TCONS_00028274 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00028274
Unique NameTCONS_00028274
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1236

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00028274 ID=TCONS_00028274|Name=TCONS_00028274|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1236bp
TTATGCAAGTTTAAGtataaaacatatttttctttactttcagtcataaa
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GTTACAGAAGTTTAAGAGTGGCTCTCAATCAAGGTT
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000672:98657..113023+

Legend: exon
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>TCONS_00028274 ID=TCONS_00028274|Name=TCONS_00028274|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=14367bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000672:98657..113023+ (Clytia hemisphaerica)
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AATGTCTTTAAAGCAAGTATGGACTGCTGCTGAGAATCTGTTTTGCTCAT
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TATGTTTTCAACTGCCTGCACACAAGCCGAAACAAATTTTATTGATCCAT
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CAGATTTGTACCTTTGCTTTACGGAGTATTGTTACAGTTCAATCTacctt
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GGAGTTTATCTGccctctccaccgtagagaatgtcTTAATCAAGTCCTCA
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gacactatttgacaaaaatattgacagggtcattaaATATGATGTCTGTA
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ATTTTGGgtgctgataatacaaaaggatagaaattggcaccataatcaag
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ATTGATGAGGCAGGGgtgagcttactcttcaatatAGTATATTCAAATGA
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CGAACACGCATCTGCTtgtaatgggccattccattttatatccatacagg
ggggtggacgaacatttccagggggtaattcgAGCAGAATTTCCAGGGAG
TCTAAaagagtttttttcattttttcaaagggtagaaaaatattttaaag
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TGGCTGTCACAAGCACTCAAACACCAGCTTATACTAGACCTCACTCTCTA
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AACATATACAAATCGAGCGGGCCATATGAAGGTTACAGAAGTTTAAGAGT
GGCTCTCAATCAAGGTT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_016017XLOC_016017Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00028274-exon-sc0000672-1491911889:98657..98756TCONS_00028274-exon-sc0000672-1491911889:98657..98756Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028274-exon-sc0000672-1510915933:98657..98756TCONS_00028274-exon-sc0000672-1510915933:98657..98756Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028274-exon-sc0000672-1575043694:98657..98756TCONS_00028274-exon-sc0000672-1575043694:98657..98756Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028274-exon-sc0000672-1491911889:99535..99818TCONS_00028274-exon-sc0000672-1491911889:99535..99818Clytia hemisphaericaexon
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000672supercontigsc0000672:98657..113023 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0.60628	1.72456	1.07182	9.25788	11.7616	13.4002	14.314	8.86142	7.1714	5.4676	2.62933	4.07048	7.43362	2.7578	6.35487	5.57053	5.84545	1.02776	3.63382	1.07579	0.846885	0.0690733	0.376086	14.7048	13.3802	1.20013	0.992898	1.10452	1.87913
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00028274 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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