|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00043103 ID=TCONS_00043103|Name=TCONS_00043103|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3525bp
CTATTTCTCCTTTTCGAaatgaaacaaacaataaaaaaagatagtTGTTT
CTACTTTTTGTTTGGTATTTGCTTGCATTAACACTCGCggtaaaaaaaat
gtttaacaaaatCGGTAGTAAAATTACAAGTTGGATAAACTCAAATAAAA
TACAACTGAATTTTTGTGACGAAGCGTGTAGCGTAAAACCCCCAGTGGCT
GTTTATTCTGGAGGAAANNNNNNNNNNNNACAAGTTGGATAAACTCAAAT
AAAATACAACTGAATTTTTGTGACGAAGCGTGTAGCGTAAAACCCCCAGT
GGCTGTTTATTCTGGAGGAAACATTATCTCCTAACCAATGGCATCCGTCA
CCTCGACCTTCGGAGGTTAAAGGTCTGCCTCCCTTTATGTACAAATTTTT
TACTAACGAAAATATTCCATCTGCAAGTGTTTGACCGTCAAATGTAAGAG
AtcataaatttaaattataattattataataatGGATTTTTACGAGGTAT
GAGNgtaaaattaCAAGTTGGATAAACTCAAATAAAATACACCTGAATTT
TTGTGACGAAGCGTGTAGCGTAAAACCCCCAGTGGCTGTTTATTCTGGAG
GAAACATTATCTCCGAACCAATGGCGTCCGTCACCCCGACCTTCGGAGGT
TAAAGGTCTTCCCCCTTTATGTACAAATTTTTTACTAACGAAATTATTTC
ATCTGCAAGTGTTTGACCCTCAAATGTAAGAGATCATAAATTTGAATTAT
AATTATTGTAATGGATTTTTACGAGGTATGAGCTTCATAGCTtcaaaatg
ttatcaatctaTTAGTAATTTTCGTTTAAGAAATACCAAATTCATCAACT
TGATAAAACACATCCACGATTCCATGTTTGATAAGTTGTCGGTGGTGAAT
GTTGATAAGATCGTTAATCTCTAATGACCGGCGTTTGTTTTGGTAATCGA
TAGTCTTAGTATATTCTATTGTATTCCTTGGTGGTTGATCGTCTGAGCCA
TTGATTGATCATCTGTTTGAAGTCCAGGAAGAAGCTCTTGTCCGATTGTT
CCAATgtcataaaaataaagaaaggtTGACCGGAGTATACAGGGGCTTAT
GATTAAATATAGTACgagaaaatctggaaatttcgGAAAAGTTTGCTAAA
GTatgtgaaaatgattttgagtGAATGCAATAGCGAGGATGGTTTAgaat
tttgaattgtatttaaAGACATACGAATCATAATTATCACTTAATGATGC
GCATGCATAATTAATTTTCCGTGCGAAATTGTTGAGAACCTGCTTTGATT
TGTAACGATGACAAAATAGGTAAGCCTCGGGTTTGTAATTTAATTTGGAT
AGTGACAAATATTTGCGAAGCCAGTAAATTGGACAGCATTTTGTTCCTGT
CTTGCTAATGAAAACGATATTACCTTCACGAACTTGGTCGGTTTTTGACT
TTGGTAGTAAAACTGTTGCACCGAAGTTGTCAAAAGTGATTTCCTTTATC
TGAATTTGAAGGATTTCGCTAATTCTAAAAAATCCTGCAAAACCTAGTAA
ATTGGACAGCATTTTGTTTAAGTACGCTTAGTTTGATGAGTGAATGCAGC
GAGGATGTTTGTAATTCAAACGCCCTATTTAAAACGTTTTCACAGCGCAT
GCTTCTCATTATGACGTAATGATACGCATGCAAAAGTAATTAGCGTGCGA
AAATGCACGAGAAtctgcttttccagcttttttcaaTCGCTGGAAACTTC
GCTTCTCGGCTATTTCTCCTTCCCCGAATGAACAAACAATAAATCACAAT
AATAGCTACTTTGTTTGGTATTTGTCTGCAATAACACGagagataaaaaa
