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transcript sequence >TCONS_00028364 ID=TCONS_00028364|Name=TCONS_00028364|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3876bp GTGAAAACTAAAGAGAAAAATACGATTgtggaaaaaaattgagaaaatta agaattatATGTATGTATTGATCATTGATTATTGATTGAGGAAGTTTACT GTTACCCTTCAAGAAAGAAAACGTTTTTAAAAAATGGGTATCGATTCGGA CCGCTTTGCGTACGGCATCCCACAAGATGCTCATTGTTTTTTATGTTGTT CTGTATTGGAATGTCCCGTCGAAATTGTAGAATGTggtcattatttttgt ttggGTTGTTTAGAAGAATGGCGAGAAAAACATGACCCGGAAGAATTCAC TTGCCCGTATTGCGGAATAGCATTATTTGAAGATTCGTACCGGAAATCAA CTTTACTGTGGAACTTGATACAAAACATGAACGTTAATTGCAAACACAAG TCGGACGGTTGCGATGTGGTTTACAAGTATGGCTTTGAGAGCTTACATGA AGAAGTATGCGTTTTCCAACAAAACTCTAAGaacaataacaacaataatG GCGACGCTTCgaccaatgaaaatgaaaaatgtccAACCTGTAAAACCACG CTCAATTGCTCAATCAATTCTCACGACTGTGTCAAAGAGCTTGCTGCACA AGTCAAACAGCAGAAAGCATTGTTAACGAACTTAGAGCACGAGAATCAGA GACTTGTTTACAAGCTAAGTACATGCGAGAAACGTTTTCTTGAAGAACGG ACAGAAATGGAGAGTCAGTATTATATCGAGACCCTGCGGTTCAACAAAGA AATCAGGGAGCTGAGAACACGCGTCGCACACTTCCAAGGAGAAATGGGCG TGCAAAGTGGCCAGtttgaacaagaagaaatgaaaatcaatttggaaaaa ttgaacgGTAGTTTGGGATTCAACATCATTGGTGGGTTGTCGAAGACTAA CAGTTCTGCTGGGATTTTTGTGTCGCGAGTCGCCGAAGGTGGAGCCGCAG ACCAGCCGGGAAAATTGGTTCTTCATGATCAAATTTTGGAGGTAGACCAC AAAGATTTAAGACAAGCAACACACGAAATGGCAGTGGACGCTTTCCGTGC CGCTGGAAATCCAGTCAAAATGTTGATCAAACGACAGGTCAGAAAAATGA AACCAAACCACGTCTCAACGCAAACAGAAACGGTGGAAGGAAAATCCGAA TACATTCGACACCCGATTGATATCGAAGAAAGTCCGAAAAAATCATCGAA AGGATGGTTCGATCCGATGAGTATAGTTCCGACCGATTTATCAAGCAACG AGAATAAAGAGTACGACTCTGCGTACGACACTTTGAACAAATCGTCGCGC TACTCACAAGAGACGTCGACGTTAGACGGTGAAAACACGGACGACGACAC GACGAATACGGGTGTCGAAAGTTCGGCCACAGAACAAACGTTAACGCATT TCAAAGACAGtgttagtgaaagttcgtcatCTAAACGACACAGTACTTTC TTGGTGGTTTCAGATAAAGAGAATTTCGATATGAGTGGACAAACGACTGA AGGGGAAGCTGATTTCGAATTTGAATACGTGGAATTAGTGCTGAGGAAAG ATCACGGCAAAATCGGCGTCAATTTGTATTACGACGAGACGGACGCGTCG GTTTACGTCGGTGATGTTGAAGACAATTCGCCTGCCGACTTGAGTGGGAA AATTATGGTTGGTGATCAAATTGTACAGATCAATCAACGTCAAGTCAACA ATGTCGAACAAGCTCATCAAATGTTCGAggccaatgacgtcatcaatctt GTGGTTGCTCGTGCTGTTTTTGAGaacaACACGGACATGTATGATGAGGA AGCCGAAGAAACAGATCTCGACATGCTCGATTGCATCCTCGAAGAAAACG AATCGGTAGCGAGTAAAGCATCCTCACTGACATACGCTAGCTCCGCCTCT TCAAAATCCAGTGATAAAAATTCTCCGCCACAGTGTCTTTCACCACCCGT CATCCACGAATACTCCaatgaaattatccgcaaaggAGGAGAATCGACCA ATCATAAAGCGTTAGAGAATTCTCCTTCGTCGGGCGCCAATAAAGAATCG AAATTGAAAAACCCTTTGAAAAACTTTATGAAGGGAAAACTTTCAGGAGG AACTCAAAAGGACAAAAGAGCAGGCTCTCAGAGTGATGATTCTCTTGATT TCAATAAATTACCACGTTGCGATAGTAACTCGTCCTCCAATAATAGTAGC AAAAGTCAACGTTCCAAAGAAGGTACTACGGATGCTCAACATAGAAGCAA TAGTGATGTTATGAAAGCTCGTCTCaaagaacaaaaacaacaaTCAAAAC