TCONS_00028220 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00028220
Unique NameTCONS_00028220
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3965

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00028220 ID=TCONS_00028220|Name=TCONS_00028220|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3965bp
TATGCAATATATCAACAGTTAGAAATATCAACATATCCCCTGTTTTTGTT
GCCAAAAAATAAACTGATAAAATTAAATCGATTGCTgattgtacactttt
tttataaaagttacCAGTTGCTAAGGTTGGAAGCcttgaaatcagcaaaa
tatttttaataaagTCTCTTAAAAGGAACACTTTTCGTGATATTAACAAT
AGCACATGACTAAACAAGCATGATATTAGGCACCGCCCCTATTGCTCAAA
AATTAAGCTTATAATAGAATGCAAAGCAACCCCAGCCATAAGCCCAAAAT
CAGGGTTGCTTATTATATAGAGAGAGATTTATGTTACCATTTTTACTCTa
taaaaaatggtcaaattaaGAAAACTTGttgtatttaattttagaaaaaa
agtagcGATATAGTCTAATACTTTTTGTTGTATAAAACCGACATTGAAAA
TGGCTGGAACAAAAGCCAAATTTGGTTGTTTTCTTGCTTTGGGAATAGTG
ATTGTTTTCATTGGTTTTGTGATGACCATGTATGGTTATCTTCACAAACC
TTTTTGGTCAAATAGCTCGGAATCATGGTGTGATTTTTGTAATGATGATA
ATGAGAGAGACcgacaaaatataaaaaatactaGAATTGTTGGACCAATC
TTTCTTTGTTTGGGAATAGTTGTGATAATTGTGGCTGTATTTTATCGGCG
ATCTCAGATAAAGAGCCATGTGAATCAAGGTATAAATGCAACAGCTTCAC
ATGGAGGTGCTGTAGTTGGATATTCATCAGTAGGAGAATCAGCACCAGGT
CAACCTCCCTACCAACAGCCACCTGCTTACCAGCCAACAAACAACACGTA
TCCACCACAGCAATACCCACCACAACAGTATCCACCTCAACAACAGACTT
ATCCTTCCCAAGCTCAGCCATATCCTTCCCAAGCTCAGCCATATCCTGCT
GCACAAACTCAATATCCTGTGGGACCTACCCCGTACCCACCTCCTCAAGC
TGGTCCACAAGGTACTCCTTATCCACCACCAAGTGGAGCATACCCACAAC
AACAAGCTGCTCCAATCCCAGCTAAATCTGATTATCCAGCGCCACCCTCG
TACAATGAGGCTACAATGCCATCAGCACCGCCATCGTAAAACGTGTTGAT
TttggcaaaatcaattttttcgtCATTAAAACACTAAAAAATCTTTCATA
AGCTATAATAATTATGTCCAATGGTTTATTAGATCTATTAAcataaaatt
ttgcttcatttgatagagattaaaaaaaatgctgaaaaattgaTGTGTGT
AAAAGGAGCCTATTAATAAACTCCTTATGTCTTTCaataatcttttttct
tttattttgtactTTGATTGTAATTTTGATATACAGCAGACTTTCAATTC
GGGCAATcgcgcaattttttttctaaattcctgcattcacaaaatctttt
tcaaaattcacgaaaattctGTTCATGGGAAGTTTTTCAATTTATGCATA
GTCCATTCATGCATTCATGCAAAATGTTGGAGGACATGGAAattatgttt
tcttttgttagtttagaaattatttttatacataAGATTTTTACAGACAC
CTTTCTCCAGGAaacttgttttaaatttttggtatgcatgatcattattt
tttttggtgtttttcttttttaccttACTTTTATAGTATTATTAGTCTTG
GGGCATCTTGTACAATCTTTATAAGGTGAAActaatttgattagttgttt
tacgggcccgaccgaccctgaaattccgaaaattgaataaaaataaaatt
ggtttTGGTGATacatttgtattttcattgcttatacagactgccaaatt
ttcaaaattttggtagttttgtttaatttttgattttatccatgaattcg
agctttttgtgcctttttatcttttattttgcaattttgttaAGATGTAG