gaaagaagttaTGAGTTGTACATAATATAgtagcaaaaaaaataaattta
aagttaaattcccaatgattgaaaaattttgaatcggATTTCAGTTTTAT
CTTTAATATTGTTGcgagtttttctttcaaattttgggGGTCATGATCTg
tcgaaaattgaaataagaaaaatagTAAATTTCGTACCTTTGCACTTTGC
CATCTGTAAGACGATGGGCTTCAAGATGGAGAACGAACCCCTCAAATGCG
TTTGTACAGAGACATTGACGCAAAAGACGTGTTTGCACAGAGGCATTGAC
ACATAAAACACACCACGTGTAACGTTGATCGTGATGTAATAAATCTTGCG
AATGTAGTCACCAAGTTTGTCAAcCTTTATTCAAAGCTTCTTTCATCCCA
TCAACATCCGTCTCTTCCATGAATTCGAGGGTATCCTCAATCGTTTCCAA
GACTGCTGTGTTATGAGCAAATTGATCTTGATGGCCAGTTTTCTTGAGTA
CAATGTTGTCGTTGGCTCTCTTCTTTTCGAGTTTCTTTTTGAGCTTGGCC
AGATTGGTCAACTGATTCTCAGCAGATTGTACAGAAGCAGCTTTCACTGT
GTCCTTGGTGCTTTTCATGATTTGTGGGCCAAAGTCTTTTTCAACAACAT
CATTAACTAGAGTTTTCAACTGCTCGTAAGTAACAGCTAGTGTTTCATTT
CCAGCAGTAGTTCCACCGTCAGTAGATTTTGATTTCTCACTTgatttttt
agacattttttaaaaagaatttttttttcttacacACACATACACAAGTA
CGCTTAGTTTGATGAGTGAATGCAGCGAGGATGTTTGTAATTCAAACGCC
CTATTTAAAACGTTTTCACAGCGCATGCTTCTCATTATGACGTAATGAAA
CGCATGCAAAAGTAATTAGCGTGCGAAAATGCACGAGAAtctgcttttcc
agcttttttcaaTCGCTGGAAACTTCGCAATCACTTTTCCGAGCACATAA
tgccattgacttccaagcccgaagggctaaactcgagactcctggatggg
aaataaagccACTTATTACTCATCCAGAACGCCTGTCCATGGTTTTatca
caaacgccggattgaaagtaaaatccatcgctagttttcaaaaaacgcag
tcctcaaaaacaaaggaaccgctagatacaatccgtcgtcatgattgcgg
tgcgttttaggcgcgttctggatgggaaataagtggcttcagtGTGGAAG
CCTCCGAAGTCTAATTCATGAGGAAATATTCATAACTGACGTTGGTGATC
GGTGTTTTgattaggctacgtcatatcttccttcgtttcgagcgtaaaac
tcctactcttcgtagaagagtaaggcctaaaagcctggatctgtctattg
tgtagactatgtTTTGATATGCTGTATCATTTTTGTTCTTATGATGATAA
TACCgtgacattttttttcaaaattaaaacttttttatttcataagTAAG
ATTATTATAGTTCTTAGTAGATATTTATTCAATTGTTTCTTGTAAAGCTT
TCTGATATAATGATAACGAATTTTTACCATTTCATCATATCATCAGtaac
aaaatgaaacaaatttttattaaaaaaattaattttgaaatttgcttgtt
gtgtatttttttagttttatcgGAG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0003916:3603..8645- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00043103 ID=TCONS_00043103|Name=TCONS_00043103|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5043bp|location=Sequence derived from alignment at sc0003916:3603..8645- (Clytia hemisphaerica)
CTATTTCTCCTTTTCGAAATGAAACAAACAATAAAAAAAGATAGTTGTTT