TAAAAGCGTACATGGATTCACCGTCAATTAACAGATCTAAACAACCAGCA catgtttcattgtttcaagcACCATACATGATAAATACAGGAGCACACAT ACCCGTATCGTATCATGGTGTTTCAAATATGGCGCCCGTTTACGCCAATC AACCGCCTCGTTTTTCACCCACACCCTTACATTACCAACAAGTTGGGCAA CAAAGGCACAATATGTCGGGTTCCGTCTCGAGTTTAAGATCAGCAATGAA AAACAGTCAAATGAATAACGGGTACGGTATCCCGGGAAGTGCCGTACGTC ACGAAAAAACAAGGACTCATAAACGTGTTTCAATTGACCCACATCCAGGA TGGAACGAAACTGAAAAACGTGTTTGGGAAGAATTCAAAATCATACAAAG CATGGAAAAAGAGAACGGCGGCGGTGGAGCTCCGGCACCAACGGAAGCCG CTTTAGATAAAAACGGTGACGTCGAAGCCGAATGGCGGGTACGTCGATCT AAAGACGGTAAACATATTTATATTAAAAAATCGACGAACTCTACACGTAG CAAGGTTTTAAAAGACCGCGCTCAACAGATAGATAATGAACGTTGCGGCC TTACGACGGACGACGACGCATTTACGGTATATCAAGGACAGTACTGGAGT CGCGATCAACGTAAGAAACAATTATCACGTCATAATGAACGCCGGAAACG TCTGGTACAAAAAGCTGAACTAAAAGCCACGTATGAGAATAAGACTGAAA AAGAAATCGCTGAAATGGCTCAACGTAAAATGACGTTACCCGTCTTTGAC AATTTTGTGACAATCGAAGAAATTTTATCACAGAGGAATCGGTCCGGTGT TTTTTCAGGACCTGTTCACGTGACAACGATctaaaaaattatgattttag tttttattttctgtttatATTGTACCTACCTCTCTCCCTCTCATCGTCAC Cccctttttgttttaaaatgaaaatgtatcatattttagtaaaaccaaca aattttgatgattttattcatcacgtctgctttcattttttaatttttaa acataCAAAATTTTAGCTCATAGTTATTTGTATGATTTTATGTTGAGAAA TCTTTTGTTCATTTGTGATTTCTTCTGTGGTATTTATTTATATGAAGATt tctaaaaaggaaaaaattttatCCACGGTTTATCTTCTCTGAGAAATTTa tctttgaaaagtgaaaattatATCGCTTGTTTGACGATATTTCTAGCTAA TACCCAATCTGTTAAAGTTGCGACTTTACTTTTTAGTTCATAATTTATTT CTTGAGCTGGTTCTTATTTATAATGATTTTGTTAATCATTTGTATAGAAT CATTTGTTCTCCAGCCTCGATCCCactcttttttatcaaataatgaTAGA ACAAACACTGGGTTCGAGGTTGAttcatatttcttttgtttatttcattt gAACAACATTTTGTATAGatggatttttattttccaaccaaaaaattaaa aatcattagaattaatattgaattttattatttttgttaccGTACCTTAG CCTCCCTATAGAcgttttcataaatt Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000675:104954..121526+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00028364 ID=TCONS_00028364|Name=TCONS_00028364|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=16573bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000675:104954..121526+ (Clytia hemisphaerica) GTGAAAACTAAAGAGAAAAATACGATTgtggaaaaaaattgagaaaatta
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CTTTCGcctataaaaattataaattatcctttttcaaaaaagtgtcaaaa
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ctctatagatatacttcctataagaaacttttcgcttttcgctagaggat
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TCCAATACTGACAGTTTCATATCTTTCTTATTCGAACATCTTTAGTTGTC
ATATCTGACATACATTCATCAACACCTCAACCAAAATGACTTTTCAACAC
ATTCAACAAATTGACAAACACACTCACTAACACTTGATTATCGTTTATTT
CAACACTTTTCACTTTCATTatcctttctttcttttcaacaGATCAATCA
ACGTCAAGTCAACAATGTCGAACAAGCTCATCAAATGTTCGAggccaatg