CAGTTTTTgttgcctttttaggagattttaaagatgaaattctactttta
tccTTATTTTCTCGCCGATCGACTGACCCTcctttttgggtagcttggcc
tgtaaaacaactaattaaattggcctcgcctaatATTAAAATGTAAATAA
GCCAAAAAAAAACCCAACAATCAATCAAACTGTTCAAAAGTATAATTTCT
ACAAGTAGTGCTGAAATTAGGTTGCAAGCAATCCTCTGAATTATTTTGTC
ACAAGGGATGTGAATCAGCCTCTAAAATCAAATCCACTTTGCACTTTCTT
TGTAAACCCAAGTTTTTTGAGGTGGGGGTTGTTGGTCATTAAAATTGTAG
GAAGAACATCTTGATACACAAGCTCATAATAAATTggctttattttttct
ttatctttcttAAAGAGCTTTTGTATGGTAATTCGTTTCAATCTTTCAAG
CCTTCTCAAAGTCCATTCAGTAACCTATTAGGTGATACTTTTACCAACCA
GTTAGACGTAAATAAAGTGGAATATCAGAGCCCTATAAAgtccattttta
attttgattgcCATTTTTAGATACATGCATgtagtttttttgaattttaa
attgtATGATATTATGATTGATCAGCTTTTACAATGTCAGCAAAATAAGG
GAAGAGACTTCCATATTCAGTTTGGCTTCATGCATTATTCATATAAAATG
GCTTACTATACACTAACACTAAAGTGTTTTTTGGTCTCTTTTTCAACTta
atagaattttcaaagaaatgaaCAGTTCTCAGTTAGTTAAAACGTCTTAC
TCTATATAAAAACCATATTTCCCCCTTTTGGTTTAAAGTCAAACATGCGG
TGAATAATATTACATCTATCTTAGAAAAGAGAACTTCATAAAACCTCAGA
GTTATATCTACTGACGTCTGTTTGTAAACTCTTGTTTATACTCATTCAGT
TTTTTATGTCTTCGTTATTTGATAATTGAAACCTTTGTAACTTTTGAGGC
TTATTTTTGTAACATGAAAAAGCATAAattgtttttatcattttaggAAT
TAacttgcaaaaaaattaaaaactatttAATCAACTGAAACTACATACAA
TTTAGCTTGTAAACTTGAAAACCAAAATGGGCTTATCAACTAAAACCAGA
TATTATCTACTATGTTTCTCTGCTTGTGTGTGTATTGTTTCTGGCTTTAT
AATGACAATGTATGGCTTTATTCATGAACCTACAAAAGACCCTGACTGTG
AATGGTTTTGTAATCTGGATGAGACTGTTCTGTTAAGTCAATTAAAATCT
TGGGGACCTATACTTCTTGTATTTGGTGTTGTATTTACAGCAGCAGCCTT
TTGGTATTACAAGCGTAGACTGCTTCCATTACAAGACTATCATTCACGAC
AGCAACAGACCTATGCTGTAGTTCAACAGCAGCAAATTGGAGCCACTGCG
CCGCCAGCTTCCTACCCTTCCATACCAGGAGGTAACTACCCACAACAGTC
TGGGTATCCTCCACCTACAACGCAACCAGGCTACTACCCAGCTGGAGCCT
ACCTGCCACCAGGACAGTACCCTTCCCCACCTCCAGGACAGTATCCTCCC
CCACCACACCAATATCCTCTTCAACAGCAAACACCAACGCAACATCCTAA
CTATCAGCAAAATGCAACTGTTCTAGGCATGGCTAATACCTTACCACCTC
CAGCATACAGCGAAATTTCTGGTGCAaaataaattgttcttttatCAGTA
TTTTCCTGTCTGTACTTTTTTGTACATTATATAGttataaaaaagataat
tttctgCACACAAGTATTTAAATTAAGAGATTTtaattagatttatttta
atattACCATATTTGATTATGTAAATTTACTACTATACTTATTTTTGGCC
TTGTAAATAGAAAGTTAGTTTTAAGCACCATTTTGTTTTGTACTTTCATT
AATACCGACAAGCATAAATCTTGTCactttttgacactaaaatgtGAGGG
AGGTATTGTAAAAAT
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000670:133555..138388-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00028220 ID=TCONS_00028220|Name=TCONS_00028220|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4834bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000670:133555..138388- (Clytia hemisphaerica)