CTACTTTTTGTTTGGTATTTGCTTGCATTAACACTCGCGGTAAAAAAAAT
GTTTAACAAAATCGGTAGTAAAATTACAAGTTGGATAAACTCAAATAAAA
TACAACTGAATTTTTGTGACGAAGCGTGTAGCGTAAAACCCCCAGTGGCT
GTTTATTCTGGAGGAAANNNNNNNNNNNNACAAGTTGGATAAACTCAAAT
AAAATACAACTGAATTTTTGTGACGAAGCGTGTAGCGTAAAACCCCCAGT
GGCTGTTTATTCTGGAGGAAACATTATCTCCTAACCAATGGCATCCGTCA
CCTCGACCTTCGGAGGTTAAAGGTCTGCCTCCCTTTATGTACAAATTTTT
TACTAACGAAAATATTCCATCTGCAAGTGTTTGACCGTCAAATGTAAGAG
ATCATAAATTTAAATTATAATTATTATAATAATGGATTTTTACGAGGTAT
GAGNGTAAAATTACAAGTTGGATAAACTCAAATAAAATACACCTGAATTT
TTGTGACGAAGCGTGTAGCGTAAAACCCCCAGTGGCTGTTTATTCTGGAG
GAAACATTATCTCCGAACCAATGGCGTCCGTCACCCCGACCTTCGGAGGT
TAAAGGTCTTCCCCCTTTATGTACAAATTTTTTACTAACGAAATTATTTC
ATCTGCAAGTGTTTGACCCTCAAATGTAAGAGATCATAAATTTGAATTAT
AATTATTGTAATGGATTTTTACGAGGTATGAGCTTCATAGCTTCAAAATG
TTATCAATCTATTAGTAATTTTCGTTTAAGAAATACCAAATTCATCAACT
TGATAAAACACATCCACGATTCCATGTTTGATAAGTTGTCGGTGGTGAAT
GTTGATAAGATCGTTAATCTCTAATGACCGGCGTTTGTTTTGGTAATCGA
TAGTCTTAGTATATTCTATTGTATTCCTTGGTGGTTGATCGTCTGAGCCA
TTGATTGATCATCTGTTTGAAGTCCAGGAAGAAGCTCTTGTCCGATTGTT
CCAATGTCATAAAAATAAAGAAAGGTTGACCGGAGTATACAGGGGCTTAT
GATTAAATATAGTACGAGAAAATCTGGAAATTTCGGAAAAGTTTGCTAAA
GTATGTGAAAATGATTTTGAGTGAATGCAATAGCGAGGATGGTTTAGAAT
TTTGAATTGTATTTAAAGACATACGAATCATAATTATCACTTAATGATGC
GCATGCATAATTAATTTTCCGTGCGAAATTGTTGAGAACCTGCTTTGATT
TGTAACGATGACAAAATAGGTAAGCCTCGGGTTTGTAATTTAATTTGGAT
AGTGACAAATATTTGCGAAGCCAGTAAATTGGACAGCATTTTGTTCCTGT
CTTGCTAATGAAAACGATATTACCTTCACGAACTTGGTCGGTTTTTGACT
TTGGTAGTAAAACTGTTGCACCGAAGTTGTCAAAAGTGATTTCCTTTATC
TGAATTTGAAGGATTTCGCTAATTCTAAAAAATCCTGCAAAACCTAGTAA
ATTGGACAGCATTTTGTTTAAGTACGCTTAGTTTGATGAGTGAATGCAGC
GAGGATGTTTGTAATTCAAACGCCCTATTTAAAACGTTTTCACAGCGCAT
GCTTCTCATTATGACGTAATGATACGCATGCAAAAGTAATTAGCGTGCGA
AAATGCACGAGAATCTGCTTTTCCAGCTTTTTTCAATCGCTGGAAACTTC
GCTTCTCGGCTATTTCTCCTTCCCCGAATGAACAAACAATAAATCACAAT
AATAGCTACTTTGTTTGGTATTTGTCTGCAATAACACGAGAGATAAAAAA
GAAAGAAGTTATGAGTTGTACATAATATAGTAGCAAAAAAAATAAATTTA
AAGTTAAATTCCCAATGATTGAAAAATTTTGAATCGGATTTCAGTTTTAT
CTTTAATATTGTTGCGAGTTTTTCTTTCAAATTTTGGGGGTCATGATCTG
TCGAAAATTGAAATAAGAAAAATAGTAAATTTCGTACCTTTGCACTTTGC