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TTTTTGAGGTAAGTGTTTTAATAATTTCCAAGAGCTTGGAAAGAATTAGG
ATAGAGGGTAGGGCCAATGATATCCAGGGTGACACGCCCTGTTTTAGGCG
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ATAAAGCGTTAGAGAATTCTCCTTCGTCGGGCGCCAATAAAGAATCGAAA
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AAGCGTACATGGATTCACCGTCAATTAACAGATCTAAACAACCAGCAcat
gtttcattgtttcaagcACCATACATGATAAATACAGGAGCACACATACC
CGTATCGTATCATGGTGTTTCAAATATGGCGCCCGTTTACGCCAATCAAC
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GGAAAAAGAGAACGGCGGCGGTGGAGCTCCGGCACCAACGGAAGCCGCTT
TAGATAAAAACGGTGACGTCGAAGCCGAATGGCGGGTACGTCGATCTAAA
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CGACGGACGACGACGCATTTACGGTATATCAAGGACAGTACTGGAGTCGC
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GGTACAAAAAGCTGAACTAAAAGCCACGTATGAGAATAAGACTGAAAAAG
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aaaaaggaaaaaattttatCCACGGTTTATCTTCTCTGAGAAATTTatct
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CCAATCTGTTAAAGTTGCGACTTTACTTTTTAGTTCATAATTTATTTCTT
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000675 | supercontig | sc0000675:104954..121526 + |
Blast
BLAST of TCONS_00028364 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PZRN3 (E3 ubiquitin-protein ligase PDZRN3 OS=Homo sapiens GN=PDZRN3 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 130.954 bits (328), Expect = 1.338e-30 Identity = 98/348 (28.16%), Postives = 152/348 (43.68%), Query Frame = 2
Query: 134 MGIDSDRFAYGIPQDAHCFLCCSVLECPVEIVECGHYFCLGCLEEWREKHDPEEFTCP-YCGIALFEDSYRKSTLLWNLIQNMNVNCKHKSDGCDVVYKYGFESLHEEVCVF-----QQXXXXXXXXXXXXXXXXXEKC---PTCKTTLNCSI---------NSHDCVKELAAQVKQQKALLTNLEHENQRLVYKLSTCEKRFLEERTEMESQYYIETLRFNKEIRELRTRVAHFQGEMGVQSGQF--EQEEMKINLEKLNGSLGFNIIGGLSKTN-----SSAGIFVSRVAEGGAADQPGKLVLHDQILEVDHKDLRQATHEMAVDAFRAAGNPVKMLIKRQVRKMK 1102
MG + DRF + D C LC VLE P+ CGH FC GC+ W +E +CP C L L LI +++ C + + GC V K H E C F + D + + C P + C + H C + L A +A L L ++ + EK + + + + + LR+ K+ E R+ + G E + + + L + +GSLGFNIIGG + SS GIFVS++ + G A + G L +HD+I+EV+ +DL +ATH+ AV+AF+ A P+ + + R+ + K
Sbjct: 1 MGFELDRFDGDVDPDLKCALCHKVLEDPL-TTPCGHVFCAGCVLPWVV----QEGSCPARCRGRLSAKELNHVLPLKRLILKLDIKCAYATRGCGRVVKLQQLPEHLERCDFAPARCRHAGCGQVLLRRDVEAHMRDACDARPVGRCQEGCGLPLTHGEQRAGGHCCARALRAHNGALQARLGALHKALKKEALRAGKREKSLVAQLAAAQLELQMTALRYQKKFTEYSARLDSLSRCVAAPPGGKGEETKSLTLVLHRDSGSLGFNIIGGRPSVDNHDGSSSEGIFVSKIVDSGPAAKEGGLQIHDRIIEVNGRDLSRATHDQAVEAFKTAKEPIVVQVLRRTPRTK 343
The following BLAST results are available for this feature:
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