TATGCAATATATCAACAGTTAGAAATATCAACATATCCCCTGTTTTTGTT
GCCAAAAAATAAACTGATAAAATTAAATCGATTGCTGATTGTACACTTTT
TTTATAAAAGTTACCAGTTGCTAAGGTTGGAAGCCTTGAAATCAGCAAAA
TATTTTTAATAAAGTCTCTTAAAAGGAACACTTTTCGTGATATTAACAAT
AGCACATGACTAAACAAGCATGATATTAGGCACCGCCCCTATTGCTCAAA
AATTAAGCTTATAATAGAATGCAAAGCAACCCCAGCCATAAGCCCAAAAT
CAGGGTTGCTTATTATATAGAGAGAGATTTATGTTACCATTTTTACTCTA
TAAAAAATGGTCAAATTAAGAAAACTTGTTGTATTTAATTTTAGAAAAAA
AGTAGCGATATAGTCTAATACTTTTTGTTGTATAAAACCGACATTGAAAA
TGGCTGGAACAAAAGCCAAATTTGGTTGTTTTCTTGCTTTGGGAATAGTG
ATTGTTTTCATTGGTTTTGTGATGACCATGTATGGTTATCTTCACAAACC
TTTTTGGTCAAATAGCTCGGAATCATGGTGTGATTTTTGTAATGATGATA
ATGAGAGAGACCGACAAAATATAAAAAATACTAGAATTGTTGGACCAATC
TTTCTTTGTTTGGGAATAGTTGTGATAATTGTGGCTGTATTTTATCGGCG
ATCTCAGATAAAGAGCCATGTGAATCAAGGTATAAATGCAACAGCTTCAC
ATGGAGGTGCTGTAGTTGGATATTCATCAGTAGGAGAATCAGCACCAGGT
CAACCTCCCTACCAACAGCCACCTGCTTACCAGCCAACAAACAACACGTA
TCCACCACAGCAATACCCACCACAACAGTATCCACCTCAACAACAGACTT
ATCCTTCCCAAGCTCAGCCATATCCTTCCCAAGCTCAGCCATATCCTGCT
GCACAAACTCAATATCCTGTGGGACCTACCCCGTACCCACCTCCTCAAGC
TGGTCCACAAGGTACTCCTTATCCACCACCAAGTGGAGCATACCCACAAC
AACAAGCTGCTCCAATCCCAGCTAAATCTGGTAAGTTACTGAGAATAATA
GTATTGATTTAACTTTACCTTTTTCACACTTTTGGATAACCTTCTGTCTC
TGTCTATTATTATTTGTATGATGGCTTTTTGCAAGTCTTTTGTTTAGAAT
AGAATTGGTATCTCCAAAATGTAATTTCTACATTTCACATAGAATTTTAA
TTTGAAAACACAAAATTCAAAACAGTTTTTGAAGGAATATATTAGGTTGA
ATCAGCAATTTTGGTCCTCGTGTGTTTTTTTCCTTATTATTTCTACGATA
TCTTTATTTTCAGATTATCCAGCGCCACCCTCGTACAATGAGGCTACAAT
GCCATCAGCACCGCCATCGTAAAACGTGTTGATTTTGGCAAAATCAATTT
TTTCGTCATTAAAACACTAAAAAATCTTTCATAAGCTATAATAATTATGT
CCAATGGTTTATTAGATCTATTAACATAAAATTTTGCTTCATTTGATAGA
GATTAAAAAAAATGCTGAAAAATTGATGTGTGTAAAAGGAGCCTATTAAT
AAACTCCTTATGTCTTTCAATAATCTTTTTTCTTTTATTTTGTACTTTGA
TTGTAATTTTGATATACAGCAGACTTTCAATTCGGGCAATCGCGCAATTT
TTTTTCTAAATTCCTGCATTCACAAAATCTTTTTCAAAATTCACGAAAAT
TCTGTTCATGGGAAGTTTTTCAATTTATGCATAGTCCATTCATGCATTCA
TGCAAAATGTTGGAGGACATGGAAATTATGTTTTCTTTTGTTAGTTTAGA
AATTATTTTTATACATAAGATTTTTACAGACACCTTTCTCCAGGAAACTT
GTTTTAAATTTTTGGTATGCATGATCATTATTTTTTTTGGTGTTTTTCTT
TTTTACCTTACTTTTATAGTATTATTAGTCTTGGGGCATCTTGTACAATC
TTTATAAGGTGAAACTAATTTGATTAGTTGTTTTACGGGCCCGACCGACC
CTGAAATTCCGAAAATTGAATAAAAATAAAATTGGTTTTGGTGATACATT
TGTATTTTCATTGCTTATACAGACTGCCAAATTTTCAAAATTTTGGTAGT
TTTGTTTAATTTTTGATTTTATCCATGAATTCGAGCTTTTTGTGCCTTTT
TATCTTTTATTTTGCAATTTTGTTAAGATGTAGCAGTTTTTGTTGCCTTT