CATCTGTAAGACGATGGGCTTCAAGATGGAGAACGAACCCCTCAAATGCG
TTTGTACAGAGACATTGACGCAAAAGACGTGTTTGCACAGAGGCATTGAC
ACATAAAACACACCACGTGTAACGTTGATCGTGATGTAATAAATCTTGCG
AATGTAGTCACCAAGTTTGTCAACATAAAAGGAAAGAAAAATGATGTTAC
AGAATAGAAGCCTGCAAATCCGTCAGTTATACATTTTGTGTTGAATAGGA
AACAGCGTTGACGGCAGATGTTCCTGGGTAATACTCACGAGAACAGTTGC
TTTAGCGTTTTGGTTATTGGAAATTCGATCGATAGTAATTTGTCCATAGC
TTGATTATATAATTAAAAATCTCATTATCGATAGACCAATTATCTGTGTC
GGTAGATTTGGAAATTAAATCTGCTGTTTTATTCATGTCCCTTGGTATCC
AAGTAGGGTAAATTCCGACGTTATGAGATAAGCAGATGTTGAAAAATTTC
TATTGCAAGATTTTGTAGGTGTTGTTTTGTGCTACCGCGGCTGATTATTT
TACAAACATCGTTGTCCGTGAACCACTCAATTATTTCGTTTTCGAGAAGT
TTGGAAAGGACGTCAAAAATATTTAACTGCGAGAAGTTCACGACAAGTTG
AGCTAGTTGTATTTCATGTCTACCAAAATTTCCTTTTGCTATGGTGTTTC
CTAACTTTTCTACCGCGTAACCTCCATAGCCTGTACCACTTGTGTCCGAA
AAGATGACCTTCGTAATTCTTGGTTTAGTTTTAATTCTAAAAGCTTTTAC
GTTTTATAAATTGGGTTGCCAAAATTGAAGTTCTTGAATAACGTCAAAAT
TTATTAATCGTCTTTTATCCCAGTGAGGTAAATTAGCAAAACGAAGGAGA
GAAGTTTTGATAATTTGTTGCATCATCCATTTTTGACATTTATTATTAAA
GAAGGTAAAATGGCACAGTTGAAATAGAATAGAAGATCAGGTACGTTTAT
ATCATTAGCTCTCATTAATACTAATCTAATTACAACAAGGCAAAATTGTA
ATCAATTTTTAAAACTAACGCAACGTAAATTAGCTACTGTATTTCAAAAG
TTGAAAAAATTGTTCTGAATATCTGAAAATCTTCTATTTTTTGTTAAAGT
TATTTTCCATCCCTTGACGATTTAGAATTTGAATTGGACGACGAACTTTT
TGTTGCTGTTGGTGAGGACATTAACTTTGTCGAGTGGNGTTCTGAATATC
TGAAAATCTTCTATTTTTTGTTAAAGTTATTTTCCATCCCTTGACGATTT
AGAATTTGAATTGGACGACGAACTTTTTGTTGCTGTTGGTGAGGACATTA
ACTTTATCGAGTGGGCCAAAGGTGACGAAGATTCAAAAAAAGGACAGTGG
CTGACGTAGTGCCCTACTCTTTTGCATGAATAACAGACCACCTCATCCAT
ACGGCTCCTTTGTTCAGTTCTAGATTTGATTGCCTTGGAGTATTCTCCAT
CAGGTTCCTCTATTCTTGGCTTTTTATATATACGTTCTTTAACTTGCTCT
GCATTTTTAATAGCCCTCTTAAGCCTCTTTTCCTCCACGTCTCCGGATGT
AAGATCGCTTGCCTTAAATTCGTTGACAGTAAGCCACCCATATGTGTCGG
CGATTCTAATATGTTGAATACGAGTCTCTAGTAATCTCTTACCTTTATTC
AAAGCTTCTTTCATCCCATCAACATCCGTCTCTTCCATGAATTCGAGGGT
ATCCTCAATCGTTTCCAAGACTGCTGTGTTATGAGCAAATTGATCTTGAT
GGCCAGTTTTCTTGAGTACAATGTTGTCGTTGGCTCTCTTCTTTTCGAGT
TTCTTTTTGAGCTTGGCCAGATTGGTCAACTGATTCTCAGCAGATTGTAC
AGAAGCAGCTTTCACTGTGTCCTTGGTGCTTTTCATGATTTGTGGGCCAA
AGTCTTTTTCAACAACATCATTAACTAGAGTTTTCAACTGCTCGTAAGTA
