTATTGA ATTTCGGCAGATGAGATAAAGTTTTTATAAGATACTTAATAATTGGTCAT TTGAAGTAATAAAAATGACGCGCTCTTTAGAAAAAGTAACAAAGTTGTTT TATTACTTGTTAACGACCAACCAAATCAAATAAGAGCTTGTAAAAACTCC ATCTCGCCCCAATTTTGGAGGTATTTCTGTAAAGTTTCGTCCAACTTCCG GGACTTGAATCCATATTAACTTATTTTCAGTACCAATATAAATACCATAC TTTTTTTCTATACGCATGATTTGTTTACGTTCTTTATTTTATTTGTATAT TTTTGAATATTTCATATCAGGGTTTTTGCTATTGATAAGGATGGGGAAAA TTTTGATATTTTTTGTAGTTGACTTAGATAAAAATAAATTATTTTTAGGG TAAAATTGAAACCATTGTTACGTTAGGTTTTTTTCCTTTGTTTATTGTTA AAGAGAAATCTGAACAGTATCCTTTTAAATTAACG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_015228XLOC_015228Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00027096-exon-sc0000606-1575043694:82807..82855TCONS_00027096-exon-sc0000606-1575043694:82807..82855Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00027096-exon-sc0000606-1575043694:82345..82386TCONS_00027096-exon-sc0000606-1575043694:82345..82386Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00027096-exon-sc0000606-1575043694:75430..75589TCONS_00027096-exon-sc0000606-1575043694:75430..75589Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00027096-exon-sc0000606-1575043694:73571..74655TCONS_00027096-exon-sc0000606-1575043694:73571..74655Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00027096-exon-sc0000606-1510915933:82807..82855TCONS_00027096-exon-sc0000606-1510915933:82807..82855Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00027096-exon-sc0000606-1510915933:82345..82386TCONS_00027096-exon-sc0000606-1510915933:82345..82386Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00027096-exon-sc0000606-1510915933:75430..75589TCONS_00027096-exon-sc0000606-1510915933:75430..75589Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00027096-exon-sc0000606-1510915933:73571..74655TCONS_00027096-exon-sc0000606-1510915933:73571..74655Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00027096-exon-sc0000606-1491911889:82807..82855TCONS_00027096-exon-sc0000606-1491911889:82807..82855Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00027096-exon-sc0000606-1491911889:82345..82386TCONS_00027096-exon-sc0000606-1491911889:82345..82386Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00027096-exon-sc0000606-1491911889:75430..75589TCONS_00027096-exon-sc0000606-1491911889:75430..75589Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00027096-exon-sc0000606-1491911889:73571..74655TCONS_00027096-exon-sc0000606-1491911889:73571..74655Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000606supercontigsc0000606:73571..82855 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
84.8593 90.5967 100.661 114.427 8.31805 1.29091 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Blast
BLAST of TCONS_00027096 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: CSRP1 (Cysteine and glycine-rich protein 1 OS=Homo sapiens GN=CSRP1 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 81.6481 bits (200), Expect = 1.100e-17
Identity = 56/102 (54.90%), Postives = 67/102 (65.69%), Query Frame = 2
Query:   86 MPQWGGGKKCARCVKSVYSNEEIIAAGGSWHKRGCFTCKDCNKSLDSNTVAERKNENPGEPGEIYCKACYGRLFGPKXXXXXXXXXXLTNTK*SSLVIRFDK 391
            MP WGGGKKC  C K+VY  EE+   G S+HK  CF C  C K+LDS TVA       GE  EIYCK+CYG+ +GPKGYGYG GAG L+  K  SL I+ ++
Sbjct:    1 MPNWGGGKKCGVCQKTVYFAEEVQCEGNSFHKS-CFLCMVCKKNLDSTTVAVH-----GE--EIYCKSCYGKKYGPKGYGYGQGAGTLSTDKGESLGIKHEE 94          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00027096 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
CSRP11.100e-1754.90Cysteine and glycine-rich protein 1 OS=Homo sapien... [more]
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