TTAGGAGATTTTAAAGATGAAATTCTACTTTTATCCTTATTTTCTCGCCG
ATCGACTGACCCTCCTTTTTGGGTAGCTTGGCCTGTAAAACAACTAATTA
AATTGGCCTCGCCTAATATTAAAATGTAAATAAGCCAAAAAAAAACCCAA
CAATCAATCAAACTGTTCAAAAGTATAATTTCTACAAGTAGTGCTGAAAT
TAGGTTGCAAGCAATCCTCTGAATTATTTTGTCACAAGGGATGTGAATCA
GCCTCTAAAATCAAATCCACTTTGCACTTTCTTTGTAAACCCAAGTTTTT
TGAGGTGGGGGTTGTTGGTCATTAAAATTGTAGGAAGAACATCTTGATAC
ACAAGCTCATAATAAATTGGCTTTATTTTTTCTTTATCTTTCTTAAAGAG
CTTTTGTATGGTAATTCGTTTCAATCTTTCAAGCCTTCTCAAAGTCCATT
CAGTAACCTATTAGGTGATACTTTTACCAACCAGTTAGACGTAAATAAAG
TGGAATATCAGAGCCCTATAAAGTCCATTTTTAATTTTGATTGCCATTTT
TAGATACATGCATGTAGTTTTTTTGAATTTTAAATTGTATGATATTATGA
TTGATCAGCTTTTACAATGTCAGCAAAATAAGGGAAGAGACTTCCATATT
CAGTTTGGCTTCATGCATTATTCATATAAAATGGCTTACTATACACTAAC
ACTAAAGTGTTTTTTGGTCTCTTTTTCAACTTAATAGAATTTTCAAAGAA
ATGAACAGTTCTCAGTTAGTTAAAACGTCTTACTCTATATAAAAACCATA
TTTCCCCCTTTTGGTTTAAAGTCAAACATGCGGTGAATAATATTACATCT
ATCTTAGAAAAGAGAACTTCATAAAACCTCAGAGTTATATCTACTGACGT
CTGTTTGTAAACTCTTGTTTATACTCATTCAGTTTTTTATGTCTTCGTTA
TTTGATAATTGAAACCTTTGTAACTTTTGAGGCTTATTTTTGTAACATGA
AAAAGCATAAATTGTTTTTATCATTTTAGGAATTAACTTGCAAAAAAATT
AAAAACTATTTAATCAACTGAAACTACATACAATTTAGCTTGTAAACTTG
AAAACCAAAATGGGCTTATCAACTAAAACCAGATATTATCTACTATGTTT
CTCTGCTTGTGTGTGTATTGTTTCTGGCTTTATAATGACAATGTATGGCT
TTATTCATGAACCTACAAAAGACCCTGACTGTGAATGGTTTTGTAATCTG
GATGAGACTGTTCTGTTAAGTCAATTAAAATCTTGGGGACCTATACTTCT
TGTATTTGGTGTTGTATTTACAGCAGCAGCCTTTTGGTATTACAAGCGTA
GACTGCTTCCATTACAAGACTATCATTCACGACAGCAACAGACCTATGCT
GTAGTTCAACAGCAGCAAATTGGAGCCACTGCGCCGCCAGCTTCCTACCC
TTCCATACCAGGAGGTAACTACCCACAACAGTCTGGGTATCCTCCACCTA
CAACGCAACCAGGCTACTACCCAGCTGGAGCCTACCTGCCACCAGGACAG
TACCCTTCCCCACCTCCAGGACAGTATCCTCCCCCACCACACCAATATCC
TCTTCAACAGCAAACACCAACGCAACATCCTAACTATCAGCAAAATGCAA
CTGTTCTAGGTAATAAGTTCATATTCTTTAGTAGTTTGGTGGTAATACCC
TTGATCTGGGAAGTTGGTAATTCTTAACTCTCACACTAGTATCCAAATAT
ATACCCCTGTGTCACAGACCCGCTGGGTGCCCAGCCCCATTGGAAAGATT
GACAAAAATTTCGTCCCTGTGGCGAAAATACCTTAGAATTTCAGCCCCAC
TTGGAAATTAACTTTTATTTCATCCCCATTCGAAATTCAATGTTAAAAAT
TGCACTTCAAAACCATTGCCACTAAATCTTTTAACCTTGGAACTAAGGAA
TTTCTATCCCATTTGGGATTTCAATAGGAATTTTTATCCCAACTGAGAAA
AAAGTTCCACCAGGGCTGTAAGACAGGGGTGTAGATATGGCTAGCTTGTT
TGAAACGTCTGTACAGTTGCATGATTGCAACCAGTGGACACATGTTTTCT
ATTGTAACAGTTTGTCTAATGTTGACTGACTAAAAGGTAGCAACAAAGGC
TGATAAACAATATCTTAATATTCTCATTGGAAATTTTGTTATAATTATTT
TAAGTAGGAAAAAAGAATTCTTTTATTTTTTTCTATCTATTTCAGGCATG