ACAGCTAGTGTTTCATTTCCAGCAGTAGTTCCACCGTCAGTAGATTTTGA
TTTCTCACTTGATTTTTTAGACATTTTTTAAAAAGAATTTTTTTTTCTTA
CACACACATACACAAGTACGCTTAGTTTGATGAGTGAATGCAGCGAGGAT
GTTTGTAATTCAAACGCCCTATTTAAAACGTTTTCACAGCGCATGCTTCT
CATTATGACGTAATGAAACGCATGCAAAAGTAATTAGCGTGCGAAAATGC
ACGAGAATCTGCTTTTCCAGCTTTTTTCAATCGCTGGAAACTTCGCAATC
ACTTTTCCGAGCACATAATGCCATTGACTTCCAAGCCCGAAGGGCTAAAC
TCGAGACTCCTGGATGGGAAATAAAGCCACTTATTACTCATCCAGAACGC
CTGTCCATGGTTTTATCACAAACGCCGGATTGAAAGTAAAATCCATCGCT
AGTTTTCAAAAAACGCAGTCCTCAAAAACAAAGGAACCGCTAGATACAAT
CCGTCGTCATGATTGCGGTGCGTTTTAGGCGCGTTCTGGATGGGAAATAA
GTGGCTTCAGTGTGGAAGCCTCCGAAGTCTAATTCATGAGGAAATATTCA
TAACTGACGTTGGTGATCGGTGTTTTGATTAGGCTACGTCATATCTTCCT
TCGTTTCGAGCGTAAAACTCCTACTCTTCGTAGAAGAGTAAGGCCTAAAA
GCCTGGATCTGTCTATTGTGTAGACTATGTTTTGATATGCTGTATCATTT
TTGTTCTTATGATGATAATACCGTGACATTTTTTTTCAAAATTAAAACTT
TTTTATTTCATAAGTAAGATTATTATAGTTCTTAGTAGATATTTATTCAA
TTGTTTCTTGTAAAGCTTTCTGATATAATGATAACGAATTTTTACCATTT
CATCATATCATCAGTAACAAAATGAAACAAATTTTTATTAAAAAAATTAA
TTTTGAAATTTGCTTGTTGTGTATTTTTTTAGTTTTATCGGAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00043103-exon-sc0003916-1575043694:6422..8645 | TCONS_00043103-exon-sc0003916-1575043694:6422..8645 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043103-exon-sc0003916-1575043694:3603..4903 | TCONS_00043103-exon-sc0003916-1575043694:3603..4903 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043103-exon-sc0003916-1510915933:6422..8645 | TCONS_00043103-exon-sc0003916-1510915933:6422..8645 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043103-exon-sc0003916-1510915933:3603..4903 | TCONS_00043103-exon-sc0003916-1510915933:3603..4903 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043103-exon-sc0003916-1491911889:6422..8645 | TCONS_00043103-exon-sc0003916-1491911889:6422..8645 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043103-exon-sc0003916-1491911889:3603..4903 | TCONS_00043103-exon-sc0003916-1491911889:3603..4903 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0003916 | supercontig | sc0003916:3603..8645 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
