TCONS_00044150 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00044150
Unique NameTCONS_00044150
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length358

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00044150 ID=TCONS_00044150|Name=TCONS_00044150|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=358bp
GTACAGGGTAAGCATAAAGTTGAAAAGGCTTTGGTTAAtttaaataaata
tattttgagttgtaaaaatttgaataataaataattttattattttcaaa
aaaatatatcggGTATACAGTGCATATTTATGTAAAGGATTGAATGTCAA
AGTTTATATGAAGCTAAATATGAAATTTAATTGTGCTTTTTGCTTTTCTT
GGATTTCTTGGCTTTCTTTTTGTTGGAGGTCTTtcccttcttctttttct
ctggTGGTGGAAGTGGTGCTGGTTCTGGGACTGGGGCTGGTTCTGGTTGT
GGAGCTGGTGGGCCTGGTGGTGGCACATCTGGTGGTggcggtggtggtgc
TGGCTCTA
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0005070:931..4006-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00044150 ID=TCONS_00044150|Name=TCONS_00044150|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3076bp|location=Sequence derived from alignment at sc0005070:931..4006- (Clytia hemisphaerica)
GTACAGGGTAAGCATAAAGTTGAAAAGGCTTTGGTTAATTTAAATAAATA
TATTTTGAGTTGTAAAAATTTGAATAATAAATAATTTTATTATTTTCAAA
AAAATATATCGGGTATACAGTGCATATTTATGTAAAGGATTGAATGTCAA
AGTTTATATGAAGCTAAATATGAAATTTAATTGTGCTTTTTGCTTTTCTT
GGATTTCTTGGCTTTCTTTTTGTTGGAGGTCTTTCCCTTCTTCTTTTTCT
CTGGTGGTGGAAGTGGTGCTGGTTCTGGGACTGGGGCTGGTTCTGGTTGT
GGAGCTGGTGGGCCTGGTGGTGGCACATCTGGTGGTGGCGGTGGTGGTGG
TGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTG
GAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGT
GGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGG
AGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTG
GTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGA
GGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGG
TGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAG
GTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGT
GGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGG
TGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTG
GAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGT
GGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGG
AGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTG
GTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGA
GGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGG
TGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAG
GTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGT
GGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGG
TGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTG
GAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGT
GGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGG
AGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTG
GTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGA
GGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGG
TGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAG
GTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGT
GGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGG
TGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTG
GAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGT
GGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGG
AGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTG
GTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGA
GGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGG
TGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAG
GTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGT
GGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGG
TGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTG
GAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGT
GGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGG
AGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTG
GTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGA
GGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGG
TGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAG
GTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGT
GGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGG
TGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTG
GAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGT
GGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGG
AGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTG
GTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGA
GGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGG
TGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAG
GTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGT
GGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGG
TGGTGGAGGTGGTGGTGCTGGCTCTA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_027797XLOC_027797Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00044150-exon-sc0005070-1575043694:3667..4006TCONS_00044150-exon-sc0005070-1575043694:3667..4006Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00044150-exon-sc0005070-1575043694:931..948TCONS_00044150-exon-sc0005070-1575043694:931..948Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00044150-exon-sc0005070-1510915933:3667..4006TCONS_00044150-exon-sc0005070-1510915933:3667..4006Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00044150-exon-sc0005070-1510915933:931..948TCONS_00044150-exon-sc0005070-1510915933:931..948Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00044150-exon-sc0005070-1491911889:3667..4006TCONS_00044150-exon-sc0005070-1491911889:3667..4006Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00044150-exon-sc0005070-1491911889:931..948TCONS_00044150-exon-sc0005070-1491911889:931..948Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0005070supercontigsc0005070:931..4006 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
5.47249	2.72196	3.81461	1.48361	7.73262	6.17583	239.847	270.246	36.9411	47.18	115.651	48.0368	105.203	121.32	134.555	455.51	185.846	181.63	1.52491	3.8552	90.9597	112.362	56.5729	54.9393	73.3659	82.0664	18.7834	5.63931	4.31012	6.03131
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00044150 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
back to top