GCTAATACCTTACCACCTCCAGCATACAGCGAAATTTCTGGTGCAAAATA
AATTGTTCTTTTATCAGTATTTTCCTGTCTGTACTTTTTTGTACATTATA
TAGTTATAAAAAAGATAATTTTCTGCACACAAGTATTTAAATTAAGAGAT
TTTAATTAGATTTATTTTAATATTACCATATTTGATTATGTAAATTTACT
ACTATACTTATTTTTGGCCTTGTAAATAGAAAGTTAGTTTTAAGCACCAT
TTTGTTTTGTACTTTCATTAATACCGACAAGCATAAATCTTGTCACTTTT
TGACACTAAAATGTGAGGGAGGTATTGTAAAAAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_015976XLOC_015976Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00028220-exon-sc0000670-1575043694:137309..138388TCONS_00028220-exon-sc0000670-1575043694:137309..138388Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028220-exon-sc0000670-1575043694:134480..137025TCONS_00028220-exon-sc0000670-1575043694:134480..137025Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028220-exon-sc0000670-1575043694:133555..133893TCONS_00028220-exon-sc0000670-1575043694:133555..133893Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028220-exon-sc0000670-1510915933:137309..138388TCONS_00028220-exon-sc0000670-1510915933:137309..138388Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028220-exon-sc0000670-1510915933:134480..137025TCONS_00028220-exon-sc0000670-1510915933:134480..137025Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028220-exon-sc0000670-1510915933:133555..133893TCONS_00028220-exon-sc0000670-1510915933:133555..133893Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028220-exon-sc0000670-1491911889:137309..138388TCONS_00028220-exon-sc0000670-1491911889:137309..138388Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028220-exon-sc0000670-1491911889:134480..137025TCONS_00028220-exon-sc0000670-1491911889:134480..137025Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028220-exon-sc0000670-1491911889:133555..133893TCONS_00028220-exon-sc0000670-1491911889:133555..133893Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000670supercontigsc0000670:133555..138388 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
3.17281	3.24058	5.18212	4.05126	4.64376	2.08478	2.23117e-05	2.81429	8.22323e-05	0.960649	1.38159	0.114869	0.134721	0.982964	0.10098	1.7426e-05	0.793938	1.47956	2.0441	1.56195	3.79424	2.30574	4.40955	3.5078	0.771042	2.91879	6.98671	6.65695	7.03767	6.94232
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00028220 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
back to top